이 사건 종중이 국세기본법 제13조의 ‘법인으로 보는 단체’에 해당하지 않아 양도소득세 부과대상인지 여부

사 건 2019구단61314 양도소득세 경정거부처분 취소 원 고 용○○씨대종회 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2020. 02. 04. 판 결 선 고

2020. 04. 14.

를 기각한다.

비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2018. 11. 7. 원고에 대하여 한 2016년 귀속 양도소득세 314,716,900원의 경정거부처분을 취소한다.

• 가. 원고 소유인 경기도 의정부시 신곡동 산20-1 임야 10248㎡ 및 같은 동 산20-8 임야 268㎡(이하 위 두 필지의 토지를 이 사건 토지라 한다)는 추동근린공원 사업부지로 선정되어 2016. 2. 11. 위 사업시행자인 AA코리아제일차 유한회사에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따라 협의취득을 통하여 양도(이하 이 사건 양도라 한다)되었다.
• 나. 원고는 대표자 팽BB 명의로 이 사건 양도에 따른 양도소득세로 2016. 4. 30. 최초신고, 2016. 9. 28. 1차 수정신고, 2016. 10. 6. 2차 수정신고를 거쳐 최종적으로321,611,556원을 신고·납부하였다.
• 다. 원고는 2018. 9. 10. 팽BB 명의로 피고에게, 원고가 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제13조 제1항에 따라 ‘국세기본법과 세법을 적용함에 있어 법인으로 보아야 하는 법인 아닌 단체’(이하 당연의제법인이라 한다)에 해당하고, 이 사건 양도로 인한 소득은 구 법인세법(2016. 12. 20. 법률 제14386호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조 제3항 제5호, 구 법인세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27828호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제2항에 따라 과세소득에 해당하지 않는다고 주장하면서, 위 신고·납부한 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.
• 라. 피고는 2018. 11. 7. 원고가 당연의제법인에 해당하지 않는다는 이유로 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 이 사건 처분이라 한다)
• 마. 원고는 국세청에 대한 심사청구를 거쳐 이 사건 소를 제기하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 5호증, 을 제3호증(가지번호 포한)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 관련 법령 ⑴ 구 소득세법(2018. 12. 31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제1항은 “다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 개인을 이 법에 따라 각자의 소득에 대한 소득세를 납부할 의무를 진다.”라면서 제1호에서 ‘거주자’, 제2호에서 ‘비거주자로서 국내원천소득이 있는 개인’을 규정하고 있고, 같은 조 제3항은 “ 국세기본법 제13조제1항 에 따른 법인 아닌 단체 중 같은 조 제4항에 따른 법인으로 보는 단체 외의 법인아닌 단체는 대통령령으로 정하는 바에 따라 국내에 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 경우에는 거주자로, 그 밖의 경우에는 비거주자로 보아 이 법을 적용한다.”라고 규정하고 있다. 그리고 구 소득세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29523호로 개정되기 전의 것) 제3조의2는 “법 제2조 제3항에 따라 거주자 또는 비거주자로 보는 법인 아닌 단체에 대해서는 다음 각 호의 구분에 따라 법을 적용한다.”라면서 제1호에서 “구성원 간의 이익의 분배방법이나 분배비율이 정하여져 있거나 사실상 이익이 분배되는 것으로 확인되는 경우에는 해당 구성원이 공동으로 사업을 영위하는 것으로 보아 구성원별로 과세”라고, 제2호에서 “구성원 간 이익의 분배방법이나 분배비율이 정하여져 있지 않거나 확인되지 않는 경우에는 해당 단체를 1 거주자 또는 1 비거주자로 보아 과세”라고 규정하고 있다. ⑵ 구 국세기본법 제13조 제1항 은 “법인이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하‘법인 아닌 단체’라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.”라면서 제1호에서 “주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것”을 규정하고, 같은 조 제2항은 “제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.“라면서 제1호에서 ”사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것“, 제2호에서 ”사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리할 것“, 제3호에서 ”사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것“이라고 규정하고 있다. 구 국세기본법 제13조 제4항 은 ”제1항과 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체(이하 법인으로 보는 단체라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자나 관리인이 이행하여야 한다.“라고 규정하고 있다. ⑶ 한편, 구 법인세법 제2조 제1항 은 “다음 각 호의 법인은 이 법에 따라 그 소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 있다.”라면서 제1호에서 ‘내국법인’, 제2호에서 ‘국내원천소득이 있는 외국법인’을 규정하고 있고, 구 법인세법 제3조 제3항 은 “비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 수익사업이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.”라면서 제5호에서 “고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 생기는 사업”이라고 규정하고 있으며, 구 법인세법 시행령 제2조 제2항 은 “법 제3조 제3항 제5호에서 ‘대통령령으로 정하는 것’이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다.”고 규정하고 있다.
• 나. 판단 ⑴ 이 사건의 쟁점은 원고가 이 사건 양도 당시 구 국세기본법 제13조 제1항 제1호 에서 규정하는 당연의제법인에 해당하는지 여부인데, 법인 아닌 단체가 당연의제법인이 되기 위하여는 첫째 ‘주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것’이어야 하고, 둘째 ‘수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것’이어야 한다. 여기서 첫째 요건과 관련하여 원고가 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 단체가 아닌 사실에 대하여는 당사자 사이에 다툼이 없다. ⑵ 원고는 ‘주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단’과 ‘그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것’을 별개의 유형으로 파악하여야 한다는 전제에서 원고가 후자에 해당하므로 당연의제법인이라는 취지로 주장한다. 그러나 아래의 이유로 원고의 주장은 이유 없다. ㈎ 구 국세기본법 제13조 제1항 제1호 는 ‘주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체’일 것과 ‘등기되지 아니한 것’으로 그 요건을 나누어 해석하는 것이 문언상 자연스럽고, 그러한 해석이 ‘법인이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체’를 ‘법인 아닌 단체’라고 통칭하는 구 국세기본법 제13조 제1항 의 문언에도 부합한다. ㈏ 구 국세기본법 제13조 제1항, 제2항이 일정 요건을 갖춘 법인 아닌 단체를 세법상 법인으로 의제하는 취지는 사회·경제적 실체로 활동하면서 그 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 경우 그로 인한 소득을 구성원과 분리하여 단체 자체의 소득으로 파악하고자 하는 데에 있고 그것이 실질과세의 원칙에 부합한다고 할 수 있다. 여기서 구 국세기본법 제13조 제1항, 제2항은 ‘수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것’, ‘조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것’, ‘자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리할 것’이라는 요건을 두고 있는 것이다. 그런데 의제법인의 경우 법인과 같이 뚜렷한 법적 형식을 갖추고 있지 아니하여 과세단위가 명확하지 않을 수 있으므로 ‘설립에 있어 주무관청의 허가 또는 인가’, ‘주무관청에 등록’이라는 요건을 두어 법적 안정성을 꾀하고 있는 것이고, 위와 같은 주무관청의 허가·인가 또는 등록이라는 요건을 갖추지 못한 경우에는 ‘관할 세무서장의 승인’이라는 요건을 별도로 요구하고 있는 것이다. 원고의 입장에 의할 때에는 위와 같은 주무관청의 허가·인가·등록이나 관할 세무서장의 승인이라는 요건을 갖추지 못한 단체를 법인으로 의제할 수 있게 되어 조세의 종류 및 과세대상의 확정에 있어 법적 안정성을 해치게 된다. 이 점에서 당연의제법인의 요건으로 ‘설립에 있어 주무관청의 허가 또는 인가’와 ‘주무관청에 등록’ 중 하나는 반드시 필요하다고 보는 것이 옳다. ㈐ 구 국세기본법 제13조 제1항 제2호 는 재단에 관하여 ‘공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것’이라고 규정하여 제1호와 다른 유형을 규정하고 있는바, 이 점에서도 사단과 그 밖의 단체가 세법상 법인으로 의제되기 위해서는 주무관청의 허가·인가를 받아 설립되거나 주무관청에 등록될 것을 요한다고 봄이 상당하다(대법원 1999. 9. 7. 선고 97누17261 판결, 대법원 2002. 2. 8. 선고 2000두1652 판결 참조). ㈑ 원고가 2018. 9. 13. 구 국세기본법 제13조 제2항, 제7항에 따라 관할 세무서장으로부터 법인으로 보는 단체로서 승인을 받은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다. 그러나 이 사건 양도로 인한 원고의 양도소득세 납세의무는 양도일이 속한 달의 말일인 2016. 2. 29. 성립되었으므로 그 후에 원고가 의제법인으로서 지위를 취득하였다하여 이미 원고에게 1거주자로서 성립한 양도소득세 납세의무에 영향을 줄 수는 없다.
• 다. 소결론 원고가 의제법인이 아니라고 보고 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 적법하다.

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.