부과제척기간 경과 후 이 사건 출연금을 2013 사업연도 손금으로 재차 산입해줄 것을 요구하는 것은 국세기본법 제15조 신의성실의 원칙에 반한다고 볼 수 있음
부과제척기간 경과 후 이 사건 출연금을 2013 사업연도 손금으로 재차 산입해줄 것을 요구하는 것은 국세기본법 제15조 신의성실의 원칙에 반한다고 볼 수 있음
사 건 서울행정법원-2019-구합-63454 원 고 주식회사 **금융지주 피 고 oo세무서장 변 론 종 결
2020. 4. 2. 판 결 선 고
2020. 5. 7.
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2018. 6. 26. 원고에게 한 2013 사업연도 귀속 법인세 13,277,000,000원의 경정거부처분을 취소한다.
1. 원고는 지분 소유를 통하여 금융업을 영위하는 회사 또는 이와 밀접한 관련이 있는 회사의 지배 및 경영관리 등을 주된 목적으로 하는 금융지주회사이다. 원고는 2010년부터 100% 지분을 보유한 자회사들을 연결자법인으로 하여 법인세법이 규정한 연결납세방식에 따라 법인세를 신고․납부해 오고 있다.
2. 원고의 연결자법인인 구 주식회사 은행(이하 ‘구 은행’이라 한다)과 구 주식회사 aa은행(이하 ‘구 aa은행’이라 한다)은 2002. 12.경 합병하였다.
3. 합병 후 회사인 구 은행은 그후 2015. 9.경 구 주식회사 한국BB은행에 흡수합병되었고, 합병 후 회사인 구 주식회사 은행은 다시 상호를 ‘주식회사 은행’으로 변경하여 현재에 이르고 있다(2002. 12.경 합병 이후 현재까지 존속하는 구 은행을 이하 ‘은행’이라 한다).
1. 구 자산관리공사법 부칙(1997. 8. 22. 법률 제5371호로 제정되어 2006. 12. 30. 개정된 것, 이하 같다)은 제2조 제4항, 제5항을 신설하여, 제2조 제4항에서 부실채권정리기금의 운용기한을 2012. 11. 22.까지로 정하면서, 제5항에서 운용기간 종료 후 3개월 이내에 잔여재산을 출연자인 금융기관에 반환하되 운용기간 종료일 전에도 추정된 잔여재산의 일부를 반환할 수 있다고 규정하였다.
2. 이에 따라 **은행은 부실채권정리기금의 운용기한 종료 전인 2008년부터 2012년까지 11차례에 걸쳐 아래 <표> 기재와 같이 잔여재산 일부를 분배받았다.
1. 2012. 11. 22. 부실채권정리기금 운용기간이 종료됨에 따라 은행은 잔여재산 반환기한인 2013. 2. 22. 한국자산관리공사와 부실채권정리기금 잔여재산 반환약정을 체결하여 분배받은 주식과 수익증권 193억 3,000만 원, 소송유보금 및 청산비용 등 정산을 위하여 에스크로 계좌에 입금한 61억 원 등 합계 254억 3,000만 원(= 193억 3,000만 원 + 61억 원)을 수익으로 계상하였고, 이에 따라 원고는 연결자법인인 은행의 2013 사업연도 소득을 포함하여 연결납세방식에 따라 2013 사업연도 법인세를 신고․납부하였다.
2. 원고는 2015. 1. 27. 피고에게 ‘이 사건 출연금 692억 원은 부실채권정리기금의 잔여재산 가액이 확정되고 그 배분이 완료된 2013 사업연도의 손금에 전부 산입되어야 한다’고 주장하며 2013 사업연도 법인세 감액경정청구를 하였다.
3. 피고는 2018. 6. 26. 이 사건 출연금 중 구 **은행이 부실채권정리기금에 출연한 88억 5,000만 원만 2013 사업연도의 손금으로 인정하여 19억 4,700만 원의 법인세를 감액경정하고 이를 환급하였으나, 이 사건 출연금 중 구 aa은행이 출연한 쟁점출연금 603억 5,000만 원에 대한 법인세 감액경정청구 부분에 대하여는 아무런 통지를 하지 아니함으로써 같은 날 이를 묵시적으로 거부(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.
① 다음 각 호의 금액은 다른 법인의 주주 또는 출자자(이하 "주주등"이라 한다)인 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 다른 법인으로부터 이익을 배당받았거나 잉여금을 분배받은 금액으로 본다.
4. 해산한 법인의 주주등(법인으로 보는 단체의 구성원을 포함한다)인 내국법인이 법인의 해산으로 인한 잔여재산의 분배로서 취득하는 금전과 그 밖의 재산의 가액이 그 주식등을 취득하기 위하여 사용한 금액을 초과하는 금액 제40조(손익의 귀속사업연도)
① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다. ■ 법인세법 시행령 제13조(배당 또는 분배의제의 시기) 법 제16조 제1항에 따라 이익을 배당받았거나 잉여금을 분배받은 날은 다음 각 호의 구분에 따른 날로 한다.
2. 법 제16조 제1항 제4호의 경우: 해당 법인의 잔여재산의 가액이 확정된 날 ■ 구 자산관리공사법 부칙 제2조(기금의 운용기간 등)
④ 기금의 운용은 2012년 11월 22일까지 이를 할 수 있다.
⑤ 기금은 제4항의 규정에 따른 운용기간이 종료되는 날까지 채권 및 차입금의 원리금 상환과 인수자산의 정리 등을 완료하여야 하며, 운용기간 종료 후 3개월 이내에 잔여재산을 제39조 제1항 제1호부터 제3호까지 및 제3호의2에 따른 출연비율 등을 감안한 처리기준에 따라 출연 등을 한 자에게 반환하여야 한다. 다만, 금융위원회가 공적자금상환기금법 제7조 제1항에 따라 기금의 자산과 부채를 실사한 결과 운용기간 종료일에 잔여재산이 있을 것이 확실하고 그 금액을 추정할 수 있는 경우에는 추정된 잔여재산의 일부를 운용기간 종료 전에 반환할 수 있다.
1. 인정 사실 앞서 든 증거들과 갑 제9, 10호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 아래와 같은 사실을 인정할 수 있다.
2. 구체적인 판단 위 인정 사실과 아울러 관계 법령의 취지․체계 등을 종합하여 인정할 수 있는 아래와 같은 사정에 비추어 보면, 쟁점출연금은 2013 사업연도 법인세 소득금액 계산 시 손금에 산입할 수 없다고 봄이 타당한바, 이와 전제가 같은 피고의 이 사건 처분은 적법하고, 이를 다투는 원고의 주장은 이유 없다.
(1) 먼저, 이 사건의 선결적 쟁점으로 부실채권정리기금에 대한 출연금의 손금산입 시기에 관하여 살펴본다. ① 구 자산관리공사법 부칙 제2조 제5항 단서에 따라 구 aa은행이 앞서 본 <표> 기재와 같이 2008 사업연도에 쟁점출연금 603억 5,000만 원을 초과하는 약 1,032억 원의 추정 잔여재산을 반환받은 것은 당초 출연금의 반환이라기보다는 금융위원회가 부실채권정리기금의 자산과 부채를 실사한 결과에 따라 추정된 잔여재산의 일부를 중간 정산․반환한 것에 불과하고 그 지급 여부와 액수 또한 재량에 맡겨져 있다. ② 납세자가 이와 같은 중간 사전 분배금을 조기에 손금산입하게 되면 운용이자 상당의 이득을 취할 수 있기는 하나, 중간 사전 분배금에 대한 익금산입 이외에 그에 상응하는 당초 출연금에 대한 손금산입 여부에 대하여는 과세당국의 명확한 지침이나 입장이 있었던 것은 아니어서 그에 대한 의문을 충분히 가질 수 있었다. ③ 부실채권정리기금의 청산 전 잔여재산 일부를 미리 반환받았다고 하더라도 그에 상응하는 잔여재산 분배청구권이 가분적․확정적으로 소멸한다고 볼 수는 없고 기금의 청산 시 비로소 그 권리가 모두 소멸한다고 해석함이 옳다. ④ 자산과 부채의 실사․출자금과 출자비율 산정의 각 오류가능성에 기한 중간 사전 분배금의 가변적․유동적인 성격 등에 비추어, 중간 사전 분배금을 지급받을 당시 그에 상응하는 당초 출연금 상당의 손금산입 여부가 확정적인 것이라고 평가하기 어렵다.
(2) 위와 같은 사정에 비추어 보면, 부실채권정리기금에 대한 출연금은 신의칙과 조세공평의 원칙 위배 등 특별한 사정이 없는 한 원칙적으로 부실채권정리기금의 운용기간 종료 후 청산하여 그 잔여재산의 가액이 확정된 날(2013. 2. 22.)이 속한 2013 사업연도에 손금으로 최종 귀속된다고 보는 것이 타당하다. 요컨대, 부실채권정리기금에 대한 금융기관의 당초 출연금은 법인세법 제21조 제4호 가 규정한 ‘법령에 따라 의무적으로 납부하는 것이 아닌 공과금’에 준하는 것으로 취급하여 당초 출연한 사업연도 소득금액 계산 시 손금불산입으로 하여 자산으로 계상하였다가, 부실채권정리기금의 운용기간 종료․청산 시 잔여재산의 가액이 최종 확정되는 사업연도에 손금산입하는 것이 타당하고, 이와 달리 당초 출연한 사업연도나 중간 사전 분배금을 지급받은 사업연도를 당초 출연금의 손금산입 시기로 볼 수 없다(따라서 이 사건 출연금이 잔여재산을 반환받을 사법상 권리가 인정되지 않는 공과금으로서 출연 시점인 1997 사업연도의 손금에 해당된다거나, 이 사건 출연금을 초과하는 분배금을 지급받은 시점인 2008 사업연도의 손금에 해당한다는 원고의 관련 주장은 받아들이지 않는다).
(2) 쟁점출연금에 관한 원고의 경정청구에 대하여 앞서 본 출연금의 손금산입 시기에 관한 기본적인 원칙을 그대로 적용할 경우 나타나는 결과는 현저히 부당하다고 평가되므로 이와 달리 취급하는 것이 타당하고, 이와 전제가 다른 원고의 이 부분 주장은 쉽사리 허용되기 어렵다. 그 구체적인 이유는 다음과 같다. ① 원고가 2000 사업연도에 이미 손금으로 귀속시킨 쟁점출연금을 2013 사업연도의 손금으로 귀속시켜야 한다고 주장하면서 앞서 귀속시킨 손금에 대하여는 제척기간 도과로 경정하지 못함을 구실로 이를 그대로 유지하는 한편, 2013 사업연도에 재차 손금산입을 인정해 달라고 주장하는 것은 손금산입 시기를 납세자의 자의적인 의사에 맡기게 되는 것으로 조세정의와 형평의 원칙에 어긋나는 결과를 초래하여 현저히 부당하므로 받아들일 수 없다. 설령 조세회피 의도가 있지 아니하고 단순한 세무조정 누락․오류에 기한 것이었다 할지라도 달리 볼 수 없다. ② 금융기관들이 부실채권정리기금 운용기간 종료 후 잔여재산의 가액이 확정된 때인 2013 사업연도에 당초 출연금을 손금산입하였고 과세관청은 그와 같은 세무처리가 정당한 것으로 인정하여 법인세 감액경정을 한 사실은 인정되나, 해당 금융기관들은 당초 출연금을 부실채권정리기금의 잔여재산 확정 전 사업연도에 손금산입하여 그에 대한 세제상 혜택을 누린 경우가 아니어서 본질적으로 원고와 동일하다고 볼 수 없고, 원고와 달리 취급할 만한 합리적인 사유가 인정된다. ③ 또한 구 aa은행과 구 은행이 2002. 2.경 합병한 후 은행은 구 aa은행의 2000 사업연도 세무조정의 오류를 파악하여 이에 대한 수정신고를 할 수 있었음에도 중대한 과실로 이를 하지 않은 것으로 보이는 이상, 부과제척기간 경과 후 뒤늦게 쟁점출연금을 2013 사업연도 손금으로 재차 산입해줄 것을 요구하는 것은 국세기본법 제15조 신의성실의 원칙, 같은 법 제14조 제2항 과세표준 계산에 관한 실질과세원칙에 반한다고 볼 여지가 충분하다.
(1) 법인세 과세표준 계산은 당해 사업연도에 발생한 익금 총액에서 손금 총액을 공제한 후 먼저 발생한 사업연도의 이월결손금, 비과세소득 및 소득공제액 순으로 공제하는 방식에 의한다. 갑 제1호증의 1(법인세 과세표준 및 세액의 경정청구), 갑 제9호증(구 aa은행 2001 사업연도 자본금과적립금조정명세서)의 각 기재에 의하면, ① 2000 사업연도 이월결손금 발생액은 0원으로 해당 사업연도 손금산입액은 전액 공제처리된 사실, ② 2000 사업연도 및 2002~2004 사업연도의 각 법인세 과세표준은 이월결손금 공제를 통하여 0원으로 신고되었고 2001 사업연도는 손금총액이 익금총액을 초과하여 결손금 1조 930억 원이 발생한 사실, ③ 구 aa은행은 2000 사업연도 법인세 소득금액을 2,670억 원으로 신고하였지만 1997년 발생 이월결손금의 공제로 과세표준과 산출세액이 0원인 사실, ④ 1999 사업연도의 결손금 잔액 약 2조 원이 5년의 공제기한 경과 후인 2013 사업연도까지 잔존한 사실이 인정된다.
(2) 위 인정 사실에 의하면, 원고가 2000 사업연도에 손금산입한 쟁점출연금 603억 5,000만 원은 원고 주장대로 2013 사업연도까지 이월결손금으로 계속 잔존한 것이 아니라, 2000 사업연도 과세표준 계산 시 이미 공제됨으로써 세제상 혜택을 부여받았음을 알 수 있다. 이와 같이 쟁점출연금이 해당 사업연도 과세표준 계산 시 이미 손금에 반영되었다면 설령 거액의 이월결손금이 남아 있어 2000~2002 각 사업연도 법인세 과세표준 및 산출세액에 아무런 변동이 없고 이월결손금 잔액만 변동이 있을 뿐이라고 하더라도 그러한 사정만으로 쟁점출연금의 감액손실 인식 시점(2000년)과 별개로 부실채권정리기금의 잔여재산 가액 확정 시점(2013년)에 재차 손금산입이 가능하다고 볼 수 없다.
(2) 앞서 든 증거들과 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래와 같은 사정을 위 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건에서 피고의 주장이 신뢰보호원칙과 소급과세금지원칙에 위배된다고 할 수 없고, 원고의 위 주장은 이유 없다. 즉 ① 원고가 원용한 “법인 46012-733, 1998. 3. 25.” 유권해석 질의회신(갑 제8호증)의 요지는 ‘부실채권정리기금의 운용종료 후 잔여재산 정도에 따라 당초 출연금보다 부족하게 반환받는 금액은 반환이 확정된 사업연도의 소득금액 계산 시 손금에 산입한다.’는 것이다. 그 반면에, 원고는 쟁점출연금 603억 5,000만 원을 훨씬 초과하여 2008년부터 2013년까지 총 12차례에 걸쳐 합계 약 2,031억 원을 반환받았는바, 전제된 각 사실관계가 근본적으로 다른 이상, 위 질의회신이 이 사건에 적용할 수 있는 과세관청의 공적인 견해표명에 해당한다고 보기는 어렵다. ② 또한 원고는 위 질의회신에 따라 세무처리를 하지 아니하고 잔여재산이 최종 확정되기도 전인 2000 사업연도에 쟁점출연금을 손금산입하였고 2002년경 구 **은행과 구 aa은행 합병 전후 무렵 위와 같은 세무조정상 오류를 경정할 기회가 있었음에도 바로잡지 않았는바, 원고가 위 질의회신에 대하여 보호받을 가치가 있는 정당한 신뢰를 가지게 되었다거나 이에 기초하여 어떠한 행위를 하였다고 볼 수도 없다.
그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
판결 내용은 붙임과 같습니다.