원고의 2차분 기술료 인센티브에 대한 권리는 기술이전 대상기업으로부터 2차분 기술료를 지급받은 2017년 이후에야 성숙ㆍ확정되었다고 보아야 함

사 건 2019구합59271 소득세경정거부처분취소 원 고 심AA 피 고 서초세무서장 변 론 종 결

2019. 8. 13. 판 결 선 고

2019. 10. 17.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2018. 6. 15. 원고에 대하여 한 2017년 귀속 종합소득세 169,745,285원에 관한 경정거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 한국○○○○○○원(이하 ‘BBBB’라고 한다) 소속 교수 겸 연구원으로서, 다른 교직원들(이하 원고를 포함하여 ‘이 사건 발명자들’이라 한다)과 함께 고형암 표적치료제 후보물질인 ‘단백질 키나아제 저해활성을 갖는 비시클릭 헤테로아릴 유도체’를 발명하였고, BBBB와 CCCC 주식회사는 xxxx. x. x. 공동으로 위 발명에 대한 특허 출원․등록을 마쳤다(이하 ‘이 사건 특허’라 한다).
• 나. BBBB는 xxxx. xx. x. 한DDDDD 주식회사(이하 ‘한DDDDD’라 한다)와 사이에, BBBB가 한DDDDD에 이 사건 발명자들의 권리주장 포기각서를 제공하고 이 사건 특허의 보유지분 전부에 관하여 이전등록의 이행을 완료하되, 한DDDDD는 BBBB에 이 사건 특허의 양도대가로 위 BBBB의 이행 조건이 모두 성취된 날로부터 10영업일 이내에 1,500,000,000원(이하 ‘1차분 기술료’라 한다), 그로부터 6개월 이내에 나머지 1,500,000,000원(이하 ‘2차분 기술료’라 한다) 합계 3,000,000,000원(부가가치세 별도)을 지급하기로 하는 내용의 기술이전계약을 체결하였다.
• 다. BBBB는 권리주장 포기각서의 제공 및 지분이전등록을 모두 마치고, xxxx. xx. x. 한DDDDD로부터 1차분 기술료로 1,500,000,000원을 지급받은 다음, xxxx. xx.경 내부 지침에 따라 위 금원에 대한 기술료 인센티브 지급대상자 및 각 대상자별 배분점수 산정표를 작성하고 각 대상자별 기술료 인센티브 지급액을 확정하였다. 이후 BBBB는 xxxx. xx. xx. 원고에게 1차분 기술료 인센티브로 450,409,425원을 지급하면서, 를 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 전 소득세법’이라 한다) 제12조 제5호 (라)목에서 규정한 비과세대상 기타소득으로 보아 별도의 원천징수 없이 그 금액 전부를 지급하였다.
• 라. BBBB는 xxxx. x. x. 한DDDDD로부터 2차분 기술료로 1,500,000,000원을 지급받고, xxxx. x. xx. 원고에게 2차분 기술료 인센티브로 450,409,425원을 지급하면서, 이를 2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정된 소득세법(이하 ‘개정 후 소득세법’이라 한다) 제20조 제1항 제5호에서 규정한 과세대상 근로소득으로 보아, 소득세를 원천징수하고 남은 차액만을 지급하였다. 이후 BBBB는 xxxx. x. xx.경 원고의 2017년 귀속 근로소득에 대한 연말정산을 하면서, 소득세 결정세액을 207,725,745원(지방소득세를 포함하면 228,498,319원)으로 보고 여기서 2차분 기술료 인센티브와 기타 급여에 대하여 이미 원천징수․납부한 세액을 뺀 금액인 65,749,810원(지방소득세를 포함하면 72,324,920원)을 추가로 원천징수․납부하였다.
• 마. 원고는 2차분 기술료 인센티브가 2016년 귀속 비과세대상 기타소득에 해당한다고 주장하면서, 2018. 4. 18. 피고에게 소득세 169,745,285원(= 207,725,745원 -37,980,460원)의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2018. 6. 15. 2차분 기술료 인센티브가 2017년 귀속 근로소득에 해당한다는 이유로 이를 거부하였다(이하 ‘이 사건 거부처분’이라 한다).
• 바. 원고는 이 사건 거부처분에 불복하여 2018. 9. 12. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2018. 12. 14. 이를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 13호증(가지 번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 이미 원고에 대한 2차분 기술료 인센티브의 지급 여부 및 구체적인 금액이 2016년에 확정되었고, 단지 그 지급만 2017년에 이루어졌을 뿐이므로, 1차분은 물론 2차분 기술료 인센티브 역시 2016년에 귀속되었다고 보아야 한다. 따라서 2차분 기술료 인센티브는 개정 전 소득세법 제12조 제5호 (라)목에서 규정한 비과세대상 기타소득에 해당한다. 그럼에도 피고는 2차분 기술료 인센티브의 귀속시기가 2017년임을 전제로 개정 후 소득세법 제20조 제1항 제5호 에서 규정한 과세대상 근로소득에 해당한다고 보아 원고의 경정청구를 거부하는 이 사건 거부처분을 하였는바, 이는 위법하여 취소되어야 한다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 관련 법리 소득세법 제39조 제1항 은 ‘거주자의 각 과세기간 총수입금액 및 필요경비의 귀속연도는 총수입금액과 필요경비가 확정된 날이 속하는 과세기간으로 한다’고 규정하고 있다. 소득세법 제39조 제6항 의 위임에 따른 소득세법 시행령 제49조 는 각 근로소득의 유형별로 그 소득의 수입시기에 관하여 규정하고 있으나, 개정 후 소득세법 제20조 제1항 제5호 에서 근로소득의 하나로 추가된 직무발명보상금에 관하여는 아무런 규정을 두고 있지 않다. 한편, 소득세법상 소득의 귀속시기를 정하는 원칙인 권리확정주의란 과세상 소득이 실현된 때가 아닌, 권리가 발생한 때에 소득이 있는 것으로 보고 당해 연도의 소득을 산정하는 것으로 실질적으로는 불확실한 소득에 대하여 장래 실현될 것을 전제로 여 미리 과세하는 것을 허용하는 원칙이기는 하나, 그와 같은 권리확정주의에서 ‘확정’의 개념은 소득의 귀속시기에 관한 예외 없는 일반원칙으로 단정하여서는 아니 되고, 구체적인 사안에 관하여 소득에 대한 관리․지배와 발생소득의 객관화 정도, 납세자금의 확보시기 등까지도 함께 고려하여 그 소득의 실현 가능성이 상당히 높은 정도로 성숙․확정되었는지 여부를 기준으로 귀속시기를 판단하여야 한다(대법원 1997. 6. 13. 선고 96누19154 판결, 대법원 2002. 7. 9. 선고 2001두809 판결 등 참조).

2. 구체적인 판단 BBBB의 ‘기술료 및 발생품 양여․매각수입 관리지침’(갑 제6호증) 중 제5조는 ‘제6조에 규정된 인센티브 지급을 위한 기술료 수입액(R)은 다음 각 호의 기준에 따라 인식한 후 그에 따라 인센티브 지급액을 산출한다’고 규정하면서, 제2호에서 ‘선급실시료 및 일시불로 징수한 경우 기술료가 어음 혹은 기타의 지급방법으로 수회 분할 징수될 때에는 총액을 계약서상 수입일자를 기준으로 하여 1년(매년 1. 1. ~ 12. 31.) 단위로 구분, 당해연도 합계액만을 기술료 수입액(R)으로 인식하여 기술료가 현금화될 시점마다 당해연도 기술료 수입액 중 현금화된 금액이 차지하는 비율로 인센티브 지급액을 산출’한다고 규정하고 있다. 이에 의하면 BBBB는 2017. 4. 6. 한DDDDD로부터 2차분 기술료 1,500,000,000원을 지급받은 다음, 이를 2017년 기술료 수입액으로 인식하고 이 사건 발명자들에 대한 기술료 인센티브 지급액을 구체적으로 산출하여 지급하게 되는 것이며, 여기에 ① 이 사건 발명자들은 한DDDDD로부터 직접 기술료를 지급받는 것이 아니라, BBBB가 실제로 한DDDDD로부터 기술료를 받는 것을 전제로 이를 다시 배분하여 BBBB로부터 기술료 인센티브의 형태로 지급받는 것인 점, ② 원고가 제출한 갑 제7호증(지급대상자별 배분점수 및 인센티브 금액 확정 자료)은 BBBB가 2016. 10. 24. 한DDDDD로부터 지급받은 1차분 기술료에 대한 것인 점, ③ BBBB가 2016. 11.경 1차분 기술료 인센티브 지급액을 확정할 당시 2017년에 한DDDDD로부터 지급받을 예정인 2차분 기술료에 관해서까지 이 사건 발명자들에 대한 기술료 인센티브 지급액을 구체적으로 확정하였다고 단정하기 어려운 점 등의 사정까지 보태어 보면, 원고의 2차분 기술료 인센티브에 대한 권리는 BBBB가 한DDDDD로부터 2차분 기술료를 지급받은 2017. 4. 6. 이후에야 비로소 성숙․확정되었다 할 것이고, 설령 BBBB가 2017년에 별도로 기술료 인센티브 배분점수 산정표를 작성하거나 결재 절차를 밟지않은 채 원고에게 1차분 기술료 인센티브와 동일한 금액을 지급하였더라도 이러한 판단은 달라지지 않는다. 따라서 원고의 2차분 기술료 인센티브의 귀속시기는 2017년이므로, 그 귀속시기가 2016년임을 전제로 한 원고의 위 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 받아들일 수 없다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로, 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.