재개발·재건축하여 취득한 신축주택의 경우 취득가액 계산

사 건 2019구단69578 양도소득세경정거부처분취소 원 고 박**외3 피 고 분당세무서장 외 변 론 종 결

2019. 12. 11. 판 결 선 고

2020. 2. 19.

1. 원고들의 피고들에 대한 청구를 모두 기각한다.

. 청 구 취 지 피고들이 원고들에 대하여 한 별지1 경정 거부처분 내역표 기재 각 양도소득세 경정거부처분을 모두 취소한다.

• 가. 원고들은 서울 송구 문동 1 소재 각 주택 (이하 통틀어 ‘종전 주택’이라 한다)을 취득하였다가, 종전 주택이 주택재건축사업으로 재건축되어 같은 동 *3 소재 문***안아파트 각 주택(이하 통틀어 ‘신축주택’이라 한다)을 취득하여 보유하다가 이를 양도(이하 통틀어 ‘이 사건 양도’라 한다)하였다.
• 나. 원고들은 이 사건 양도에 대하여, 조세특례제한법(이하 ‘법’이라 한다) 제99조의3 제1항(이하 ‘이 사건 특례규정’이라 한다), 구 조세특례제한법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29527호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 ‘법 시행령’이라 한다) 제99조의3 제2항 제2호에서 정한 아래 계산식(이하 ‘이 사건 계산식’이라 한다)에 따라 신축주택 취득일 이후 5년간 발생한 양도소득을 감면하여 각 양도소득세를 신고·납부하였다. <표를 위한 여백>
• 다. 원고들의 종전 주택 취득일, 신축주택 양도일, 양도가액, 신고한 양도소득세액 등의 구체적인 내역은 아래 표 기재와 같다. <표 생략>
• 라. 이후 원고들은 이 사건 계산식의 분모인 양도 당시 기준시가에서 공제되는 항목은 ‘종전 주택 취득 당시 기준시가’가 아니라 ‘신축주택 취득 당시 기준시가’가 되어야 한다고 주장하면서, 신고·납부한 납부세액을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였으나, 피고들은 원고들의 위 경정청구를 각 거부하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다). 원고들의 각 경정청구, 이 사건 처분일 및 경정청구 양도소득세액은 아래 표 기재와 같다. <표 생략>
• 마. 원고들은 이 사건 처분에 불복하여 2018. 11. 55. 조세심판원에 심판청구를 제기 하였으나 2019. 6. 27. 기각되었다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1, 2호증(가지번호가 있는 경우 각 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

• 가. 원고들 주장의 요지 대법원 판례(대법원 2008. 6. 26. 선고 2007두15971 판결 등)는 재건축 조합원도 일반분양이 있는 경우에는 법 제99조의3 제1항 제1호를 적용하여 일반분양자와 동일 한 조건으로 양도소득세를 감면하여야 한다는 취지이므로, 재건축 조합원들인 원고들의 이 사건 양도에도 이 사건 계산식을 적용함에 있어 일반분양자와 동일하게 ‘종전주택 취득 당시 기준시가’가 아니라 ‘신축주택 준공 당시 기준시가’를 기준으로 양도소득세를 산정하여야 한다.
• 나. 관련 법령 별지와 같다.
• 다. 판단

1. 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하 고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조 세공평의 원칙에 도 부합한다(대법원 2010. 4. 29. 선고 2009두18325 판결 등 참조).

2. 법 제99조의3 제1항은 거주자가 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택(같은항 제1호) 또는 자기가 건설한 신축주택(도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합 을 통하여 조합원이 취득하는 주택 포함, 같은 항 제2호)을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날로부터 양도일까지 발생한 양도소득금액을, 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 각 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다고 규정하고, 같은 조 제4항에서 위 양도소득세 과세소득금액에서 빼는 양도소득금액의 계산에 대하여는 대통령령으로 정한다고 규정하고 있다. 이에 따라 법 시행령 제99조의3 제2항은 제1호에서 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우의 계산식을, 제2호에서 취득일로부터 5년 후에 양도하는 경우의 계산식을 규정하고 있는데, 위 각호의 계산식에서는 재개발·재건축하여 취득한 신축주택의 경우에는 계산식의 분모 공제항목을 ‘종전 주택 취득 당시 기준시가’를 적용하여 계산하도록 규정하고 있다.

3. 위와 같이 법 시행령 제99조의3 제2항이 신축주택을 신규로 취득하는 경우와 종전 주택을 재개발·재건축하여 취득한 신축주택을 나누어, 후자에 대하여는 '종전 주택 취득 당시 기준시가’로 계산하도록 정하고 있는 것은, 이 사건 특례규정이 ‘신축주택의 신규수요 창출을 통한 건설경기 부양’을 목적으로 한 것이므로, 이미 발생한 종전 주택의 양도소득에 대한 세액을 감면하는 것은 신축주택의 신규수요 창출과 직접적인 관련성이 없기 때문이다.

4. 원고들은, 이 사건 계산식이 정한 ‘종전 주택 취득 당시 기준시가’는 재개발·재건축 한 신축주택을 일반분양자 없이 조합원만이 취득한 경우에 한정하여 적용하여야 한다는 취지로 주장한다. 그러나, 앞서 본 바와 같이 이 사건 특례규정은 ‘신축주택을 취득한 날로부터 5년 이내에 발생한 양도소득금액’만을 감면대상으로 정하고 있고, 법시행령 제99조의3 제2항은 재개발·재건축하여 취득한 신축주택에 대하여는 '종전 주택 취득 당시 기준시가’로 계산하도록 정하고 있을 뿐, 일반분양이 있는지 여부 등에 따라 달리 계산하도록 구분하여 정하고 있지 않다. 따라서 원고들의 주장과 같이 이 사건 계산식의 적용 범위를 해석하는 것은 법 문언에 명백하게 반할 뿐만 아니라, 위와 같은 해석은 이미 발생한 종전 주택의 양도소득에 대한 세액도 감면하게 되는 결과를 가져와 앞서 본 입법 취지에도 반한다. 따라서 법령의 문언 및 체계, 입법 취지 등에 비추어 보면, 종전 주택을 재개발·재건축하여 취득한 신축주택의 경우에는 이 사건 특례규정 및 이 사건 계산식에 따라 ‘종전 주택 취득 당시 기준시가’를 기준으로 양도소득세를 계산함이 타당하다.

5. 원고가 들고 있는 위 대법원 판례는 조합원분양분 아파트가 당시 법령이 정한 신축주택취득기간 내에 사용승인을 받지 못하였더라도 동 기간 내에 주택조합이 조합원 외의 일반분양자와 매매계약을 체결하고 계약금을 납부받은 사실이 있다면 법령의 내용 및 입법 취지에 비추어 조합원분양분의 신축주택도 이 사건 특례규정에 따른 양도소득세 감면대상인 신축주택에 포함된다고 봄이 타당하다는 취지의 판례이다. 이는 위와 같은 조합원분양자의 신축주택의 양도가 이 사건 특례규정이 정한 감면의 대상에 해당하는지 여부에 대한 판시이지, 이 사건 특례규정에 따른 조합원분양자의 신축주택 양도에 감면되는 양도소득세액을 계산함에 있어서도 일반분양자의 양도와 동일한 계산식을 적용하여야 한다는 취지가 아니다.

6. 따라서 원고들의 주장은 모두 이유 없고, 피고들의 이 사건 처분은 적법하다.

따라서 원고들의 피고들에 대한 청구는 이유 없으므로, 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.