주택으로 사용되는 층수와 다가구주택으로서 1가구 1주택 양도세 비과세 적용 여부

사 건 2019구단70738 양도소득세 부과처분 취소 원 고 맹○○ 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2020. 07. 21. 판 결 선 고

2020. 10. 27.

를 기각한다.

비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2019. 5. 7. 원고에 대하여 한 2017년 귀속 양도소득세 285,544,520원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2006. 12. 20. 서울 OO구 OO동 1025-23 대지 172.8㎡(이하 이 사건 토지라 한다) 및 지상 건물(건축물대장상 지하1층 제2종 근린생활시설 67.71㎡, 주차장 64.38㎡, 1, 2층 각 다가구주택 각 102.12㎡, 3층 다가구주택 86.2㎡, 4층 관리사무소 65.49㎡, 연면적 488.02㎡인 건물로서, 이하 이 사건 건물이라 한다)을 취득하였다가, 2017. 11. 27. 이 사건 토지 및 건물을 2,352,150,000원에 일괄양도(이하 이 사건 양도라 한다)하였다.
• 나. 원고는 2018. 1. 31. 피고에게 이 사건 양도에 이른바 다가구주택의 일괄양도에 관한 구 소득세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28637호로 개정되기 전의 것) 제155조 제15항 단서를 적용하여 그 전체를 하나의 주택으로 보아 구 소득세법(2017. 12. 19. 법률 제15225호로 개정되기 전의 것) 제95조 제3항, 구 소득세법 시행령 제156조 제1항, 제3항, 제160조 제1항에서 정하는 고가주택 특례를 적용하여 산정한 2017년 귀속 양도소득세 41,929,550원을 예정신고·납부하였다.
• 다. 피고는 이 사건 건물은 1층 내지 4층이 주택으로 사용되어 주택으로 사용하는 층수가 4개 층으로서 다가구주택에 해당하지 아니한다는 이유로 구 소득세법 시행령 제155조 제15항 단서의 적용을 배제하고, 이 사건 건물 중 원고가 거주하는 제301호(바닥면적 86.2㎡) 및 그 부수토지에 대해서만 구 소득세법 제95조 제1항 제3호 가목, 구 소득세법 시행령 제154조 제1항 에서 정하는 1세대 1주택 비과세 특례를 적용하고, 이 사건 대지 및 건물의 양도가액 중 위 301호 및 그 부수토지에 상응하는 가액인440,988,272원을 공제한 나머지 1,911,161,728원을 양도가액으로, 이 사건 대지 및 건물의 취득가액 1,009,800,000원 중 위 301호 및 그 부수토지에 상응하는 가액을 제외한 나머지 814,358,878원을 취득가액으로 하여, 여기에서 필요경비 12,096,834원을 공제한 1,084,706,016원을 양도차익으로 계산한 후, 위 양도차익에 구 소득세법 제95조 제2항 표 1에서 정하는 보유기간 10년 이상에 해당하는 장기보유특별 공제율 30%를 적용하여 계산한 325,411,804원을 공제한 759,294,212원을 양도소득금액으로 하여, 여기에 구 소득세법 제104조 제1항 제1호, 제55조 제1항에서 양도소득세과세표준 5억 원 초과에 해당하는 세율을 적용하여 산출한 2017년 귀속 양도소득세 285,544,523원(신고불성실 가산세 23,138,812원, 납부불성실 가산세 31,017,577원 포함)을 경정·고지하였다.
• 라. 원고는 조세심판원에 대한 심판청구를 거쳐 이 사건 소를 제기하였다.

• 가. 원고의 주장 ⑴ 이 사건 건물 4층은 한 세대가 독립하여 장기간 주거생활을 영위할 수 있는 구조를 갖추지 아니하여 주택이라고 볼 수 없어 이 사건 건물은 주택으로 쓰는 층수가 3개 층 이하로서 구 소득세법 시행령 제155조 제15항 단서에서 정하는 다가구주택에 해당하고, 이 사건 건물을 구획된 부분별로 구분하려는 의사가 표시되지도 않았으므로, 이 사건 건물은 하나의 겸용주택으로 보아야 한다. 그런데 이 사건 건물 중 주택으로 사용하는 부분의 연면적이 그 외 부분의 연면적보다 크므로 이 사건 건물은 그 전체를 하나의 주택으로 보아야 한다. ⑵ 피고는 이 사건 건물이 구 소득세법 제89조 제1항 제3호, 구 소득세법 시행령 제156조 제1항 에서 정하는 ‘고가주택’이라고 인정하면서도 고가주택 특례를 적용하지 아니하였다. ⑶ 이 사건 건물을 그 구획된 부분별로 각각 하나의 주택으로 본다면, 과세표준과 세율 역시 구획된 부분별로 개별적으로 적용하여야 한다. 그럼에도 피고는 이 사건 건물 중 주택으로 보는 제301호에 해당하는 건물 및 그 부수토지의 가액을 제외한 나머지 양도가액 및 취득가액 전체를 통산하여 과세표준과 세율을 적용하였다. ⑷ 이 사건 건물을 그 구획된 부분별로 각각 하나의 주택으로 본다면, 구 소득세법 시행령 제154조 제9항 에 따라 원고가 선택하는 순서에 따라 주택을 양도하는 것으로 보아야 하는데, 원고는 이 사건 건물 지하 1층부터 지상 3층을 먼저 양도하는 것으로 정하였으므로, 위 부분 전체를 하나의 주택으로 하여 1세대 1주택 비과세 특례를 적용하여야 한다.
• 나. 첫 번째 주장에 관한 판단 ⑴ 구 소득세법 제89조 제1항 제3호 가목에서는 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택의 양도소득에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니하도록 규정하면서, 구 소득세법 시행령 제154조 제1항 에서 “1세대 1주택이란 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년 이상인 것을 말한다.”고 규정하고 있다. 구 소득세법 시행령 제155조 제15항 은, 1세대 1주택 양도소득세 비과세에 관하여 규정한 같은 시행령 제154조 제1항을 적용할 때 ‘ 건축법 시행령 별표 1 제1호 다목에 해당하는 다가구주택은 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 각각 하나의 주택으로 본다. 다만, 해당 다가구주택을 구획된 부분별로 양도하지 아니하고 하나의 매매단위로 하여 양도하는 경우에는 그 전체를 하나의 주택으로 본다.’고 규정하고, 건축법 시행령 별표 1 제1호 다목은 ‘다가구주택은 다음의 요건을 모두 갖춘 주택으로서 공동주택에 해당하지 아니하는 것을 말한다. 1) 주택으로 쓰는 층수(지하층은 제외한다)가 3개 층 이하일 것(단서 생략) 2) 1개 동의 주택으로 쓰이는 바닥면적의 합계가 660㎡ 이하일 것 3) 19세대 이하가 거주할 수 있을 것’이라고 규정(이하 다가구주택 요건규정이라 한다)하고 있다. ⑵ 우선 이 사건 건물이 주택으로 쓰는 층수가 3개 층 이하로서 다가구주택에 해당하는지 여부에 관하여 본다. 다툼 없는 사실, 을 제2호증의 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 양도당시 이 사건 건물 지하 1층은 주차장 및 부동산중개업소 사무실로 사용되고, 1, 2층은 각 2개 부분으로 구획되어 각각 주택으로, 3층은 하나의 주택으로 사용되었던 사실, 이 사건 건물 4층 부분은 바닥면적 65.49㎡로서 방2개, 주방 및 거실로 이루어진 구조로서 원고 아들이 사용하다가 2016. 5. 12. 제3자에게 보증금 240,000,000원, 임대기간 2016. 6. 4.부터 2018. 12. 3.까지 30개월로 정하여 주거용으로 임대하여 이 사건 양도 당시 임차인이 거주하고 있었던 사실을 인정할 수 있다. 위 인정사실에 의하면, 이 사건 건물 1층 내지 3층 만이 아니라 4층 역시 한 세대가 독립하여 주거생활을 영위할 수 있는 구조를 갖추고 있고 실제 주거용으로 사용되어 다가구주택 요건규정에서 정하는 ‘주택으로 쓰는 층수’에 해당한다고 봄이 상당하므로,이 사건 건물은 ‘주택으로 쓰는 층수가 3개 층 이하일 것’이라는 다가구주택 요건에 부합하지 아니한다. ⑶ 다음으로 이 사건 건물을 그 구획된 부분별로 구분소유하려는 구분의사가 표시되지 아니하였으므로 이를 하나의 건물로 보아야 하는지 여부에 관하여 본다. 구 소득세법 제89조 제1항 제3호 가 정하는 양도소득세 비과세대상으로서 1세대 1주택의 양도 중 주택은 세법 고유의 개념으로서 반드시 건축법령의 규정에 구속될 것은 아니고 어디까지나 세법의 독자적인 입장에서 그 입법 취지에 비추어 개념을 정하여야 할 것인데, 대지 및 건물의 벽, 복도, 계단 기타 설비 등의 전부 또는 일부를 공동으로 사용하는 각 세대가 하나의 건축물 안에서 각각 독립된 주거생활을 영위할 수 있는 구조로 된 주택으로서 사회관념상 독립한 거래의 객체가 될 정도가 되어 그 실질에 있어 공동주택에 해당한다면, 비록 단독주택으로 건축허가를 받아 건축물관리대장상 단독주택으로 등재되었거나 건축주 한 사람 앞으로 소유권보존등기가 경료되었다 하더라도 공동주택으로 봄이 상당하다(대법원 1993. 8. 24. 선고 92누15994 전원합의체 판결 참조). 이러한 법리에 비추어 보면, 1세대 1주택 비과세규정의 주택 수 산정에 있어서는 하나의 건축물 안에서 구획된 부분이 각각 독립되어 그 실질에 있어 공동주택에 해당하는 경우 어떠한 주택을 구획된 부분별로 구분소유하려는 의사가 표시되었는지 여부와 무관하게 원칙적으로 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 각각 하나의 주택으로 보아 주택 수를 산정하여야 한다고 봄이 상당하다. 따라서 이 사건 건물의 1층 내지 4층의 각 구획된 부분이 독립하여 주거생활을 영위할 수 있는 구조를 갖추고 있고 실제 각 구획된 부분별로 독립하여 주거용으로 사용된 이상, 설령 이를 구분소유하려는 원고의 의사가 표시되지 아니하였다 하더라도 1세대 1주택 비과세규정의 주택 수 산정에 있어서는 각 구획된 부분을 하나의 주택으로 보아야 한다. ⑷ 이 사건 건물이 다가구주택 요건규정에서 정하는 다가구주택에 해당하지 아니하다는 전제에서 구 소득세법 시행령 제155조 제15항 단서를 적용하지 아니한 피고의 조치는 정당하고, 이와 다른 전제에 있는 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
• 다. 두 번째 주장에 관한 판단 ⑴ 구 소득세법 제89조 제1항 제3호, 구 소득세법 시행령 제156조 제1항 에 의하면 주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시의 실지거래가액의 합계액이 9억 원을 초과하는 고가주택은 1세대 1주택 비과세 특례의 적용이 배제되고, 다만 구 소득세법 제95조 제3항, 구 소득세법 시행령 제160조 에서 고가주택에 있어 양도차익 및 장기보유특별공제액을 계산하는 특례를 규정하고 있으며, 구 소득세법 시행령 제156조 제3항 에 의하면 같은 시행령 제155조 제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 다가구주택의 경우에는 그 전체를 하나의 주택으로 보아 고가주택 해당 여부를 판단하게 된다. ⑵ 이 사건 건물의 경우 앞서 보았듯이 다가구주택 요건규정에서 정하는 다가구주택에 해당하지 아니하여 구 소득세법 시행령 제155조 제15항 단서가 적용될 수 없고 각 구획된 부분별로 각각 하나의 주택으로 보아야 하므로, 구 소득세법 시행령 제156조 제3항 을 적용하여 그 전체를 하나의 주택으로 보아 고가주택 해당 여부를 판단할수 없다. ⑶ 원고는 피고가 이 사건 건물이 고가주택에 해당한다고 자백하였으므로 이 사건 건물을 고가주택으로 보아야 한다는 취지로 주장한다. 살피건대 피고가 2020. 2. 6.자 답변서를 통하여 ‘이 사건 토지 및 건물을 양도할 당시 실지거래가액의 합계액이 2,352,150,000원으로서 9억 원을 초과하여 고가주택에 해당하므로 1세대 1주택 비과세 대상에 해당하지 아니한다’는 취지로 주장한 사실을 확인할 수 있으나, 이는 다가구주택의 주택수 산정에 관한 법리와 구 소득세법 시행령 제156조 제3항 의 적용 여부에 관한 오해에서 비롯된 것임이 명백하여 피고가 위와 같이 주장한 적이 있다는 사정만으로 이 사건 건물을 고가주택에 해당한다고 인정할 수는 없다(피고는 2020. 3. 24.자 준비서면을 통하여 위 주장을 철회하고 있다). ⑷ 원고의 이 부분 주장 역시 받아들이지 아니한다.
• 라. 세 번째 주장에 관한 판단 ⑴ 구 소득세법 제5조 제1항, 제92조 제1항, 제2항, 제93조, 제94조 제1항, 제102조 제1항 제1호, 제104조 제1항 제1호에 의하면, 양도소득세는 자산의 유형별로 기간과세의 원칙이 적용되어 토지와 건물의 양도로 인한 양도소득세는 당해 과세기간 중에 발생한 해당 자산의 양도로 인하여 발생한 양도소득을 모두 합산하여 그 과세표준과 세액을 산출하여야 한다(대법원 2008. 5. 29. 선고 2006두1609 판결). 이에 의하면, 이 사건 건물에 있어 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분별로 각각 하나의 주택으로 보아야 한다 하더라도, 그 각 양도로 인한 소득이 동일한 과세기간에 발생하였음이 명백하므로 이를 모두 합산하여 과세표준을 산출하여 이에 해당하는 세율을 적용하여야 한다. 같은 취지에서 이 사건 토지 및 건물의 양도가액에서 이 사건 건물 중 1세대 1주택 비과세 대상이 되는 제301호 및 그 부수토지 가액을 제외한 나머지 가액을 모두 합산한 1,911,161,728원을 양도가액으로 하여 과세표준을 계산하고 이에 상응하는 세율을적용하여 세액을 산출한 피고의 조치는 정당하다. ⑵ 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 아니한다.
• 마. 네 번째 주장에 관한 판단 ⑴ 구 소득세법 시행령 제155조 제15항 의 문언과 그 입법취지에 비추어 볼 때, 이 사건 건물이 주택으로 쓰는 층수가 4개 층으로서 다가구주택 요건규정에서 정하는 다가구주택에 해당하지 아니하는 이상, 1세대 1주택 비과세 규정의 적용에 있어 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 각각 하나의 주택으로 보아야 하고, 구 소득세법 시행령 제154조 제9항 에 근거하여 이 사건 건물 지하 1층 내지 3층 부분을 하나의 주택으로 볼 수는 없다(다만, 구 소득세법 시행령 제154조 제9항 에 따라 이 사건 건물 중 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 각각의 부분별로 그 선택하는 순서에 따라 이를 양도한 것으로 볼 수는 있는바, 피고가 이 사건 건물 3층(301호)에 대하여 1세대 1주택 비과세 특례를 적용한 것은 이 사건 건물의 나머지 부분을 먼저 양도한 것으로 본 결과라 할 수 있고, 위 301호에 원고가 거주하고 있었고 해당 부분이 주택으로 보는 나머지 각각의 구획된 부분에 비하여 가장 넓은 면적인 점 등에 비추어 보면, 이는 원고에게 가장 유리한 방법으로 보인다). ⑵ 이와 다른 취지의 원고의 이 부분 주장 역시 받아들이지 아니한다. [원고는 2020. 7. 21.자 참고서면에서 이 사건 처분은 처분의 근거법령 등 이유제시가미흡하므로 위법하다는 취지로 기재하고 있으나, ‘이 사건 건물의 4개 층을 주택으로사용하여 다가구주택 요건을 불충족하므로, 구획된 부분 중 가장 큰 면적인 301호에 대하여만 1세대 1주택 비과세 결정한다’는 취지의 양도소득세 조사종결보고서(을 제3호증)의 기재내용 등에 비추어 볼 때, 이 사건 처분을 함에 있어 과세예고 통지 등을통하여 원고에게 충분한 이유제시가 이루어졌을 것으로 보인다.]

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.