1세대 1주택 비과세 해당 여부

사 건 2019구단64467 양도소득세경정거부처분취소 원 고

○○○ 피 고 ◎◎세무서장 변 론 종 결

2019. 12. 3. 판 결 선 고

2020. 1. 14

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2018. 4. 4. 원고에 대하여 한 양도소득세 경정거부처분을 취소한다.

• 가. 망 □□□은 1979. 7. 11. 서울 A구 B동 262-1 C연립 다동 204호(이하 이 사건 양도주택이라 한다)를 취득하였다.
• 나. 망인은 1988. 5. 12. 서울 D구 E동 64-8 F아파트 115동 809호를 취득하였는데, 이에 대한 주택재건축사업이 진행되어 2005. 5. 16. 사업시행인가를, 2015. 1. 9. 관리처분계획인가를 각 받았다.
• 다. 망인은 2017. 2. 21. 이 사건 양도주택을 860,000,000원에 양도한 후, 2017. 3. 15. 이 사건 양도주택이 구 소득세법(2018. 12. 31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제89조 제1항 제3호, 구 소득세법 시행령(2017. 9. 19. 대통령령 제28293호로 개정되기 전의 것) 제154조 제1항(이하 1세대 1주택 비과세 특례규정이라 한다)에서 비과세대상으로 정하는 1세대 1주택의 양도에 해당한다는 이유로 납부할 양도소득세가 없는 것으로 양도소득세 예정신고를 하였다.
• 라. 망인은 2017. 7. 12. 이 사건 양도주택의 양도 당시 F아파트에 대한 조합원 입주권(이하 이 사건 조합원입주권이라 한다)을 보유하고 있었다는 이유로 1세대 1주택 비과세 특례규정을 배제하여 계산한 양도소득세 174,356,650원을 수정신고·납부하였다.
• 마. 망인은 2018. 2. 2. 다시 피고에게 이 사건 조합원입주권은 1세대 1주택 비과세 특례규정을 적용함에 있어 고려하지 않아야 한다고 주장하면서 위 양도소득세 174,356,650원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2018. 4. 4. 이를 거부하였다(이하 이사건 처분이라 한다).
• 바. 망인은 2018. 4. 9. 사망하였고, 원고는 망인의 상속인으로서 서울지방국세청장에 대한 이의신청 및 조세심판원에 대한 심판청구를 거쳐 이 사건 소를 제기하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 소득세법은 2005. 12. 31. 법률 제7837호로 제89조 제2항을 신설하여 “대통령령이 정하는 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 도시 및 주거환경정비법 제48조 의 규정에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[동법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)에 한하며, 이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 "조합원입주권"이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우”에는 같은 조 제1항 소정의 1세대 1주택 비과세 특례규정을 적용하지 않는 것으로 규정하면서, 부칙 제12조 제1항에서 “제89조 제2항 및 제104조 제1항의 개정규정은 2006년 1월 1일 이후 최초로 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획이 인가된 분부터 적용한다.”고 규정하고 있다. 따라서 1세대가 주택과 도시 및 주거환경정비법에 의한 조합원입주권을 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획 인가일이 2006. 1. 1. 이후라면 그 사업시행인가일이 2006. 1. 1. 이전이었다 하더라도 소득세법 제89조 제2항, 위 부칙 제12조 제1항에 따라 1세대 1주택 비과세 특례규정을 적용받을 수 없다(대법원 2009. 12. 24. 선고 2009두13702 판결 참조). 위 법리에 비추어 이 사건을 보건대, 이 사건 입주권은 2006. 1. 1. 이후에 관리처분계획이 인가된 것이므로 이 사건 양도주택의 양도는 구 소득세법 제89조 제2항, 구 소득세법 부칙 <제7837호, 2005. 12. 31.> 제12조 제1항에 따라 1세대 1주택 비과세 특례규정의 적용이 배제된다. 따라서 이와 같은 취지에서 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 일응 적법하다.
• 나. 원고의 주장에 대한 판단 ⑴ 원고는, 2005. 5. 31. 대통령령 제18850호로 소득세법 시행령 제155조 제16항 이 개정되면서 주택재건축사업에 있어 조합원입주권 전환일이 사업시행인가일에서 관리처분계획인가일로 변경되었으나, 같은 시행령 부칙 제4항은 “이 영 시행 전에 도시 및 주거환경정비법에 의하여 사업시행인가를 받은 주택재건축사업의 조합원에 대한 1세대 1주택 특례적용 및 양도차익의 산정에 관하여는 제155조 및 제166조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.”고 규정하여 시행령 개정 전에 사업시행인가를 받은 주택재건축사업의 조합원이 취득한 조합원입주권은 기존 규정에 의하도록 하고 있는데, 원고의 경우 위 시행령 개정 전인 2005. 5. 16. 사업시행인가를 받은 주택재건축사업에 의하여 이 사건 조합원입주권을 취득하였으므로 이 사건 양도주택의 양도에 대하여는 종전 1세대 1주택 특례규정을 적용하여 1세대 1주택의 양도로서 비과세대상이라고 보아야 한다는 취지로 주장한다. 살피건대, 2005. 5. 31. 대통령령 제18850호로 개정된 소득세법 시행령 부칙 제4항에서 ‘종전의 규정에 의한다’라고 할 때에 ‘종전의 규정’은 개정 전 시행령 제155조 제16항을 의미한다고 할 것인데, 이는 위 개정된 해당 조항과 마찬가지로, 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위, 즉 조합원입주권을 양도하는 경우 일정 요건 하에 이를 양도소득세가 비과세되는 1세대 1주택으로 본다는 취지에 불과한 것으로서, 조합원입주권이 아닌 이 사건 양도주택을 양도한 이 사건에는 적용될 수 없다. 이와 다른 전제에 있는 원고의 위 주장은 이유 없다. ⑵ 원고는, 2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정된 소득세법 부칙 제12조 제1항에서 "제89조 제2항 및 제104조 제1항의 개정규정은 2006년 1월 1일 이후 최초로 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획이 인가된 분부터 적용한다."라고 규정한 것은 주택재건축사업의 조합원입주권 전환일이 사업시행인가일에서 관리처분계획인가일로 변경됨에 따른 것으로서 실제로는 2006. 1. 1. 이후 새롭게 입주권으로 전환되는 분부터 적용한다는 취지로 해석하여야 하므로, 2006. 1. 1. 이전에 사업시행인가를 통하여 입주권으로 전환된 이 사건 조합원입주권을 보유하고 있던 원고에게는 구 소득세법 제89조 제2항 을 적용하여서는 안 된다는 취지로도 주장한다. 살피건대, 이는 앞서 본 법리에 반하는 주장으로서 위 소득세법 부칙 제12조 제1항을 원고 주장과 같이 해석할 근거가 없고, 오히려 위 부칙 조항은 종전에는 주택양도의 경우 1세대 1주택 특례규정을 적용함에 있어 고려하지 않던 조합원입주권을 실질적으로 주택수에 포함하는 내용의 소득세법 제89조 제2항 을 신설하면서 기존 신뢰를 보호하기 위하여 위 개정법률의 시행 전에 이미 관리처분계획 인가를 받아 조합원입주권을 취득한 경우에는 소급하여 이를 적용하지 않겠다는 취지로 해석함이 상당하다. [원고는 변론 종결 후 제출한 2018. 12. 30.자 참고서면에서, 구 소득세법 제89조 제2항 은 1세대가 주택과 도시 및 주거환경정비법 제48조 의 규정에 따른 ‘관리처분계획의 가로 인하여’ 취득한 입주자로 선정된 지위(조합원입주권)를 보유하고 있는 경우에만 세대 1주택 비과세 특례규정의 적용을 배제하고 있는데, 망인은 이미 2005. 5. 16. ‘사 업시행인가로 인하여’ 입주자로 선정된 지위를 취득하였기 때문에 이 사건 조항의 적용대상이 아니라는 취지로 기재하고 있다. 그러나 구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정된 것) 제89조 제2항은 그 적용대상으로서의 조합원입주권을 ‘ 도시 및 주거환경정비법 제48조 의 규정에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위’라고 정의하고 있는데 그와 같은 의미의 조합원입주권은 2005. 5. 16. 당시 시행 중이던 구 도시 및 주거환경정비법(2005. 7. 13. 법률 제7597호로 개정되기 전의 것)에 의하더라도 같은 법 제48조에 따라 관리처분계획을 인가받은 때에 취득한다고 보아야 하므로, 이와 다른 전제에 있는 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 또한 원고는 위 참고서면에서 소득세법 부칙 <제7837호, 2005. 12. 31.> 제12조 제1항을 위 개정법률 시행 후 최초로 관리처분계획이 인가된 분부터 적용하는 것으로 해석하는 경우 이 사건 입주권에 있어 소득세법에서는 관리처분계획 인가일인 2015. 1. 9. 기존주택이 입주권으로 전환된 것으로 보게 되는 데에 반하여 소득세법 시행령에서는 부칙 <제18850호, 2005. 5. 31.> 제4항에 따라 사업시행인가일인 2005. 5. 16. 입주권으로 전환된 것으로 보게 되어 불합리하다는 취지로 기재하고 있다. 그러나 2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정된 소득세법 제89조 제2항 은 주택과 조합원입주권을 함께 보유하다가 주택을 양도하는 경우 1세대 1주택 비과세 특례규정을 적용하지 않는 취지이고, 2005. 5. 31. 대통령령 제18850호로 개정된 소득세법 시행령 제155조 제16항 은 조합원입주권을 양도하는 경우 일정 요건 하에서 1세대 1주택 비과세 특례규정을 적용하는 혜택을 주는 취지(다만 위 개정조항은, 이전에는 주택재건축사업의 사업시행인가일 이후에 기존주택을 취득하여 조합원이 된 자가 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 조합원입주권을 양도하는 경우 1세대 1주택 비과세 특례규정을 적용하지 않던 것을, 사업시행인가일 이후이더라도 관리처분계획인가일 전에 기존주택을 취득하여 조합원이 된 자가 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 조합원입주권을 양도하는 경우에도 1세대 1주택 비과세 특례규정을 적용하는 차이가 있을 뿐이다)로서 그 취지와 성격을 달리하므로, 개정된 소득세법 제89조 제2항 을 개정법률 시행 후 최초로 관리처분계획이 인가된 분부터 적용한다고 하여 불합리하다고 볼 수 없다.]

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.