이 사건 차세대시스템 구축 비용이 연구개발비세액공제 대상에 해당하는지 여부

사 건 2018구합83543 법인세경정청구거부처분취소 원 고 주식회사 EEEEEE 피 고 AA세무서장 변 론 종 결 2020.03.18. 판 결 선 고 2020.05.08.

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2015. 10. 13. 원고에 대하여 한 2011 사업연도 법인세 20,192,810원, 2012 사업연도 법인세 1,614,664,700원, 2013 사업연도 법인세 2,922,719,860원, 2014 사업연도 법인세 110,777,750원의 환급을 구하는 경정을 거부한 처분을 각 취소한다.

• 가. 원고는 편의점(BB25), 슈퍼마켓(BB슈퍼마켓), 할인점 사업 등 소매유통업을 영위하는 회사로서 2011년부터 2014년까지 주식회사 CCCCC 등 별지1 표 ‘수탁업체’란 기재 각 수탁업체에 대한 위탁개발방식으로, POS[판매시점정보(재고)관리], SCM(공급망관리) 등 영업상 필요한 각종 데이터를 구조화하고 신속하게 처리하여 더 나은 고객 서비스를 제공하기 위한 차세대 전산시스템(이하 ‘이 사건 시스템’이라 한다)을 개발하는 과정에서 같은 표 ‘이 사건 연구개발비’란 기재 금원(이하 ‘쟁점 금원’이라 한다)을 지출하였다. 이 사건 시스템의 기본 구조는 별지2 그림과 같다.
• 나. 원고는 2015. 8. 13. 쟁점 금원에 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것 1), 이하 같다) 제10조 제1항 제3호에 따른 연구·인력개발비(이하 ‘연구개발비’라 한다) 세액공제(같은 법 제9조 제2항, 제5항에 의한 연구개발비를 세액공제하는 것으로서 이하 ‘쟁점 세액공제’라 통칭한다)를 적용하여, 피고에게 2011 사업연도 법인세 20,192,810원, 2012 사업연도 법인세 1,614,664,700원, 2013 사업연도 법인세 2,922,719,860원, 2014 사업연도 법인세 110,777,750원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다(이하 ‘이 사건 경정청구’라 한다).
• 다. 피고는 원고의 다른 세액공제 주장은 받아들여 2015. 9. 22. 기납부 법인세액 중 일부를 환급해 주었지만, 쟁점 세액공제와 관련한 이 사건 경정청구에 대하여는 이를 받아들이지도 거부하지도 않은 채 아무런 통지를 하지 않았다.
• 라. 원고는 구 국세기본법(2015. 12. 15. 법률 제13552호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제3항에 따라 이 사건 경정청구일로부터 2개월이 된 2015. 10. 13. 이 사건 경정청구에 대한 거부처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)이 있었다고 보고 2015. 12. 18. 조세심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2018. 8. 1. 쟁점 금원이 구 조세특례제한법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24368호로 개정되기 전의 것 2), 이하 같다) 제8조 제1항 [별표 6] 1.나.1) 중 괄호규정인 ‘전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용’(이하 ‘위탁비용’이라 하고 위 괄호규정을 ‘쟁점 예외규정’이라 한다)에 해당하여 쟁점 세액공제 대상에 해당하지 않는다는 이유로 원고의 심판청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 피고

1. 이 사건 시스템의 개발은 다음과 같은 이유에서 쟁점 세액공제 적용 대상이 아니다.

• 가) 이 사건 시스템의 개발은 기존 소프트웨어의 응용에 불과하지, 구 조세특례제한법 제9조 제5항 의 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동’(이하 ‘과학기술 활동’이라 한다)의 결과물이 아니다.
• 나) 이 사건 시스템은 구 조세특례제한법 제9조 제5항 의 ‘새로운 서비스 및 서비스전달체계를 개발하기 위한 활동’(이하 ‘서비스 활동’이라 한다)에 해당하므로, 같은 법 제9조 제2항 괄호규정(‘새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다.’)에 따라 위탁비용인 쟁점 금원에 대하여는 쟁점 세액공제가 적용될 수 없다.

2. 이 사건 시스템은 기업 전체에 걸쳐 업무를 전자적으로 효율화하기 위한 도구로서 전사적 자원관리(ERP, Enterprise Resource Planning) 설비이거나 적어도 이와 유사한 설비에 해당하므로 쟁점 예외규정이 적용된다.

3. 쟁점 세액공제가 적용된다 하더라도, 원고는 기업의 연구기관 또는 전담부서 등에 대하여 지출된, 연구개발에 대응되는 직접비용을 발생주의의 입장에서 증명하여야 한다.

• 나. 원고

1. 이 사건 시스템 개발은 과학기술 활동에 해당하므로 쟁점 세액공제가 적용되어야 한다.

2. 이 사건 시스템은 원고의 업무 기반을 혁신적으로 개선한 것으로 단순한 ERP 시스템과는 본질적으로 다르기 때문에, 쟁점 예외규정은 적용되지 않는다.

3. 쟁점 금원은 연구개발비용에 해당하는 것만으로 적법하게 산정된 것이다.

별지3 기재와 같다.

• 가. 이 사건 시스템 개발이 과학기술 활동에 해당하는지 과세처분 취소소송에서 감면요건에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있는바, 쟁점 세액공제 규정 및 그 관련 규정의 내용, 쟁점 세액공제 규정의 개정 연혁, 입법 취지, 갑 제5 내지 35호증, 을 제1 내지 8호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 시스템의 개발이 과학기술 활동임을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정하기에 충분한 증거가 없다.

1. 쟁점 금원을 지출한 기업은 위 비용이 일단 손금에 산입됨으로써 세액 감소 효과를 누릴 여지가 크다. 쟁점 세액공제 규정은 그러한 손금 산입에서 더 나아가 해당 비용을 세액에서 직접 공제하여 주는 것으로서, 어떠한 기업에 대하여 세액공제라는 적극적인 재정지출을 할지 여부는 정책적·합목적적으로 결정되어야 할 문제이다. 한편, 연구개발은 그 속성상 기업의 수익 발생과 곧바로 이어지지 않는 경우가 많고 시행착오나 실패의 위험이 따르므로, 쟁점 세액공제 규정은 연구개발활동에 투자하는 기업이 감내해야 하는 이러한 비효율 내지 위험에 대하여 세제 지원이라는 안전장치 내지 보상책을 마련함으로써 연구개발활동에 대한 기업의 투자를 독려하고, 국민경제의 건전한 발전에 이바지함을 목적으로 한다.

2. 구 조세특례제한법 제9조 제5항 은 “연구개발”은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말한다’고 규정하고, 구 조세특례제한법 시행령 제8조 제2항 은 위 연구개발활동에 포함되지 않는 유형의 활동으로 ‘① 일반적인 관리 및 지원활동, ② 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험, ③ 반복적인 정보수집 활동, ④ 경영이나 사업의 효율성을 조사·분석하는 활동, ⑤ 특허권의 신청·보호 등 법률 및 행정 업무, ⑥ 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사·탐사하는 활동, ⑦ 위탁받아 수행하는 연구활동’을 들고 있다. 한편, 구 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령(2016. 9. 22. 대통령령 제27506호로 개정되기 전의 것) 제2조 제5호는 "연구개발활동"에 관하여 ‘과학기술 분야 또는 특정 지식기반서비스 분야의 지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위하여, 축적된 창의적 지식을 활용하는 체계적이고 창조적인 활동으로서 새로운 제품 및 공정(工程)을 개발하기 위한 시제품(試製品)의 설계·제작 및 시험, 새로운 서비스 및 서비스 전달체계의 개발 등 사업화 전까지의 모든 과정’이라고 규정하고 있다. 위 각 규정의 내용에 비추어 보면 구 조세특례제한법 제9조 제5항 이 규정하고 있는 “연구개발”이란 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동’, ‘지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위한 활동’, ‘체계적이고 창조적인 활동’에 해당할 것을 그 핵심적인 지표로 한다. 따라서 순수한 기초연구활동뿐만 아니라 과학기술의 연구 및 성과를 기업생산활동에 적용하는 방법을 찾아내는 활동도 연구개발의 범주에 포함될 수 있겠지만, 기존에 이미 상용화·사업화된 기술 수준을 벗어나지 못하고 이를 다소 보완 또는 변형함으로써 약간의 효율성이나 편리함을 더하였거나, 특정 소비자의 기호에 맞추어 주관적인 만족도를 높이는 정도의 것이 아닌, 기존의 제품이나 기술과 획기적인 차별성이 인정되는 새로운 제품이나 기술의 개발을 목적으로 하는 연구활동이어야 “연구개발”에 해당한다.

3. 2008. 12. 16. 법률 제9272호로 개정되어 2009. 1. 1. 시행된 조세특례제한법 제9조 제5항 에서 ‘연구개발’의 개념으로 ‘과학기술 활동’이 처음 도입되었다. 위 개정 취지는 ‘연구개발의 정의 및 세액공제 적용대상 비용의 범위를 국제적인 기준[OECD의 연구개발(R&D) 개념]에 맞게 정비하고자 한 것’이다. 따라서 적어도 위 법 개정 이후로는 쟁점 세액공제의 요건인 과학기술 활동인지 여부에 관하여 OECD의 연구개발 개념이 주요 판단기준이 될 수 있다. OECD가 1963년부터 발간·개정해오고 있는 연구개발통계 조사 지침서인 ‘프라스카티 매뉴얼(Frascati Manual)’에 따르면, ‘새롭고, 창의적이고, 불확실하고, 체계적이고, 이전가능하거나 재현 가능한 활동’만이 연구개발 활동에 해당한다. 연구개발은 혁신(신제품이나 상당히 개선된 제품을 시장에 출시하거나 또는 시장에 제품을 출시할 때 신규 프로세스나 상당히 개선된 프로세스를 활용하는 것)활동의 일부일 수 있지만, 아닐 수도 있다. 소프트웨어 개발 프로젝트가 연구개발로 분류되기 위해서는 해당 프로젝트의 종결이 과학적 또는 기술적 진보를 이룰 수 있어야 하고, 프로젝트의 목적이 과학적 또는 기술적 불확실성의 체계적인 해소여야 한다. 기존 소프트웨어 프로그램이나 체계에 대한 업그레이드 또는 수정 작업도 위와 같은 결과와 목적을 구비한다면 연구개발로 분류될 수 있으나, 그에 미치지 않는 응용이나 개선 수준에서 이미 개발된 소프트웨어 도구를 이용하여 기업용 소프트웨어나 정보시스템을 개발하는 정도의 것은 연구개발에 해당하지 않는다고 할 것이다.

4. 앞서 본 이 사건 시스템의 수행 기능들을 놓고 살필 때, 이 사건 시스템은 이와 유사한 기능을 수행하는 대부분의 솔루션들이 이미 개발되어 있는 상태에서, 위 솔루션들을 응용 또는 개선하는 방식으로 개발된 것이라 할 수 있다.

5. 이미 개발되어 있는 기존 소프트웨어의 응용이나 개선이 항상 확실히 성공한다고 단언할 수는 없겠으나 위 솔루션들의 성능, 수준, 활용가능성 등에 비추어 그에 기초한 최적화된 시스템의 개발이 과학적 또는 기술적 불확실성의 체계적인 해소를 위한 연구개발이라고 보기 어렵다. 실제로 다수의 금융기관이 원고와 비슷한 시기에 주식회사 CCCCC 등 몇몇의 제한된 업체에 개발을 위탁하는 방식으로 이 사건 시스템과 유사한 역할을 수행하는 차세대 시스템을 구축하였는데, 이 사건 시스템은 수행하는 기능이나 역할의 측면에서 다른 금융기관 등이 구축한 차세대 시스템과 본질적으로 다르지 않다. 또한, 원고가 주식회사 CCCCC 등 수탁사와 체결한 이 사건 시스템 개발 관련 계약에 ‘완료 기한’이나 이를 지키지 못하였을 경우 수탁사가 배상하여야 할 ‘지체상금’ 등이 정해져 있었던 점에 비추어, 원고나 수탁사의 입장에서 개발의 전면적인 실패 또는 포기 가능성이 크지 않았던 것으로 보이는바, 이 사건 시스템의 개발은 실패의 위험이나 비효율을 감수한 활동을 전제로 하는 연구개발비 세액공제제도의 근본 취지에 맞지 않다.

6. 주식회사 CCCCC 등 수탁사와의 계약은 그 수탁사가 기술적·경험적으로 제공 가능한 시스템을 개발하여 이를 약정한 공급기한 내에 원고에 공급하는 것을 내용으로 하는 것으로서, 연구개발이라는 ‘하는 채무’를 목적으로 하는 계약이 아니라 물품(시스템)공급이라는 ‘주는 채무’를 목적으로 하는 계약이므로, 그 비용 중 연구개발에 투입된 비용을 상정하기가 쉽지 않고, 일부 비용이 그에 해당한다고 하더라도 이를 특정하기가 불가능하다.

• 나. 쟁점 예외규정의 적용 가부

1. 쟁점 예외규정의 해석 구 조세특례제한법 제9조 제2항 제1호 는 ‘연구·인력개발에 필요한 비용 중 대통령령 으로 정하는 비용’을 연구개발비로 규정하고 있고, 그 위임을 받은 구 조세특례제한법 시행령 제8조 제1항 [별표 6]은 세액공제의 대상이 되는 연구개발비를 구체적으로 규정하고 있다. 따라서 구 조세특례제한법 제9조 제5항 이 규정한 과학기술 활동이나 서비스 활동의 요건을 충족한다 하더라도 구 조세특례제한법 시행령 제8조 제1항 [별표6]에 부합하지 않는 비용은 세액공제의 대상이 될 수 없다. 갑 제5호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 아래와 같은 쟁점 예외규정의 개정 연혁 및 입법 취지, 이에 비추어 알 수 있는 사정들을 종합적으로 고려해 보면, 쟁점 예외규정(전사적 기업자원 관리설비 등 시스템)은 ‘전사적 기업자원 관리설비 및 그와 유사한 시스템’을 의미하고, ‘그와 유사한 시스템’은 기능적으로 ‘기업의 업무를 효율화하는 시스템으로서 그 개발위탁비용이 범용화된 시스템의 구입·응용 또는 개선을 위한 것으로 평가될 수 있는 것’을 의미한다고 봄이 타당하다.

• 가) 쟁점 예외규정이 도입되기 이전에는 금융·보험업을 영위하는 법인의 전사적 기업자원 관리설비에 대한 연구개발비 세액공제를 인정하는 과세관청의 유권해석 사례가 있었으나, 2009년경부터 금융·보험업 이외의 다른 사업을 영위하는 법인에 대하여 전 사적 기업자원 관리설비가 연구개발비 세액공제의 대상이 되지 않는다는 유권해석이 나오기 시작하였고, 2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정된 조세특례제한법 시행령은 쟁점 예외규정을 도입하여 모든 업종의 ‘전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용’을 세액공제 대상에서 제외하였다. 위 개정 취지는 국세청이 발간한 ‘개정세법 해설’에 의하면 “ERP 등 시스템개발 위탁비용이 제외된다는 것을 ‘명문화’하였다”는 것이고, 기획재정부가 발간한 ’2010년 세제개편 주요내용‘에 의하면 ‘ERP 도입비용에 대하여는 명확한 규정이 없어 실무상으로는 위탁 R&D 비용의 일종으로 해석하여 운용해 왔으나, ERP 도입비용은 소프트웨어 구입비용의 일종인 단순 자산취득비용으로서 R&D 비용으로 보기 곤란하고, ERP 위탁비용은 생산성향상투자세액공제(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 구 조세특례제한법 제24조 제1항 제4호)의 적용 대상이므로 R&D 세액공제 대상으로 보는 경우 중복지원 결과를 초래하게 되어 이를 세액공제 대상에서 제외한다’는 것이다.
• 나) 2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정되어 2001. 1. 1. 시행된 조세특례제한법 제24조 제1항 은 전사적 기업자원 관리설비(제4호), 전자상거래설비(제5호) 4) 를, 2002. 12.11. 법률 제6762호로 개정되어 2003. 1. 1. 시행된 조세특례제한법 제24조 제1항 은 공급망관리 시스템설비(제6호), 고객관계관리 시스템설비(제7호) 5) 를 각 세액공제의 대상이 되는 생산성향상시설로 추가하였는데, 위 법률 제6762호의 개정 취지는 ‘ERP(전사적 기업자원 관리설비)와 유사한 정보화투자인 SCM(공급망관리 시스템설비), CRM(고객관계관리 시스템설비)을 동일하게 세제지원하여 생산성 및 투명성을 제고’하기 위함이다(피고의 2019. 8. 22.자 준비서면 첨부 참고자료 11 참조). 2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 조세특례제한법 제24조 는 생산성 향상시설로 전사적 기업자원 관리설비(제4호), 전자상거래설비(제5호), 공급망관리 시스템 설비(제6호), 고객관계관리 시스템설비(제7호), 구매·주문관리·수송·생산·창고운영·재고관리·유통망 등 물류 프로세스를 전략적으로 관리하고 효율화하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형·무형의 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비(제8호), 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인이 보유하고 있는 지식을 체계화하고 공유하기 위한 지식관리시스템 등 대통령령으로 정하는 시스템(제9호) 등에 투자하는 경우에 대한 세액공제를 규정하고 있었는데, 2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되면서 제4호와 제5호가 삭제되었다. 위 개정 취지는 ‘전사적 기업자원 관리설비 및 전자상거래설비는 2001년 지원대상에 포함되어 금융·유통·제조업 등에 상용화된 설비이므로 지원 목적이 달성되어 지원을 중단’한 것이다.
• 다) 협의의 ERP인 구 조세특례제한법 시행령이 정한 ‘전사적 기업자원 관리설비’ 외에 공급망관리, 고객관계관리, 제품정보관리 등의 기능과 솔루션이 더해진 ‘확장형 ERP’도 ERP로 통칭되는 점(피고의 2019. 5. 23.자 준비서면 첨부 참고자료 7 참조), 위 각 시스템들은 기업의 업무 효율화를 도모하기 위한 것으로서 상호 간에 본질적으로 유사성이 있고, 하나의 프로그램으로 망라될 수 있으며, 구 조세특례제한법 제24조 제1항 도 각 호의 시스템 생산성향상시설로서의 유사함이 있음을 전제로 개정되어 온 점 등에 비추어, ‘확장형 ERP’에 포함될 수 있는 유형의 업무 효율화 시스템 또한 쟁점 예외규정의 ‘전사적 기업자원 관리설비와 유사한 시스템’에 포함될 수 있다고 해석함이 타당하다.
• 라) 원고는 쟁점 예외규정이 기업 내부의 인적·물적 자원 관리 시스템에 한정하여 적용되어야 한다는 취지로 주장한다. 그러나 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합할 뿐 아니라, 기존에 금융·보험업과 연관된 협의의 ERP가 최초로 개발되는 과정에서는 연구개발 위탁비용 세액공제가 인정되기도 하였으나, 그와 같은 시스템이 널리 채택되고 범용화됨에 따라 세액공제 등을 통한 지원을 계속할 필요성이 감소한 점, ‘연구개발’의 측면에서 동종 업체들이 본질적으로 유사한 기능을 하는 업무 효율화 시스템을 갖추기 위하여 지출하는 위탁비용까지 전부 세액공제의 대상에 포함시키는 것은 ‘불확실하였던 과학적·기술적 진전을 새로이 이루어내는 연구개발’을 장려하는 쟁점 세액공제의 취지에 부합하지 않는 점 등에 비추어, 원고의 주장과 같이 감면예외요건을 좁게(곧, 특혜규정을 넓게) 해석하기는 어렵다.

2. 구체적 판단 이 사건 시스템은 본질적으로 원고의 업무수행을 효율화하기 위한 것임이 분명해 보이고, 재고관리, 고객관계 관리 및 상품개발 등의 기능이 통합되어 있으며, 이 사건 시스템의 개발이 과학적·기술적 불확실성의 체계적인 해소를 위한 것이었다고 보기 어려운바, 앞서 본 바와 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 시스템을 ‘전사적 기업자원관리설비 및 그와 유사한 시스템’에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 시스템에 관한 위탁비용은 쟁점 예외규정에 의하여 쟁점 세액공제 대상에서 제외된다.

• 다. 소결 이 사건 시스템 개발은 과학기술 활동에 해당하지 않고, 설령 이에 해당한다고 하더라도 쟁점 예외규정으로 인해 쟁점 세액공제의 대상에서 제외된다. 따라서 원고의 주장은 세액공제액에 관한 당사자의 나머지 주장에 관하여 더 살필 것 없이 이유 없다.

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.