조세특례제한법 제6조 제2항 창업벤처중소기업 세액감면 적용 요건 관련하여, ‘벤처기업 요건을 결여한 경우’에도 세액감면 배제사유에 해당함

사 건 2019구합60950 법인세경정거부처분취소 원 고 주식회사 ○○○○ 피 고 △△세무서장 변 론 종 결

2019. 10. 15. 판 결 선 고

2019. 12. 19.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2017. 7. 25. 원고에 대하여 한 2016 사업연도 법인세 2,755,860,910원의 경정거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 화장품 제조․판매(도소매) 등을 주요사업으로 하는 법인으로 2015. 1. 13. 설립되어 2015. 6. 23. 기술보증기금으로부터 벤처기업육성에 관한 특별조치법(이하 ‘벤처육성법’이라고 합니다) 제25조에 의한 벤처기업확인서(유효기간 2015. 6. 23.부터 2017. 6. 22.까지)를 발급받았다.
• 나. 원고는 2015 사업연도 법인세 과세표준 확정신고를 하면서 구 조세특례제한법(2016. 12. 20. 법률 제14390호로 개정되기 전의 것, 이하 달리 특정하지 않는 한 같다) 및 중소기업기본법의 중소기업기준(연간 매출액 1,000억 원 이하)을 충족하여 구 조세특례제한법 제6조 제2항 에 따라 창업벤처중소기업에 대한 세액감면을 신청하였고, 이에 따라 2015년 사업연도 법인세 산출세액의 50%에 해당하는 세액을 감면받았다.
• 다. 그 후 2015 사업연도에 188억 원이었던 원고의 연간매출액이 2016 사업연도에 이르러 1,122억 원으로 급증하자, 원고는 2016 사업연도에 대한 법인세 신고 시 창업벤처중소기업에 대한 세액감면을 신청하지 않았다가, 2017. 5. 31. 피고에게 2016 사업연도에 대하여도 창업벤처중소기업에 대한 세액감면 규정을 적용하여 달라는 취지의 경정청구를 하였다.
• 라. 피고는 2017. 7. 25. 원고에게 “원고의 경정청구를 검토한 결과, 원고가 조세특례제한법 제6조 제2항 과 제3항, 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 과 제2항 제4호에 따른 중소기업기준 요건을 미충족하고, 이와 같이 중소기업에 해당하지 아니한 경우에는 유예기간 적용에서도 배제된다.”는 이유로 원고의 위 경정청구를 기각하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2017. 8. 18. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 조세심판원은 2019. 1. 7. 원고의 위 청구를 기각하였다. [인정 근거] 다툼이 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 5호증의 각 기재(각 가지번호 포함), 변 론 전체의 취지

• 가. 당사자들 주장의 요지

1. 원고 구 조세특례제한법은 벤처기업의 확인이 취소되는 경우만을 창업벤처중소기업에 대한 법인세 세액감면의 배제사유(이하 ‘배제사유’라 한다)로 정하고 있었으나, 2016. 12. 20. 법률 제14390호로 개정된 구 조세특례제한법(2017. 12. 19. 법률 제15227호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 조세특례제한법’이라 한다)은 제6조 제7항을 신설하여 ‘중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우’를 일반적인 배제사유로 추가하면서 그 구체적인 범위를 시행령에 위임하였다. 이에 2017. 2. 7. 대통령령 제27848호로 개정된 구 조세특례제한법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28636호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 조세특례제한법 시행령’이라 한다) 제5조 제16항은 위 시행령 제2조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 배제사유로 정하였다. 그런데 개정 조세특례제한법 부칙 제2조 제1항은 법인세에 관한 개정 조세특례제한법 제6조 제7항 이 개정 조세특례제한법 시행일인 2017. 1. 1. 이후 개시하는 2017 사업연도부터 적용된다는 점을 명확히 하고 있다. 한편 원고는 벤처기업의 확인이 취소되지 않은 상태로 구 조세특례제한법 제6조 제2항 본문에 따라 5년의 감면기간의 적용을 받아 2016 사업연도에 창업벤처중소기업에 대한 세액감면 요건을 충족하고 있었으므로, 피고가 개정 조세특례제한법 및 그 시행령에서 추가된 배제사유를 들어 이 사건 처분을 한 것은 소급과세로서 국세기본법 제18조 제2항 에 반하여 위법하다.

2. 피고 조세특례제한법 및 동법 시행령의 체계상, 조세특례제한법 시행령 제2조 는 중소기업의 기준을 정하는 일반규정에 해당하는바, 원고는 개정 조세특례제한법은 물론 구 조세특례제한법에 따를 경우에도 2016 사업연도에 창업벤처중소기업에 대한 세액감면적용대상에 해당하지 아니하므로, 이 사건 처분은 소급과세 금지 원칙에 반하지 아니한다.

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 조세특례제한법이 2016. 12. 20. 법률 제14390호로 개정되어 2017. 1. 1.부터 시행되면서 신설된 개정 조세특례제한법 제6조 제7항 은 ‘대통령령으로 정하는 사유에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 해당 사유 발생일이 속하는 과세연도부터 감면하지 아니한다’고 규정함으로써 배제사유를 추가하면서 그 구체적인 범위를 시행령에 위임하였는데, 이에 조세특례제한법 시행령이 2017. 2. 7. 대통령령 제27848호로 개정되어 같은 날 시행되면서 신설된 개정 조세특례제한법 시행령 제5조 제16항 은 위 ‘대통령령으로 정하는 사유’란 같은 법 시행령 제2조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다고 규정함으로써 위 시행령 제2조 제2항 제4호의 ‘창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준(중소기업기본법 시행령 [별표 1]에 따른 규모 기준)을 초과하는 경우’가 배제사유의 하나로 명시적으로 추가되었다.

2. 위와 같은 조세특례제한법령의 개정에도 불구하고, 조세특례제한법 및 관련 법령의 체계와 연혁 및 문언에서 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하면, 원고에 대한 2016 사업연도 법인세 세액감면의 전제가 되는 창업벤처중소기업이란 개정 조세특례제한법의 소급 적용 여부와 무관하게 구 조세특례제한법 제5조 제1항, 구 조세특례제한법 시행령(2017. 2. 7. 대통령령 제27848호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제1항 제1호가 ‘중소기업’의 요건으로 정하고 있는 중소기업기준을 충족할 것을 전제로 하고 있다고 봄이 타당하다. 따라서 원고가 2016 사업연도에 이르러 위 중소기업기준을 충족하지 못하였을 뿐만 아니라 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 제4호 의 중소기업 유예기간 미적용 대상 기업에도 해당하게 됨이 명백한 이상, 이제 창업벤처중소기업으로서 세액감면을 받을 수는 없다고 할 것이다. 원고의 주장은, 이와 같이 구 조세특례제한법 및 그 시행령에 따라 2016 사업연도 법인세에 대한 세액감면을 받을 수 없는 지위에 있던 원고가 그 이후 시행되는 개정 조세특례제한법과 그 시행령 및 부칙의 규정을 근거로 다시 2016 사업연도 법인세에 대한 세액감면을 받게 된다고 보아야 한다는 취지이나 관련 법령에 대한 타당한 해석으로 볼 수 없어 받아들이지 않는다.

① 구 조세특례제한법은 제2장 제1절의 ‘중소기업에 대한 조세특례’라는 제목 아래 첫 조문인 제5조 제1항에서 중소기업에 관하여 처음 언급하면서 “대통령령으로 정하는 중소기업(이하 ‘중소기업’이라 한다)”이라고 하여 이후 조문에서 언급되는 중소기업은 대통령령인 구 조세특례제한법 시행령에서 정하는 중소기업임을 분명히 밝히고 있다.

② 위 중소기업 규정과 같은 절에 규정된 구 조세특례제한법 제6조 제3항 은 감면대상이 되는 창업벤처중소기업의 범위에 관하여 “다음 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한다.”고 규정하고 있는바, 구 조세특례제한법 제6조 제2항, 제3항에서 정하는 창업벤처중소기업 역시 조세특례제한법 제5조 제1항 에서 약칭하기로 한 중소기업, 즉 대통령령인 조세특례제한법 시행령으로 정하는 중소기업이어야 함을 전제로 하고 있다.

③ 창업벤처중소기업에 대한 세액감면 규정은 아래와 같이 제정 및 개정되었다. 위 표에서 본 바와 같이 조세감면규제법이 창업벤처중소기업에 대한 세액감면규정을 제6조 제1항 제3호로 제정할 당시에는 창업벤처중소기업이 조세감면규제법 제4조에서 약칭하기로 한 ‘조세감면규제법 시행령에서 정하는 중소기업’이어야 함을 전제로 하고 있었고, 이후 조세감면규제법이 폐지되고 1998. 12. 28. 법률 제5584호로 조세특례제한법이 제정되면서 제4조에서 위와 같은 창업벤처중소기업에 대한 세액감면 규정을 그대로 두어 창업벤처중소기업은 위 조세특례제한법 제4조 에서 약칭하기로 한 ‘ 조세특례제한법 시행령에서 정하는 중소기업’이어야 함을 여전히 전제로 하고 있었다. 한편, 이후 1999. 8. 31. 법률 제5996호로 개정된 구 조세특례제한법은 수도권의 경우 창업중소기업에 대한 세액감면을 받을 수 있는 벤처기업의 범위를 벤처기업전용단지 또는 벤처기업집적시설에서 창업하는 기업으로 한정하던 것을 폐지하면서 제6조 제2항을 신설하였는바, 위 신설 과정에서 창업벤처중소기업이 조세특례제한법 시행령에서 정하는 중소기업이어야 한다는 문구가 사라졌으나, 연혁상 이는 창업벤처중소기업이 당연히 조세특례제한법 시행령에서 정하는 중소기업에 해당한다는 점을 반영하여 이를 삭제한 것이라고 보인다.

④ 한편 원고는 개정 조세특례제한법의 개정취지 등이 개정 조세특례제한법 제6조 제7항, 개정 조세특례제한법 시행령 제5조 제16항 을 창설적 규정으로 설명하고 있다고 주장하나, 원고가 그 근거로 들고 있는 갑 제4호증(2017 개정세법 해설)의 기재는 개정 조세특례제한법 제7항 등이 신설되었다는 개정내용을 단순 기재한 것에 불과하고, 달리 위 신설 규정들이 새로운 배제사유를 창설적으로 추가한 것임을 인정할 만한 자료가 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.