1세대1주택 비과세를 판정함에 있어 조합원입주권을 양도시 다른주택을 임대사업자등록하였다는 이유로 주택소유수에서 제외할 수 있는지

사 건 2019구단72031 양도소득세경정거부처분취소 원 고 AAA 피 고 BB세무서장 변 론 종 결

2020. 5. 19. 판 결 선 고

2020. 8. 25.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 피고가 2018. 6. 22. 원고에 대하여 한 2017년 귀속 양도소득세 xx,xxx,xxx원 중 xx,xxx,xxx원을 초과하는 부분에 대한 경정거부처분을 취소한다 (원고는 소장에서 청구취지를 ‘2018. 6. 22. 원고에 대하여 한 경정거부처분을 취소한다.’고만 기재하고 있으나, 아래 처분의 경위란에서 보는 사실관계에 비추어 위와 같이 선해한다).

• 가. 원고는 1996. 10. 21. 서울 구 동 아파트 동 호 (이하 이 사건 주택이라 한다)를 취득하였고, 2017. 5. 4. 도시 및 주거환경정비법 제48조 에 따라 **아파트 주택재건축정비사업 관리처분계획이 인가되어 같은 날 입주자 지위(이하 이 사건 조합원입주권이라 한다)를 취득하였다. 원고는 2017. 8. 28. 이 사건 조합원입주권을 xxx,xxx,xxx원에 양도(이하 이 사건 양도라 한다)하였다.
• 나. 원고는 2017. 10. 31. 피고에게 이 사건 양도에 대하여 양도가액 xxx,xxx,xxx 원, 취득가액 xxx,xxx,xxx원, 기타 필요경비 xxx,xxx,xxx원, 양도차익 xxx,xxx,xxx원, 장기보유특별공제 xxx,xxx,xxx원으로 하여 산정한 2017년 귀속 양도소득세 xxx,xxx,xxx원을 신고·납부하였다.
• 다. 원고는 2018. 4. 30. 피고에게 ‘이 사건 조합원입주권은 구 소득세법(2018. 12. 31.법률 제16104호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제89조 제1항 제4호(이하 입주권 비과세 특례규정이라 한다)에 따른 비과세 대상이므로 위 xxx,xxx,xxx원 중 xxx,xxx,xxx원을 환급하여야 한다’는 취지로 경정청구를 하였다.
• 라. 피고는 2018. 6. 22. 원고가 이 사건 양도 당시 이 사건 조합원입주권 외에 5호 의 장기임대주택을 소유하고 있으므로 입주권 비과세 특례규정을 적용할 수 없다는 이 유로 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 이 사건 처분이라 한다). 이 사건 양도 당시 원고와 배우자가 보유하고 있던 주택은 별지 기재와 같다.
• 마. 원고는 이의신청 및 조세심판원에 대한 심판청구를 거쳐 이 사건 소를 제기하였다.

• 가. 원고의 주장 구 소득세법 제89조 제1항 제4호 가목의 ‘다른 주택’ 및 나목의 ‘1주택’은 1세대 1 주택 비과세 특례 적용에 있어 주택수 계산에 포함되는 주택만을 의미한다고 보아야 한다. 장기임대주택은 구 소득세법 시행령(2018. 2. 9. 대통령령 제28627호로 개정되기 전 의 것, 이하 같다) 제155조 제20항에 의하여 위 특례 적용에 있어 주택수 계산에 포함 되지 아니하고, 이는 조합원입주권 양도에 있어서도 마찬가지라고 보아야 한다. 이 사 건 조합원입주권은 이 사건 주택의 전신으로서 준공 후에는 다시 주택으로 전환될 것인바, 관리처분계획 인가 전과 준공 후에는 주택으로 취급되어 임대주택 특례규정의 적용대상이 되는 반면 관리처분계획인가 후 준공 전이라는 우연한 사정에 의하여 그와 달리 보는 것은 국세기본법 제18조 제1항 및 조세평등주의에 위반된다. 이 사건 양도 당시 이 사건 주택이 멸실되지 아니한 채 물리적으로 주택으로서 기능하고 있었다는 점에서 보아도 그러하다. 따라서 이 사건 양도 당시 원고가 장기임대주택을 보유하고 있었다 하더라도 입주권 비과세 특례규정을 적용하여야 한다. 이와 다른 전제에서 이 사건 조합원입주권 양도 에 입주권 비과세특례 규정을 적용하지 아니한 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.
• 나. 관련 법령(별지 참조) 구 소득세법 제89조 제1항 은 “다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소 득세를 과세하지 아니한다.”고 하면서 제4호에서 “제2항에 따른 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[ 도시 및 주거환경정비법 제48조 에 따른 관리처분계획의 인가일(인가 일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호 가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경 우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득.”이라고 규정하고 가목에서 “양도일 현재 다른 주택을 보유하지 아니할 것”, 나목에서 “양도일 현재 1조합원입주권 외에 1 주택을 소유한 경우로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도할 것(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유에 해당하 는 경우를 포함한다)”을 규정하고 있다. 한편 구 소득세법 시행령 제155조 제20항 (이하 임대주택 비과세 특례규정이라 한다)은 “제167조의3 제1항 제2호에 따른 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 다음 각 호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.”고 규정하면서 제1호에서 “거 주주택: 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록 및 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자의 등록을 한 날 이후의 거 주기간을 말한다)이 2년 이상일 것”, 제2호에서 “장기임대주택: 양도일 현재 법 제168 조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것”이라고 규정하고 있다.
• 다. 판단 원고와 원고의 배우자가 2015. 3. 2. 취득한 서울 구 동 소재 주택은 그 취득일로부터 3년 이내에 이 사건 조합원입주권을 양도하였으므로 원고가 보 유하고 있던 장기임대주택을 고려하지 않는다면 구 소득세법 제89조 제1항 제4호 나 목의 ‘1주택’에 해당하게 된다. 그러나 구 소득세법 제89조 제1항 4호 나목의 요건을 충족하는 1주택 외에 장기임대주택을 보유하고 있는 경우에까지 입주권 비과세 특례규 정을 적용할 수는 없고, 이러한 결과가 관련 법령의 취지나 조세평등주의에 위반된다 고 보이지도 아니하므로, 원고의 주장은 이유 없고 이 사건 처분은 적법하다. 그 이유 는 아래와 같다. ⑴ 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2010. 4. 29. 선고 2009두18325 판결 등 참조). 입주권 비과세 특례규정과 임대주택 비과세 특례규정은 원칙적으로 양도소득세 부과 대상이 되는 조합원입주권 및 주택임대사업자의 거주주택의 양도로 인한 소득에 대하여 일정 요건 하에 양도소득세를 부과하지 아니하는 내용으로서 명백히 특혜규정이므로 엄격하게 해석하여야 한다. ⑵ 구 소득세법 제94조 제1항 이 토지 또는 건물의 양도로 발생하는 소득(제1호)과 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득(제2호)을 구분하고 있고, 제95조 제2항에 서 ‘제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권’이라는 표현을 사용하고 있는 점에 비추어 보면, 조합원입주권은 제2호 가목에 따라 부동산이 아닌 부동산에 관한 권리에 포함되는 것으로 해석된다. 또한 구 소득세법 제104조 제1항 제2호 에서 ‘주택 및 조합원입주권’이라는 표현을 사용하고 있는 점, 주택과 구분하여 입주권 비과 세 특례규정을 두고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 구 소득세법 및 구 소득세법 시행령 은 ‘주택’과 ‘조합원입주권’을 엄격히 구분하는 입장에 서 있는 것으로 보인다. 설령 기존주택이 전환된 것이라는 조합원입주권의 성질상 일정 경우 1세대 1주택에 부여되는 바와 같은 비과세 혜택이 부여될 필요가 있다 하더라도, 그 구체적인 범위를 정함에 있어서 위와 같은 입법자의 의사는 충분히 존중되어야 한다. ⑶ 1세대 1주택 비과세 특례는 국민이 주거생활의 기초가 되는 주택을 양도할 때 양도소득을 얻거나 투기를 할 목적이 없다고 볼 수 있는 일정한 경우에는 그 양도소득 에 대하여 소득세를 부과하지 아니함으로써 국민의 주거생활의 안정과 거주이전의 자 유를 보장하여 주려는 데에 있다(대법원 1993. 1. 19. 선고 92누12988 판결 참조). 그런데 임대주택 비과세 특례규정은 임대주택사업자의 거주용 주택에 대하여 일정 요건 하에 1세대 1주택 비과세 특례의 적용범위를 확대하여 임대주택 공급을 활성화함으로써 간접적으로 서민·중산층의 주거안정을 지원하고자 하는 취지에서 일정 경우 장기임대주택을 주택수에 포함하지 않는 것일 뿐인바, 임대주택사업자에게 1세대 1주택 비과세 특례를 어디까지 확대할 것인지에 대하여는 보다 넓은 입법재량을 갖는다고 보아야 한다. ⑷ 앞서 보았듯이 입주권 비과세 특례규정에서는 장기임대주택을 주택수 계산에서 제외하는 명시적인 규정을 두고 있지 않고, 임대주택 비과세 특례규정은 장기임대주택 과 거주주택을 보유하다가 거주주택을 양도하는 경우만을 규정할 뿐 거주주택이 조합 원입주권으로 전환된 후 조합원입주권을 양도하는 경우에 대하여는 명시적으로 규정하 고 있지 아니한바, 단순히 주택에 대해서만 규정된 임대주택 비과세 특례규정을 조합 원입주권에 유추하여 적용하거나 입주권 비과세 특례규정의 주택의 범위에 ‘조합원입 주권과 장기임대주택을 보유하는 경우의 장기임대주택’을 제외하는 것은 주택과 조합 원입주권에 관한 세제를 달리하고자 하였던 입법자의 의도, 구 소득세법 제155조 제20항 의 입법취지 및 조세법률주의, 조세법규 엄격해석의 원칙에 반하며, 특혜규정인 임대주택 비과세 특례를 확대하는 것으로서 조세공평의 원칙에도 부합하지 아니한다. ⑸ 원고가 제시하고 있는 바와 같이 대법원 2007. 2. 22. 선고 2006두16397 판결 은 1년 이상 거주한 기존주택의 조합원입주권을 질병의 치료 또는 요양을 위하여 양도 하는 경우, 1년 이상 거주한 주택을 그와 같은 목적에서 양도하는 경우에 관한 소득세 법 시행령 제154조 제1항 제3호, 소득세법 시행규칙 제71조 제3항 (위 판결 사안에 적 용되는 법령 내용과 같은 현행 법령이다)과 같은 명시적인 규정이 없더라도 마찬가지로 거주기간 및 보유기간의 제한을 완화하여야 한다는 취지로 판단하고 있으나, 1세대1주택 비과세 특례를 적용함에 있어 임대주택 비과세 특례규정과 일정 경우 보유기간 및 거주기간의 제한을 완화하는 위 소득세법 시행령 제154조 제1항 제3호, 소득세법 시행규칙 제71조 제3항 은 그 취지와 내용을 달리하므로 조합원입주권에 적용할지 여부를 반드시 같이하여야 한다고 볼 것은 아니다. 원고는 또한 조합원입주권에 관하여는 상속받은 주택과 그 밖의 주택(일반주택)을 보유하다가 일반주택을 양도하는 경우 1세대 1주택 비과세 특례를 적용함에 있어 상속 주택을 주택수 계산에서 제외하는 상속세법 시행령 제155조 제2항과 같은 명시적인 규정이 없음에도, 조합원입주권의 양도 당시 상속주택을 보유하고 있는 경우 위 상속 주택을 주택수 계산에서 제외하는 취지로 판단한 조세심판례(2003. 4. 14.자 국심 2002부3538)를 제시하고 있으나, 상속주택과 장기임대주택은 일반적으로 그 취득의 원인을 달리하고 주택수 계산에서 제외하는 취지 역시 달리하므로, 조합원입주권에 적용할지 여부를 반드시 같이하여야 한다고 볼 수 없다. ⑹ 조세평등주의는 헌법 제11조 제1항의 평등원칙이 세법 영역에서 구현된 것으로 서, 조세의 부과와 징수는 납세자의 담세능력에 상응하여 공정하고 평등하게 이루어져 야 하고 합리적인 이유 없이 특정 납세의무자를 불리하게 차별하거나 우대하는 것은 허용되지 아니한다는 원칙이다. 국세기본법 제18조 제1항 은 “세법을 해석·적용할 때에 는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되 지 아니하도록 하여야 한다.”라고 규정하여 조세평등주의의 정신을 반영하고 있다. 조세감면 등의 우대조치의 경우에 있어서도 특정납세자에 대하여만 우대조치를 적용 하는 것이 현저하게 비합리적이고 불공정한 조치라고 인정될 때에는 조세평등주의에 반하여 위헌이 된다(헌재 1996. 8. 29. 95헌바41 참조). 다만 조세감면의 혜택을 부여 하는 입법에서 그 범위를 결정하는 것은 입법자의 광범위한 재량에 속하고 재량의 범 위를 뚜렷하게 벗어난 것으로 볼 수 없는 한 이것을 위헌이라고 단정할 수 없는바, 오 늘날 입법자는 조세 부과를 통하여 재정수입 확보라는 목적 이외에 국민경제적, 재정 정책적, 사회정책적 목적달성을 위하여 여러 가지 관점을 고려할 수 있기 때문에 위와 같은 입법재량에 대한 요청은 더욱 크다 할 것인바(헌재 2002. 10. 31. 2002헌바43, 헌재 2003. 11. 27. 2003헌바2 참조), 행정입법의 경우에도 역시 그러하다. 이 사건에서 입주권 비과세 특례규정과 임대주택 비과세 특례규정은 모두 조세감면 의 혜택을 부여하는 규정들이고, 구 소득세법 및 구 소득세법 시행령에서는 ‘주택’과 ‘조합원입주권’을 구분하여 달리 규율함을 원칙으로 삼고 있는 점, 조합원입주권이 기 존주택의 전신이라는 성격을 지니고 있다 하더라도 엄연히 주택과는 다른 법적 성격과 물리적 기능을 가지므로 주택에 대한 모든 혜택을 부여하여야 한다고 볼 수는 없는 점, 임대주택 비과세 특례규정의 취지상 장기임대주택사업자에게 1세대 1주택 비과세 특례를 확대적용함에 있어서는 보다 넓은 입법재량이 부여된다고 보이는 점 등에 비추 어 볼 때, 조합원입주권과 장기임대주택을 보유하다가 조합원입주권을 양도하는 경우 에 임대주택 비과세 특례규정을 유추적용하거나 입주권 비과세 특례규정을 적용하지 않는다고 하여, 조합원입주권 보유자에 비하여 주택보유자를 현저하게 비합리적이고 불공정하게 우대하는 조치로서 조세평등주의 및 국세기본법 제18조 제1항 에 위반된다 고 보기도 어렵다.

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.