원고의 이 사건 용역은 수익사업에 해당하고 이 사건 용역을 일시적으로 공급하였다거나 실비 또는 무상으로 공급하였다고 볼 수 없으므로 부가가치세 면제 대상이 아니며, 이 사건 용역 관련 매입세액의 발생 전에 적법한 사업자등록신청을 하였다 할 것이므로 사업자등록 전 매입세액에 해당되지 않음
원고의 이 사건 용역은 수익사업에 해당하고 이 사건 용역을 일시적으로 공급하였다거나 실비 또는 무상으로 공급하였다고 볼 수 없으므로 부가가치세 면제 대상이 아니며, 이 사건 용역 관련 매입세액의 발생 전에 적법한 사업자등록신청을 하였다 할 것이므로 사업자등록 전 매입세액에 해당되지 않음
사 건 2019구합59684 부가가치세부과처분등취소 원 고 AAAA 피 고 〇〇세무서장 외 1 변 론 종 결 2020.05.28 판 결 선 고 2020.08.11
1. 원고의 피고 BBB지방국세청장에 대한 소를 각하한다.
2. 피고 CCC세무서장이 2013. 6. 10. 및 2013. 10. 21. 원고에 대하여 한 별지1 목록 ‘부가가치세(본세)’란 기재 각 부과처분을 모두 취소한다.
3. 소송비용 중 원고와 피고 CCC세무서장 사이에 생긴 부분은 피고 CCC세무서장이,원고와 피고 BBB지방국세청장 사이에 생긴 부분은 원고가 각 부담한다. 청 구 취 지 주문 제2항 1) 및 피고 BBB지방국세청장이 2018. 1. 10. 원고에 대하여 한 세무조사 결과통지를 취소한다.
1. EEE시는 1983년경부터 집단에너지사업법에 따라 FFF 및 GGG 등에서 다수의 사용자에게 열 또는 열과 전기를 생산·공급하는 집단에너지 공급사업을 다른 기관에 위탁하여 시행하였고, 2002. 1. 1.부터 지방자치법 제104조 제3항 및 구‘EEE시 집단에너지공급사업의 시행 및 업무의 위탁에 관한 조례’(2015. 10. 8. EEE시 조례 제6016호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘위탁조례’라 한다)에 따라 원고 ‘집단에너지 공급사업 업무 위·수탁 협약’(이하 ‘위탁협약’이라 한다)을 체결하여 원고에게 관련 업무를 위탁하였다.
2. 원고는 HHH에 집단에너지사업단(이하 ‘사업단’이라 한다)을 설치하여 2002. 1. 1.부터 위탁받은 집단에너지 공급사업의 관리업무를 수행(이하 ‘이 사건 용역’이라 한다)하면서 2006년부터 2012년까지 EEE시로부터 아래 표 기재 사업비를 수취하였는데, 원고의 사업단은 위 사업을 면세사업으로 보아 부가가치세를 신고하지 않았고, 원고의 본점에서 인건비 및 경비의 3% 상당액인 위탁수수료 부분을 과세표준으로 하여 부가가치세를 신고하여 왔다. <표 생략>
1. 피고 BBB지방국세청장은 2013. 1. 21.부터 2013. 5. 10.까지 원고에 대한 법인세 정기 통합조사를 실시한 다음, 원고가 EEE시로부터 집단에너지 공급사업 대행용역을 포괄적으로 위탁받으면서 2006년 제1기부터 2012년 제2기까지의 부가가치세 과세기간 중 공급가액 0조 0,000억 원 상당(위탁수수료를 제외한 사업비)을 부가가치세과세표준에서 누락하였다고 보아 관련 과세자료를 통보하였고, 피고 CCC세무서장은2013. 6. 10. 및 2013. 10. 21. 원고에게 별지1 기재와 같이 2006년 제1기 내지 2012년 제2기 부가가치세(각 가산세 포함) 합계 000,000,000,000원을 부과·고지하였으며(이하 ‘당초 부과처분’이라 한다), 그 무렵 III세무서장은 원고의 본점 부가가치세 과세표준에 포함된 위탁수수료 부분에 관한 부가가치세 합계 000,000,000원을 환급하였다.
2. 원고는 당초 부과처분에 불복하여 2013. 12. 6. 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2017. 12. 7. 다음과 같은 재조사 결정(조심 2014서307, 이하 ‘이사건 재조사 결정’이라 한다)을 하였다. 피고 CCC세무서장이 2013. 6. 10. 원고에게 한 당초 부과처분은, 원고가 사업단과 관련하여 구 부가가치세법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17041호로 개정된 것) 제37조 제1호, 같은 법 시행규칙 제11조의5 제1항에서 규정하고 있는 ‘비영리법인’의 사업으로서 그 고유의 사업목적을 위하여 ‘실비’로 공급하는 재화·용역에 해당하는지 여부 및 원고의 사업자등록 경위와 재정경제부장관의 질의회신(재소비제세과-288, 2004. 3. 15.) 경위 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.
1. 피고 BBB지방국세청장은 2018. 1. 5.부터 2018. 1. 9.까지 재조사를 마친 후 2018. 1. 10. 원고에게 ‘조세심판원 2014서307 결정에 따른 재조사 결과 당초 과세가정당하다’는 세무조사 결과통지(이하 ‘이 사건 세무조사 결과통지’라 한다)를 하였다.
2. 원고는 2018. 2. 9. 재차 피고 CCC세무서장을 상대로 조세심판원에 심판청구를제기하여 당초 부과처분의 취소를 구하였고, 조세심판원은 2018. 12. 21. ‘당초 부과처분은 무신고·납부불성실·미등록 및 세금계산서미교부 가산세를 부과하지 아니하는 것으로 하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다’는 일부 인용결정을 하였다[이하 당초 부과처분 중 위와 같이 취소되고 남은 별지1 목록 각 ‘부가가치세(본세)’란 기재 각 부과처분을 ‘이 사건 부과처분’이라 한다].
2. 원고의 피고 BBB지방국세청장에 대한 소의 적법 여부
3. 이 사건 부과처분의 적법 여부
1. 이 사건 부과처분은 이 사건 재조사 결정의 기속력에 반하는 것으로 위법하다.
2. 원고는 EEE시로부터 집단에너지 공급사업에 필요한 사무 처리를 위탁받아 수행하였고, 위탁수수료를 제외한 나머지 사업비는 위 공급사업에 소요되는 비용으로서 EEE시의 지출을 대행한 것에 불과하므로, 경제적 관점에서 이 사건 용역의 공급과 대가관계에 있지 아니하여 부가가치세의 과세표준에 포함될 수 없다.
3. 원고가 EEE시로부터 위탁받아 수행한 집단에너지 공급사업은 공익을 목적으로 하는 사업에 해당하고 EEE시로부터 실비를 변상받았을 뿐이므로, 이 사건 용역은 구 부가가치세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제37조 제1호, 구 부가가치세법 시행규칙(2013. 6. 28. 기획재정부령 제355호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제11조의5 제1항에 따른 부가가치세 면제 대상에 해당한다.
4. 원고는 2002. 4. 18. 과세사업자로서 사업자등록을 마쳤으므로, 그 후 사업자등록 정정이 이루어졌다 하더라도 이 사건 용역 관련 매입세액을 사업자등록 전 매입세액으로 보아 공제하지 않은 것은 위법하다.
5. 원고가 EEE시로부터 위탁협약 제12조에 따라 지급받은 위탁수수료는 본점의 일반회계에 귀속되었고 원고의 본점이 당사자로서 위탁협약을 체결하였으므로 위탁수수료 부분은 원고가 당초 신고·납부한 바와 같이 본점 사업장의 과세표준에 포함되어야 한다. 따라서 이 사건 부과처분 중 위탁수수료에 관한 부분은 사업장별 과세원칙에 위반한 것으로 위법하다.
6. 피고 CCC세무서장은 2003년 원고에게 부가가치세를 환급함으로써 이 사건 용역이 부가가치세 면제 대상이라는 공적인 견해표명을 하였고, 그 후 원고의 사업자등록정정신고를 수리하여 면세사업자용 사업자등록증을 발급한 후 이 사건 부과처분이 있기 전까지 10년 이상 원고의 부가가치세 면세 신고에 대해 시정지시 없이 신고 내용대로 접수하여 왔으며, 원고는 이를 신뢰하여 EEE시로부터 사업비에 대한 부가가치세를 거래징수하지 않았으므로, 이 사건 부과처분은 신의성실의 원칙에 반하여 위법하다.
1. 국세기본법은 제81조에서 심판청구에 관하여 심사청구의 결정에 대한 제65조를준용하고, 제80조 제1항, 제2항에서 ‘제81조에서 준용하는 제65조에 따른 결정은 관계행정청을 기속하고, 심판청구에 대한 결정이 있으면 해당 행정청은 결정의 취지에 따라 즉시 필요한 처분을 하여야 한다’고 규정하고 있으며, 제65조 제5항 본문은 같은 조 제1항 제3호 단서에 따른 재조사 결정이 있는 경우 ‘처분청은 재조사 결정일로부터 60일 이내에 결정서 주문에 기재된 범위에 한정하여 조사하고, 그 결과에 따라 취소ㆍ경정하거나 필요한 처분을 하여야 한다’고 규정하고 있다.
2. 이 사건에 관하여 보건대, 원고가 당초 부과처분에 불복하여 2013. 12. 6. 조세심판원에 심판청구를 한 사실, 조세심판원은 2017. 12. 7. ‘원고가 사업단과 관련하여비영리법인의 사업으로서 그 고유의 사업목적을 위하여 실비로 공급하는 재화·용역에해당하는지 여부 및 원고의 사업자등록 경위와 재정경제부장관의 2004. 3. 15.자 질의회신 경위 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다’는 이 사건재조사 결정을 한 사실은 앞서 본 바와 같고, 을 제15, 17 내지 19, 22, 23호증의 각기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, BBB지방국세청에서는 이 사건 재조사 결정이있은 후 2017. 12. 19. 원고에게 세무조사 사전통지서를 송달하고, 2018. 1. 5. 원고에게 이 사건 용역이 공익법인이 공급하는 면세용역에 해당하는지 여부와 관련 매입세액에 대해 등록 전 매입세액으로 공제하지 않은 것 등에 대한 의견 및 장부·서류 등 자료의 제출을 요구하였으며, 원고는 2018. 1. 9. BBB지방국세청에 원고의 사업자등록과 재정경제부장관의 2004. 3. 15.자 질의회신 경위 등에 관한 사실관계 및 위 각 쟁점에 대한 의견 등이 담긴 의견서를 제출한 사실, 한편 BBB지방국세청은 이 사건 재조사 결정 당시 원고의 2012년, 2014년, 2015년 사업연도 귀속 법인세에 대한 정기세무조사를 하고 있었고, 2018. 1. 9. 과세사실판단자문위원회로부터 원고가 당초 부과처분에 따라 납부하고 EEE시에 대한 장기대여금으로 회계처리한 부가가치세(가산세 포함) 000,000,000,000원이 법인세법 제28조 제1항 제4호 (나)목 소정의 업무무관 가지급금에 해당한다는 의결결과를 통보받은 사실, BBB지방국세청은 2018. 1. 9. 다음과 같은 조사 내용을 들어 당초 부과처분이 정당하다고 보아 위 세무조사를 종결한 사실이 인정된다. 재조사 결정 취지 조사 내용 집단에너지 공급사업 대행용역이 공익법인이 공급하는 면세용역 해당 여부 원고는 공익법인에 해당하지 않고, 공급대가가 실비 상당액을 초과하므로 재화용역에 해당함 등록 전 매입세액에 해당하여 부가가치세 불공제 여부 면세사업자 등록기간 매입세액은 등록 전 매입세액에 해당함 가산세 감면의 정당한 사유 해당 여부 공익법인에 해당하지 않는다는 회신에도 불구하고 사업자등록 정정 해태
3. 위 인정사실에 의하면, 이 사건 재조사 결정은 과세관청으로 하여금 원고의 집단에너지 공급사업이 구 부가가치세법 시행규칙 제11조의5 제1항 소정의 면세사업에 해당하는지, 이 사건 용역과 관련한 원고의 매입세액이 구 부가가치세법(2013. 1. 1. 법률 제11608호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제2항 제7호 소정의 사업자등록 전 매입세액 해당하는지 등에 관한 과세요건사실을 재조사하여 그 결과를 반영하라는 것에 불과하고, 당초 부과처분을 원고에게 유리하게 변경하라는 취지로 보기 어려우므로, 과세관청이 재조사 결과 이 사건 부과처분이 정당하다고 보아 이를 그대로 유지하였다는 이유만으로 이 사건 재조사 결정의 기속력에 반한다고 볼 수 없다.
4. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
1. 구 부가가치세법 제13조 제1항 은 재화 또는 용역의 공급에 대하여 금전으로 대가를 받는 경우 그 대가를 부가가치세의 공급가액으로 규정하고, 구 부가가치세법 시행령 제48조 제1항 은 부가가치세의 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금·요금·수수료 기타 명목 여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함한다고 규정하고 있다. 부가가치세법은 부가가치 창출을 위한 ‘재화 또는 용역의 공급’이라는 거래 그 자체를 과세대상으로 하고 있을 뿐 그 거래에서 얻은 소득이나 부가가치를 직접적인 과세대상으로 삼고 있지 않다. 이와 같이 우리나라의 부가가치세는 실질적인 소득이 아닌 거래의 외형에 대하여 부과하는 거래세의 형태를 띠고 있으므로, 부가가치세법상 납세의무자에 해당하는지 여부 역시 원칙적으로 그 거래에서 발생한 이익이나 비용의 귀속이 아니라 재화 또는 용역의 공급이라는 거래행위를 기준으로 판단하여야 한다(대법원 2017. 5. 18. 선고 2012두22485 전원합의체 판결 등 참조).
2. 앞서 든 증거들에 갑 제10 내지 16, 29 내지 34호증, 을 제24 내지 26, 29 내지31호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 다음과 같은 사실이 인정된다.
(1) 원고는 매년 수탁업무의 시행계획을 작성하여 EEE시장의 승인을 얻어 시행하여야 하고, 매 회계연도 개시 전 수탁업무에 대한 총수입과 총지출을 예산안으로 편성하여 EEE시장의 승인을 얻어야 하며, 매 회계연도 경과 후 3월 이내에 수탁업무에 대한 결산서를 작성하여 EEE시장에게 제출하여야 한다(위탁조례 제4조 제2항, 제7조 제2항, 제3항, 제4항).
(2) 원고는 위탁받은 업무와 관련하여 시설관리·운영계획서, 건설계획서 및 예산서(이하 ‘예산서 등’이라 한다)를 작성하여 매 회계연도 개시 4월 전까지 EEE시에 제출하여 승인을 받고, 예산서 등에 대한 운용 및 지출에 관하여 책임을 지며, 위탁업무에 대한 결산보고서, 재산목록, 대차대조표, 손익계산서 등의 결산서에 공인회계사의 감사보고서를 첨부하여야 한다(위탁협약 제8조 제1항, 제4항, 제11조 제1항, 제2항). 사업비는 예산배정금액 범위 내에서 매월 지급하며, 회계연도가 종료된 때에는 집행한 사업비를 정산하고 잔액은 반납한다(업무처리지침 제10조).
(3) EEE시는 원고에게 공급업무와 관련된 인건비와 일반경비 합계액의 3%를위탁수수료(부가가치세 별도)로 지급하고, 그 위탁수수료는 원고가 지정하는 계좌에 다른 위탁사업비와 구분하여 지급한다. EEE시는 원고로부터 결산서를 제출받은 후 3개월 이내에 위탁업무 전반에 대하여 경영실적을 평가할 수 있고, 경영실적 평가 결과에 따라 익년도 예산 범위 내에서 성과금을 지급할 수 있다(위탁협약 제12조 제1항,제2항, 제16조 제1항, 제2항).
(4) EEE시장은 원고의 수탁업무를 지도하기 위하여 처리지침을 시달하고 그이행 여부를 감독할 수 있으며 업무상 필요한 명령을 할 수 있고(위탁조례 제8조 제1항), 원고는 위탁받은 업무를 수행함에 있어 관계법규와 명령, 위탁협약에서 정한 사항및 업무처리지침을 준수하고 경영개선을 위하여 지속적으로 노력하여야 하며, 매 회계연도 개시 후 EEE시에 경영개선 계획을 포함한 사업시행계획서를 제출하여 승인을 받아야 한다(위탁협약 제8조 제2항, 제13조 제1항).
3. 위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 원고가 EEE시로부터 지급받은 사업비는 위탁받은 집단에너지 공급사업 관리업무를 수행하며 공급한 이 사건 용역의 대가로서 부가가치세의 과세표준이 된다 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
1. 구 부가가치세법 제12조 제1항 제17호 는 부가가치세 면제 대상의 하나로 ‘종교,자선, 학술, 구호, 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것’을 규정하고 있고, 그 위임에 따른 구 부가가치세법 시행령 제37조 는 “법 제12조 제1항 제17호에서 ‘대통령령으로 정하는 것’이란 다음 각 호의 것을 말한다.”고 규정하면서 제1호에서 ‘주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 상속세 및 증여세법 시행령 제12조 각호의 1에 규정하는 사업 또는 기획재정부령이 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역‘을 규정하고 있으며, 구 부가가치세법 시행규칙 제11조의5 제1항 은 “영 제37조제1호에서 ’기획재정부령이 정하는 사업‘이라 함은 비영리법인의 사업으로서 종교·자선·학술·구호·사회복지·교육·문화·예술 등 공익을 목적으로 하는 사업을 말한다.”고 규정하고 있다. 따라서 위 각 규정에 의한 부가가치세 면제 대상이 되기 위해서는 재화 또는 용역을 공급하는 단체가 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 구 부가가치세법 시행규칙 제11조의5 제1항 이 규정하는 사업을 하는 단체이어야 하고, 공급하는 재화 또는 용역이 그 단체 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하는 것이거나 실비 또는 무상으로 공급하는 것에 해당하여야 한다.
2. 앞서 인정한 사실에 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들에의하면, 이 사건 용역은 구 부가가치세법 제12조 제1항 제17호, 구 부가가치세법 시행령 제37조 제1호, 구 부가가치세법 시행규칙 제11조의5 제1항 소정의 부가가치세 면제 대상에 해당한다고 할 수 없다.
1. 부가가치세법상의 사업자등록은 과세관청으로 하여금 부가가치세의 납세의무자를 파악하고 그 과세자료를 확보하게 하려는 데 제도의 취지가 있는바, 이는 단순한 사업사실의 신고로서 사업자가 관할세무서장에게 소정의 사업자등록신청서를 제출함으로써 성립하는 것이고, 사업자등록증의 교부는 이와 같은 등록사실을 증명하는 증서의 교부행위에 불과한 것이며, 과세관청의 사업자등록 말소행위도 폐업사실의 기재일 뿐 그에 의하여 사업자로서의 지위에 변동을 가져오는 것이 아니다(대법원 2011. 1. 27. 선고 2008두2200 판결 등 참조). 그리고 구 부가가치세법 제17조 제2항 제7호 본문은 ‘제5조 제1항 또는 제2항에 따른 등록을 하기 전의 매입세액’을 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액으로 규정하고 있는바, 여기서 ‘제5조 제1항에 따른 등록을 하기 전의 매입세액’이라 함은 적법한 등록신청을 하기 전의 매입세액이라고 보아야 할 것이다(대법원 2003. 11. 27. 선고 2002두318 판결 등 참조).
2. 갑 제18 내지 28호증, 을 제6, 8 내지 11호증의 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음과 같은 사실이 인정된다.
3. 앞서 본 법리에 비추어 살피건대, 위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 용역과 관련한 매입세액은 원고가 부가가치세법에 따른 적법한 등록신청을 한 이후의 매입세액에 해당한다 할 것이고, 원고가 2003. 6. 12.자 사업자등록 정정신고를 하고 면세사업자용 사업자등록증을 교부받았다는 사정만으로 사업자등록 전 매입세액에 해당한다고 볼 수 없다.
4. 따라서 피고 CCC세무서장이 이 사건 부과처분을 함에 있어 이 사건 용역 관련 매입세액이 구 부가가치세법 제17조 제2항 제7호 본문의 사업자등록 전 매입세액에 해당한다고 보아 공제하지 아니하고 이 사건 용역의 공급가액을 부가가치세의 과세표준으로 삼은 것은 위법하므로, 이를 지적하는 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.
1. 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고는 2002. 1. 1. EEE시로부터 집단에너지 공급사업의 관리업무를 위탁받으면서 위탁조례 제8조 제2항 및 업무처리지침 제4조에 따라 HHH에 사업단을 설치하였고, 사업단이 위탁조례, 위탁협약 및 업무처리지침 등에 따라 EEE시로부터 위탁받은 집단에너지 공급사업의 관리업무를 수행하여 온 사실이 인정되는바, 원고가 EEE시로부터 지급받은 위탁수수료는 사업단이 집단에너지 공급사업의 관리업무를 수행하면서 이 사건 용역을 공급하는 대가로 발생한 매출이라 할 것이므로, 관할 과세관청은 원고 사업단 사업장 소재지를 관할하는 피고 CCC세무서장이라 할 것이다.
2. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
1. 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다. 과세관청이 비과세대상에 해당하는 것으로 잘못 알고 일단 비과세결정을 하였으나 그 후 과세표준과 세액의 탈루 또는 오류가 있는 것을 발견한 때에는 이를 조사하여 결정할 수 있다(대법원 1991. 10. 22. 선고 90누9360 전원합의체 판결 등 참조). 그리고 과세관청이 과거의 언동을 시정하여 장래에 향하여 처분하는 것은 신의성실의 원칙이나 소급과세금지의 원칙에 위반되지 않는다(대법원 2009. 12. 24. 선고 2008두15350 판결 등 참조). 또한 과세관청이 사업자의 신청에 따라 면세사업자용 사업자등록증을 교부한 행위만으로는 부가가치세의 과세에 관하여 어떤 공적인 견해를 표명한 것이라고 할 수 없을 뿐 아니라 과세관청으로부터 부가가치세 면세사업자용 사업자등록증을 교부받은 납세자가 자신이 부가가치세 면세사업자라고 신뢰하였다고 하더라도 납세자가 그와 같이 신뢰한 데에 납세자에게 귀책사유가 없었다고 할 수 없고(대법원 1995. 9. 29. 선고 95누7376 판결 등 참조), 면세사업자로서 한 부가가치세 예정신고 및 확정신고를 받은 행위만으로는 세무서장이 납세의무자에게 그가 영위하는 사업에 관하여 부가가치세를 과세하지 아니함을 시사하는 언동이나 공적인 견해를 표명한 것이라 할 수 없다(대법원 2000. 2. 11. 선고 98두2119 판결 등 참조).
2. 피고 CCC세무서장이 2003. 6. 9. 원고의 2002년 제1기, 제2기 부가가치세에 대해 환급결정을 한 사실, 원고가 2003. 6. 12. 사업자등록 정정신고서를 제출하자 피고CCC세무서장이 원고에게 면세사업자용 사업자등록증을 교부한 사실은 앞서 본 바와 같고, 을 제12 내지 14호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고는 2003. 3. 31. 택지개발 대행사업에 관하여 공급한 용역이 부가가치세 면제 대상에 해당한다는 이유로 감사원에 부가가치세의 환급 조치를 요청하는 고충민원을 제기한 사실, 감사원장은 국세청장에게 위 고충민원을 이송하였고, 국세청장은 2003. 5. 7. 재정경제부장관에게 지방공사의 지방자치단체 대행사업 면세 여부에 대해 질의하였는데, 재정경제부장관은 2004. 3. 15. “원고는 부가가치세법 제12조 제1항 제16호 및 구 부가가치세법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17041호로 개정되기 전의 것) 제37조 제1호에서 규정하는 ‘주무관청에 등록된 종교·자선·학술·구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체’에 해당하지 아니한다.“고 회신한 사실이 인정된다.
3. 살피건대 피고 CCC세무서장이 2003. 6. 9. 원고의 직권취소 요청을 받아들여2002년 제1기, 제2기 부가가치세에 대해 환급결정을 한 것은 원고의 사업단이 집단에너지 공급사업의 관리업무를 수행하면서 공급한 용역을 부가가치세의 면제 대상이라고잘못 판단한 데에 기인한 것으로 보이나, 그러한 사정만으로 원고 사업단의 집단에너지 공급사업 수행과 관련하여 원고에게 부가가치세를 부과하지 않겠다는 어떠한 공적인 견해를 표명한 것이라고 할 수 없고, 설령 이를 묵시적으로 부가가치세 비과세의 의사를 표시한 것으로 볼 수 있다 하더라도 원고가 부가가치세 면제 대상인 용역을 공급하는 공익 목적 단체에 해당하지 않는다는 재정경제부장관의 2004. 3. 15.자 회신 이후 이루어진 이 사건 용역의 공급에 관하여 부가가치세를 부과하는 것까지 포함된다고 보기 어렵다. 또한 피고 CCC세무서장이 원고의 2003. 6. 12.자 사업자등록 정정신고에 응하여 부가가치세 면세사업자용 사업자등록증을 교부하고 수년간 원고의 부가가치세 면세 신고를 받았다는 사정만으로는 원고의 이 사건 용역 공급에 대해 부가가치세를 과세하지 않겠다는 공적인 견해를 표명하였다고 볼 수 없고, 원고가 부가가치세 면세사업자라고신뢰하였다 하더라도 그와 같이 신뢰한 데에는 원고에게 귀책사유가 있다.
4. 결국 원고가 주장하는 사정만으로는 이 사건 부과처분이 신의성실의 원칙에 위배된다고 할 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
1. 과세처분 취소소송에서 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에따라 판단하는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결 시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 할 것이지만, 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결, 대법원 2015. 9. 10. 선고 2015두622 판결 등 참조).
2. 위에서 살핀 바와 같이 이 사건 용역 관련 매입세액은 원고가 적법하게 사업자등록을 신청한 이후의 매입세액에 해당하므로 매출세액에서 공제되어야 함에도 이 사건 부과처분은 이를 공제하지 아니하고 이 사건 용역의 공급가액을 부가가치세의 과세표준으로 하여 이루어졌으므로 위법하다. 나아가 이 사건에서 제출된 자료만으로는 각 부가가치세 과세기간별로 해당 매입세액을 공제한 과세표준에 따른 정당한 세액을 산출할 수 없으므로 이 사건 부과처분은 그 전부를 취소할 수밖에 없다.
그렇다면 원고의 피고 BBB지방국세청장에 대한 소는 부적법하므로 이를 각하하고, 원고의 피고 CCC세무서장에 대한 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다. 1) 원고는 소장에서 처분일을 ‘2013. 6. 10.’로 특정하였으나, 갑 제2호증의 1 내지 14의 각 기재에 의하면 오기임이 명백하므로 이를 정정한다.
판결 내용은 붙임과 같습니다.