토지 또는 면세사업에 관한 매입세액 여부

사 건 2019구합1913 부가가치세고지처분취소 원 고 주식회사 AA 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2020. 5. 14. 판 결 선 고

2020. 6. 23.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2017. 12. 14. 원고에 대하여 한 2016년 제1기 부가가치세 31,×××,330원(가산세 포함)의 처분을 취소한다.

• 가. 원고는 서울 서초구 방배동 산○ 임야 1××,848㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)에서 도시공원 및 녹지 등에 관한 법률(이하 ‘공원녹지법’이라 한다) 제21조, 제21조의2에 따른 민간공원조성 특례사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 추진하면서, 2016년제1기부터 2017년 제1기까지의 과세기간 동안 주식회사BB(업무진행계약서에는 ‘㈜BB 파트너스’라고 기재되어 있으나 을 제4호증의 기재에 비추어 오기로 보인다. 이하 ‘BB’이라 한다) 및 주식회사CC(이하 ‘CC’이라 한다)와 사이에 각 업무진행계약을 체결하고 아래 표 기재와 같이 세금계산서를 각각 수취하였다(이하 2016년 제1기에 BB로부터 수취한 각 세금계산서를 ‘이 사건 각 세금계산서’라 한다)
• 나. 원고는 부가가치세 신고 당시 위 각 세금계산서 등의 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세 환급을 신청하였고, 피고는 2016. 5. 12. 및 2016. 8. 25. 이 사건 각 세금계산서의 매입세액(이하 ‘이 사건 매입세액’이라 한다) 상당액을 포함한 28,XXX,030원(환급가산금 포함)을 환급하였다.
• 다. 피고는 원고의 2016년 제2기, 2017년 제1기 부가가치세 환급신청에 대해 BB과 CC으로부터 수취한 세금계산서의 매입세액이 ‘토지의 취득 등에 대한 것’이라는 이유로 환급을 보류하고, 2017. 8. 23.부터 2017. 8. 29.까지 원고에 대한 부가가치세 환급과 관련한 현장확인을 한 다음 2017. 9. 19.경 원고에게 부가가치세 신고서 사후검증대상 통지 및 수정신고 안내를 하였으며, 원고가 수정신고를 하지 않자 2017. 9. 22. 2016년 제2기 및 2017년 제1기의 부가가치세 환급신청을 거부하고, 2017. 12. 14. 원고에게 2016년 제1기 부가가치세 31,XXX,330원(가산세 포함)을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)
• 라. 원고는 이에 불복하여 2018. 3. 7. 피고에게 이의신청하였으나 2018. 5. 3. 기각 되었고, 2018. 8. 6. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 2019. 1. 4. 기각되었다. [인정근거] 갑 제1, 2호증, 을 제1, 4, 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 당사자들의 주장 요지

1. 원고 원고는 이 사건 토지를 취득하지도 못하였으므로 이 사건 매입세액은 토지의 취득에 관한 매입세액에 해당하지 않는다. 민간공원추진자는 기부채납하고 남은 부지 또는 지하에 주거지역·상업지역에서 허용되는 비공원시설을 설치할 수 있으므로 이 사건 사업은 과세사업에 해당하고, 원고는 BB과 변경계약을 체결하면서 망우동, 일원동 일원의 민간공원조성 특례사업에 대한 용역도 위탁하였으므로, 이 사건 매입세액이 면세사업과 관련된 것이라고 볼 수 없다.

2. 피고 이 사건 매입세액은 토지에 관련된 매입세액으로서 공제 대상이 아니고, 그렇지 않다 하더라도 도시근린공원을 조성하고 국민주택 규모의 공동주택을 공급하는 면세사업에 관련된 매입세액이므로 공제 대상이 아니다.

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 인정사실 갑 제1, 2, 4, 5, 7호증, 을 제2, 3, 5, 6호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 다음과 같은 사실이 인정된다.

1. 원고는 2016. 1. 11. BB과 사이에, BB은 원고가 이 사건 사업의 민간공원추진자로 선정될 수 있도록 ① 공원특례사업권 취득 협의, ② 사업권 취득을 위한 일체의 설계 진행, ③ 사업권 취득을 위한 각종 심의 진행 등의 용역을 수행하고, 원고는 BB에 아래 표 기재와 같이 5억 원을 제공하기로 하는 내용의 업무진행계약을 체결하였다가, 2016. 2. 16.경 및 2016. 7. 10.경 이 사건 사업 외에 ‘서울 중랑구 망우동 산○ 용마도시공원 특례사업’, ‘서울 강남구 일원동 산○외 근린공원 특례사업’을 대상사업으로 추가하고 원고의 제공자금을 30억 원 이내로 변경하는 등의 업무진행계약(변경계약)을 체결하였다.

2. 원고가 2017년 8월경 서울특별시장에게 제출한 ‘방배근린공원 민간조성사업 제안서’에 의하면, 이 사건 사업의 주요 내용은 원고가 이 사건 토지를 매수한 다음 102,440.11㎡에 근린공원을 조성하여 서울특별시에 기부채납하고 나머지 35,407.89㎡를 제2종 일반주거지역으로 용도지역 변경하여 공동주택 14개동 870세대(전용면적 63.07㎡ 478세대, 전용면적 80.78㎡ 392세대)를 건설·분양하는 것이다. 위 제안서의 월별 사업추진 계획’ 부분에 2019년 7월경부터 상가분양을 시작할 예정으로 기재되어 있으나 ‘비공원시설 계획’에는 건축물의 연면적 108,304.85㎡ 전부가 공동주택 계약면적으로 되어 있고 별도의 상가 건축계획이나 면적은 기재되어 있지 않다.

3. 서울특별시장은 2017. 12. 14. 특례사업 허용시 자연환경 및 공원의 본질적 기능 훼손 우려, 서울특별시 도시계획 조례 개발행위허가 기준 초과로 특례사업 적용 부적합, 민간공원추진예정자 자격요건 미충족(토지 소유면적 및 토지소유자의 동의비율) 등을 이유로 원고의 제안을 수용할 수 없다는 검토결과를 통지하였다. 한편 이 사건 토지는 사단법인 청권사의 소유이고, 원고는 이 사건 토지에 관한 매매계약을 체결한 바 없다.

4. 원고는 이 사건 처분에 대한 이의신청 심리 과정에서 2018. 4. 10. 피고로부터 비공원시설의 사업계획서 또는 과세사업과 면세사업의 수입금액을 확인할 수 있는 서류 등의 제출을 요청받아 ‘상가 부분의 수지는 0원으로 책정하였다’고 답변하였고, 2018. 4. 13. 피고에게 제출을 요청받은 서류는 내부 기밀자료로서 제출할 수 없다고 답변하였다.

5. 원고가 2016년 제1기 부가가치세와 관련하여 신고한 매출세액은 0원이고, 신고한 매입세액은 이 사건 매입세액과 사무실 유지관리비용에 관한 것이다. 이 사건 각 세금계산서 중 2016. 1. 11.자 세금계산서의 품목란에는 ‘서울방배동근린공원특례사업’으로 기재되어 있고, 2016. 5. 30.자 및 2016. 6. 30.자 각 세금계산서의 품목란은 공란으로 되어 있다.

• 라. 판단

1. ‘토지에 관련된 매입세액’으로서 불공제대상 매입세액에 해당하는지 여부

• 가) 구 부가가치세법(2017. 12. 19. 법률 제15223호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제38조 제1항 제1호, 제39조 제1항 제7호, 구 부가가치세법 시행령(2018. 2. 13.대통령령 제28641호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제80조의 내용과 입법 연혁, 토지관련 매입세액을 불공제하는 취지는 토지가 부가가치세법상 면세재화이어서 그 자체의 공급에 대해서는 매출세액이 발생하지 않으므로 그에 관련된 매입세액도 공제하지 않는 것이 타당하다는 데 있고, 일반적으로 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출은 당해 토지의 양도시 양도차익을 산정함에 있어 그 취득가액에 가산하는 방법으로 회수되는 점 등에 비추어 보면, 구 부가가치세법 시행령 제80조 소정의 ‘토지의 조성 등을 위한 자본적 지출’은 토지 소유자인 사업자가 당해 토지의 조성 등을 위하여 한 자본적지출을 의미한다고 봄이 타당하므로, 당해 토지의 소유자 아닌 사업자가 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출의 성격을 갖는 비용을 지출한 경우 그에 관련된 매입세액은 특별한 사정이 없는 한 구 부가가치세법 제39조 제1항 제7호, 구 부가가치세법 시행령 제80조 소정의 매입세액 불공제대상인 토지관련 매입세액에 해당하지 않는다고 할 것이다(대법원 2010. 1. 14. 선고 2007두20744 판결 등 참조).
• 나) 위 법리에 비추어 보건대, 앞서 인정한 사실에 의하면 원고는 민간공원조성 특례사업의 민간공원추진자로 선정되기 위해 BB로 하여금 사업권 취득을 위한 용역을 수행하도록 하면서 그 대가를 지급한 것으로 보이고, 이 사건 토지 소유자가 아닌 원고의 BB에 대한 이 사건 각 세금계산서 매입가액 지출을 이 사건 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출로 볼 만한 특별한 사정이 없으므로, 이 사건 매입세액은 구 부가가치세법 제39조 제1항 제7호, 구 부가가치세법 시행령 제80조 소정의 토지관련 매입세액에 해당하지 않는다 할 것이다.

2. ‘면세사업에 관련된 매입세액’으로서 불공제대상 매입세액에 해당하는지 여부

• 가) 구 부가가치세법 제39조 제1항 제7호 는 ‘면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)은 매출세액에서 공제하지 아니한다’고 규정하고 있다.
• 나) 앞서 인정한 사실과 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 2016. 1. 11.자 세금계산서에는 이 사건 사업의 용역 대가에 관한 것임이 명시되어 있는 점, ② 원고와 BB이 2016. 2. 16.경과 2016. 7. 10.경 이 사건 사업 외에 망우동 및 일원동 민간공원조성 특례사업을 계약의 목적사업으로 추가하는 업무진행계약(변경계약)을 체결하였으나, 망우동 또는 일원동 일원의 민간공원조성 특례사업에 대하여는 그 사업추진내역이나 BB의 용역 제공에 관한 자료가 전혀 나타나지 않는 점, ③ 2016. 5. 30.자 및 2016. 6. 30.자 각 세금계산서는 2016. 1. 11.자 업무진행계약에서 약정한 일정에 따라 지급한 대가에 관한 것인 점 등을 종합하면, 이 사건 매입세액은 이 사건 사업에 관련된 것임을 인정할 수 있다. 나아가 앞서 인정한 사실에 의하면, 이 사건 사업은 이 사건 토지 면적의 약 74.31%에 조성한 근린공원을 서울특별시에 기부채납하고 나머지 부분에 비공원시설인 공동주택과 상가를 건축·분양하는 것이고, 지방자치단체에 대한 재화의 무상 공급(구 부가가치세법 제26조 제1항 제20호 참조)과 국민주택 규모의 공동주택 건설용역[구 조세특례제한법(2016. 1. 19. 법률 제13805호로 개정되기 전의 것) 제106조 제1항 제4호 구 조세특례제한법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28636호로 개정되기 전의 것) 제106조 제4항 제1호, 제51조의2 제3항 참조]에 대하여는 부가가치세가 면제되는바, 이 사건 매입세액의 전부가 면세사업등에 관련된 매입세액에 해당한다 할 것이다.
• 다) 이에 대해 원고는, ‘방배근린공원 민간조성사업 제안서’는 사업계획에 불과하고 민간공원추진자로 지정되어 실시계획의 인가를 받은 후 장래 주거시설과 상업시설을 설치할 예정이었으므로 이 사건 사업을 과세사업으로 보아야 한다는 취지로 주장하나, 부가가치세의 납세의무는 과세기간이 종료한 때에 성립하고 매출세액과 매입세액의 범위는 과세기간이 종료한 때를 기준으로 특정되는 것이므로 면세사업등에 관련된 매입세액의 범위 역시 과세기간이 종료할 때를 기준으로 지출의 목적과 경위, 사업의 내용 등을 고려하여 정하여지는 것이고, 과세기간 종료 이후 사정변경이 있더라도 소급하여 영향을 미치는 것은 아니며, 다만 구 부가가치세법 시행령 제81조 제4항 에 따라 매입세액을 안분 계산한 경우에는 같은 시행령 제82조에 의하여 과세사업과 면세사업등의 공급가액이나 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고할 때에 정산하는 것이므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

3. 소결론 따라서 이 사건 매입세액은 구 부가가치세법 제39조 제1항 제7호 의 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액에는 해당하지 아니하나, 같은 호의 면세사업등에 관련 된 매입세액에 해당하므로 매출세액에서 공제할 수 없다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.