기획점검과 자료제출 요구에 법적 근거 존재 여부 및 세무조사 해당 여부

사 건 2019구합57398 법인세부과처분취소 원 고 aaa주식회사 피 고 bb세무서장 변 론 종 결

2019. 11. 14. 판 결 선 고

2020. 1. 23.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2018. 6. 29. 원고에 대하여 한 2014 사업연도 법인세 000,000,000원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 19××. ××. ××. 개업하여 * 및 개발업 등을 영위하는 법인으로, 2017. 1. 16.부터 2017. 3. 16.까지 기간 동안 서울지방국세청(이하 ‘조사청’이라 한다)으로부터 통합조사(조사대상 기간은 2011 내지 2015 사업연도, 이하 ‘이 사건 1차조사’라 한다)를 받았다.
• 나. 이후 조사청은 2017. 9.경부터 2018. 3.경까지 사이에 원고를 포함한 관내 법인 중 일정 요건의 혐의대상자를 선정한 뒤, 국외 발생 이자소득의 법인세법상 손익 귀속시기의 적정 여부에 대한 기획점검(이하 ‘이 사건 기획점검’이라 한다)을 실시하였다.
• 다. 조사청은 이 사건 기획점검 과정에서 원고의 2014 사업연도 법인세 과세표준이 000,000,000원 과소신고 된 것을 최종 확인하고, 2018. 3.경 원고에게 과세자료 해명 및 수정신고 안내 하였고, 원고가 수정신고를 이행하지 아니하자, 피고는 2018. 6. 29. 원고에게 2014 사업연도 법인세 000,000,000원을 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2018. 9. 20. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2018. 12. 19. 원고의 위 청구를 기각하였다. [인정 근거] 다툼이 없는 사실, 갑 제1, 2, 4호 증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 조사청은 원고에 대한 이 사건 1차조사를 완료한 후 그 조사결과통지까지 마치고서도 이 사건 기획점검 중인 2017. 11. 말경 원고에게 또다시 자료제출을 요구(이하‘이 사건 제출요구’라 한다)하여 과세자료를 수집하였다. 원고는 조사사무처리규정에 따른 세무조사통지를 받은 법인에 해당하므로, 구 법인세 사무처리규정(2018. 7. 2. 국세청훈령 제2264호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘이 사건 규정’이라 한다) 제87조 제5항에 따라 서면분석대상 또는 서면분석대상선정에서 제외되어야 하고, 또한 이 사건 규정 제90조, 제91조에 의하면 서면분석은 그 방법으로 서면검토 또는 해명요구를 원칙으로 하되, 담당조사관이 과세자료의 제출을 요구할 경우 별지 제8호 서식으로 서면 요구하여야 하는바, 원고에 대한 이 사건 기획점검과 그 실시 중에 이루어진 조사청의 이 사건 제출요구는 아무런 법적 근거가 없이 이루어진 서면분석에 해당하여 위법하다. 또한 이 사건 기획점검 및 이 사건 제출요구는 실질상 세무조사로 중복세무조사에해당하는데, 원고에게는 조세탈루의 혐의가 명백하지도 않고, 이 사건 1차조사에서 획득한 자료 외에 새로운 자료가 존재하지도 아니하므로, 국세기본법 제81조의4 제2항 제1호 의 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우에 해당하지도 아니하므로, 예외적으로 중복조사가 허용되는 경우도 아니다. 따라서 이 사건 기획점검 및 이 사건 제출요구는 법적 근거 없이 이루어진 것이거나 중복 재조사로서 허용되지 아니하여 위법하고, 이에 근거하여 이루어진 이 사건 처분 역시 위법하므로 취소되어야 한다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 인정사실

1. 조사청은 2017. 1. 16.부터 2017. 3. 16.까지 조사대상 세목을 ‘세목에 따라 신고․납부의무가 있는 모든 세목’으로 하여 이 사건 1차조사를 실시한 다음 2017. 6.21. 원고에게 ‘예상 고지세액 –0,000,000원’의 세무조사결과통지를 하였다

2. 조사청은 2017. 9.경 ‘2012. 1. 1.부터 2014. 12. 31.까지의 기간 중 국제거래명세서에 대여거래를 신고한 사실이 있는 계속 사업자(투자업 제외)로서 자본금과 적립금 조정명세서에 미수이자 등 계정과목으로 익금 불산입한 000개 법인’을 대상으로 이 사건 기획점검을 실시하였다. 조사청은 원고에 대한 점검과정에서 2014 사업연도 법인세 신고서 및 감사보고서, 외국환 송수취 자료 등 내부자료를 서면으로 검토하였고, 그 결과 원고가 국외 대여금 이자수익의 세무조정으로 인하여 2014사업연도의 과세표준이 과소신고된 것을 확인하고서, 2017. 11. 말경 원고에게 2014사업연도 국외 이자수익 세무조정 관련 자료의 제출을 요구하는 내용인 ‘이 사건 제출요구’를 하였다.

3. 이 사건 제출요구에 따라 원고는 2017. 12. 4. 조사청 담당 조사관에게 원고의2014 사업연도 미수수익 명세서(갑 제5호증)를 팩스로 송신하였다.

4. 한편, 조사청은 이 사건 1차조사 당시 원고가 자금 지원을 위해 원고의 □□□□□ 소재 자회사인 ccc에 대여한 약 000억 원의 대여금에 대한 내부자료를 이미 제출받아 원고의 미수수익 내역에 관하여 조사한 상태였다. 원고는 위 대여금에서 발생한 기간 경과분 미수이자 000,000,000원을 2014년 손익계산서에 이자수익으로 계상한 후 법인세 확정신고 시 위 금액을 익금불산입하는 신고조정을 한 다음, 위 익금불산입 상당액을 2015년 법인세 확정신고 시 전액 익금산입하는 세무조정을 하였는바, 이 사건 처분은 원고의 위와 같은 세무조정이 구 법인세법시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것) 제70조 제1항 제1호 단서1)에 반하여 부당하다는 점에 근거하여 과세조정(경정)된 것이다. [인정 근거] 다툼이 없는 사실, 갑 제5호증, 을 제2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 라. 판단

1. 이 사건 기획점검 및 이 사건 제출요구의 법적 근거의 부존재 여부 법인세법 제66조 제2항 제1호, 제4항에서는 납세지 관할 세무서장 등은 신고를 한 내국법인이 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정하고 위와 같이 경정한 후 경정에 오류나 누락이 있는 것을 발견한 경우에는 즉시 이를 다시 경정하도록 규정하고 있는바, 과세관청은 납세의무자인 법인이 스스로 신고한 법인세 신고 내용에 오류 또는 누락이 있을 때에는 증액경정을 할 수 있고, 그 증액경정에 오류나 누락이 재차 발견된다면, 부과제척기간 내에서 수차례에 걸쳐 반복하여 증액경정을 할 수 있다고 할 것이다. 따라서 이 사건 기획점검으로써 이 사건 1차조사의 결과를 바로잡는 것에 명시적인 법적근거가 추가로 요구된다고 볼 수 없다. 또한 이 사건 기획점검 이후 이 사건 처분이 이루어진 사정만으로 이 사건 기획점검이 세무조사에 해당한다고 볼 수 없고, 뒤에서 보듯이 이 사건 기획점검은 세무조사에 해당하지 아니하므로, 이 사건 기획점검이 세무조사에 해당함을 전제로 하여 법적 근거를 요구하는 원고의 주장은 받아들일 수 없다. 한편 이 사건 규정 제2조 제3호 가목에 의하면, 과세관청은 수집된 과세자료에서 과세표준 및 세액계산의 탈루혐의가 있다고 인정되는 법인에 대하여 서면분석을 실시할 수 있는데, 동일한 항목 또는 동일한 신고유형의 법인에 대하여 공통적․반복적인 탈루혐의가 있으면 해당 신고 내용의 적정 여부를 검증하기 위하여 특정 신고행위를 대상으로 분석하는 기획분석을 서면분석의 일환으로 실시할 수 있다. 그리고 이 사건 규정 제87조 제5항은 그 문언과 취지 등에 비추어 세무조사가 있기 전 이미 서면분석대상으로 선정하였거나 선정하려는 법인에 대해서만 동일연도에 대한 세무조사통지가 있을 경우 서면분석대상 또는 그 선정에서 제외하는 취지라고 할 것이다. 그런데 이 사건 기획점검은 세무조사통지에 이어 이미 세무조사가 완료된 원고를 대상으로 국외 발생 이자소득의 법인세법상 손익 귀속시기의 적정 여부를 판단하는 서면분석으로서 이 사건 규정 제87조 제5항의 적용을 받지 아니하므로, 조사청이 원고를 서면분석대상으로 선정한 것이 이 사건 규정에 위반된다고 할 수 없다. 나아가 후술하는 바와같이 상대방에게 어떠한 불이익이나 제출의무가 없는 단순한 사실관계의 확인에 불과한 이 사건 제출요구와 같은 경우에까지 이 사건 규정 제90조, 제91조 등에 의한 조사방법이 강제된다고 보기도 어렵다. 따라서 이 사건 기획점검 및 이 사건 제출요구에 중대한 절차적 하자가 있어 위법하다는 원고의 주장도 이유 없다.

2. 이 사건 기획점검 및 이 사건 제출요구의 중복조사 여부

• 가) 세무조사는 국가의 과세권을 실현하기 위한 행정조사의 일종으로서 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하고 장부․서류 그 밖의 물건을 검사․조사하거나 그 제출을 명하는 일체의 행위를 말한다. 부과처분을 위한 과세관청의 질문조사권이 행하여지는 세무조사의 경우 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등(이하 ‘납세자 등’이라 한다)은 세무공무원의 과세자료 수집을 위한 질문에 대답하고 검사를 수인하여야 할 법적 의무를 부담하고, 이러한 질문․조사에 대하여 거짓으로 진술하거나 그 직무집행을 거부 또는 기피하면 조세범처벌법 제17조 에 따른 과태료가 부과되며, 세무조사 과정에서 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 침해할 가능성이 항상 존재하므로, 세무조사는 기본적으로 권력적 행위의 성질을 가진다. 따라서 국세기본법 제81조의4 는 “세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.”는 규정을 두고 있고, 같은 법 제81조의7은 납세자의 방어권 보장을 위하여 세무조사를 사전에 통지하도록 규정하고 있으며, 같은 법 제81조의9는 대통령령으로 정하는 사유가 없는 한 세무조사 진행 중 세무조사의 범위를 확대할 수 없도록 하고 만약 범위를 확대하는 경우에는 이를 납세자에게 통지하도록 규정하는 등 납세자의 권익을 보호하기 위한 여러 규정을 두고 있다. 위와 같은 세무조사의 성질과 효과, 납세자의 권익을 보호하기 위한 국세기본법의 여러 규정 등에 비추어 볼 때, 세무공무원의 조사행위가 실질적으로 납세자 등으로 하여금 질문에 대답하고 검사를 수인하도록 함으로써 납세자의 영업의 자유 등에 영향을 미치는 경우에는 그 절차의 명목에 불구하고 그것은 ‘세무조사’에 해당한다고 보아야 하는 반면, 과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증 등을 위한 과세관청의 모든 조사행위가 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다고 볼 경우에는 과세관청으로서는 단순한 사실관계의 확인만으로 충분한 사안에서 언제나 정식의 세무조사에 착수할 수밖에 없고 납세자 등으로서도 불필요하게 정식의 세무조사에 응하여야 하므로, 납세자 등이 대답하거나 수인할 의무가 없고 납세자의 영업의 자유 등을 침해하거나 세무조사권이 남용될 염려가 없는 조사행위까지 모두 ‘세무조사’에 해당한다고 볼 것은 아니다. 그리고 세무공무원의 조사행위가 위에서 말하는 ‘세무조사’에 해당하는지 여부는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단할 수밖에 없다(대법원 2017. 3. 16. 선고 2014두8360 판결 참조).
• 나) 살피건대, 위 인정사실과 을 제3호증의 1, 2의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 통하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 기획점검과 이 사건 제출요구는 모두 세무조사에 해당하지 않는다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 기획점검 및 이 사건 제출요구가 중복 세무조사에 해당함을 전제로 하는 원고의 주장도 이유 없다.

① 이 사건 기획점검은 국외 발생 이자소득의 법인세법상 손익 귀속시기의 적정 여부를 판단하기 위하여 이미 제출된 자료에 근거한 서면분석의 방법으로 이루어졌는데, 서면분석은 법인이 자진 신고한 법인세․부가가치세 등의 과세표준 신고서와 이에 첨부된 재무제표와 부속서류 및 수집된 과세자료에 의하여 서면 검토함을 원칙으로하는바(이 사건 규정 제90조 제3항), 이 사건 기획점검의 대상자인 원고에게 특별히 추가적인 자료제출 및 답변 등의 의무는 발생하지 아니한다.

② 이 사건 1차조사 당시에도 원고의 국외 자회사에 대한 대여금 이자수익에 대한 조사가 동일하게 이루어졌고, 원고의 2014, 2015 사업연도 자본금 적립금조정명세서의 미수수익 항목은 원고가 당초 신고한 내역의 단순 오류만이 수정되어 그대로기재되었을 뿐, 조사청이 이 사건 기획점검 결과 이를 수정하거나 별도의 세무조정을 실시하지는 아니하였다.

③ 이 사건 1차조사 당시에도 원고가 원고의 국외 자회사에게 지원한 대여금에 대한 자료가 이미 제출되었는바, 조사청이 이 사건 제출요구를 통해 원고에게 2014사업연도 국외 이자수익 세무조정 관련 자료의 제출을 요구하였다 하더라도, 이는 이미 제출된 자료의 진위 여부 등 단순한 사실관계의 확인을 위해 이루어진 것으로 봄이 타당하다.

④ 원고는 이 사건 제출요구에 따라 조사청에 기존에 존재하는 자료를 팩스로 송부하였을 뿐이므로, 원고에게 이 사건 기획점검 및 이 사건 제출요구에 따라 수인하여야 할 의무가 있었다고 볼 수 없고, 원고가 특별히 영업의 자유를 침해당한 사정도 존재하지 않는다.

⑤ 앞서 본 바와 같이 이 사건 규정 제2조 제3호 가목에 해당하는 이 사건 기획점검은, 구조적 문제점 등을 시정하기 위하여 국세청장 등이 별도의 계획에 따라 실시하는 세무조사에 해당하는 조사사무처리규정 제3조 제21호의 ‘기획조사’와는 그 목적과 내용이 달라 서로 구별되는 것이므로, 이 사건 기획점검이 기획조사로서 세무조사에 해당한다는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.