계산서미발행가산세 부과처분의 당부, 계산서 발급의무 미이행에 대한 정당한 사유 있는지

사 건 2019구합65283 법인세부과처분 취소 원 고 주식회사 OO상사 피 고 OO세무서장 변 론 종 결

2019. 3. 26. 판 결 선 고

2020. 4. 21.

1. 피고가 원고에 대하여 한 2018. 5. 24.자 2013 사업연도 귀속 법인세(계산서미발급가산세) 663,429,854원 및 2014 사업연도 귀속 법인세(계산서미발급가산세) 4,890,160,903원, 2018. 5. 23.자 2015 사업연도 법인세(계산서미발급가산세) 6,975,118,867원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고는 2013년 7월경 국내 법인인 주식회사 뉴WWW(이하 ‘뉴WWW’라 한다)와 사이에 해외 제조업자로부터 매입한 LCD TV용 부품인 셀(CELL, ‘이하 이 사건 물품’이라 한다)을 공급하는 물품공급계약을 체결하였다.
• 나. 뉴WWW는 구입한 이 사건 물품을 멕시코 또는 중국에 소재하는 뉴WWW 현지 법인에 판매하였고, 이 사건 물품은 국내에 반입되지 않은 채 해외 제조업자로부터 직접 뉴WWW 현지법인에 인도되었다. 이에 따른 거래구조를 도식화하면 아래 그림과 같다.
• 다. 원고는 2013년 7월경부터 2015년까지 뉴WWW에 이 사건 물품공급에 관하여 아래 표 기재 같이 영세율 세금계산서를 발급하였고, 뉴WWW는 다음 달 10일까지 외국환은행의 장으로부터 구매확인서를 수령하여 원고에게 송부하였다. 구 분 2013년 2014년 2015년 뉴WWW (중국) 33,171,492,727원 131,704,541,335원 137,438,296,679원 뉴WWW (멕시코) 112,803,503,842원 211,317,646,700원 합 계 33,171,492,727원 244,508,045,177원 348,755,943,379원
• 라. 서울지방국세청장은 2017. 12. 6.경부터 2018. 4. 25.경까지 원고에 대한 세무조사를 실시하여 2018. 5. 14.경 피고에게 ‘이 사건 물품의 인도는 부가가치세법이 적용되지 않는 재화의 국외이동 거래로 영세율 세금계산서가 아닌 법인세법 제121조 에서 정한 계산서의 발급대상에 해당한다’는 통지를 하였고, 이에 피고는 2018. 5. 23. 아래 표 기재와 같이 구 법인세법(2016. 12. 20. 법률 제14386호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제76조 제9항 제4호 가목에 따라 이 사건 물품 공급가액 100분의 2 상당의 법인세(계산서미발급가산세)를 부과하였으며, 2018. 5. 24. 2013, 2014 사업연도 법인세 부과처분이, 2018. 5. 23. 2015 사업연도 법인세 부과처분이 각 원고에게 고지되었다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 구 분 2013년 2014년 2015년 가산세 부과금액 663,429,854원 4,890,160,903원 6,975,118,867원
• 마. 원고는 이에 불복하여 2018. 6. 19.경 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2019. 2. 13. 이 사건 처분에 관한 청구는 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증(가지번호 포함), 을 제1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 요지

1. 원고는 유효하게 발급된 구매확인서에 의하여 이 사건 물품을 공급하였으므로 부가가치세 과세대상 거래인 재화의 수출에 해당한다.

2. 부가가치세 과세대상 거래가 아니라 하더라도 부가가치세법상 영세율 세금계산서를 발급한 이상 적법한 계산서의 발급이 있었던 것으로 보아 계산서미발급가산세를 부과할 수 없다.

3. 설령 원고가 계산서 발급의무를 이행하지 않았다고 보더라도 그 의무불이행에 대한 정당한 사유가 있으므로 가산세를 부과할 수 없다.

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 이 사건 물품공급 거래가 재화의 수출에 해당하는지 가) 부가가치세법 제19조 와 제20조에서 재화 및 용역의 공급장소를 규정하고 있는 것은 재화 또는 용역의 공급이 국내 거래인 경우에만 우리나라의 과세권이 미치는 거래로 판정하는 기준을 정한 것으로, 소비지과세의 원칙에 따라 재화나 용역의 공급장소가 국내인 것에 한하여 부가가치세의 과세대상이 되며, 예외적으로 부가가치세법 제22조 와 같이 국외에서 공급하는 용역 등의 경우에는 해당 용역을 공급하는 장소가 국외라 하더라도 영세율이 적용된다. 이 사건에 관하여 보건대, 부가가치세에 있어 영세율의 적용은 해당 거래가 부가가치세의 과세대상임을 전제로 하는 것인데, 원고가 공급한 이 사건 물품은 해외 제조업자가 생산한 후 국내에 반입되지 않고 곧바로 멕시코 또는 중국에 소재하는 뉴WWW 현지법인에 인도되었으므로 부가가치세 과세대상 거래에 해당하지 않는다.

• 나) 원고는 해외 제조업자로 하여금 이 사건 물품을 직접점유하게 하면서 점유개정의 방식에 의해 국내에서 이 사건 물품을 인도받고 다시 물품공급계약에 따라 그 목적물반환청구권을 뉴WWW에 양도하였다고 볼 여지가 있으므로 뉴WWW가 국내에서 이 사건 물품을 인도받은 것으로 국내에서의 재화 공급에 해당한다고 주장한다. 그러나 이 사건 물품에 관하여 원고 주장과 같은 방식으로 이 사건 물품의 인도가 이루어졌다고 상정하여 보더라도, 부가가치세법 제19조 제1항 은 재화의 이동이 필요한 경우 재화의 이동이 시작되는 장소를(제1호), 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우 재화가 공급되는 시기에 재화가 있는 장소를(제2호) 각 재화가 공급되는 장소로 규정하고 있는바, 원고 주장의 점유개정이나 목적물반환청구권의 양도 모두 재화의 이동이 필요하지 않은 공급이므로 부가가치세법 제19조 제1항 제2호 에 따라 재화가 있는 장소인 국외에서 이루어진 거래라 할 것이어서 위 주장은 받아들일 수 없다.
• 다) 원고는 설령 구매확인서 발급과정에 하자가 있었다 하더라도 원고로서는 구매확인서의 하자를 알 수 없었으므로 영세율 세금계산서의 발급이 적법하다고 주장한다. 부가가치세제하에서 영세율의 적용은 국제간의 재화 또는 용역의 거래에 있어서 생산·공급 면에서 부가가치세를 과세징수하고 수입국에서 다시 부가가치세를 과세하는 경우의 이중과세를 방지하기 위하여 관세 및 무역에 관한 일반협정(GATT)상의 소비지과세원칙에 의하여 수출의 경우에만 원칙적으로 인정되고, 국내의 공급소비에 대하여는 위 수출에 준할 수 있는 경우로서 그 경우에도 외국환의 관리 및 부가가치세의 징수질서를 해하지 않는 범위 내에서 외화획득의 장려라는 국가정책상의 목적에 부합되는 경우에만 예외적, 제한적으로 인정되는 것이다(대법원 2007. 6. 14. 선고 2005두12718 판결 등 참조). 부가가치세법 제21조 제1항, 제2항 제3호, 구 부가가치세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29535호로 개정되기 전의 것) 제31조 제2항 및 부가가치세법 시행규칙 제21조 제1호, 제2호 1) 에 의하면, 사업자가 기획재정부령으로 정하는 내국신용장 또는 구매확인서에 의하여 공급하는 재화(금지금은 제외한다)인 경우 재화의 수출에 포함되는 것으로 보아 영세율을 적용하고, 여기에서 내국신용장은 ‘사업자가 국내에서 수출용 원자재, 수출용 완제품 또는 수출재화임가공용역을 공급받으려는 경우’에 해당 사업자의 신청에 따라 외국환은행의 장이 개설하는 신용장을, 구매확인서는 대외무역법 시행령 제31조 및 제91조 제11항에 따라 외국환은행의 장이나 전자무역기반사업자가 제1호의 내국신용장에 준하여 발급하는 확인서를 말한다. 내국신용장 또는 구매확인서에 의하여 재화를 공급하는 것을 수출의 범위에 포함하는 것은 국내 거래로서 부가가치세의 과세대상에 해당함에도 수출품을 제조하여 공급하는 것이므로 외화 획득을 장려하는 국가정책상의 목적에서 영세율을 적용하려는 것이고, 위 규정에서의 구매확인서는 내국신용장에 준하여 ‘사업자가 국내에서 수출용 원자재, 수출용 완제품 또는 수출재화임가공용역을 공급받으려는 경우’ 발급된 것이어야 하며, 그와 같이 외화획득용 원료·기재를 구매하려는 자가 부가가치세법에 따른 영세율을 적용받기 위해 구매확인서를 신청·발급받는 것이다. 이러한 영세율 적용에 관한 취지와 관계 법령의 문언, 체계 등에 비추어 볼 때, 부가가치세법 제21조 제2항 제3호 소정의 구매확인서에 의한 재화 공급은 국내에서 수출용 원자재, 수출용 완제품 또는 수출재화임가공용역을 공급하는 거래를 의미한다 할 것이다. 따라서 원고가 구매확인서의 발급 대상이 아님을 알지 못하고 구매확인서를 교부받아 이 사건 물품을 공급하였다 하더라도, 부가가치세의 과세대상에 해당하지 않는 국외이동 거래인 이 사건 물품의 공급거래를 국내에서의 재화 공급거래로 보아 부가가치세의 과세대상에 해당한다고 할 수 없는 것이므로, 이 사건 물품공급에 관한 영세율 세금계산서의 발급은 적법하다고 볼 수 없다.
• 라) 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2. 법인세법상 계산서 발급의무를 이행하였다고 보아야 하는지

• 가) 법인이 재화 등을 공급하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산서나 영수증(이하 ‘계산서등’이라 한다)을 작성하여 공급받는 자에게 발급하여야 하고(구 법인세법 제121조 제1항 전문 2)), 다만 부가가치세법에 따라 세금계산서 또는 영수증을 작성·발급한 경우 등에는 계산서등을 발급한 것으로 보며(구 법인세법 제121조 제6항), 이러한 계산서등발급의무를 위반한 경우 구 법인세법 제76조 제9항 제4호 가목에 따라 공급가액의 100분의 2 상당의 가산세가 부과된다.
• 나) 이 사건에 관하여 보건대, 원고가 거래상대방인 뉴WWW에 영세율 세금계산서를 발급한 사실은 앞서 본 바와 같으나, 구 법인세법 제121조 제6항 의 ‘부가가치세법에 따라 세금계산서 또는 영수증을 작성·발급한 경우’란 법령에 따라 적법한 세금계산서 또는 영수증을 작성·발급한 경우를 의미한다고 보아야 할 것인데, 앞서 살핀 바와 같이 부가가치세의 과세대상이 아닌 이 사건 물품의 공급거래에 대해 발급한 위 영세율 세금계산서는 적법한 세금계산서에 해당하지 아니한다 할 것이므로, 원고가 법인세법상 계산서 발급의무를 이행하였다고 볼 수 없다.
• 다) 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3. 계산서 발급의무를 이행하지 아니한 것에 정당한 사유가 있는지

• 가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 그 의무의 이행을 납세의무자에게 기대하는 것이 무리인 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다고 할 것이다(대법원 2000. 8. 22. 선고 98두17685 판결, 대법원 2005. 11. 25. 선고 2004두930 판결 등 참조).
• 나) 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 원고가 이 사건 물품공급에 관하여 법인세법상 계산서를 발급하지 아니한 데에는 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다 할 것이다.

(1) 구매확인서는 외화획득용 원료·기재를 구매하려는 경우 또는 구매한 경우 외국환은행의 장 또는 전자무역기반사업자가 내국신용장에 준하여 발급하는 증서로서, 부가가치세법 제24조 에 따른 영의 세율을 적용받기 위해 확인을 신청하여 발급받는 것이고, 이를 발급받으려는 자는 수출신용장, 수출계약서, 외화매입(예치)증명서, 내국신용장, 구매확인서, 수출신고필증 등 대외무역법 시행령 제26조 제1항 각 호에 따른 외화획득에 제공되는 물품등을 생산하기 위한 경우임을 입증할 수 있는 서류를 제출하여야 하며, 외국환은행의 장 및 전자무역기반사업자는 산업통상자원부장관으로부터 구매확인서의 발급 및 사후 관리에 관한 권한을 위임·위탁받아 그 업무를 수행한다(대외무역법 제18조 제1항, 제3항, 대외무역법 시행령 제31조, 제91조 제11항, 대외무역관리규정 제2조 제18호, 제36조 제2항 참조). 이 사건에 관하여 보건대, 거래상대방인 뉴WWW는 외국인도수출을 위한 외화획득용 원료·기재를 구매하기 위해 외국환은행의 장에게 구매확인서를 신청하고 원고는 이에 따라 발급된 구매확인서에 의하여 뉴WWW에 이 사건 물품을 공급하였는바, 앞서 살핀 바와 같이 이 사건 물품공급은 부가가치세법이 적용되지 않는 재화의 국외이동 거래에 해당하여 구매확인서의 발급에 하자가 존재한다 할 것이나, 위 구매확인서는 산업통상자원부장관으로부터 권한위임을 받은 외국환은행의 장이 관련 법령에 따른 요건 심사 후 발급한 것이고, 이 사건 물품에 관한 구매확인서가 발급되었음에도 구매확인서의 효력을 부인하고 해당 거래에 대해 영세율 세금계산서가 아닌 법인세법상 계산서를 발급할 것을 기대하기는 어렵다. 따라서 원고가 그 발급에 하자가 있음을 알고 있었다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 부가가치세법에 따른 영세율 세금계산서를 발급한 것은 법령의 부지·착오 등에 의한 것이 아니라 하자 있는 행정행위를 신뢰하였기 때문이라고 할 것이다. 결국 이 사건 물품공급에 관하여 법인세법에 따른 계산서 발급의무를 이행하지 않은 데에 정당한 사유가 인정된다.

(2) 구 법인세법 제76조 제9항 제4호 가목, 제121조 제1항 소정의 계산서미발급가산세에 관한 규정은, 거래상대방과의 유통상 연관 관계에서 볼 때 일방 당사자의 매출액은 곧 그 거래상대방의 지급비용의 합계와 같기 때문에 이를 상호 대조함으로써 근거과세를 확립하고 과세표준을 양성화하려는 데에 그 입법목적이 있다(대법원 2006. 11. 10. 선고 2004두4451 판결, 대법원 2009. 9. 10. 선고 2008두16001 판결 등 참조). 원고는 이 사건 물품공급에 관하여 법인세법에 따른 계산서를 발급하지 않았으나 공급거래에 대해 부가가치세법에 따른 영세율 세금계산서를 발급하였고, 원고가 발급한 영세율 세금계산서는 법인세법에 따른 계산서에 기재되어야 할 사항을 모두 포함하고 있으며, 거래증빙도 성실히 제출하였던 것으로 보인다. 따라서 원고가 이 사건 물품의 공급거래에 관하여 법인세법상 계산서가 아니라 영세율 세금계산서를 발급하였다는 사정만으로 과세관청의 과세자료의 확보 및 과세표준의 양성화를 저해하거나 조세행정상 협력의무를 다하지 않았다고 볼 수 없고, 원고에 대해 계산서미발급가산세를 부과함으로써 계산서미발급가산세 규정에서 의도한 입법목적에 기여하게 된다고 보기도 어렵다.

(3) 원고는 법인세 신고를 하면서 이 사건 물품공급과 관련하여 발생한 수입금액을 포함시켰고, 본세의 탈루나 누락이 발생하지 않았다. 피고는 이 사건 물품공급 거래에 대해 영세율을 적용함으로써 공통매입세액과 관련한 탈루액이 발생하였다고 주장하나, 원고의 주장에 의하면 국내 사업장에서는 이 사건 물품의 공급거래에 대해 단순 서류처리 업무를 지원하였을 뿐으로 공통매입세액 안분계산에 따라 산정한 금액이 약 850만 원에 불과하다는 것이고, 위 금액 산정에 다소의 차이는 있을 수 있으나 원고가 법인세법상 계산서가 아닌 영세율 세금계산서를 발급하게 된 경위나 이 사건 물품공급 규모 등에 비추어 볼 때 부정행위를 통해 위와 같은 정도의 조세를 회피하려는 의도나 목적이 있었다고 보이지 않는다.

• 다) 따라서 원고가 이 사건 물품공급에 관하여 법인세법에 따른 계산서를 발급하지 않았음을 이유로 계산서미발급가산세를 부과한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

그렇다면 원고의 이 사건 각 청구는 이유 있으므로 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 1) 구 부가가치세법 시행규칙(2014. 10. 31. 기획재정부령 제442호로 개정되기 전의 것) 제21조 제1호, 제2호는 내국신용장의 개설기간과 구매확인서의 발급기간에 대해 ‘과세기간이 끝난 후 20일 이내’로 규정하고 있었다는 점 외에는 현행 법령과 동일하다. 2)

2014. 12. 23. 법률 제12850호로 개정된 구 법인세법 제121조 제1항 은 전자세금계산서 발급의무에 관한 후문이 신설된 것으로 그 외에는 개정법률 전후의 규정 내용이 동일하다.