원고의 일괄하도급 처리와는 상이한 매입세금계산서의 공제여부 ​

사 건 2019구합54313 부가가치세부과처분취소 원 고 AAA 피 고 BB세무서장 변 론 종 결

2020. 03. 27. 판 결 선 고

2020. 05. 29.

1. 원고의 청구를 기각한다.

청 구 취 지 피고가 2018. 1. 18. 원고에게 한 2014년 제2기분 부가가치세 57,761,540원(가산세 포함)의 부과처분, 2015년 제1기분 부가가치세 266,756,910원(가산세 포함)의 부과처분중 29,985,584원(가산세 포함)을 초과하는 부분, 2015년 제2기분 부가가치세 255,024,040원(가산세 포함)의 부과처분 중 30,048,206원(가산세 포함)을 초과하는 부분, 2016년 제1기분 부가가치세 351,532,000원(가산세 포함)의 부과처분 중 19,378,700원(가산세 포함)을 초과하는 부분, 2016년 제2기분 부가가치세 371,538,860원(가산세 포함)의 부과처분 중 18,771,500원(가산세 포함)을 초과하는 부분을 모두 취소한다.

• 가. 원고는 1990. 7. 26. 설립되어 전기공사업을 영위하는 회사로서, 2014. 10.경 한국도로공사가 발주한 고속국도 제65호선 울산·포항 간 제3공사구간 전기공사(이하 ‘① 공사’라 한다)를 주식회사 BB건설 및 DD종합건설 주식회사와 공동수급체를 구성하여 도급받았고, 2016. 2.경 한국도로공사가 발주한 고속국도 제30호선 상주·영덕 간 제3공사구간 전기공사(이하 ‘②공사’라 하고 ①공사와 합쳐 ‘이 사건 각 공사‘라 한다)를 주식회사 EE엔지니어링, 주식회사 CC종합건설과 공동수급체를 구성하여 도급받았다.
• 나. ①공사계약은 2014. 10. 24. 최초로 체결된 후 3번의 변경을 거쳐 최종적으로 총공사비 9,813,465,000원(원고 지분 5,566,929,900원)으로 확정되었고, ②공사계약은 2016. 2. 22. 최초로 체결된 후 2번의 변경을 거쳐 최종적으로 총 공사비 14,235,934,000원(원고 지분 6,799,468,723원)으로 확정되었다.
• 다. 서울지방국세청장은 2017. 9. 21.부터 2017. 12. 5.까지 원고의 2014~2016 사업연도 법인통합조사를 실시한 후, ‘원고가 이 사건 각 공사를 개인사업BB FFF에게 일괄 하도급하여 진행하였음에도 마치 원고가 직접 시공한 것처럼 자재업체로부터 공급가액 합계 6,755,985,004원의 각 매입세금계산서[갑 제37호증(가지번호 포함, 이하 같다), 이하 ’이 사건 각 세금계산서‘라 한다]를 수취하였다'고 보아, 이 사건 각 세금계산서가 구 부가가치세법(2017. 12. 19. 법률 제15223호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제39조 제1항 제2호에서 정한 ’필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 세금계산서 ‘임을 이유로 피고에게 과세자료를 통보하였다.
• 라. 피고는 부가가치세 산정 시 이 사건 각 세금계산서 기재 매입세액은 물론 원고가 영업비 등 비자금 마련을 위해 ‘GG전기’ 등으로부터 수취한 별개의 허위매입세금계산서(아래 표 기재 ‘그 외 원고가 다투지 않는 허위매입세금계산서’ 부분) 기재 매입세액도 공제하지 않기로 하여, 2018. 1. 18. 원고에 대하여 2014년 제2기분 부가가치세 57,761,540원, 2015년 제1기분 부가가치세 266,756,910원, 2015년 제2기분 부가가치세 255,024,040원, 2016년 제1기분 부가가치세 351,532,000원, 2016년 제2기분 부가가치세 371,538,860원 합계 1,302,613,350원을 경정·고지하였다. 이 중 이 사건 각 세금계산서와 관련한 부분은 2014년 제2기분 부가가치세 57,761,540원, 2015년 제1기분 236,771,326원, 2015년 제2기분 부가가치세 224,975,834원, 2016년 제1기분 부가가치세 332,153,300원, 2016년 제2기분 부가가치세 352,767,360원 합계 1,204,429,360원의 경정·고지 부분(이하 ‘이 사건 각 부과처분’이라 한다)이다.
• 마. 원고는 2018. 4. 17. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2018. 11. 16. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 어떤 공사업자 명의로 도급받은 전기공사의 전부 또는 대부분이 다른 사람에 의하여 시공되었더라도 그 공사업자가 전기공사에 실질적으로 관여할 의사로 도급받았고 실제로도 시공과정에 관여하였다면 그 공사업자를 실질시공자로 보아야 하는바, 원고는 이 사건 각 공사 중 자신의 지분율 상당에 해당하는 용역제공을 이행하기 위해 자재공급업체들과 직접 계약을 체결하고 대금도 지급하였을 뿐만 아니라 근로자들을 직접 고용함으로써 사용자로서의 책임도 부담하는 등 이 사건 각 공사의 시공과정에 실질적으로 관여하였다. 반면, 이 사건 각 공사에 필요한 인적·물적 설비를 전혀 갖추지 못한 FFF는 원고에게 현장소장으로 고용된 사람에 불과하지, 이 사건 각 공사를 원고로부터 일괄 하도급 받은 사람이 아니다. 또한, 원고가 이 사건 각 공사를 일괄 하도급하였는지와 자재공급거래의 상대방이누구인지는 별개의 문제이므로, 설령 피고의 주장과 같이 원고가 이 사건 각 공사에 관여하지 않고 FFF에게 일괄하여 하도급하였다고 하더라도, 원고가 자재공급업체들과 직접 자재공급계약을 체결한 후 이 사건 각 공사현장에 자재를 공급받았고 그들로부터 이 사건 각 세금계산서를 수취한 이상, 이 사건 각 세금계산서가 구 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 에서 말하는 ‘필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 세금계산서’에 해당한다고 볼 수 없다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 관련 법리 구 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 는 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 세금계산서의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는바, 이 경우에 사실과 다르다는 의미는 과세의 대상이 되는 소득·수익·계산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정한 국세기본법 제14조 제1항 의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키는 것이다(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 참조).

2. 인정사실

• 가) 이 사건 각 공사계약에 관하여 공동수급체의 대표인 원고가 서울보증보험 및 전기공제조합에 보험료를 납부하고 계약보증서와 하자보증서를 발급받아 한국도로공사에 제출하였다. 이 사건 각 공사에 참여한 근로자들의 임금은 원고의 계좌로부터 송금되었고, 안전사고 발생으로 인한 병원비는 원고의 법인카드로 결제되었다. ① 공사의 현장 사무실인 울산 울주군 범서면 두산리 378-3 소재 건물의 임대차계약상 임차인은 원고이다. ②공사의 현장사무실 용도로 의성군 안평면 하령리 526-1에 신축된 지상 1층 가설건축물 2동도 원고가 그 건축물 축조 신고 등 절차를 이행하였다.
• 나) 원고는 이 사건 각 세금계산서와 관련된 자재공급거래에 관하여 공급받는 자를원고로 하는 물품구매계약서와 거래명세서를 보관하고 있고, 각 거래대금은 원고의 계좌로부터 송금되었다.
• 다) ②공사 시작 무렵인 2016. 2.경 FFF를 월 급여 500만 원(세전)에 현장주재 임원으로 채용한다는 취지가 기재된 원고 내부문건이 존재하고, 실제로 2016. 2.경부터 2017. 1.경까지 FFF의 급여 명목으로 매월 약 420만 원(세후)이 원고의 계좌에서 FFF 명의의 계좌로 송금되었다.
• 라) 원고의 사업기획실 소속으로 공사현장관리 및 지원 업무를 담당한 HHH는 2017. 10. 31. 서울지방국세청 소속 조사공무원으로부터 이 사건 각 세금계산서와 관련된 조세범칙조사를 받으면서 ‘인건비는 본사에서 설치한 지문인식기기를 통해 관리하였지만, 원부자재는 현장에서 전부 관리하였다. 자재관리의 경우 업체 선정, 발주, 검수까지 전부 공사현장에 위임하기 때문에 본사에서는 관리하지 않았다. 현장조직은 전부 FFF가 데리고 와서 만든 것이다. FFF는 현장소장으로서 현장의 모든 업무를 총괄하는 총괄책임자이다. ①공사도 당시 그 옆 4공구에서 일하고 있던 FFF를 현장소장으로 하여 맡긴 것인데, 공식적으로는 4공구에 소속되어 있었기 때문에 FFF가 데리고 온 조선길을 형식적으로 공부상 현장소장으로 넣은 것 뿐이다. 한국도로공사의 경우 의무적으로 공사 현장 소재지에서 전기공사면허를 가지고 사업을 하는 업체와 공동도급입찰을 하도록 하고 있는데, 그 지역에서 공동수급체를 구성할 업체를 찾기가 쉽지 않다. 이에 중간소개업자를 통해 공동수급체를 구성할 업체를 소개받았는데, ①공사 당시 중간소개업자가 FFF를 지정해서 현장소장으로 업무를 맡긴 것이고, 입찰전부터 이미 FFF가 시공자로 정해져 있던 것으로 알고 있다. 원고 입장에서는 낙찰이 되면 중간소개업자와 협의한 대로 FFF와 같이 일할 수밖에 없다. 공사 입찰 당시 이미 정해진 원가 실행률이 있는데 그 원가 실행률은 도급금액의 보통 75~80% 정도 되고, 공사기간 내에 이 원가의 범위 내에서 공사를 완료할 것을 조건으로 하여 FFF에게 시공을 전부 일임하고 있으며, FFF가 원부자재 공급, 일용근로자 배치 등 모든 현장업무를 한다. 중간소개업자의 소개료는 FFF와 중간소개업자가 알아서 하는 것으로 알고 있다. 하도급과 유사하지만 서류상으로는 직영 형식을 취하고 있어 원고가 세금계산서를 수취한 것이다. FFF에게 지급한 공사대금은 ①공사의 경우 원고도급금액의 75%, ②공사의 경우 원고 도급금액의 78%에 해당하고, FFF가 인건비세금계산서, 기타 영수증 등을 첨부해서 보내주면 원가실행률 범위 내에서 결제해 주었다.’라고 진술하였다.
• 마) FFF는 2017. 11. 2. 서울지방국세청에서 조사를 받으면서 ‘2015년부터 원고의 현장총괄책임자로 근무하였는데 서류에는 2016년부터 근무한 것으로 되어 있다. 공동수급체를 구성해 주는 중간소개업자가 나에게 이 사건 각 공사를 주어서 전부 맡아 공사하였다. 구체적으로 ①공사의 경우에는 중간소개업BB III의 소개로 인건비에 대한 4대 보험료와 부가가치세를 제외한 나머지 도급금액의 63%(약 50억)로 하도급받아 진행하였고, ②공사의 경우에는 중간소개업BB 전영덕의 소개로 도급금액의 65%(소방공사 포함 약 80억)로 하도급받아 진행하였다. 원고를 포함한 이 사건 각 공사의 공동수급체는 그 지분율에 해당하는 이익만 챙겨갔고, 실제 시공에 참여한 적은 없다. 내가 이 사건 각 공사를 하도급받았기 때문에 원부자재, 인건비 등은 모두 내가 관리 하였고, 지출증빙은 월말에 원고 소속 HHH 부장에게 보내주었다. 원부자재와 관련하여 구매업체 선정부터 구매수량까지 전부 내가 확인하였다. 내가 알기로 불법 하도급이기 때문에 발주처에서 확인할 경우에 대비해 내 밑에서 일하는 직원들을 원고 또는 공동수급체에 서류상 정직원으로 채용하는 것으로 알고 있다. 원고와 사이에 계약서를 작성하지는 않았고 부사장인 JJJ과 구두로 계약하였다.’라고 진술하였다(이하 ‘종전진술’이라 한다). 위 진술이 기재된 문답서 말미에는 조사공무원의 “지금까지의 진술이 강요에 의해 작성되었나요?”라는 질문에 “아니요”라는, “지금까지 진술한 사항에 대하여 사실과 다를 경우에는 어떠한 책임도 지겠습니까?”라는 질문에 “예”라는 FFF의 자필 기재가 있고, 그 아래 “진술 내용이 거짓으로 밝혀질 때에는 조세범 처벌법 제17조 1)의 규정에 의해 처벌될 수 있습니다.”라는 문구가 인쇄되어 있다. 한편 FFF는 2018. 4. 24. 서울은평경찰서에서 조사를 받으면서는 ‘원부자재 매입은 현장소장의 책임 업무가 아니고, 현장소장은 단지 인력 모집 및 관리만 할 뿐이다. HHH 부장에게 특정 업체를 추천하는 식으로 의견을 전달할 뿐 업체를 선정할 권한은 없다. 서울지방국세청에서 한 종전 진술은 조사관으로부터 “HHH가 다 인정했는데 왜 다른 진술을 하느냐”라는 추궁을 받고서 정확히 어떤 의미인지 모르고 “HHH가 그렇게 진술했다면 그게 사실일 거다”라는 식으로 답변한 것이다. 원고가 현장소장에게 “기준 범위 내에서 마무리해라”라는 취지로 지시한 것을 하청으로 진술한 것에 불과하다. 처음에 서울지방국세청 조사실에서 조사팀장이라는 사람이 사무실로 불러서 조사하였고 조사가 끝난 후 조서를 다시 보더니 다시 조사를 받으라고 해서 또 조사를 받았다. 너무 지치고 힘들어서 그냥 알았다고 시인한 것이다. 하도급은 아니다.’라고 진술하면서 종전 진술을 번복하였다(이하 ‘번복 진술’이라 한다).
• 바) 이 사건 각 공사 당시 원고의 부사장으로서 위 각 공사의 총괄책임자였던 JJJ은 2017. 12. 2. 서울지방국세청에서 조사를 받으면서 ‘원고가 이 사건 공사 전까지 고속도로 공사를 진행한 적이 없었는데, 공동수급체를 구성할 다른 회사를 소개해 준 소개업자가 고속도로 공사 경험이 많은 FFF를 시공업자로 소개해 주었고, 원고는 어쩔 수 없이 FFF에게 시공을 일임하고 발주처 및 현장안전 등은 원고가 관리하였다. 노무비는 원고가 직접 일용직 계좌로 지급하기로 하였고, 원부자재는 FFF의 관리 하에 원고가 매입받은 것으로 하고 FFF가 세금계산서를 가지고 오면 원고가 그 매입대금을 지급하는 형식으로 처리하였다. 공동수급체가 도급금액의 20%를 이윤으로 하고 나머지 80% 정도의 원가 내에서 공사를 진행하였다.’라고 진술하였다.
• 사) JJJ과 원고는 ‘2014. 11. 1.부터 2016. 12. 27.까지 GG전기로부터 공급가액 합계 6,755,985,004원의 재화를 공급받았음에도 GG전기로부터 매입세금계산서를 수취하지 않았다.’라는 조세범처벌법위반 혐의로 서울지방국세청장으로부터 고발당하였는데, 이에 대하여 서울서부지방검찰청은 ‘JJJ, HHH, FFF가 서울지방국세청에서의 진술을 번복하여 원고가 이 사건 각 공사를 직접 시공한 것이라고 진술하는바, 달리 원고가 이 사건 각 공사를 FFF에게 재하도급하였음을 인정할 만한 증거가 없다.’라는 이유로 2018. 7. 30. 혐의없음(증거불충분)의 불기소처분을 하였다(이하 ‘이 사건 불기소처분’이라 한다). 이에 서울지방국세청장이 서울고등검찰청에 항고를 제기하였으나, 2018. 10. 30. 기각되었다. [인정근거] 갑 제9 내지 21, 28 내지 35, 37의 각 기재, 변론 전체의 취지

3. 구체적 판단 위 인정사실과 앞서 든 증거들을 통해 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고는 FFF에게 이 사건 각 공사를 일괄 하도급하여 시공하게 하였고 이 사건 각 세금계산서 기재 각 매입처들과 직접 거래한 사실이 없음에도, 사실과 다른 이 사건 각 세금계산서를 수취하였다고 봄이 상당하다. 이 사건 각 부과처분은 적법하고, 원고의 주장은 이유 없다. 가) 전기공사업법 제14조 제1항 에 따라 금지되는 일괄 하도급을 하려는 자는 그것이 당국에 적발될 경우 형사처벌, 입찰 참가자격 제한 등의 불이익을 받게 되므로, 이를 은폐하기 위해 공사비 지출 내역이나 관련 증빙 등 객관적인 자료는 마치 직영(직접 시공)인 것처럼 마련해 놓는 것이 일반적이다. 따라서 공사비 지출 내역이나 관련 증빙등 외관을 살펴보는 것만으로는 일괄 하도급 여부를 판별하기 어려운 경우가 대부분이어서, 해당 공사에 참여한 내부 관련자들의 진술에 의존할 수밖에 없는 측면이 강하다. 그런데 FFF가 한 종전 진술이나 HHH, JJJ의 서울지방국세청에서의 각 진술은 그들이 직접 경험하지 않고서는 할 수 없는 구체적인 내용인데다가 그 내용이 상호일치하므로 신빙성이 상당히 높은 반면, FFF의 번복 진술은 종전 진술 내용의 구체성에 비추어 FFF가 그 의미를 모르거나 오인한 상태에서 종전 진술을 하였다고 보이지 않고, 그 번복 경위를 납득할 수도 없어 그대로 믿기 어렵다.

• 나) 원고가 제출한 증거들을 통해 확인되는 것은 원고가 이 사건 각 공사와 관련하여 계약보증서와 하자보증서를 발급받아 한국도로공사에 제출한 사실, 근로자들의 임금이나 안전사고로 인한 병원비가 원고의 계좌로부터 송금되거나 원고의 법인카드로 결제된 사실, 이 사건 각 공사의 현장사무실 마련에 원고가 관여한 사실, 원고가 이 사건 각 세금계산서와 관련된 물품구매계약서와 거래명세서를 보관하고 있고, 각 거래대금은 원고의 계좌로부터 송금된 사실, 원고 내부문건에 2016. 2.경 FFF를 고용한 것으로 되어 있고, 그때부터 2017. 1.경까지 급여 명목으로 FFF 명의 계좌로 매월 돈이 송금된 사실 등인데, FFF의 종전 진술, HHH, JJJ의 위 각 진술에 비추어 위와 같은 지출 내역이나 관련 증빙 일체는 모두 일괄 하도급의 실질을 은폐하기 위해 필수적으로 갖추어야 할 외관에 불과하고, 이 사건 각 공사를 실질적으로 수행한 자가 누구인지 밝혀주는 자료가 될 수 없다. 특히, FFF는 인건비와 관련하여 ‘이 사건 각 공사의 경우 산악지대에서 공사를 하다 보니까 일용근로자를 구하기 힘든 상황이고 보통 일당 18~20만 원을 지급하였다. 하지만 원고에게는 일당 10~12만 원 정도를 상한으로 해서 결제를 올렸다. 나머지 8만원 정도는 내가 따로 지급해줘야 하는데 이 비용을 GG전기를 통해서 현금으로 지급해 주었다. 인건비에 대한 4대 보험과 부가가치세는 원고가 부담하기로 하였는데, 인건비가 많아지면 4대 보험 지출비용이 커지니까 일용근로자의 일당을 제한한 것으로 알고 있다.’라고 진술하였는바, 원고가 근로자들에게 인건비 일부를 직접 지급하였다고 하더라도 이는 결국 FFF와의 하도급계약에 따른 이행일 뿐이므로, 일괄 하도급에 배치되는 정황이라고 볼 수 없다. 또한, 한국도로공사 등 제3자에 대한 관계에서 하자보수책임 등 법률상 권리·의무의 귀속 주체가 원고가 된다는 사정은 원고가 외관상 갖추었던 직영의 법률관계에 기초한 당연한 결론에 지나지 않으므로, 그것이 FFF가 이 사건 각 공사를 원고로부터 하도급 받았음을 인정하는 데 장애가 되는 것은 아니다(FFF는 종전 진술에서 하자보수 책임도 자신이 부담하는 것으로 진술하고 있다).
• 다) ‘설령 FFF가 이 사건 각 공사를 일괄 하도급 받았다고 하더라도 원고가 자재공급업체들과 직접 자재공급계약을 체결한 후 이 사건 각 공사현장에 자재를 공급받은 이상 이 사건 각 세금계산서가 사실과 다른 경우에 해당한다고 볼 수 없다.’는 원고의 주장도 여전히 거래명세서 등 외관에만 근거한 것이다. 즉, FFF, HHH, JJJ이 서울지방국세청 조사에서 밝힌 것은, FFF가 자재공급업체 선정·인력 배치 등 이 사건 각 공사에 필요한 제반사항에 관한 의사를 결정하고 공사현장을 관리·감독하는 등 공사 전반을 이끌어 사실상 한국도로공사와의 도급계약상의 채무를 직접 이행하였다는 것인바, 실질과세의 원칙상 이 사건 각 세금계산서에 나타난 자재공급거래의 실질적인 주체는 거래명세서 등 외관에도 불구하고 원고가 아닌 FFF라고 보아야 한다.
• 라) 이 사건 불기소처분은 조세범처벌법위반 혐의와 관련하여 FFF가 원고로부터이 사건 각 공사에 관하여 일괄 하도급을 받았다는 사실을 확신 있게 인정할 만한 형사법상의 엄격한 증거가 없음을 전제로 한 수사기관의 판단에 불과하므로, 그와 증명의 정도, 증거능력 제한 여부 등에서 명백히 구별되는 행정재판이 위 불기소처분의 판단에 구속될 것이 아니다.

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.