2. 이 사건 처분의 적법 여부
- 가. 원고의 주장 원고는 이 사건 임차건물의 도면 및 스페이스 프로그램(Space Program)에 의하여 이 사건 임차건물 중 과세사업 또는 면세사업에 사용되는 면적 부분을 명확하게 구분하고, 이를 도면관리용 본사 프로그램인 JDA를 통해 지속적으로 관리하고 있다. 따라서 이 사건 매입세액은 과세사업과 면세사업의 사용면적에 따라 실지귀속이 확인되는 경우에 해당하므로, 과세사업 또는 면세사업에 사용되는 것이 명확하게 구분되는 부분은 그 사용면적 비율에 따라 매입세액을 공제하고, 나머지 부분에 대하여만 공통매입세액 안분기준이 적용되어야 한다.
- 나. 관계 법령 별지 2 기재와 같다.
- 다. 판단 1) 부가가치세법 제38조, 제39조 제1항 제7호에 의하면 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 하되, 면세사업 등에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않는다. 한편 부가가치세법 제40조 는 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업 등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분하여 계산한다고 규정하고 있고, 그 위임에 따라 구 부가가치세법 시행령 제81조 제1항 은 공통매입세액이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 원칙적으로 총 공급가액에 대한 면세공급가액이 차지하는 비율에 따라 산정하도록 규정하고 있다.
2. 그런데 갑 제3 내지 10호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정을 종합하면 이 사건 매입세액이 이 사건 임차건물 중 면세사업과 과세사업에 사용되는 전용면적 비율에 따라 실지귀속이 분명하게 구분된다고 보기 어렵다고 봄이 상당하다. 따라서 이 사건 매입세액에 관하여는 구 부가가치세법 시행령 제81조 제1항 에서 규정하는 공통매입세액 안분기준에 따라 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하여야 하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 이유 없다.
- 가) 원고는 이 사건 임차건물 각각을 ‘홈○○○ ○○점’이라는 단일한 점포로 활용하면서, 물품을 판매하고, 문화센터를 운영하거나 점포의 일부를 임대하는 등의 방법으로 이 사건 사업을 영위하고 있다. 그런데 이 사건 임차건물은 대체로 여러 층으로 이루어져 있는 큰 면적의 건물로, 각 층수, 위치, 면적 등에 따라 임대부분의 가치평가가 달라질 수 있으므로, 이 사건 임차건물의 임대료가 전용면적의 넓이에 반드시 비례하는 것이라고 볼 수 없다.
- 나) 원고의 스페이스 프로그램이나 JDA 프로그램에 의하면 원고가 판매하는 물품의 종류별로 판매구획이 분리되어 관리되고 있는 것으로 보이기는 하나, 그 중 상당수는 물품의 판매에 수반되는 진열, 홍보, 이동, 계산 등 여러 단계의 절차 중 진열에 필요한 공간만을 구분한 것에 불과하고, 위 판매구획이 면세물품과 과세물품별로 명확하게 구분되어 있다고 보기도 어렵다.
- 다) 원고가 제출한 샘플 도면, 샘플 스페이스 프로그램, 샘플 JDA 화면, 홈플러스 매장 사진 자료등으로는 이 사건 임차건물 중 극히 일부분의 사용 형태를 알 수 있을 뿐이어서, 이 사건 임차건물 중 면세사업 및 과세사업에 사용되는 전용면적의 구체적인 위치, 면적이나 이를 구분지을 수 있는 기준을 전혀 알아보기 어렵다.