소득세법에 따른 사업자등록을 하지 아니한 임대주택은 구 소득세법에서 정한 ‘장기임대주택’요건을 충족하지 못함

사 건 2019구단74358 양도소득세등부과처분취소 원 고 임AA 피 고 BB세무서장 변 론 종 결

2020. 9. 15. 판 결 선 고

2020. 11. 24.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2019. 5. 1. 원고에 대하여 한 2018년 귀속 양도소득세 96,922,510원(가산세포함)의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2010. 6. 4. 서울 ○○구 ○○로XX길 XX, XXX동 XXXX호(○○동, ○○아파트)(이하 ‘이 사건 주택’이라 한다)를 취득하였다가 2018. 11. 15. 이 사건 주택을 양도(이하 ‘이 사건 양도’라 한다)하였다.
• 나. 이 사건 양도 당시, 원고는 2016. 11. 4. 취득한 서울 ○○구 ○○로XX길 XX, XXX동 XXXX호(○○동, ○○아파트)(이하 이 사건 대체주택이라 한다)을 소유하고 있었고, 원고 배우자 권CC은 2018. 1. 11. 취득한 ○○시 ○○구 ○○동 XXXX ○○○○○ 푸르지오시티 제X층 제XX XXX호(이하 이 사건 임대주택이라 한다)를 소유하며 이를 임대하고 있었다. 권CC은 이 사건 양도 당시 이 사건 임대주택에 대하여 민간임대주택에 관한 특별법에 따른 임대사업자등록을 하였으나, 소득세법에 따른 사업자등록은 하지 않았다. 권CC은 2019. 4. 2. 이 사건 임대주택과 관련한 사업자등록을 마쳤다.
• 다. 원고는 2019. 1. 31. 피고에게, 이 사건 주택은 구 소득세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29523호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제155조 제20항에서 정한 ‘거주주택’에, 권CC이 소유한 이 사건 임대주택은 위 시행령 조항이 정한 ‘장기임대주택’에 각 해당한다는 전제에서, 이 사건 양도는 구 소득세법(2018. 12. 31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제89조 제1항 제3호 나목, 구 소득세법 시행령 제155조 제20항, 제155조 제1항, 제154조 제1항, 제11항이 정한 일시적 1세대 2주택 비과세 요건에 해당한다는 이유로 납부할 양도소득세가 없는 것으로 예정신고하였다.
• 라. 피고는 이 사건 양도 당시 이 사건 임대주택의 임대에 관하여 소득세법에 따라 사업자등록이 마쳐지지 아니하여 이 사건 임대 주택이 구 소득세법 시행령 제155조 제20항이 정한 ‘장기임대주택’에 해당하지 아니한다는 이유로 일시적 1세대 2주택 비과세 규정의 적용을 배제하고, 원고 세대가 구 소득세법 제104조 제7항 제3호, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 에서 정하는 1세대 3주택자에 해당한다고 보아 기본세율에 100분의 20을 더한 세율을 적용하여 산출한 2018년 귀속 양도소득세 96,922,510원(신고불성실 가산세 8,653,410원, 납부불성실 가산세 1,735,008원)을 경정·고지하였다.
• 마. 원고는 조세심판원에 대한 심판청구를 거쳐 이 사건 소를 제기하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 10, 12 내지 14호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 ⑴ 이 사건 임대주택은 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호 의 장기임대주택에 해당한다. 따라서 이 사건 양도에 1세대 3주택 중과세율을 적용할 수는 없다. ⑵ 설령 이 사건 임대주택이 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호 의 장기임대주택에 해당하지 않는다 하더라도, 소득세법이 1세대 다주택자에 대하여 양도소득세 중과 규정을 둔 취지는 부동산 투기를 막기 위한 데 있는 것인데, 원고와 권CC에게는 투기 목적이 없었고, 권CC이 임대사업자 등록을 함으로써 이 사건 임대주택을 장기임대주택으로 공급하려는 의사가 충분히 표시되었다고 볼 수 있다. 그럼에도 이 사건 임대주택과 관련하여 소득세법상 사업자등록을 하지 않았다는 이유만으로 이 사건 양도에 1세대 3주택 이상에 해당하는 중과세율을 적용한 이 사건 처분은 입법취지에 반하여 원고에게 과도한 조세부담을 지우는 것으로서 위법하다.
• 나. 관련 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단 ⑴ 첫 번째 주장에 관한 판단 구 소득세법 제104조 제7항 제3호 는 “조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”을 양도하는 경우 기본세율에 100분의 20을 더한 세율을 적용하도록 규정하고, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 은 ‘대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’이란 ‘국내에 주택을 3개 이상 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다’고 규정하면서 제2호에서 “법 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특례법 제5조에 따른 임대사업자 등록을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(장기임대주택)”을 규정하고 있다. 위 관계 법령의 문언상 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호 에서 정한 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택수 계산에서 제외되는 장기임대주택에 해당하려면, ① 양도일 현재 그 주택에 관해 소득세법 제167조 에 따른 사업자등록을 하였을 것, ② 양도일 현재 그 주택에 관해 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따라 임대사업자 등록을 하였을 것, ③ 양도일 현재 그 주택을 임대하고 있을 것의 요건이 모두 충족되어야 한다. 따라서 이 사건 양도 당시 이 사건 임대주택의 임대와 관련하여 소득세법에 따른 사업자등록이 마쳐지지 아니한 이상, 이 사건 임대주택이 구 소득세법 제167조 제1항 제2호 에서 정한 ‘장기임대주택’에 해당한다고 볼 수는 없다. 이와 다른 취지의 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. ⑵ 두 번째 주장에 관한 판단 원고와 권CC이 이 사건 임대주택의 임대와 관련하여 소득세법에 따른 사업자등록을 하지 아니하고, 이 사건 주택, 이 사건 대체주택, 이 사건 임대주택의 취득과 양도를 함에 있어 투기 목적이 있었다고 보이지 아니한다. 그러나 그러한 사정을 고려하더라도 이 사건 양도에 1세대 3주택 이상 중과세율을 적용한 이 사건 처분이 위법하다고 볼 수는 없다. 그 이유는 아래와 같다.

① 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 납세자에게 유리하다고 하여 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다. 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호 는 소정의 요건을 갖춘 장기임대주택을 예외적으로 중과세율 적용대상이 되는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에서 제외하여 주는 혜택을 주는 규정으로 볼 수 있다. 소득세법에 따른 사업자등록은 위 예외규정의 적용대상이 되는 ‘장기임대주택’의 요건임이 법문상 명백한바, 납세의무자가 사업자등록을 하지 않은 데에 투기목적이 없다는 이유로 그 요건을 완화하여 해석할 수는 없다.

② 소득세법에 따른 사업자등록은 과세관청으로 하여금 납세의무자와 그 사업내용의 파악을 용이하게 하여 근거과세와 수세확보 등 과세행정의 편의를 도모하고 나아가 공평 과세를 구현하려는 데에 목적이 있는 것으로 민간임대주택에 관한 특별법에 따른 임대사업자 등록과는 목적과 취지를 달리한다. 원고가 이 사건 임대주택과 관련 하여 임대사업자 등록을 하였다고 하여 소득세법에 따른 사업자등록의 효력을 동일하게 부여할 수는 없다.

③ 2014. 12. 23. 법률 제12852호로 개정된 소득세법은 제168조 단서를 신설하여 분리과세 주택임대소득만 있는 사업자의 경우에는 사업자등록 의무를 면제하면서 부칙 제1조에서 2019년 1월 1일부터 이를 시행하도록 하였으나 그 후 2018. 12. 31. 법률 제16104호로 개정된 소득세법에서 위 단서 규정이 삭제되어 곧바로 시행됨으로써 실제로 위 단서 규정은 시행된 적이 없는데, 권CC이 이 사건 임대주택을 취득할 당시나 이 사건 양도 당시에는 위 단서 규정이 삭제되지 아니한 상태였다. 이와 같은 사업자등록에 관한 소득세법 제168조 단서의 개정 경과가 다소 일반적이지 아니한 측면이 있지만, 그 적용범위나 해석에 있어 어떠한 의의(疑義)가 있는 경우는 아닌 것으로 보인다.

④ 원고는 대법원 2014. 2. 27. 선고 2010두27806 판결을 들어 이 사건 양도는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아서는 아니된다는 취지로 주장하지만, 위 판결은 ‘장기임대주택’의 요건을 모두 갖춘 주택과 일반주택을 소유한 거주자가 주거를 이전하기 위한 대체주택을 취득함으로써 일시적으로 3주택이 된 경우에 관한 것으로서, 이 사건 임대주택이 ‘장기임대주택’의 요건을 갖추지 못한 이 사건과는 사안을 달리한다.

⑤ 2018. 12. 31. 법률 제16104호로 개정된 소득세법은 제81조 제15항을 신설하여 주택임대소득이 있는 사업자가 소득세법 제168조 에 따른 사업자등록을 지체하는 경우 사업 개시일부터 등록을 신청한 날의 직전일까지 주택임대수입금액의 1천분의 2를 가산세로 해당 과세기간의 종합소득 결정세액에 더하여 납부하도록 규정하고 있으나, 위 규정이 소득세법에 따른 사업자등록을 흠결한 임대주택이 1세대 3주택 중과세율 적용대상에서 제외되는 ‘장기임대주택’에 해당한다고 볼 근거가 되지는 못한다.

• 라. 소결 원고의 주장은 모두 받아들이지 아니한다. 그 밖에 이 사건 처분이 위법하다고 판단할 사유는 보이지 아니한다.

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.