취득가액을 환산가액에 의하는 경우에는 개산공제액 외에 지출된 비용을 필요경비로 공제할 수 없음

사 건 2019구단7822 양도소득세부과처분취소 원 고 AAA 피 고 aa세무서장 변 론 종 결

2019. 12. 11. 판 결 선 고

2020. 1. 22.

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2017. 9. 18. 원고에 대하여 한 2015년 귀속 양도소득세 XXX원(가산세 포함) 의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 아래 표 기재와 같이 부동산들의 소유권을 각 취득하였다(이하에서 위 각 부동산을 통틀어 ‘이 사건 각 부동산’이라 하고, 개별 부동산은 아래 표 약칭란에 기재된 대로 표시한다). 순번 취득일 취득부동산 취득원인 약칭 1 2002.6.20. ××시 ××동 1458-3 대 1,311㎡ 매매 1458-3 토지 2 2004.4.6. 같은 동 1458-3, 1495-14 소재 ☆☆빌딩 제1동 제5층 집합건물 신축 ☆☆빌딩 제1동 3 2004.8.3. 같은 동 1495-14 대 10㎡ 매매 1495-14 토지 4 2013.3.22. 같은 동 1458-3, 1495-14 소재 ☆☆빌딩 제2동 제2층 집합건물 신축 ☆☆빌딩 제2동
• 나. 원고는 2015. 6. 1. 이 사건 각 부동산을 매매대금 38억 원에 양도(이하 ‘이 사건양도’라 한다)하였고, 2015. 8. 31. 피고에게 이 사건 양도에 관하여, 양도가액을 38억원, 취득가액을 35억 원, 기타 필요경비를 3억 원(= 용도변경·개량·이용편의를 위한 지출비 3,000만 원 + 엘리베이터·냉난방 설치비 8,000만 원 + 도로시설비등 1억 9,000만원)으로 하여, 양도차익을 0원으로 산정하면서 납부할 양도소득세액이 없다는 취지의 2015년 귀속 양도소득세 예정신고를 하였다.
• 다. 이에 대하여 피고는, 원고가 신고한 위 취득가액 및 필요경비에 대한 증빙서류가 없으므로, 이 사건 각 부동산의 취득 당시의 실지거 래가액을 확인할 수 없는 경우로 보아, 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제97조 제1항 제1호 나목, 제2항 제2호에 따라, 이 사건 각 부동산의 환산가액인 취득가액 2,369,154,904원과 구 소득세법 시행령(2016. 2. 17. 대통령령 제26982호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제163조 제6항에 따라 산정한 금액(이하 ‘개산공제액’이라 한다)인 54,652,253원을 더한 금액을 이 사건 양도의 필요경비로 인정하여, 2017. 9. 18. 원고에 대하여 이 사건 양도에 따른 2015년 귀속 양도소득세 459,565,670원(가산세 포함)을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 라. 원고는 이에 불복하여 2017. 12. 18. 이의신청을 하였으나 2018. 2. 9. 이의신청이 기각되었고, 2018. 5. 4. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2019. 2. 18. 심판청구가 기각되었다. 【인정 근거】 다툼 없는 사실, 을 제1 내지 5호증(가지번호가 있는 경우 각 가지번 호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

• 가. 원고 주장의 요지

1. 원고는 이 사건 처분과 관련하여 양도소득세 납세고지서를 송달받은 사실이 없다(납세고지서 미송달 주장).

2. ① 피고는 ☆☆빌딩 제2동 건물을 양도소득세 산정시 누락하였고, 1495-14 토지 및 ☆☆빌딩 제2동 건물은 매매계약서, 등기권리증으로 실지거래가액이 확인되므로 환산가액이 아닌 실지거래가액에 의하여야 한다. 나아가 1495-154 토지 및 ☆☆빌딩 제2동 건물의 위 실지거래가액은 이 사건 각 부동산 중 나머지 토지 및 건물에 대한 매매사례가액으로 볼 수 있으므로, 1458-3 토지 및 ☆☆빌딩 제1동 건물도 매매사례비교법에 따라 그 취득가액을 산정하여야 한다.

② 원고는 이 사건 각 부동산을 취득하면서 토지 매입 및 공사대금으로 35억 원 상당의 돈을 지출하였고, 전기용량 신규증설 및 냉난방기 등 공조시설 등 자본적 지출액 9,000만 원과 구건물 철거비용, 토목공사, 조경 등의 추가 공사비 5억 8,400만 원을 지출한 사실이 있으므로 이를 이 사건 양도에 대한 필요경비로 산입하여야 한다(필요경비 관련 주장).

3. 원고는 2015. 12. 31. ××시 ××동 산105, 같은 동 산105-3, 같은 동 산105-4 소재 토지(이하 ‘별건 토지’라 한다)를 양도하였는데, 위 양도로 인하여 4억9,500만 원의 양도손실이 발생하였다. 따라서 2015년도에 양도한 별건 토지의 위 양도 손실도 원고의 2015년 귀속 양도소득세 산정에 반영하여야 한다(양도손실 관련 주장).

4. ☆☆빌딩 제1동 건물 및 부지의 약 1/5은 주택으로 사용되었으므로, 해당 주택부분의 양도는 1세대 1주택의 양도에 해당하므로 비과세 규정이 적용되어야 한다(1세대 1주택 비과세 주장).

• 나. 관계 법령 별지 1. 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 납세고지서 미송달 주장에 대한 판단 을 제3, 8, 9, 10, 14호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하면, 이 사건 처분일인 2017. 9. 18. 당시 원고의 주민등록상 주소는 ‘서울 ××구 ××대로 1074-2 (BB동)’이었고, 이는 원고가 운영하는 회사의 사업장 주소이기도 한 사실, 피고는 이 사건 처분 다음 날인 2017. 9. 19. 등기우편으로 위 원고의 주소에 납세고지서를 발송한 사실, 원고가 운영하는 사업장의 근로자이자 원고의 아들인 BBB이 2017. 9. 21. 위 납세고지서를 송달받은 사실이 인정된다. 한편 위 2017. 9. 19.자 등기우편이 반송된 사실을 인정할 증거는 없다. 위 인정 사실에 의하면, 피고가 발송한 이 사건 처분 양도소득세 납세고지서가 2017. 9. 21. 원고에게 적법하게 송달되었다고 봄이 타당하다. 한편 원고는, 위 등기우편과 관련하여 우체국이 증명하는 송달내역서가 제출되어 있지 않으므로, 양도소득세 납세고지서가 원고에게 송달된 사실을 인정할 수 없다는 취지로 주장하나, 원고가 주장하는 위와 같은 사정만으로 납세고지서가 원고에게 적법하게 송달되었다는 점을 인정하는 데에 장애가 되지 아니한다. 따라서 이 부분 원고의 주장은 받아들이지 않는다.

2. 필요경비 관련 주장에 대한 판단

• 가) 이 사건 각 부동산의 취득가액

① 구 소득세법 제97조 제1항, 제2항은 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비로 ㉮ 취득가액, ㉯ 자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것, ㉰ 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것을 들면서, 취득가액은 자산의 취득에 소요된 실지거래가액으로 하고, 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액으로 한다고 규정하고 있다. 또한 구 소득세법 제114조 는 납세지 관할세무서장 등이 양도소득세 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우 양도소득과세표준과 세액을 경정하도록 하면서 그 취득가액을 실지거래가액에 의하되, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정·경정할 수 있다고 규정하고 있다. 구 소득세법 시행령 제89조 제1항, 제163조 제1항 제1호는 자기가 행한 건설 등에 의하여 취득한 자산은 원재료비, 노무비, 운임, 하역비 등의 합계액을 취득원가로 보고 그 취득원가에 상당한 가액을 취득에 든 실지거래가액으로 정하고 있고, 제176조의2 제1항은 구 소득세법 제114조 제7항 의 "대통령령으로 정하는 사유" 중 하나로 “양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우”를 정하고 있다. 한편, 과세처분의 적법성에 대한 증명책임은 과세관청에게 있으므로 과세소득 확정의 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 그 증명책임을 부담하는 것이지만 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐만 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 증명이 곤란한 경우가 있으므로 그 증명의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 증명케 하는 것이 합리적인 경우에는 증명의 필요는 납세의무자에게 돌아간다(대법원 2013. 2. 15. 선고 2012두942 판결 참조).

② 위 관련 법령 및 법리에 비추어 이 사건에 관하여 본다. 먼저, 원고가 이 사건 각 부동산의 취득 및 건설에 35억 원을 지출하였다는 사실을 인정할 만한 아무런 증거가 없으므로, 이 사건 각 부동산의 취득가액이 35억 원이라는 원고의 주장은 이유없다.

③ 다음으로 원고는, ☆☆빌딩 제2동 건물에 대한 원고 앞으로의 소유권보존등기 당시의 등기권리증(갑 제2호증)에 기재된 취득세의 과세표준액을 그 취득가액으로 인정하여야 한다고 주장한다. 그러나 건물을 신축한 경우 실질거래가액인 취득가액은 그 공사대금 등 실제로 건물을 신축하여 취득하는데 지출한 비용이라고 할 것인데, 앞서 본 바와 같이 이를 인정할 만한 다른 증거가 없는 이 사건에서 위 등기권리증의 취득세 과세표준액의 기재만으로 곧바로 그 과세표준액을 실지거래가액인 취득가액으로 인정하기는 어렵다.

④ 또한, 구 소득세법 시행령 제163조 제12항, 제176조의2 제3항은 당시 실지거래가액을 알 수 없어 추계과세를 할 때에는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액을 차례로 적용하여야 하고, 여기서 매매사례가액은 취득일 전후 3월 이내에 당해 자산과 동일성 내지 유사성이 있는 자산 매매사례가 있는 경우 그 가액으로 한다고 규정하고 있다. 원고의, 1495-14 토지 취득일은 1458-3 토지의 취득일로부터 약 2년이 지난 시점이고, ☆☆빌딩 제2동의 취득일 역시 ☆☆빌딩 제1동의 취득일로부터 약 9년이 지난 시점이므로, 위 관련 법령이 정하는 매매사례가액이 될 수 있는 요건을 충족하지 못함이 법의 문언상 명백하다. 따라서 원고가 주장하는 바와 같이 1495-14 토지와 ☆☆빌딩 제2동 건물의 취득가액을 1458-3 토지와 ☆☆빌딩 제1동 건물에 대한 매매사례가액으로 볼 수 없다.

⑤ 한편, 갑 제3호증, 을 제3호증의 1의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하면, 1495-14 토지를 원고가 취득할 때 원고와 매도인 사이에서 체결된 매매계약서가 존재하고, 위 매매계약서상 매매대금은 9,150,000원인 사실, 피고가 이 사건 처분을 하면서 ☆☆빌딩 제2동 건물을 양도소득세 산정에서 누락한 사실이 인정된다. 그러나, 원고의 주장과 같이 1495-14 토지의 매매계약서상의 매매대금을 위 토지에 대한 실지거래가액인 취득가액으로 인정하고, ☆☆빌딩 제2동 건물을 포함하여 양도소득세를 재산정할 경우에는, 별지 2. 기재 계산식 기재와 같이 이 사건 각 부동산의 취득가액이 2,102,676,597원으로 이 사건 처분에서의 취득가액보다 낮게 산정되고, 결국 양도소득세도 554,519,513원으로 산정되어 이 사건 처분의 양도소득세 459,565,670원보다 다액으로 산정되는 사실이 인정되므로, 원고에게 더 불리한 결과를 가져온다.

• 나) 자본적 지출액의 필요경비 실지거래가액을 자산의 양도가액으로 하여 양도차익을 산정하면서 양도가액에서 공제하는 필요경비 중 하나인 취득가액을 실지거래가액이 아닌 환산가액에 의하는 경우에는 구 소득세법 시행령 제163조 제6항 에 의한 개산공제액 외에 실제로 지출된 비용을 필요경비로 공제할 수 없는 것이므로(대법원 2015. 10. 15. 선고 2011두24286 판결 등) 원고의 이 부분 주장도 더 살필 필요 없이 이유 없다(한편, 원고가 제출한 증거들만으로는 원고가 전기용량 신규증설 및 냉난방기 등 공조시설 등 명목으로 9,000만 원과 구건물 철거비용, 토목공사, 조경 등의 추가 공사비 명목으로 5억 8,400만을 지출하였다는 사실을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다).

3. 양도손실 관련 주장에 대한 판단

• 가) 원고는 별건 토지는 원고가 매수인들에게 매매대금을 실제로 지급받고 매도 한 것으로, 잔금일인 2015. 12. 31.까지 매매대금을 모두 지급받았다고 주장하면서 별 건 토지의 양도는 대물변제가 아니라고 주장하지만, 원고가 제출한 증거들만으로는 이 를 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 오히려, 갑 제9, 10, 13호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하면, 원고와 매수인들 사이에 작성된 각 매매계약서 에는 “별건 토지의 매매대금은 매도인이 매수인에게 차용한 대여금의 변제로 상계한 다”라고 기재되어 있는 사실, 매수인들이 원고의 계좌로 돈을 지급한 금융거래내역이 확인되는 사실, 매수인들도 본인들이 원고에게 대여한 돈의 대물변제 명목으로 별건 토지의 소유권을 취득하였다고 진술하고 있는 사실이 인정되고, 위 인정 사실에 따르 면, 원고가 매수인들에게 별건 토지의 소유권을 양도한 것은 대물변제에 해당한다고 봄이 타당하다.
• 나) 대물변제는 본래의 채무에 갈음하여 다른 급부를 현실적으로 하는 때에 성립하는 요물계약으로서 다른 급부가 부동산 소유권이전인 때에는 그 소유권이전등기를 마쳐야만 대물변제가 성립되어 기존채무가 소멸하는 것이므로, 당사자 사이에 대물변제의 약정이 있었던 경우에는 그 소유권이전등기가 마쳐진 때에 부동산이 유상으로 양도되고 그 대가의 지급이 이루어진 것으로 보아야 한다(대법원 1990. 10. 26. 선고 90누5801 판결, 대법원 1995. 9. 15. 선고 95누3572 판결, 대법원 1999. 10. 12. 선고 99두7395 판결 등 참조). 을 제6호증의 기재에 변론 전체의 취지를 더하면, 별건 토지에 관한 매수인들 앞으로의 소유권이전등기일이 2016. 2. 29.인 사실이 인정되므로, 별건 토지의 양도시기는 2016. 2. 29.로 보아야 한다. 따라서 별건 토지의 양도시기가 2015. 12. 31.이라는 전제에서 양도손실을 2015년 양도소득세 산정시 반영하여야 한다는 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

4. 1세대 1주택 비과세 주장에 대한 판단

• 가) 주택을 양도한 자가 다른 건물을 소유하고 있는 경우, 그 다른 건물이 '주택'에 해당하는지 여부는 건물공부상의 용도구분에 관계없이 실제 용도가 사실상 주거에 공하는 건물인가에 의하여 판단하여야 하고, 일시적으로 주거가 아닌 다른 용도로 사용되고 있다고 하더라도 그 구조․기능이나 시설 등이 본래 주거용으로서 주거용에 적합한 상태에 있고 주거기능이 그대로 유지․관리되고 있어 언제든지 본인이나 제3자가 주택으로 사용할 수 있는 건물의 경우에는 이를 주택으로 보아야 한다(대법원 2005. 4. 28. 선고 2004두14960 판결, 대법원 2006. 10. 26. 선고 2005두4304 판결 등 참조). 또한 비과세는 일반적으로 과세대상이 되는 물건 중 특정한 것을 조세정책의 필요에서과세대상에서 제외시키는 것이고, 이는 납세자 측의 예외적이고 특수한 사실에 관한 것이므로 비과세요건, 감면요건에 대한 입증책임은 비과세, 감면사유를 주장하는 납세 의무자에게 있다(대법원 2000. 7. 7. 선고 98두16095 판결 등 참조).
• 나) 을 제7, 13호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하면, 원고는 이 사건 양도 당시 이 사건 각 부동산 외에도 서울 AA구 AA동 162-3 소재 건물(이하 ‘제1건물’이라 한다), 서울 BB구 BB동 58-1 소재 건물 중 제302호(이하 ‘제2건물’이라 한다), 서울 AA구 AA동 168-1 소재 건물(이하 ‘제3건물’이라 한다)을 소유하고 있었던 사실이 인정된다.
• 다) 원고는 제1건물은 주택이 아닌 상가 용도로 사용된 건물이라고 주장하나, 원고가 제출한 증거들만으로는 이를 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 오히려 을 제8호증의 기재에 변론 전체의 취지를 더하면, 원고와 원고의 가족들은 2008. 2. 26. 제1건물에 전입신고를 하였고, 그때부터 현재까지 제1건물은 원고의 주민등록상 주소지인 사실만이 인정될 뿐이다.
• 라) 원고는 제2건물, 제3건물이 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호 에 따른 장기임대주택으로서 1세대 1주택 비과세 규정 적용시 주택 수 산정에서 제외되어야 한다고 주장한다. 그러나, 구 소득세법 시행령 제155조 제19항 제1호 에서는 장기임대주택이 주택수 산정에서 제외되기 위해서는 양도하는 거주 주택의 거주기간이 2년 이상일 것으로 요건으로 하고 있는데, 을 8호증의 기재에 변론 전체의 취지를 더하면, 원고가 2005. 4. 8. 이 사건 각 부동산에 전입신고를 한 후 2005. 4. 18. 다시 전출한 사실만이 인정될 뿐, 원고가 이 사건 각 부동산 중 주택 부분에서 2년 이상 거주하였다는 사실을 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

5. 소결론 따라서 원고의 주장은 모두 이유 없고, 피고의 이 사건 처분은 적법하다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.