중복세무조사 해당 여부 및 근거과세원칙 위반 여부

사 건 2019구합56265 법인세등부과처분취소 원 고 aaaaaa 주식회사 피 고

○○세무서장 외 2명 변 론 종 결

2020. 8. 20. 판 결 선 고

2020. 11. 5.

X. 이 사건 소 중 [별지X] 목록 제XX항 기재 소득금액변동통지처분 취소청구 부분을 각하한다. X. 피고들이 XXXX. X. X. 원고에게 한, [별지X] 목록 제X, XX, XX, XX항 기재 각 처분 중[별지X] 목록 제X항 기재 각 해당 처분의 ‘정당세액’을 초과하는 부분 및 [별지X] 목록 제X, X항 기재 각 처분 중 [별지X] 목록 제X항 기재 각 해당 처분의 ‘경정된 통지금액’을 초과하는 부분을 각 취소한다. X. 원고의 피고들에 대한 나머지 청구를 모두 기각한다. X. 소송비용 중 XX/XXX은 원고가, 그 나머지 X/XXX은 피고들이 각 부담한다. 청 구 취 지 피고들이 XXXX. X. X. 원고에게 한 [별지X] 목록 기재 각 처분을 취소한다.

X. 처분의 경위

• 가. 원고의 지위 원고는 플라스틱 가공 및 제조, 각종 식품 포장용기 제조 등을 목적으로 XXXX. X. X. AAA이 설립한 주권상장법인으로 현재 OO시와 HH시에 각 제조공장을 두고 운 영 중에 있고, 창업자 AAA의 아들 이석준이 현재 원고의 대표이사로 재직 중에 있
• 다. 나. 세무조사 및 범칙조사 실시 피고 bbbbbbb장은 XXXX. XX. XX.부터 XXXX. X. X.까지 원고에 대한 XXXX~XXXX 각 사업연도 귀속 법인세 등 통합조사를 실시하였다(XXXX. XX. XX. 일반통합조사에서 범칙조사로 전환되었다). 위 조사 결과, 원고가 스크랩 등 제품 부산물에대한 판매단가를 거래처와 통정하여 과소계상하는 방법으로 매출액 X,XXX,XXX,XXX원을 과소신고하고 원고에 근무하지 않는 친인척에 대한 가공 급여를 지급하는 등의 방법으로 법인세(본점) 및 부가가치세(OO공장)를 탈루한 사실을 확인하고, 그 결과를 피고 BB세무서장 및 피고 OO세무서장에게 각 통보하는 한편, 원고와 AAA을 조세범처벌법위반 등의 혐의로 검찰에 고발하였다.
• 다. 관련 형사사건의 제X심판결 X) OOOO지방법원은 XXXX. XX. XX. 원고와 AAA에 대한 XXXX고합XXX호 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(조세) 및 조세범처벌법위반 사건(이하 ‘관련 형사사건’이 라 한다)에서 원고와 AAA의 범행 자백 및 여러 유죄 증거들을 종합하여 공소사실을 전부 유죄로 인정하면서, AAA에게 징역 X년 X월에 집행유예 X년 및 벌금 XX억 원 을, 원고에게 벌금 X,XXX만 원을 각 선고하였다. 이에 대하여 원고와 AAA이 양형부 당을 이유로 OOOO법원 XXXX노XXXX호로 항소를 제기하여 현재 항소심법원에 ‘기일 추정’인 상태로 계속 중에 있다. X) 관련 형사사건의 제X심판결 이유 중 이 사건에 관련된 AAA의 주요 범죄사실 은 다음과 같다.
• 가) 조세포탈로 인한 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(조세) 및 조세범처벌법 위반 피고인(‘AAA’을 지칭한다, 이하 같다)은 OO시 OO구 OO동 XXX 소재 원고 운영의 OO공장에서 PVC재생, PVC스크랩 등 부산물을 거래처에 판매하면서 매출단가를 낮춰 허위 세금계산서를 발급하고 그 차액을 현금으로 돌려받는 방법으로 매출을 누락하여, XXXX. XX. XX.경부터 XXXX. XX. XX.까지 누락된 매출액 합계 X,XXX,XXX,XXX원에 대하여 납세의무자인 피고인은 XXXX. X. XX.까지 법인세 XXX,XXX,XXX원 및 부가가치세 XX,XXX,XXX원을 관할세무서에 신고하여야 했다. 그럼에도 피고인은 위와 같이 매출을 누락하여 차액을 현금으로 돌려받은 후 허위 전자세금계산서를 발급하고 매출누락액에 대한 법인세 및 부가가치세 신고를 하지 않음으로써, 사기 기타 부정한 방법으로 이를 포탈하였다. 이를 비롯하여 피고인은 그 무렵부터 XXXX. X. XX.까지 위와 같은 방법으로 아래 <표X> 내역과 같이 법인세 XXX,XXX,XXX원 및 부가가치세 XXX,XXX,XXX원 등 합계 XXX,XXX,XXX원(= XXX,XXX,XXX원 + XXX,XXX,XXX원) 상당을 포탈하였다. <표X>
• 나) 거짓 기재 세금계산서 발급으로 인한 조세범처벌법위반 피고인은 XXXX. X. X. 원고 운영의 OO공장에서 사실은 원고가 YYYYYY 주식회사(이하 법인명은 ‘주식회사’ 표기를 생략한다)에 제공한 재화 또는 물품의 공급 금액이 XX,XXX,XXX원임에도 직원 EEE로 하여금 공급가액을 XX,XXX,XXX원으로 거짓 기재한 세금계산서를 발급하도록 하고, 나머지 차액은 YYYYYY으로부터 현금으로 돌려받는 방법으로 거짓 기재 세금계산서를 발급하였다. 이를 비롯하여 피고인은 그 무렵부터 XXXX. X. X.까지 위와 같은 방법으로 [별지X] 범죄일람표(X) 기재와 같이 총 XX회에 걸쳐 공급가액 합계 X,XXX,XXX,XXX원 상당의 거짓 기재 세금계산서를 발급하였다.
• 다. 법인세, 부가가치세 부과처분 등 X) 법인세 부과처분
• 가) 피고 bbbbbbb장의 범칙조사 결과에 따라, 피고 BB세무서장은 XXXX. X. X. 원고에게 아래 <표X> 내역과 같이 XXXX~XXXX 각 사업연도 귀속 법인세 합계 X,XXX,XXX,XXX원(XXXX~XXXX년 각 농어촌특별세 및 각 해당 연도 가산세 포함)의 부과처분을 하였다. <표X> (단위: 원)
• 나) 법인세 부과처분 사유는 아래 <표X> 내역과 같이, ① 원고가 제품생산 시 발생하는 PP(폴리프로필렌)스크랩, PP재생, PVC(폴리비닐클로라이드)스크랩 등 부산물을 KKKK, YYYYYY, QQ 등에 판매하면서 각 거래처와 통정하여 판매단가를 과소계상하고 회계장부를 조작하는 방법으로 XXXX~XXXX 각 사업연도 총 합계 X,XXX,XXX,XXX원(이하 ‘이 사건 쟁점금액‘이라 한다)의 매출을 누락하였다는 점, ② 원고가 AAA 등 일가족에 대한 가공 급여와 법인카드의 사적 사용에 대한 업무무관경 비 등 기타 항목을 법인의 손금으로 산입하였다는 점 등이다. <표X> (단위: 원) X) 부가가치세 부과처분
• 가) 피고 OO세무서장은 XXXX. X. X. 원고에게 아래 <표X> 내역과 같이 XXXX년 X기~XXXX년 X기 부가가치세 합계 X,XXX,XXX,XXX원(가산세 포함)의 부과처분을 하였다. <표X> (단위: 원)
• 나) 부가가치세 부과처분 사유는 아래 <표X> 내역과 같이, ① 원고가 XXXX년 X 기부터 XXXX년 X기까지 이 사건 쟁점금액을 원고의 각 부가가치세 과세표준에서 누락 한 점, ② XXXX년 X기부터 XXXX년 X기까지 광고선전비 명목으로 거래처 조일합섬에 무상으로 제공한 물품가액 XXX,XXX,XXX원을 과세표준에서 누락한 점, ③ XXXX년 X기에 거래처 ‘WW’로부터 실거래 없이 공급가액 X,XXX,XXX원의 세금계산서를 거짓으로 수취하여 매입세액을 부당공제받은 점 등이다. <표X> 처분사유별 부가가치세 경정내역 (단위: 원) X) 소득금액변동통지처분 피고 bbbbbbb장은 XXXX. X. X. 원고에게 앞서 본 <표X>, <표X> 각 내역과 같이 XXXX~XXXX 각 사업연도에 대한 법인소득금액으로 익금산입한 금액 중 X,XXX,XXX,XXX원이 AAA에게 귀속됨을 전제로 하는 소득금액변동통지처분(소득처분: 상여 또는 배당)을 하였다.
• 라. 전심절차 원고는 위 다.항 기재와 같은 피고 BB세무서장의 원고에 대한 법인세 부과처분, 피고 OO세무서장의 원고에 대한 부가가치세 부과처분, 피고 bbbbbbb장의 소 득금액변동통지처분에 불복하여 XXXX. X. XX. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, XXXX. XX. XX. 기각되었다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제X 내지 X호증, 을 제X 내지 X, XX호증(각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지 X. [별지X] 목록 제XX항 기재 소득금액변동통지처분 취소청구 부분 소의 적법 여부 이 사건 소 중 [별지X] 목록 제XX항 기재 소득금액변동통지처분 취소청구 부분의 적 법 여부에 대하여 직권으로 살펴본다. 먼저, 전심절차 이행 여부에 대하여 살펴본다. 앞서 든 증거들과 변론 전체의 취지를 종합하면, [별지X] 목록 제XX항 기재 소득금액변동통지처분에 대하여는 원고가 전심절차를 거치지 않은 것으로 보인다. 그러나 위 소득금액변동통지처분에 대하여 주장하는위법사유가 다른 소득금액변동통지처분에 대하여 주장하는 위법사유와 서로 공통되는등 내용상 밀접한 관련이 있다고 볼 수 있는 이상, 다른 소득금액변동통지처분에 대한적법한 전심절차를 거치는 이상, 따로 전심절차를 거칠 필요는 없다고 판단된다. 다음으로, 제소기간 준수 여부에 대하여 살펴본다. 앞서 본 바와 같이 전심절차를 거 치지 않고도 과세처분 취소소송을 제기할 수 있는 경우에도 특별한 사정이 없는 한, 행정소송법 제XX조 제X항에서 정한 바에 따라 처분 등이 있음을 안 날부터 XX일 이내 에 그 취소소송을 제기하여야 한다(대법원 XXXX. XX. XX. 선고 XXXX두XXXXX 판결 참조). 그런데 [별지X] 목록 제XX항 기재 소득금액변동통지처분에 대하여는 원고가 XXXX.X. X.경 그 통지서를 송달받고도 XXXX. X. XX. 비로소 이 사건 청구취지변경신청을 통하여 다른 각 처분과 함께 취소를 구하기 위하여 추가로 소송을 제기하였음을 알 수있다. 따라서 이 사건 소 중 [별지X] 목록 제XX항 기재 소득금액변동통지처분의 취소를구하는 부분은 원고가 위 처분이 있음을 안 날부터 XX일이 도과한 후에 제기된 것으로서 제소기간을 지키지 아니하여 부적법함이 명백하다([별지X] 목록 제XX항 기재 소득금액변동통지처분을 제외하여 위 다.항 기재와 같은 피고 BB세무서장의 법인세 부과처분, 피고 OO세무서장의 부가가치세 부과처분, 피고 bbbbbbb장의 소득금액변동통지처분을 통틀어 이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다). X. 이 사건 각 처분의 적법 여부
• 가. 관계 법령 [별지X] ‘관계 법령’ 기재와 같다.
• 나. 중복조사금지원칙 위반 여부 X) 원고의 주장 피고 bbbbbbb장은 이미 원고에 대한 세무조사 대상기간으로 선정하여 실 시하였던 XXXX년부터 XXXX년까지의 기간에 대하여 정당한 사유 없이 재조사(이하 ‘이 사건 조사’라 한다)를 실시하였다. 이 사건 각 처분은 중복조사금지원칙에 위반한 세무조사에 기하여 이루어진 것으로서 위법하므로 전부 취소되어야 한다. X) 판단
• 가) 구 국세기본법(XXXX. XX. XX. 법률 제XXXXX호로 개정되기 전의 것, 이하 같
• 다) 제XX조의X(세무조사권 남용 금지) 제X항은 “세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나 에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없 다.”라고 규정하면서, 각 호에서 재조사가 허용되는 경우로 ‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’(제X호), ‘거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우’(제X 호), ‘X개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우’(제X호), ‘재조사 결정에 따라 조사등을 하는 경우’(제X호), ‘그 밖에 제X호부터 제X호까지와 유사한 경우로서 대통령 령으로 정하는 경우’(제X호)를 들고 있다. 제X호의 위임에 따른 구 국세기본법 시행령 (XXXX. X. X. 대통령령 제XXXXX호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제XX조의X(세무조사 를 다시 할 수 있는 경우)는 ‘같은 법 제XX조의X 제X항 제X호에서 대통령령으로 정하 는 경우’의 하나로 제X호에서 ‘ 조세범 처벌절차법 제X조 제X호에 따른 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’를 규정하고 있다. 한편, 같은 법 제XX조의X 제X항 제X호가 규정한 ‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’라 함은 조세탈루사실에 대한 개연성이 객관성과 합리성 있는 자료에 의하여 상당한정도로 인정되는 경우를 의미한다(XXXX. X. XX. 선고 XXXX두XXXX 판결 참조).
• 나) 앞서 든 증거들과 갑 제X호증, 을 제X호증의 X, X의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래와 같은 사정을 앞서 본 법리와 관련 규정의 내용과 취 지에 비추어 살펴보면, 이 사건 조사는 구 국세기본법 제XX조의X 제X항 제X호에 따른 ‘조세탈루의 혐의를 인정할 명백한 자료가 있는 경우’ 또는 같은 조항 제X호, 구 국세 기본법 시행령 제XX조의X 제X호에 따른 ‘조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’로서 재조사가 예외적으로 허용되는 세무조사에 해당하여 적법하다 고 판단된다. 따라서 이와 전제가 다른 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. (X) 피고 bbbbbbb장은 당초 원고에 대한 세무조사 대상기간을 XXXX 사 업연도에서 XXXX 사업연도까지로 하는 일반통합조사 계획(세무조사 실시기간: XXXX. XX. XX.부터 XXXX. X. XX.까지)을 세워 세무조사를 실시하던 중에 원고가 XXXX~XXXX 각 사업연도에 걸쳐 거래품목과 판매단가를 조작하는 방법으로 스크랩 등 제품 부산물 매 출수익을 세무신고 시 누락한 사실을 확인하게 되었다. (X) 피고 bbbbbbb장은 원고의 위와 같은 매출누락 행위가 조세범 처벌 법 제X조의 사기나 그 밖의 부정한 방법으로 조세를 포탈한 행위에 해당한다고 보아 조세범칙조사심사위원회의 심의결과에 따라 XXXX. XX. XX. 원고에 대한 당초 일반통합조사를 범칙조사로 전환하기로 결정하고, 조사범위에 XXXX~XXXX 각 사업연도를 포함하여 조사대상 과세기간을 XXXX. X. X.부터 XXXX. XX. XX.까지로 하는 법인세 및 부가가치세 범칙조사를 실시하게 되었다. (X) 피고 bbbbbbb장은 조사 과정에서 ‘내부감사 실시를 위한 이사회 개 최요청, 스크랩 횡령금액 XX억 원 추정’(을 제X호증의 X), ‘이사회 대응방안’(을 제X호증의 X), ‘XXXX∼XXXX년 SCRAP 매출손실분’(갑 제X호증) 등 원고 측 내부 자료를 차례로확보함에 따라 스크랩 등 제품 부산물의 매출누락 혐의를 인지하게 되었다. 그 조사결과, 원고가 스크랩 등 제품 부산물에 대한 판매단가를 거래처와 통정하여 과소계상하는 방법으로 매출액을 과소신고하고 매출누락대금을 현금으로 별도로 수수하며 근무하지 않는 친인척에 대한 가공 급여를 지급하는 등 여러 방법으로 법인세 및 부가가치세를 탈루한 사실을 확인하고 조세범처벌법위반 등 혐의로 원고와 AAA을 검찰에 고발하였으며, 이후 원고와 AAA은 관련 형사사건의 제X심에서 유죄판결을 선고받았다. (X) 결국 ‘XXXX∼XXXX년 SCRAP 매출손실분’(갑 제X호증) 등 원고 측 내부 자 료는 구 국세기본법 제XX조의X 제X항 제X호가 규정한 ‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한명백한 자료’ 또는 구 국세기본법 시행령 제XX조의X 제X호의 ‘ 조세범 처벌절차법 제X조 제X호에 따른 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료’에 해당한다고 볼수 있다. 이 사건 조사는 위 각 규정에 따라 재조사가 허용되는 예외사유에 기하여 실시한 것으로 적법하다.
• 다. 부과제척기간 도과 여부 X) 원고의 주장 원고의 행위는 조세범 처벌법 제X조 제X항이 정한 ‘부정한 적극적인 행위’에 해 당하지 않고 원고에게 조세포탈의 결과 발생에 대한 인식이 있었다고 볼 수도 없다. 따라서 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’로 국세를 포탈한 경우에 해당하지 않는 이상, X 년의 부과제척기간이 적용되어야 하는바, 이 사건 각 처분은 X년의 일반제척기간이 도 과한 과세기간에 대해서까지 세금을 부과한 것으로서 위법하여 취소되어야 한다. X) 판단
• 가) 구 국세기본법 제XX조의X 제X항 제X호는 ‘납세자가 대통령령으로 정하는 사 기나 그 밖의 부정한 행위(이하 "부정행위"라 한다)로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제 받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 XX년간 국세를 부과할 수 있다’고 국 세 부과제척기간을 규정하고 있다. 구 국세기본법 시행령 제XX조의X 제X항은 ‘법 제XX 조의X 제X항 제X호에서 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위란 조세범 처벌법 제X조 제X항 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 말한다.’고 규정하고, 조세범처벌법 제X조 제X항은 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’를 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적행위를 말한다고 규정하면서, ‘이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장’(제X호), ‘거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취’(제X호), ‘장부와 기록의 파기’(제X호), ‘재산의 은닉,소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐’(제X호), ‘ 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작’(제X호) 등을 예로 들고 있다.
• 나) 앞서 든 증거들과 변론 전체의 취지를 종합하면 다음과 같은 사정이 인정된
• 다. ① 원고는 수년간 거래처에 스크랩 등 제품 부산물을 판매하면서 그에 관한 판매 단가와 거래품목을 조작하여 허위 거래명세서와 허위 세금계산서를 발급하고 차액을 현금으로 돌려받아 해당 법인세와 부가가치세를 탈루하였다. ② 특히 매출누락 사실을 발각되기 어렵게 하기 위하여 실제 거래품목인 PP재생, PP스크랩 등을 PP잡덩어리 등 으로 거래명세표상 품목을 조작하여 거래단가를 낮추는 방법을 취하기도 하였다. ③ 그와 같은 행위는 조세범 처벌법 제X조 제X호 ‘거짓 증빙의 작성 및 수취’, 제X호 ‘재산의 은닉, 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐’, 제X호 ‘세금계산서의 조작‘에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위라고 평가할 수 있다. ④ 원고의 위와 같은 행위는 구 국세기본법 제XX조의X제X항 제X호의 ‘납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈한 경우’에 해당하고, 이러한 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 XX년간 국세를 부과할 수 있다.

⑤ AAA이 자신이 운영하는 재단법인 관정AAA교육재단(이하 ’재단‘이라 한다)에 매출누락금액 대부분을 기부하였다는 사정만으로 위와 같은 부정행위가 정당화된다고 볼 수 없다. 위와 같은 여러 사정에 비추어 보면, 원고에 대한 법인세 및 부가가치세 등 이 사건 각 처분에 대하여는 XX년의 부과제척기간이 적용된다고 봄이 타당한바, 이와 전제가 다른 원고의 위 주장도 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

• 라. 근거과세원칙 및 실질과세원칙 위반 여부 X) 원고의 주장 피고들이 이 사건 각 처분을 한 결정적인 근거는 EEE가 작성한 ‘XXXX∼XXXX SCRAP 매출손실분‘(갑 제X호증, 이하 ’이 사건 자료‘라 한다)인바, 이는 사후적으로 소급하여 작성된 자료에 불과하여 원고의 매출누락분을 명확히 확인할 수 있는 객관적․합리적인 원시자료로 볼 수 없고 과세관청이 실지조사를 통해 확보한 객관적이고 고도의 개연성과 합리성을 가진 증거자료도 아니다. 따라서 관련 형사사건의 판시내용과도어긋나는 신빙성 없는 이 사건 자료를 잘못 해석한 채 구체적인 증거 없이 막연한 추측에만 의존하여 이루어진 피고들의 이 사건 각 처분은 근거과세원칙 및 실질과세원칙위반으로 위법하다. X) 판단 앞서 든 증거들과 갑 제X, XX, XX호증, 을 제X, X 내지 XX호증의 각 기재, 갑 제 X 내지 XX, XX, XX호증의 각 일부 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 이 사건 자료를 비롯하여 피고가 이 사건 각 처분에 관하여 적법하게 확보한 과세자료는 원고의 법인세 및 부가가치세 탈루사실을 인정할 만한 객관성과 합리성을 갖춘 자료라고 평가할 수 있다. 따라서 이에 기초하여 적법한 실지조사방법에 의하여 이루어진 이 사건 각 처분 중 이 사건 소송절차에서 피고가 정 당하게 재산정함에 따른 주문 제X항 기재 취소 부분을 제외한 나머지 부분은 적법하 고, 이에 대하여 근거과세원칙과 실질과세원칙에 위배되어 위법하다는 취지의 원고 주 장은 위 인정 범위 내에서만 이유 있다.
• 가) 쟁점의 정리 피고 OO세무서장의 원고에 대한 부가가치세 부과처분 대상기간 중 XXXX년 X기~XXXX년 X기 부분은 원고의 부산물 매출누락으로 발생한 이 사건 쟁점금액과 무관하다. 원고에 대한 XXXX~XXXX 각 사업연도에 대한 법인세 부과처분 및 법인소득금액경정으로 인한 소득처분은 모두 부산물 매출누락으로 인한 것이고, XXXX~XXXX 각 사업연도에는 결손으로 인하여 법인세 부과세액 없이 소득처분만이 존재한다(원고는 세무조사 과정에서 ‘판매촉진을 위하여 광고선전비 명목으로 조일합섬에 XXXX년 XX,XXX,XXX원, XXXX년 XX,XXX,XXX원, XXXX년 XX,XXX,XXX원, XXXX년 XX,XXX,XXX원 등 합계 XXX,XXX,XXX원을 무상으로 제공하였고 이에 대한 부가가치세 신고를 누락한 사실이있다.’는 취지의 확인서를 제출한 바 있다. 이와 같은 사업상 증여에 관한 매출누락에대하여 부가가치세를 부과한 것은 정당하다). 한편 원고는 매출누락으로 인한 법인세및 부가가치세 부과처분, 같은 사유로 인한 AAA에 대한 소득처분을 제외한 나머지처분사유로 인한 과세처분과 소득처분에 대하여는 취소사유를 주장․입증할 사항이 없다는 취지의 의견을 밝힌 바 있다(원고의 XXXX. XX. XX.자 준비서면). 따라서 이 사건에서는 부산물 매출누락과 관련된 처분사유의 적법성이 문제되는바, 그 판단과 관련하여이 사건 각 처분의 주된 과세자료인 이 사건 자료의 신뢰성 및 객관성 여부가 주된 쟁점이 된다.
• 나) 이 사건 자료의 신뢰성 평가 (X) 조세탈루사실의 인지 당초 원고에 대한 세무조사 공무원은 원고로부터 확보한 ‘내부감사 실시를 위한 이사회 개최요청’(을 제X호증의 X), ‘이사회 대응방안’(을 제X호증의 X) 문건을 통하여 이 사건 쟁점금액의 탈루사실을 인지하게 되었다. 위 문건들은 원고의 감사인 RRR가 XXXX. X.경 ‘원고의 XXXX~XXXX년 스크랩 등 부산물 매출누락을 통한 횡령금액이 XX억 원으로 추정되고 원고와 사주 AAA의 여러 불법행위에 대한 내부감사가 필 요하다.’고 판단하여 당시 대표이사인 이병호에게 이사회 소집을 요구하였으나 이에 불응하자 내부감사를 실시할 목적으로 이사회 소집을 요청한다는 내용과 아울러 그에 대한 이사회의 대응방안 등의 내용을 담고 있다. (X) 이 사건 자료의 구체적인 내용 조사공무원은 위 문건 내용의 확인을 위하여 XXXX. XX.경 원고의 OO공장 을 방문하게 되었고, 그곳 관리부 차장으로 원재료, 제품 입출고, 제조원가, 투입량 대 비 생산량과 스크랩 관리 등 업무를 담당하던 EEE의 휴대용이동저장장치(USB)에서 이 사건 자료 파일을 확인․출력함으로써 이를 과세자료로 확보하게 되었다. 이는EEE가 전산데이터 기록을 토대로 아래 내역(중간 부분은 생략하고, 첫 부분과 마지막 부분이다)과 같이 거래일자, 월별 총계, 거래처, 제품, 중량, 정상단가, 매출단가, 정상 매출액, 매출금액(전산), 매출손실액, 출고번호, 총 누락액(이 사건 쟁점금액과 일치하는X,XXX,XXX,XXX원) 등을 상세히 기재한 것으로 과세자료로서의 적격성을 충분히 갖추고있다고 평가할 수 있다. 달리 단순히 소급 작성되었다고 하여 그 신뢰성을 부정할 수없고 원고가 단순한 내부 검토 목적으로 작성한 참고자료에 불과하다고 보기도 어렵
• 다. (X) 이 사건 자료 작성자 EEE 진술의 신빙성 (가) EEE는 XXXX. XX. XX. 세무조사 및 XXXX. XX. XX. 범칙조사 과정에서 이 사건 자료 파일의 작성경위 등에 대하여 비교적 소상히 구체적으로 다음과 같이 진 술하였다. 즉, ‘XXXX. X.~X.경 AAA 회장이 스크랩매출을 통하여 매월 X억 원의 현금 을 만들라고 지시하였다. XXXX. X.경 AAA 회장이 스크랩 매출누락 금액이 얼마나 되 는지 정리해 보라고 하여 본인이 OO공장 사무실에서 자료를 직접 확인하면서 정리한 파일이 이 사건 자료 파일이다. AAA의 지시를 받은 DDD 관리부장의 지시에 따라 매출단가를 조작하여 거래처에 허위의 세금계산서를 교부하였고 이 사건 자료에 기재 된 정상매출액은 원고가 스크랩 부산물을 판매하고 거래처로부터 수령한 금액이고 매 출금액(전산)은 단가를 조정하고 매출액을 축소하여 신고한 금액으로 원고의 계좌에 입금된 금액이며, 매출손실액은 정상매출액과 매출금액(전산)의 차액으로 실제 원고의 매출누락금액이다. AAA 회장이 스크랩 매출누락분이 XX억 원 정도 되는지 물어 보 았고 본인이 그 정도 되는 것으로 들어 알고 있어서 파일을 정리한 후 그 정도 된다고 보고하였다. 거래처 입장에서는 거래규모가 가장 크고 친분이 두터운 원고와의 거래 시 지속적인 이윤이 발생하고 또한 원고가 거래처의 매입세액 과소공제에 대한 부가가 치세 등 일정 손실을 보전해 주어 서로의 이해관계가 충족되었다. 매출누락대금은 거 래처로부터 현금으로 지급받아 AAA이 지정하는 재단의 자금관리인에게 전달된 것으 로 알고 있다’는 취지로 진술하였다. EEE는 검찰 참고인 조사에서도 대체로 같은 취 지의 진술을 하였고, 거래처 QQ의 대표자 KKK, YYYYYY 대표이사 LLL도 검찰조사에서 매출누락에 대하여 시인하는 진술을 하였다. 이와 같이 관련자들의 각 진술과 부합하는 이 사건 자료는 원고의 전산기록을 통하여 확인된 구체적인 자료에 의하여 작성된 것으로 원고의 매출누락사실에 대한 객관적 증거로서의 충분한 신뢰성 을 갖고 있다고 판단된다. 달리 그 내용이 현저히 부정확하거나 신뢰성이 결여되는 등 객관성과 합리성을 갖추지 못한 것이라고 볼 만한 특별한 사정은 없다. (나) 다만, EEE는 당초 XXXX. XX. XX. 세무조사 당시에는 이 사건 자료에 기재된 금액의 정확성을 인정하였다가, XXXX. XX. XX. 조세범칙 조사에서는 ‘PP잡덩어리 중 일부 오류가 있으나 관련 증빙은 없다’고 진술하였고, 검찰조사에서는 ‘이 사건자료는 원고 회사 ERP시스템에 입력되어 있는 전산데이터를 보고 일자, 중량, 거래처,단가 등을 기재하였기 때문에 발행된 세금계산서 내역과 일치하는 정확한 자료이나, ZZZZ가 매입한 PP재생과 KKKK이 매입한 PP재생, PP재생(B)은 질적으로 차이 가 있음에도 같은 단가를 적용하여 KKKK 단가 일부는 잘못 작성된 부분이 있다.’는 취지로 진술하였다. 이와 관련하여 피고는 이 사건 소송절차에서 이 사건 자료 중 FFFF의 매출손실금액에 대하여 EEE가 검찰 조사 시 제출한 수정된 매출손실액 파 일 자료(갑 제X호증)상의 정상단가를 적용하여 KKKK의 XXXX. X.~X.분, XXXX. X.분 및 XXXX. XX.분 합계 당초 매출손실액 XXX,XXX,XXX원을 XXX,XXX,XXX원으로 재산정하였고, 이에 따른 정당세액 자료(을 제XX호증 및 [별지X]목록 참조)를 제출한 바 있고, 그와 같은 피고의 정당세액 산정방식은 정당하다고 판단된다. (다) 나아가 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 여전히 위와 같은 오류를 시 정한 나머지 이 사건 자료 전체 부분 및 이를 뒷받침하는 EEE의 진술은 충분한 신 빙성과 증명력을 갖춘 것이라 평가할 만하다. 즉, ① 위와 같은 오류로 인한 매출손실 액 감소분은 약 X,XXX만 원으로 이 사건 자료에 나타난 총매출손실액 약 XX억 원 중 X% 미만에 해당하고, 세액 감소분 역시 약 XXXX만원(XXXX년 법인세 및 농어촌특별세,XXXX년 X기분~XXXX년 X기분 각 부가가치세)으로 원고가 취소를 구하는 법인세 및 부가가치세 총세액 약 XX억 원 중 X.X%에 불과한 점, ② 위와 같은 오류 시정 부분을 제외한 나머지 이 사건 자료 부분에 대해 오류나 착오, 허위 기재 등을 의심할 만한 다른 특별한 사정은 없고, EEE나 원고 측에서 추가로 이 사건 자료의 오류에 해당하는 거래규모를 뒷받침할 만한 구체적 근거와 반박자료를 제출한 바 없는 점, ③ QQQQQQ 대표이사 YYY도 검찰조사에서 실제 정상단가는 XX% 범위에서 차이가 있 다고 진술하였으나, 이 사건 자료의 정상단가는 이미 거래처와의 협상을 거치거나 거 래처들이 이의를 제기하지 않음으로써 합의된 가격으로 실제 거래가격에 해당한다고 볼 여지가 있고 이경수가 매출누락 거래에 대하여 별도의 기록을 하지 않아 오차 범위 를 입증할 만한 자료도 없는 점, ④ 원고의 OO공장 관리부장 DDD는 검찰조사에서 ‘원고가 KKKK에 실제 PP재생을 판매하면서도 PP재생(B) 등을 판매한 것으로 하여 허위 세금계산서를 발급하는 방법으로 매출금액을 탈루하였다.’는 취지로 진술하여 매 출누락사실을 인정한 점, ⑤ 이 사건 자료에서 PP재생(B)의 매출누락 금액 산정에 적 용한 정상단가는 AAAA의 PP재생 정상단가가 아닌 그보다 낮은 별도의 정상단가가 적용된 점, ⑥ 설령 AAAA 외에는 정상적으로 같은 품목의 스크랩 부산물을 거래한 업체가 없었던 관계로 AAAA PP재생 판매단가를 기준으로 부득이하게 정상단가를 기재하였다고 하여 이러한 사정만으로 이 사건 자료 전체의 신빙성을 부정할 것은 아 닌 점, ⑦ 수년간 통정하여 거래의 조작, 거짓증빙 발행․수취의 행위를 계속적으로 반 복해 온 원고와 KKKK, YYYYYY 사이에 정상적인 판매단가를 약정한 사실이 있는지조차 상당히 의문일뿐더러, 그러한 약정이 존재한다고 하더라도 그 주장대로의 정상적인 판매단가를 그대로 신뢰하기는 어려운 점 등에 비추어, X% 정도의 오류를 시정한 나머지 이 사건 자료 전체가 객관성과 합리성을 갖추지 못한 것으로 과세자료로서의 적격성을 갖추지 못한 것이라고 평가하기 어렵다. 앞서 본 바와 같이 그 작성 경위와 방법, 그 기재내용 등에 비추어 그 내용의 객관성과 합리성이 충분히 인정되는 이상, 원고의 이 사건 쟁점금액 상당의 매출누락 사실을 인정할 수 있다.
• 다) 이 사건 자료의 신뢰성을 뒷받침하는 기타 정황들에 대한 평가 (X) 조사공무원은 XXXX. XX. XX. 재단 회의실 금고에서 현금 XX억 X,XXX만 원, 수표 X,XXX만 원을 발견하였다. 이에 대하여 재단 관리팀 차장 SSS은 ‘AAA의 개 인 용도로 보관된 돈으로 OO공장 EEE 직원이 스크랩 매출대금을 모아서 현금을 준 적이 있고 구로빌딩 주차장 현금수입 매출누락 등으로 모아 둔 것이다.’는 취지로 진술하였는바, 이는 이 사건 쟁점금액 상당의 매출누락 사실에 관한 이 사건 자료의 신빙성을 뒷받침하는 정황이다. (X) 원고의 OO공장 관리부장 DDD는 XXXX. XX. X. 검찰 참고인 조사에서 ‘매출누락은 AAA의 지시에 따라 이루어진 것으로 거래품목을 허위로 기재하여 매출 단가를 낮추는 방법으로 허위세금계산서를 발급하고, 실제 거래금액과의 차액은 현금 으로 돌려받았으며, 거래처로부터 돌려받은 현금은 모두 AAA의 재단 자금관리인 GGG 등에게 전달하였다. KKKK과 스크랩 부산물 거래를 하면서 실제 PP재생 거래 를 하였음에도 마치 PP재생(B), PP스크랩 및 PP스크랩(B)를 거래한 것처럼 거짓 세금 계산서를 발급하였다. KKKK에 PP스크랩이 나간 것은 없다. 거짓 매출단가 책정을 매월 그때마다 본인이 임의로 정하였다’는 취지로 진술하였다. 그리고 원고의 거래처 ‘QQ’의 대표자 SSS은 XXXX. XX. XX. 검찰 참고인 조사에서 ‘원고가 QQ에 실제 PVC스크랩을 판매하면서 PVC잡덩어리를 판매하는 것으로 가장하여 판매단가와 거래 품목을 조작하여 허위 세금계산서를 교부하고 실제 매출액과의 차액은 현금으로 돌려 주었다.’는 취지로 진술하는 한편, EEE가 작성한 이 사건 자료를 열람한 후 원고와 의 매출누락 거래에 대하여 인정하는 취지의 진술을 하였는바, 위 각 진술은 거래품목 과 판매단가 조작을 통한 원고의 매출누락 사실을 충분히 뒷받침하고, 그 신빙성을 배 척할 만한 다른 특별한 사정은 없다. (X) 상거래관행과 합리적인 거래관념상 이 사건 자료에 나오는 거래품목인 PP 잡덩어리의 정상단가는 고정거래처이든 소량거래처이든 상관없이 PP스크랩(재생가능하 고 상태가 양호한 필름 형태의 스크랩)이나 PP재생(알갱이 형태)의 정상단가와 유사하 게 책정될 수 없고 그보다 훨씬 낮은 가격으로 책정된다. 그럼에도 이 사건 자료에는 PP잡덩어리의 정상단가(소량거래처와의 거래가격)를 PP스크랩이나 PP재생의 정상단가 의 변동에 맞추어 유사하게 책정하고 있다. 이는 거래품목을 허위로 기재하여 매출단 가를 낮추는 방법으로 매출누락을 은폐할 목적에서 거래명세표와 세금계산서 등 증빙 자료를 허위로 작성한 것에서 기인하는 것인바, 이 사건 자료에 등장하는 PP잡덩어리 거래는 실제로는 PP스크랩이나 PP재생 등 다른 품목의 거래에 해당한다고 볼 개연성 이 상당하다. 이와 같은 사정을 두고서 이 사건 자료가 과세자료로서의 적격성을 갖추 지 못한 신뢰성 없는 자료라고 평가할 것은 아니다. (X) 원고가 조세탈루를 목적으로 거래처에 보전해 준 금액은 통상의 공급가액 에서 직접 공제해 준 매출에누리가 아니라 원고가 매출누락을 통한 조세포탈 사실을 은폐하기 위한 수단으로 허위의 세금계산서 발행 등에 협력함으로써 발생한 비용에 대 한 보조금 또는 사례금의 지급으로, 원고의 조세포탈에 관련된 비용에 불과하다. 이는 사회통념상 일반적으로 용인되는 통상적인 비용이나 수익과 직접 관련된 것으로 볼 수 없고 사회질서에 반하는 비용으로 손금으로 인정되거나 매출에누리에 해당한다고 보아 매출누락금액에서 공제할 것은 아니다. 따라서 피고들이 원고의 거래처에 대한 현금보 전분을 포함하는 매출누락금액 전부를 정상 매출금액에 포함시켜 법인세와 부가가치세 를 산정한 조치는 정당하고, 원고가 거래처에 보전해 준 금액은 부가가치세법상 매출 에누리로서 법인의 수입금액에서도 제외되어야 한다는 원고의 주장은 이유 없다.
• 라) 관련 형사사건 등 자백진술 등 (X) 원고는 조세범처벌법위반 등 혐의로 고발되어 검찰조사를 받는 과정에서 원고에 대한 부가가치세 및 법인세 포탈 혐의를 인정한다는 취지의 의견을 밝혔다. 관 련 형사사건의 제X심공판에서도 같은 취지로 매출누락으로 인한 조세포탈 범행 등 공 소사실을 전부 인정하였고 제X심법원도 공소사실을 전부 유죄로 인정하였다. (X) 원고의 감사 RRR의 이사회 소집 요청 등으로 매출누락으로 인한 조세 포탈 등 위법사실이 널리 알려지게 될 우려한 AAA은 XXXX. X. XX. 당시 원고의 임직 원들 X명(총무부장, 경리부장, 영업관리부장, 영업X, X부장)으로부터 ‘RRR가 제기한 X가지 감사 항목에 대하여 민형사상 법적 문제를 제기하거나 발설을 하지 않을 것을 확약한다.’는 내용의 이행각서(을 제XX호증의 X)를 작성받았다. 그에 따라 AAA의 아 들로서 원고의 대표이사인 CCC은 같은 날 위 임직원 X명에게 X인당 X,XXX만 원의 퇴직 보상금 내지 위로금을 지급하기로 하는 내용의 확약서(을 제XX호증의 X)를 작 성․교부하였다. 그런데 위 확약서에 첨부된 원고의 불법행위 내용 중 자금 횡령 부분 에는 ‘원고의 XXXX. X.부터 XXXX. X.까지 KKKK 외 X개 업체와 부산물(스크랩) 거래 를 이용한 XX억 X천만 원의 자금횡령’이라는 내역이 간명하게 기재되어 있다. 원고의 내부 실무 책임자들도 이 사건 자료 등 내부 자료를 통하여 원고의 이 사건 쟁점금액 상당의 부산물 매출누락금액을 파악하고 있었던 것으로 보인다. (X) [별지X] 범죄일람표(X) 기재 각 발행일자별 정상공급가액과 계산서 기재 공급가액에는 이 사건 자료에 포함되지 않는 거래금액, 즉 매출누락 내지 조세탈루와 무관한 정상거래분까지 포함하고 있다. 이는 정상거래분까지 포함하여 매월 발생한 총 공급가액을 기준으로 X장의 전자세금계산서를 발행한 때문일 뿐이다. 위 범죄일람표(X)기재 각 발행일자별 정상공급가액에서 계산서 기재 공급가액을 차감한 금액(즉, 공급가차액으로 세금계산서 과소발행금액)은 이 사건 자료의 정상공급가액에서 매출금액(전산)을 차감한 금액(즉, 매출손실액)과 정확히 일치한다. 따라서 원고의 주장대로 이 사건 자료의 수치 산정에 오류가 있어 이 사건 쟁점금액을 매출누락금액으로 인정할 수없다거나 관련 형사사건의 범죄사실과 모순․저촉된다고 보아 신빙성이 없다고 평가할 수 없다.
• 마) 취소의 범위 KKKK의 매출손실금액 산정과 관련하여 아래 <표X> 내역과 같이 XX,XXX,XXX 원 상당의 오류가 있어 위법한바, 이를 시정한 해당 각 처분의 정당세액을 재산정하면,[별지X] 목록 제X, X항 각 내역과 같다. 따라서 피고들이 XXXX. X. X. 원고에게 한, [별지X] 목록 제X, XX, XX, XX항 기재 각 처분 중 [별지X] 목록 제X항 기재 각 해당 처분의 ‘정당세액’을 초과하는 부분 및 [별지X] 목록 제X, X항 기재 각 처분 중 [별지X] 목록 제X항 기재 각 해당 처분의 ‘경정된 통지금액’을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 하고, 이를 제외한 나머지 이 사건 각 처분은 정당하다. <표X> (단위: 원) X. 결론 그렇다면 이 사건 소 중 [별지X] 목록 제XX항 기재 소득금액변동통지처분의 취소를 구하는 청구 부분은 부적법하여 각하하고, 원고의 피고들에 대한 각 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 인용하며, 각 나머지 청구는 이유 없어 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.