과세단위가 다르면 특례제척기간이 적용되지 아니함

사 건 2019구합53693 법인세 부과처분 취소청구 원 고 aaaa 피 고 AAAA 변 론 종 결

2019. 6. 27. 판 결 선 고

2019. 8. 22.

1. 피고가 2017. 4. 17. 원고에 대하여 한 2005 사업연도 법인세 xxx원, 2006 사업연도 법인세 xxx원, 2007 사업연도 법인세 xxx원, 2008 사업연도 법인세 xxx원, 2009 사업연도 법인세 xxx원, 2010 사업연도 법인세 xxx원의 각 부과처분(각 가산세 포함)을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고는 이른바 오픈 마켓(Open Market)이라고 불리는 인터넷상 재화 및 용역의 거래공간인 ‘bbb’을 운영하는 회사로, bbb에 가입한 판매회원과 구매회원 사이에 bbb 시스템을 이용한 재화 및 용역의 매매 등 거래를 지원하고 그 대가로 판매회원 으로부터 bbb 시스템의 이용 대가인 서비스 이용료를 지급받는 수익구조를 가지고 있다.
• 나. 원고는 bbb을 통한 재화 또는 용역의 거래를 활성화하기 위한 마케팅 프로모 션의 일환으로 2003년 말경부터 ‘아이템 할인’, 2005년 초경부터 ‘바이어 쿠폰’ 제도를 시행하여 해당 할인액만큼을 판매회원들의 서비스 이용료에서 공제하여 주고, 그 공제 액(이하 ‘이 사건 공제액’이라 한다)을 구 부가가치세법(2011. 12. 31. 법률 제11129호 로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제13조 제2항 제1호, 구 부가가치세법 시행령(2013.

6. 28. 대통령령 제24638호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조 제2항에서 정 한 에누리액으로 보아 부가가치세 과세표준에서 차감하여 부가가치세를 신고․납부하 였다.

• 다. 피고는 ‘이 사건 공제액이 서비스 이용료에 대한 부가가치세 과세표준에 포함되 어야 한다’는 감사원의 시정 요구에 따라, 2010. 7. 26.부터 2011. 5. 11.까지 사이에 [별지 1] 기재와 같이 4회에 걸쳐 원고에게, 2005년 1기부터 2010년 1기까지의 부가가치세와 관련하여 원고가 이 사건 공제액을 과세표준에서 제외함으로 인해 부족 징수되었다고 판단한 부가가치세를 추가로 부과하는 처분(이하 ‘이 사건 최초처분’이라 한다)을 하였다.
• 라. 이에 원고는 2011. 3.경 이 사건 최초처분과 관련한 할인금액(공급가액)을 익금 에 산입하고 부가가치세를 포함한 할인금액(공급대가)을 판매수수료로 손금에 산입할 것을 요구하는 내용의 2005 내지 2010 사업연도 법인세 경정청구를 하여 2011. 8.경 피고로부터 법인세 합계 xxx원을 환급받았다.
• 마. 원고는 이 사건 최초처분에 불복하여 2010. 10. 22.부터 2011. 7. 19.까지 사이에 조세심판원에 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2011. 12. 30. 및 2012. 6. 20. 원고 의 2011. 7. 19.자 청구에 대하여 이 사건 공제액 중 2006. 6. 1. 이후의 아이템 할인 부분을 과세표준 및 세액에서 제외하는 취지로 일부 인용 결정을 한 외에 나머지 청구 를 모두 기각하였다(이하 이 사건 최초처분 중 위 조세심판원의 결정으로 일부 취소되 고 남은 부분을 ‘이 사건 종전처분’이라 한다).
• 바. 이에 피고는 2012. 7.경 이 사건 최초처분 중 일부 아이템 할인 관련 이 사건 공 제액에 대한 부가가치세 부과분을 취소하여 원고에게 부가가치세 xxx원을 환급하면서, 원고의 2005 내지 2010 사업연도 법인세 소득금액에서 위 공제액을 손금불산입함으로 인한 법인세 xxx원을 원고에게 부과․고지하여 징수하였다.
• 사. 원고는 2011. 6. 28. 서울행정법원에 이 사건 종전처분의 취소를 구하는 소를 제 기하였고, 서울행정법원은 2013. 1. 25. ‘이 사건 공제액은 원고와 판매회원 사이의 용 역계약상 용역제공의 조건의 성취에 따라 서비스 이용료에서 직접 공제되는 금원으로서, 구 부가가치세법 제13조 제2항 제1호, 구 부가가치세법 시행령 제52조 제2항 소정의 과세표준에 포함되지 않는 에누리액에 해당한다’는 이유로 이 사건 종전처분을 취소하는 판결을 선고하였다(2011구합20390호). 이에 피고가 항소하였으나 항소심인 서울고등법원은 2013. 11. 29. 피고의 위 항소를 기각하였고(2013누6581호), 이에 다시 피고가 상고하였으나, 2016. 6. 23. 대법원에서 피고의 위 상고가 기각되어(2014두298호), 같은 날 제1심 판결이 확정되었다(이하 ‘이 사건 확정판결’이라 한다).
• 아. 피고는 이 사건 확정판결에 따라 이 사건 공제액을 부가가치세 과세표준에 포함하였던 것을 모두 취소하여 2016. 7. 5. 원고에게 부가가치세 xxx원을 환급하였다. 한편, 피고는 원고의 2005 내지 2010 사업연도 법인세 소득금액에서 이 사건 공제액을 모두 손금불산입하여 앞서 2012. 7.경 징수한 법인세(xxx원)를 제외한 나머지 법인세를 다시 부과하기로 함으로써 2017. 4. 17. 원고에게 2005 사업연도 법인세 xxx원, 2006 사업연도 법인세 xxx원, 2007 사업연도 법인세 xxx원, 2008 사업연도 법인세 xxx원, 2009 사업연도 법인세 xxx원, 2010 사업연도 법인세 xxx원 합계 xxx원을 각 부과․ 고지하였다(각 가산세 포함, 이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 자. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2017. 6. 21. 감사원에 심사청구를 하였으나, 감 사원은 2018. 11. 14. 원고의 위 청구를 기각하였다. [인정 근거] 다툼이 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1, 2호증의 각 기재(각 가지번호 포함), 변론 전체의 취지

• 가. 관계 법령 [별지 2] 기재와 같다.
• 나. 판단

1. 부과제척기간의 도과 여부 구 국세기본법(2010. 12. 27. 법률 제10405호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항 제3호, 제5항, 구 국세기본법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19893 호로 개정되기 전의 것) 제12조의3 제1항 제1호에 의하면, 과세표준과 세액을 신고하 는 국세는 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급‧공제받은 경우 및 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에 해당하 지 아니하면 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한의 다음 날부터 5년이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 한편, 법인세는 신고납부 방식의 국세인데, 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것) 제60조 제1 항에 의하면, 납세의무있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일부터 3월 이내에 당해 사 업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할세무서장에게 신고하여 야 한다. 원고의 2005 사업연도(2005. 1. 1.부터 2005. 12. 31.까지인 것으로 보인다) 내지 2010 사업연도 법인세의 부과제척기간은 각 신고기한의 다음 날인 2005년부터 2010년 까지의 매년 4. 1.부터 5년간이다. 위 인정사실에 의하면, 피고는 최종 신고기한인

2011. 4. 1.부터 5년이 경과하였음이 역수상 명백한 2017. 4. 17.에 이르러서야 원고에 대하여 이 사건 처분을 하였으므로, 이 사건 처분은 부과제척기간이 경과한 후에 이루어진 것으로서 위법하다.

2. 특례제척기간 적용 여부

• 가) 피고의 주장 종전처분과 재처분 사이에 비록 과세단위가 달라진다 하더라도 기초적인 사실관계가 동일하여 동일한 사실관계에 대해 법적 평가만 달리하여 과세하는 것에 불과한 경우에는 구 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호 의 특례제척기간 규정이 적용되는 것 으로 해석함이 타당하다. 이런 경우 조세채무자로서도 재처분을 당초부터 예견하였거 나 예견할 수 있었다고 할 것이므로, 이렇게 해석하더라도 신뢰보호의 문제나 법적안 정성을 해할 우려는 발생하지 않고, 오히려 특례제척기간은 가급적 넓게 해석하는 것 이 공평과세에 부합한다. 이 사건 종전처분과 이 사건 처분은 ‘아이템 할인이나 바이어 쿠폰 제도를 통한 상품거래’라는 하나의 사실관계에 대하여 세법적 평가만 달리한 것으로 두 처분 사이에 기본적 사실관계가 동일하므로 특례제척기간이 적용된다고 봄이 타당하다.
• 나) 판단 구 국세기본법 제26조의2 는 제1항에서 국세부과의 제척기간을 규정한 다음, 제2항 제1호에서 국세의 부과에 관한 이의신청·심사청구·심판청구, 감사원법에 의한 심사청구 또는 행정소송법에 의한 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우에는 제1항의 규정에도 불구하고 그 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년이 경과하기 전까지는 해당 결정·판결에 따라 경정결정 기타 필요한 처분을 할 수 있다고 규정하고 있다. 이와 같 이 제척기간에 대한 특례를 정한 국세기본법 제26조의2 제2항 의 당초 입법취지는 국세에 관한 부과처분이 있은 후에 그 처분에 대한 행정심판 또는 행정소송 등의 쟁송절차가 장기간 경과되어 그 결정 또는 판결이 부과제척기간이 지난 후에 확정된 경우에 과세관청이 쟁송절차에서 유리한 결과를 이끌어 낸 납세자에 대하여 그 결정이나 판결에 따른 처분조차도 할 수 없게 되는 불합리한 사태가 발생하는 것을 방지하려는 데에 있었다. 특례제척기간에 관한 규정을 오로지 납세자를 위한 것이라고 보아 납세자에게 유리한 결정이나 판결을 이행하기 위한 경우에만 적용된다고 할 것은 아니지만(대법원 1996. 5. 10. 선고 93누4885 판결 등 참조), 특례제척기간의 적용범위를 지나치게 확장하는 것은 이러한 입법취지에 반한다. 그리고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하고 그 중에서도 예외규정 내지 특례규정은 더욱 엄격한 해석이 요구된다. 확정된 결정이나 판결의 기판력이 미치는 범위는 그 쟁송대상이 되었던 과세단위에 제한될 뿐이고 이를 넘어서 별개의 과세단위에 관련된 판단이 이루어졌다고 하더라도 이러한 판단에 기판력이 있 다고 할 수 없으므로 그러한 판단을 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있는 근거가 되는 특례규정상의 ‘해당 결정·판결’에 해당한다고 할 수 없다(대법원 2012. 10.

11. 선고 2012두6636 판결 참조). 따라서 소송에서 실체적 사유를 이유로 다투어져 판 결에 의하여 과세처분의 취소가 확정된 경우, 특별한 사정이 없는 한, 과세관청에서 특 례규정에서 정한 제척기간을 적용하여 그 과세처분과 세목이나 과세단위가 전혀 다른 별개의 처분을 할 수는 없다고 봄이 타당하다. 위 법리에 비추어 살피건대, 이 사건 종전처분의 취소를 구하는 내용의 소송을 담당한 법원은 이 사건 확정판결을 통해 이 사건 공제액이 모두 원고의 2005년 제1기 내지 2010년 제1기의 각 부가가치세 매출세액에서 공제되어야 한다는 점에 대해 판단을 하였고, 이러한 판단은 원고의 2005 사업연도 내지 2010 사업연도 법인세 소득금액 산정과 관련이 있으나, 이 사건 처분인 2005 사업연도 내지 2010 사업연도 법인세 부과처분은 이 사건 확정판결의 심판대상인 2005년 제1기 내지 2010년 제1기의 부가가치세와 세목이나 과세단위가 다르므로, 이러한 판단이 이 사건 처분의 근거가 되는 특례규정인 구 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호 가 규정하는 ‘판결’에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 피고가 구 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호 의 특례제척기간을 적용하여 이 사건 처분을 할 수는 없다. 피고의 주장은 이유 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.