사업약정에 따라 개발이익금으로 지급받은 토지는 구 법인세법 제41조 제1항 제3호에 따라 취득 당시의 시가인 감정가액을 취득가액으로 정하여야 함

사 건 서울행정법원2019구합51208 법인세경정거부처분취소 원 고 원고1, 원고2, 원고3 피 고 피고1 세무서장, 피고2 세무서장 변 론 종 결

2020. 03. 20. 판 결 선 고

2020. 05. 15.

1. 원고들의 피고들에 대한 청구를 모두 기각한다.

고 들이 부담한다. 청구취지

1. 피고1이 2015. 10. 29. 원고1에 대하여 한 2013년 법인세 32,073,449,430원의, 2015. 10. 30. 원고2에 대하여 한 2013년 법인세 28,154,861,386원의 각 경정거부처분을 취소한다.

2. 피고2가 2015. 10. 29. 원고3에 대하여 한 2013년 법인세 629,777,473원의 경정거부처분을 취소한다.

• 가. 원고들은 1996년경 컨소시엄을 구성하여 ○○남도지사가 ○○시 ○○면 ○○리 일원(현재 ○○시 ○○동 ○○ 일원) 878,127.8㎡(이하 ‘이 사건 사업부지’라 한다)에서 시행한○○ 관광유통단지 조성사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)에 민간개발자로 참여하여, 1996. 10. 29. ○○남도지사와 아래와 같은 내용으로 이 사건 사업에 관한 협약을 체결하였다(이하 ‘이 사건 협약’이라 한다). 사업시행자: ○○남도지사(이하 “갑”이라 한다) 민간개발자: 원고들(이하 “을”이라 한다.) 원고1은 “공동협약대표자”이고, 나머지 원고들은 “공동협약자”이다. 제2조(공동협약대표자와 공동협약자의 의무)

① 민간개발자인 공동협약대표자는 사업추진에 관한 제반권한을 “갑”으로부터 위임받아 본 사업을 책임 수행하여야 한다. 제6조 (사업비 등의 조달)

① “을”은 제10조 제2항의 사업비 및 제경비에 대하여는 자기자금 또는 자체조달 자금으로 충당하여야 한다.

② 제1항에 의해 “을”이 투자한 사업비는 “갑”과 “을”이 상호 협의하여 정산한 금액을 최종 투자사업비로 인정한다. 제8조(개발이익금의 배당 범위)

① “갑”이 개발이익금을 배당받을 수 있는 사업비의 범위는 유통단지조성 타당성조사 용역비, 진입도로·상하수도 시설 등 Infra 부분 공사비, 감리비, 용역비, 등기 및 감정평가 수수료, 상수도시설분담금, 업무추진 부대비 등에 한한다.

② “을”이 개발이익금을 배당받을 수 있는 사업비의 범위는 선부담한 보상비, 단지조성 실시계획용역비, 환경·교통영향평가 및 에너지사용계획 수립용역비, 농지전용부담금, 대체농지조성비, 감정평가 및 측량수수료, 단지조성공사비 및 오수정화시설비, 감리비(단지 조성), 업무추진 부대비(“갑”과 협의하여 “갑”이 인정하는 비용, 이하 같다) 등에 한한다. 제10조(사업비의 투자 범위)

① “갑”이 부담하는 사업비의 투자 범위는 유통단지조성 타당성조사 용역비,진입도로·상하수도 시설 등 Infra 부분 공사비, 감리비, 용역비, 등기 및 감정평가 수수료, 상수도시설분담금, 업무추진 부대비 등으로 하며 사업의 시행은 “갑”이 한다.

② “을”이 부담하는 사업비의 투자 범위는 선부담한 보상비, 단지조성 실시계획용역비, 환경·교통영향평가 및 에너지사용계획 수립용역비, 농지전용부담금, 대체농지조성비, 감정평가 및 측량수수료, 단지조성공사비 및 오수정화시설비, 감리비(단지조성), 유통시설 등 전 상업시설에 대한 투자비, 업무추진 부대비로 한다. 제14조 (조성부지의 매수 및 처분)

① “을”은 제37조(대가의 지급)의 규정에 의한 공사의 대가로 지급받은 조성부지를 제외한 잔여조성부지에 대해서는 감정평가금액으로 부지조성 준공검사 신청일까지 전면 매수(매수대금 지급완료) 하여야 한다. 제37조 (대가의 지급)

① “을”은 공사를 완성한 후 제30조(검사)의 규정에 의한 검사에 합격한 때에는 소정의 절차에 따라 대가의 지급을 청구할 수 있다.

② “갑”은 “을”의 청구에 의한 대가는 감정평가에 의해 조성부지로 지급한다. 다만, 감정평가 방법은공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법을 준용한다.

③ “을”은 “갑”이 공사 등 제반 비용의 투자대가로 제1항의 규정에 따라 현물로 지급하더라도 이에 대하여 일체의 이의를 제기하지 못한다.

• 나. 원고들과 ○○남도지사는 이 사건 사업을 완료한 뒤 2013. 5. 28.경 이 사건 협약 제8, 10조에 따라 각자가 지출한 사업비를 각각 1,985억 원(원고들), 1,207억 (○○남도)으로 확정하고, 위 금원 비율에 따라 개발이익금 배당 비율을 62.2%(원고들): 37.8%(○○남도)로 정하였다. 또한, 원고들은 ○○남도로부터, 이 사건 협약 제37조 제2항에 따라 이 사건 사업의 대가로 이 사건 사업부지 중 원고들 지출 사업비 비율에 해당하는 62.2% 지분을 이전받기로 하고, 나머지 37.8% 지분에 관하여는 이 사건협약 제14조 제1항에 따라 매매대금을 지급하고 매수하기로 하였다.
• 다. 이에 원고들은 2013. 7.경 ○○남도로부터 이 사건 사업부지 중 ○○남도나 ○○시에 무상으로 귀속될 농수산물유통센터 부지나 도로용지 등 89,182.6㎡를 제외한 나머지 23필지 합계 788,945.2㎡(이하 ‘이 사건 조성부지’라 한다) 중 각 36/100 지분을 매수하는 내용의 매매계약(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한다)을 체결하면서, 그 매매대금을 이 사건 조성부지 중 ○○남도의 배당 비율(37.8%)에 해당하는 부분의 감정평가액인 2,882억 8,400만 원으로 정하였고, 같은 날 위 매매대금을 모두 지급하였다.
• 라. ○○남도지사는 2013. 9. 12. 이 사건 사업에 관한 준공인가를 공고하였고, ○○남도는 2013. 9. 24. 이 사건 조성부지 전체에 관하여 ‘2013. 9. 13.자 이 사건 사업에 의한 분양’을 원인으로 원고들(원고1: 50/100, 원고2: 49/100, 원고3 1/100) 앞으로 소유권이전등기절차를 경료해 주었다.
• 마. 한편, 원고들은 이 사건 사업을 추진하면서 토지보상비, 농지전용부담금, 대체농지조성비, 단지조성공사비, 감리비 등으로 합계 238,135,774,675원(이하 ‘이 사건 사업비’라 한다)을 지출하였다(다만, 앞서 본 바와 같이 ○○남도는 그 중 1,985억 원만을 인정하였다). 원고들은 이 사건 사업비와 그 지출 관련 차입금 이자 상당액을 ‘건설중인 자산’ 계정으로 회계처리하였다가 그 후 이 사건 사업의 준공시점에 ‘토지’ 계정으로 대체하였고, 2014. 3. 31. 2013 사업연도 법인세를 신고하면서 이 사건 조성부지 중 37.8%에 해당하는 토지 부분(이하 ‘이 사건 잔여 토지’라 한다)의 취득가액을 그 감정평가액인 2,882억 8,400만 원으로, 이 사건 조성부지 중 62.2%에 해당하는 토지 부분(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)의 취득가액을 그 감정평가액인 514,763,448,719원으로 각 신고하였다.
• 바. 그 후 원고들은 ‘이 사건 토지는 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제41조 제1항 제2호 및 구 법인세법 시행령(2014. 2. 21. 대통령령 제25194호로 개정되기 전의 것) 제72조 제2항 제2호에서 정한 “자기가 제조·생산·건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산”에 해당하므로, 그 취득가액을 “원재료비·노무비·운임·하역비·보험료·수수료·공과금·설치비 기타 부대비용의 합계액”으로 보아야 한다.’는 이유로, 2015. 1. 29. 피고들에게, 위 원재료비 등 합계액에 해당하는 이 사건 사업비 238,135,774,675원을 초과하여 이 사건 토지의 취득가액에 산입된 276,627,674,044원(= 감정평가액 514,763,448,719원 - 위 238,135,774,675원)을 익금불산입하여 각 2013 사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 경정해 달라는 청구를 하였으나, 피고들은 2015. 10. 29.과 2015. 10. 30. 각각 위 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 거부처분’이라 한다).
• 사. 원고들은 이 사건 거부처분에 불복하여 2016. 1. 26.과 2016. 1. 29. 조세심판원에 각각 심판청구를 하였으나, 2018. 10. 16. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 12호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고들의 주장 원고들은 스스로의 사업 활동에 사용하기 위해 이 사건 토지를 개발·취득하였고, 이를 위해 ○○남도와는 독자적인 계산과 책임 하에 이 사건 사업에 민간개발자로 참여하였다. 그러므로 원고들이 이 사건 사업으로 조성한 뒤 취득한 이 사건 토지는 구 법인세법 제41조 제1항 제2호 및 구 법인세법 시행령 제72조 제2항 제2호 에서 정한 “자기가 제조·생산·건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산”에 해당하고, “원재료비·노무비·운임·하역비·보험료·수수료·공과금·설치비 기타 부대비용의 합계액”(이하 ‘원재료비 등 합계액’이라 한다)에 대응하는 이 사건 사업비 상당액이 그 취득가액이다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단 앞서 인정한 사실을 통해 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고들이 취득한 이 사건 토지는 구 법인세법 제41조 제1항 제1호 의 ‘타인으로부터 매입한 자산’이나 제2호의 ‘자기가 제조·생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산’(이하 ‘자기 건설 자산’이라 한다) 중 어디에도 속하지 않으므로, 같은 항 제3호(제1호와 제2호 외의 자산) 및 구 법인세법 시행령 제72조 제2항 제6호 에 따라 ‘취득 당시의 시가’인 위 감정평가액을 기준으로 그 취득가액을 정하여야 한다고 봄이 상당하고, 그러한 판단이 자산의 취득가액 산정에 관한 이른바 ‘역사적 원가주의’에 어긋나는 것이라고 볼 수 없다. 따라서 이와 같은 전제에서 한 이 사건 거부처분은 적법하고, 원고들의 주장은 이유 없다.

1. 이 사건 토지를 포함한 이 사건 조성부지에 관한 소유권이전등기원인이 비록 구 법인세법 제41조 제1항 제1호 의 ‘매입’을 연상하게 하는 ‘이 사건 사업에 의한 분양’이기는 하였지만, 이 사건 토지의 실질적인 취득 원인은 원고들이 이 사건 사업 관련 공사를 완성한 후 이 사건 협약 제37조에 따른 ‘이 사건 사업의 대가’의 지급청구권을 보유한 것이다. 즉, 원고들은 이 사건 사업의 대가를 이 사건 협약에서 정한 대로 이 사건 토지를 이전받는 방법으로 수령한 것이다. 이는 원고들이 이 사건 협약 제14조 제1항에 기하여 ○○남도로부터 이 사건 잔여 토지를 매입한 이 사건 매매계약과는 분명히 다른 취득원인이다[원고들은 이 사건 사업비에 대한 대물변제로 이 사건 토지를 양수한 것이라고 하면서 ○○남도 인정의 사업비 1,985억 원이 이 사건 토지의 시가라고 주장하기도 하나(대법원 1998. 3. 10. 선고 97누19809 판결), 위 대법원 판결에서 말하는 ‘대물변제’라는 것은 본래 급부의 이행에 갈음하여 다른 급여를 한 때를 의미하는 것인바, 원래부터 약정된 급부인 이 사건 토지를 이전받은 것은 대물변제에 해당하지 않으므로, 원고들의 위 주장은 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다].

2. 이 사건 협약 제8조, 제37조의 문언과 이 사건 사업을 위한 투자 범위의 분담 내용, 사업의 진행 및 정산 경과에 비추어 보면, 원고들이 이 사건 토지를 ○○남도로부터 이전받은 것의 실질은, ○○남도지사가 시행하는 이 사건 사업에 민간개발자로 참여하여 자신의 비용을 투입해 사업을 진행한 후 그 비용에 상응한 대가를 개발이익금으로 배당받은 것에 있다. 구 법인세법 제41조 제1항 제2호 의 규정은 그 문언상 내국법인이 비용을 들여 자산을 건설한 후 그것을 스스로 취득한 경우에 적용될 뿐, 이 사건 사업과 같이 내국법인이 타인과 공동으로 어떤 자산을 건설하는 사업을 진행한 후 그 타인으로부터 사업으로 인한 이익을 분배받는 경우에는 적용될 수 없다(이는 그 이익분배를 건설된 자산 자체로 지급받는 경우에도 마찬가지이다).

3. 이 사건 협약에서 이 사건 사업에 관하여 ○○남도와 원고들이 각자 투자하는 사업비의 투자 범위와 그에 따른 개발이익금의 배당 범위를 명확하게 정하고 있고, 원고들뿐만 아니라 ○○남도 역시 사업시행자로서 여러 사업비용을 투자하여 이 사건 조성부지를 개발하였는바, 시행주체가 원고들이 아닌 ○○남도인 이 사건 사업으로 인해 이 사건 토지가 개발되어 그 가치가 증가한 상황에서, 마치 원고들 스스로 이 사건 토지를 건설(조성) 또는 이에 준하는 방법으로 취득하였다고 주장하는 것은 옳지 않다.

4. 원고들은 자신들이 이 사건 사업의 시행자인 ○○남도지사 대신 기존 토지 소유자들에게 보상금을 선 지급한 사정이나 현재까지도 이 사건 토지를 원고들의 영업에 사용하고 있는 사정을 들어, 원고들이 이 사건 사업에 참여한 목적 내지 동기가 이 사건 토지를 취득하는 데 있었다는 듯한 취지에서 지분의 취득 경위를 전체적으로 보아 이 사건 토지가 자기 건설 자산에 해당한다고 주장하기도 하나, 원고들의 그러한 주장은 ① 이 사건 토지 취득의 직접적인 원인이 되는 이 사건 협약의 내용에 정면으로 배치되고 당사자들이 취한 거래형식을 일체 무시하는 것이며, ② 이 사건 토지와 이 사건 잔여 토지의 각 면적은 원고들이 투입한 사업비 중 ○○남도가 인정한 액수와 ○○남도가 투입한 사업비 금액의 비율에 따라 사후적으로 정산된 것이지, 당초 이 사건 협 약 체결 시에 정한 것이 아니므로, 이 사건 토지를 이 사건 잔여 토지와 구별하여 자기 건설 자산에 해당한다고 보는 것은 지나치게 의제적이라는 점에서 받아들이기 어렵다. 5) 설령 이 사건 토지가 원고들의 자기 건설 자산에 해당한다고 가정하더라도, 이 사건 사 업비가 그 취득가액 산정의 기준이 되는 원재료비 등 합계액이 될 수는 없다. 즉, 관련 규정이 정한 원재료비 등 합계액은 자기 건설 자산의 취득과 상호 대가관계에 있는 비용을 의미하는데, 원고들이 주장하는 이 사건 사업비는 이 사건 토지뿐만 아니라 이 사건 잔여 토지까지를 포함한 이 사건 조성부지 전체의 개발에 지출된 비용이므로, 이 사건 토지의 취득과 대가관계에 있는 ‘원재료비 등 합계액’이라고 볼 수 없다.

원고들의 청구는 이유 없으므로 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.