부과제척기간이 경과한 사업연도의 결손금 이월공제와 재조사금지 원칙의 위배 여부

사 건 서울행정법원-2018-구합-85372 원 고 슈**코리아 주식회사 피 고 oo세무서장 변 론 종 결

2019. 10. 24. 판 결 선 고

2020. 1. 9.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 원고에 대하여 한 [별지 1] 처분 목록 중 ‘남은 세액’란 기재 각 법인세 부과처분을 모두 취소한다.

• 가. 에코리아 주식회사는 2009. 12. 31. 엠지◇◇◇◇코리아 주식회사를 흡수합병하고 같은 날 상호를 슈코리아 주식회사로 변경하였다(이하 합병 전후를 불문하고 ‘S△△△’라 한다). 이후 삼씨알 주식회사는 2010. 7. 1.S△△△ 및 합병 전 슈*코리아 주식회사를 흡수합병하고 같은 날 상호를 원고로 변경하였다(이하 합병 전후를 불문하고 ‘원고’라 한다).
• 나. 원고는 2012 내지 2014 사업연도 법인세를 신고하면서, 과세표준에서 이월결손금 합계 5,423,170,553원을 공제하였다.
• 다. 서울지방국세청장(***조사국)이 2016. 1. 20.부터 2016. 3. 26.까지 실시한 세무조사결과에 따라, 피고는 원고의 2011 내지 2014 사업연도 소득금액을 증액하되, 원고의 요청으로 이월결손금을 추가로 공제하여 2016. 4. 6. 원고에게 2011 내지 2014 사업연도 법인세(가산세 포함, 이하 같다)에 대한 경정처분을 하였다.
• 라. 이후 서울지방국세청장(감사관실)은 2016. 10. 31.부터 2016. 11. 27.까지 피고에 대한 감사를 실시하다가, S△△△의 법인세 신고내역을 검토한 결과 원고가 공제받은 이월결손금 합계 7,299,829,574원 중 2010 사업연도 결손금 550,035,805원을 제외한 나머지 6,749,793,769원(S△△△의 2007, 2008 사업연도 결손금으로서, 이하 ‘이 사건 이월결손금’이라 한다)이 실제 발생한 사실이 없음을 확인하고 피고에게 이를 통보하였다.
• 마. 피고는 이 사건 이월결손금이 잘못 공제되어 2016. 4. 6.자 경정처분에 오류가 발생하였다는 이유로 원고에 대하여, 2017. 2. 1. 2011 사업연도 법인세 1,083,572,520원, 2017. 2. 15. 2012 사업연도 법인세 278,772,010원, 2013 사업연도 법인세 583,697,310원, 2014 사업연도 법인세 143,620,100원을 각 증액경정·고지하였다(이하 ‘당초 처분’이라 한다).
• 바. 원고는 당초 처분에 불복하여 2017. 4. 28. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2018. 8. 16. 세무조사 과정에서 추가로 공제받았다가 업무감사에 따라 부인된 이월결손금 합계 1,876,659,021원(2011 사업연도분 3,573,061,588원, 2012 사업연도분 △2,080,334,100원, 2013 사업연도분 383,931,533원)에 대하여 납부불성실가산세를 부과한 것은 위법하다는 이유로, ‘당초 처분 중 위 이월결손금 합계 1,876,659,021원에 상응하는 납부불성실가산세에 대하여는 2016. 4. 7.부터 2017. 2. 15.까지(2011 사업연도분은 2017. 2. 1.까지)의 기간을 미납기간에서 제외하여 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.’는 결정을 하였다.
• 사. 위 조세심판원의 결정으로 원고에 대한 납부불성실가산세가 일부 감액경정·고지됨에 따라, 당초 처분으로 증액경정된 법인세액 중 2011, 2013 사업연도의 일부 금액이 감액되어 [별지 1]처분목록 기재와 같이 원고에 대한 2011 사업연도 증액경정 법인세액은 1,023,716,610원, 2013 사업연도 증액경정 법인세액은 576,464,040원만 남게 되었다(이하 2011, 2013 사업연도에 대한 당초 처분 중 조세심판원의 결정에 따른 감액경정으로 취소되고 남은 부분 및 2012, 2014 사업연도에 대한 당초 처분을 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다).

• 가. 원고의 주장 이 사건 처분은 다음과 같은 이유로 위법하므로, 취소되어야 한다.

1. 서울지방국세청장이 2016. 1.20.부터 2016. 3. 26.까지 원고의 2011 내지 2014 사업연도 법인세에 대하여 세무조사를 실시하였음에도, 피고는 2016. 11.경 다시 원고를 상대로 세무조사를 실시하였는바, 이는 구 국세기본법(2016. 12. 20. 법률 제14382호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의4 제2항에서 정한 재조사금지의 원칙에 위배되고, 이에 기초한 이 사건 처분 역시 위법하다.

2. 이 사건 이월결손금은 2007, 2008 사업연도에 발생한 S△△△의 결손금에 기초한 것인데, 피고는 2007, 2008 사업연도 법인세에 대한 부과제척기간이 이미 만료되어 새로운 결정이나 증액경정결정 등 어떠한 처분도 할 수 없음에도, 2007, 2008 사업연도와 관련된 이 사건 이월결손금의 공제를 부인하면서 이 사건 처분을 하였는바, 이는 부과제척기간이 경과한 위 각 사업연도의 과세표준을 경정하는 것과 동일하여 허용될 수 없다.

3. 원고는 S△△△가 과세관청에 제출한 세무조정계산서 등을 통해 이 사건 이월결손금의 존재를 신뢰하고 S△△△를 흡수합병한 피해자에 불과하며, 피고가 2016. 4. 6.자 경정처분을 하면서 이 사건 이월결손금의 존재를 인정하여 이를 추가로 공제해 주기까지 하였는바, 이러한 과세관청의 공적인 견해 표명 등에 비추어 원고에게는 이 사건 이월결손금의 공제와 관련하여 세법상 의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있으므로, 피고가 가산세를 부과한 것은 위법하다.

• 나. 관계 법령 [별지 2] 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 재조사금지 원칙의 위배 여부

• 가) 재조사에 해당하는지 여부

(1) 세무조사는 국가의 과세권을 실현하기 위한 행정조사의 일종으로서 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하고 장부·서류 그 밖의 물건을 검사·조사하거나 그 제출을 명하는 일체의 행위를 말한다. 세무공무원의 조사행위가 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당하는지는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단할 수밖에 없는데, 조사행위가 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자 등의 사무실·사업장·공장 또는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부·서류·물건 등을 검사·조사하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보아야 할 것이다(대법원 2017. 3. 16. 선고 2014두8360 판결 등 참조). 또한 세무공무원이 어느 세목의 특정 과세기간에 대하여 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 한 경우는 물론 그 과세기간의 특정 항목에 대하여만 세무조사를 한 경우에도 다시 그 세목의 같은 과세기간에 대하여 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법 제81조의4 제2항 에서 금지하는 재조사에 해당한다(대법원 2015. 3. 26. 선고 2012두14224 판결 등 참조).

(2) 갑 제3 내지 12호증의 각 기재, 증인 남의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하변, ① 서울지방국세청장이 2016. 1. 20.부터 원고의 2013 사업연도에 대한 법인제세 통합조사를 실시하던 중 국외특수관계자와의 이전가격 소득조정혐의를 발견하여 2016. 3. 18. 세무조사의 범위를 2011, 2012, 2014 사업연도의 이전가격까지 확대하면서, 그 유형을 일반 통합조사에서 일반 부분조사로 전환하고, 조사기간을 2016. 3. 26.까지 연장한 사실, ② 피고가 서울지방국세청장의 세무조사결과에 따라 원고의 2011 내지 2014 사업연도 법인세에 대한 소득금액을 증액하되, 원고의 요청으로 이월결손금을 추가로 공제하여 2016. 4. 6. 원고에게 경정처분을 한 사실, ③ 서울지방국세청장이 2016. 10. 31.부터 2016. 11. 27.까지 피고에 대한 감사를 실시하다가, S△△△의 법인세 신고내역을 검토한 결과 원고가 공제받은 이월결손금 합계 7,299,829,574원 중 이 사건 이월결손금이 실제 발생한 사실이 없음을 확인하고 피고에게 이를 통보한 사실, ④ 피고가 원고의 재무팀 팀장인 남에게 수회에 걸쳐 S△△△의 결손금에 대한 자료 제출을 요구하다가, 2016. 11. 14. “서울지방국세청 감사와 관련하여 귀사의 법인세 신고내역 중 이월결손금에 대하여 적정 여부를 점검하고 있다. S△△△의 2009년 법인세 신고 시 계상한 ‘자본금과 적립금 조정명세서(갑)’상 일반결손금 발생액에 대하여 계상근거를 요청하니 관련 증빙과 함께 2016. 11. 17.까지 제출하여 주기 바란다.”는 내용의 ‘법인세 신고 관련 자료 제출 안내문’을 보낸 사실, ⑤ 이에 따라 위 남이 2016. 11. 17. 세무서에 방문하여 소명서와 법이네 과세표준 및 세액신고서 등을 제출하고 이에 대하여 설명한 사실, ⑥ 서울지방국세청 감사관실 직원이 원고에게 위 자료제출 여부를 확인한 사실을 인정할 수 있다.

(3) 위 인정사실에 의하면, 피고가 2016. 11.경 원고에게 수회에 걸쳐 전화와 공문을 통해 S△△△의 결손금에 대하여 자료 제출을 요구한 것은, 단순한 사실관계의 확인이나 원고에게 수정신고 등 잘못을 시정할 기회를 주기 위해서가 아니라, 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위해서 원고나 그 직원들을 상대로 이 사건 이월결손금의 존재 여부에 대하여 질문조사권을 행사하고 과세자료를 획득한 것이어서, 이는 서울지방국세청장이 2016. 1. 20.부터 2016. 3. 26.까지 실시한 세무조사의 범위에 이 사건 이월결손금이 포함되지 않았다 하더라도 마찬가지이므로, 같은 항 각 호에서 예외적으로 허용하는 재조사에 해당하지 않는 한 위법하다고 할 것이다.

• 나) 예외적인 재조사 허용사유에 해당하는지 여부

(1) 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호 에서 정한 재조사의 예외적인 허용사유인 ‘2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우’란 하나의 원인으로 인하여 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 과세표준 및 세액의 산정에 관한 오류 또는 누락이 발생한 경우를 의미한다. 따라서 다른 사업연도에 발견된 것과 같은 종류의 잘못이 해당 사업연도에도 단순히 되풀이되는 때에는 이러한 재조사의 예외적인 허용사유에 해당한다고 볼 수 없다. 그런데 완결적인 하나의 행위가 원인이 되어 같은 잘못이 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 자동적으로 반복되는 경우에는 물론, 하나의 행위가 자체로 완결적이지는 아니하더라도 그로 인해 과세표준 및 세액의 산정에 관한 오류 또는 누락의 원인이 되는 원칙이 결정되고, 이후에 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 내용이 구체화되는 후속조치가 이루어질 때에는, 이러한 후속조치는 행위 당시부터 예정된 것이므로 마찬가지로 하나의 행위가 원인이 된 것으로서 이에 해당한다(대법원 2017. 4. 27. 선고 2014두6562 판결 등 참조). (2)을 제2, 3호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, S△△△가 2007, 2008 사업연도에 결손금이 발생하지 않았음을 전제로, 위 각 사업연도의 법인세를 신고·납부한 사실, 이후 S△△△나 원고가 이에 대하여 수정신고를 한 적은 없는 사실을 인정할 수 있고, 달리 2007, 2008 사업연도에 결손금이 발생하였음을 증명할 아무런 자료가 없다. 따라서 S△△△의 2007, 2008 사업연도에 결손금이 실제 발생하지 않았음에도 원고가 이 사건 이월결손금을 공제받음으로써 2011 내지 2014 사업연도에 걸쳐 과세표준 및 세액의 산정에 오류가 발생하였고, 피고가 이러한 사정을 뒷받침할 구체적인 자료인 S△△△의 2007, 2008 사업연도 법인세 신고서에 의하여 위와 같이 재조사를 개시하였으므로, 이는 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호 에서 정한 재조사의 예외적인 허용사유에 해당한다 할 것이다.

• 다) 소결론 결국 피고가 재조사금지 원칙을 위배하였다는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

2. 부과제척기간이 경과한 사업연도의 결손금 이월공제

• 가) 어느 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 금액은 모두 법인세법상 결손금에 해당하고 법인이 과세표준 신고 시에 신고한 금액이나 과세관청의 조사·결정에 따라 정해진 금액에 국한되는 것은 아니므로, 이월결손금이 공제되지 않고 과세표준이 결정된 뒤 이를 전제로 이루어진 어느 사업연도의 법인세 부과처분이 확정되어 더 이상 그 과세표준이나 세액을 다툴 수 없게 되었다고 하더라도, 납세의무자인 법인은 확정된 과세처분과는 독립한 별개의 처분인 그 뒤 사업연도의 법인세 부과처분의 효력을 다툼에 있어서는 종전의 과세표준 결정이 잘못되었다거나 법인세법의 관계 규정에 따라 소득에서 공제될 수 있는 이월결손금이 있다는 등의 주장을 다시 할 수 있다(대법원 2002. 11. 26. 선고 2001두2652 판결, 대법원 2007. 7. 12. 선고 2005두12701 판결 등 참조). 이와 같은 맥락에서 어느 사업연도 법인세에 대한 부과제척기간이 만료되어 그 사업연도에 대하여는 더 이상 새로운 결정이나 증액경정결정 등 어떠한 처분도 할 수 없게 되었다고 하더라도, 과세권자는 종전 사업연도에 결손금이 잘못 계상되어 소득에서 공제될 수 있는 이월결손금이 없다고 보아, 그 뒤 사업연도에 대한 법인세 부과처분을 다시 할 수 있다 할 것이다.
• 다) 더군다나, S△△△가 2007, 2008 사업연도에 결손금이 발생하지 않았음을 전제로 위 각 사업연도의 법인세를 신고·납부하였음은 앞서 본 바와 같으므로, 비록 S△△△가 2009, 2010 사업연도 법인세 신고를 하면서 ‘자본금과 적립금조정명세서(갑)’ 중 ‘이월결손금 발생 및 증감내역’란에 이월결손금이 존재한다고 잘못 기재하였다 하더라도, 피고가 이 사건 이월결손금이 존재하지 않는다고 보아 2007, 2008 사업연도가 아닌 2011 내지 2014 사업연도의 이월결손금 공제를 부인하고 해당 사업연도 법인세를 경정·고지한 것에 어떠한 위법이 있다고 할 수 없다.
• 다) 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

3. 원고에게 세법상 의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는지 여부

• 가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는 반면, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다(대법원 2005. 1. 27. 선고 2003두13632 판결 등 참조).
• 나) 갑 제4호증, 을 제2호증의 각 기재에 의하면, S△△△는 2009, 2010 사업연도 법인세 신고를 하면서 ‘자본금과 적립금조정명세서(갑)’ 중 ‘이월결손금 발생 및 증감내역’란에 2007 사업연도 발생액 7,934,734,047원, 2008 사업연도 발생액 4,172,342,791원 등을 기재한 사실을 인정할 수 있다. 그러나 ① 원고가 S△△△를 흡수합병하기 위하여 실사를 하는 과정에서 S△△△의 2007, 2008 사업연도 법인세 신고내역을 통해 위 ‘자본금과 적립금조정명세서(갑)’가 잘못 작성되었음을 알았거나 알 수 있었을 것으로 보이는 점, ② 서울지방국세청장의 세무조사결과와 피고의 2016. 4. 6.자 경정처분만으로는 과세권자가 실제 발생하지 않은 이 사건 이월결손금을 과세표준에서 공제하여 주겠다는 공적인 견해를 표명하였다고 볼 수 없는 점, ③ 세무조사 과정에서 추가로 공제받았다가 업무감사에 따라 부인된 이월결손금 합계 1,876,659,021원에 대한 납부불성실가산세는 조세심판원의 결정에 따라 이미 감액경정된 점 등에 비추어 보면, 원고가 제출한 증거만으로는 원고에게 이 사건 이월결손금의 공제와 관련하여 세법상 의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 볼 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장 역시 받아들일 수 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.