증가분 계산방식 일반연구인력개발비세액공제에서 분할신설법인의 4년평균액은 해당 과세연도 개월 수로 안분되어야 함

사 건 서울행정법원-2018-구합-80285 원 고 aa 피 고 ss세무서장 원 심 판 결 판 결 선 고

2020. 2. 7

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가

2017. 11. 13. 원고에 대하여 한 2012년 사업연도 법인세 7,022,845,439원의 거부처분을 취소한다.

• 가. 분할 전 xx 주식회사(이하 ‘분할법인’이라 한다)는 지주회사 체제로 전환하기 위하여 2012. 9. 1. 투자 등을 담당하는 분할존속법인인 원고와 OOO사업 등을 영위하는 분할신설법인인 bb 주식회사(이하 ‘분할신설법인’이라 한다)로 인적 분할되었다.
• 나. 원고는 2013. 4. 1. 2012 사업연도 법인세 신고시 분할 전(2012. 1. 1. ∼ 2012.8. 31.) 분할법인에서 발생한 일반연구·인력개발비(이하 ‘이 사건 연구개발비’라 한다)에 대하여 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 이하 구 ‘조특법’이라 한다) 제10조 제1항 제3호 나목(이하 ‘당기분 계산방식’이라 한다)에 따라 별지1 제1항 기재와 같이 695,815,799원을 세액공제하였다.
• 다. 원고는 2016. 1. 13. 이 사건 연구개발비에 대하여 구 조특법 제10조 제1항 제3호 가목, 구 조특법 시행령(2012. 12. 28. 대통령령 제24271호로 개정되어 2013. 1. 1. 시행되기 전의 것, 이하 같다) 제9조 제4항, 제5항(이하 ‘증가분 계산방식’이라 한다)을 적용하고 그에 따라 7,569,495,590원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 증가분 계산방식에 의하면 별지2 제1항 기재와 같이 기중 신설된 분할신설법인에 귀속되는 연도별 연구개발비를 해당 개월수 비율로 월할계산하여야 하고 이를 연도별 연구개발비에서 공제한 나머지 금액이 분할존속법인인 원고에게 귀속되어야 한다는 이유로, 2017. 11. 13. 세액공제액 1,010,604,335원 중 기공제세액 695,815,799원을 공제한 314,767,060원(십원 미만 버림)을 환급하고, 나머지 경정청구는 거부하였다(그 중 원고가 이 사건 소에서 구하는 7,022,845,439원1) 부분을 이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 라. 이에 대하여 원고는 2017. 11. 24. 조세심판청구를 하였으나, 2018. 7. 9. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 당사자의 주장

1. 원고의 주장 증가분 계산방식에 의하면 원고의 ‘해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구․인력개발비의 합계액’(이하 ‘4년합계액’이라 한다)은 분할법인의 전체 4년합계액에서 분할신설법인의 4년합계액을 공제한 금액이 되어야 하고, 분할신설법인의 4년합계액은 구 조특법 시행령 제9조 제5항에 따라 “사업연도별로, 분할법인의 연구개발비 발생액에 총 매출액에 대한 분할신설법인이 승계한 사업(이하 ’승계사업‘이라 한다)의 매출액 비율을 곱한 금액”(이하 ‘사업연도별 안분액’이라 한다)의 합계액이 되어야 한다. 그 계산내역은 별지1 제2항 기재와 같다.

2. 피고의 주장 증가분 계산방식에 따라 원고의 4년합계액이 분할법인의 전체 4년합계액에서 분할신설법인의 4년합계액을 공제한 금액이 된다 하더라도, 증가분 계산방식에서는 분할신설법인의 ‘해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액’(이하 ‘4년평균액’이라 한다)이 산정되어야 하고, 분할신설법인의 4년평균액은 구 조특법 시행령 제9조 제4항, 제5항에 따라 ‘사업연도별 안분액의 합계 × 1/4 × 해당 과세연도의 개월 수/12’로 산출하여야 한다. 그 계산내역은 별지2 제1항 기재와 같다.

• 나. 구체적 판단

1. 법은 원칙적으로 불특정 다수인에 대하여 동일한 구속력을 갖는 사회의 보편타당한 규범이므로 이를 해석함에 있어서는 법의 표준적 의미를 밝혀 객관적 타당성이 있도록 하여야 하고, 가급적 모든 사람이 수긍할 수 있는 일관성을 유지함으로써 법적안정성이 손상되지 않도록 하여야 한다. 한편 실정법은 보편적이고 전형적인 사안을 염두에 두고 규정되기 마련이므로 사회현실에서 일어나는 다양한 사안에서 그 법을 적용함에 있어서는 구체적 사안에 맞는 가장 타당한 해결이 될 수 있도록 해석할 것도 또한 요구된다. 요컨대 법해석의 목표는 어디까지나 법적 안정성을 저해하지 않는 범위 내에서 구체적 타당성을 찾는 데 두어야 한다. 나아가 그러기 위해서는 가능한 한 법률에 사용된 문언의 통상적인 의미에 충실하게 해석하는 것을 원칙으로 하면서, 법률의 입법 취지와 목적, 그 제·개정 연혁, 법질서 전체와의 조화, 다른 법령과의 관계 등을 고려하는 체계적·논리적 해석방법을 추가적으로 동원함으로써, 위와 같은 법해석의 요청에 부응하는 타당한 해석을 하여야 한다(대법원 2013. 1. 17. 선고 2011다83431 전원합의체 판결).

2. 구 조특법 제10조 제1항 제3호 가목에 의하면 해당 과세연도에 발생한 연구개발비가 4년평균액을 초과하는 경우 그 100분의 40을 법인세에서 공제한다. 같은 조 제2항, 구 조특법 시행령 제9조 제4항에 의하면 4년평균액은 ‘4년합계액/해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생한 과세연도의 수(그 수가 4이상인 경우 4로 한다)×해당 과세연도의 개월 수/12’의 산식으로 계산하고, 같은 조 제5항에 의하면 위 제4항의 계산식 중 4년합계액을 계산할 때 분할신설법인의 경우 분할 전 분할법인에서 발생한 연구개발비는 분할신설법인에서 발생한 것으로 보되, 다만 사업의 일부를 승계한 경우에는 분할 전에 발생한 연구개발비에 각 사업연도의 승계사업의 매출액이 총매출액에서 차지하는 비율과 각 사업연도말 승계사업의 자산가액이 총자산가액에서 차지하는 비율 중 큰 것(이하 ‘안분비율’이라 한다)을 곱한 금액을 분할신설법인에서 발생한 연구개발비로 본다.

3. 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 분할존속법인의 4년평균액은 ‘분할법인의 전체 4년평균액’에서 ‘분할신설법인의 4년평균액’을 공제한 금액이 되어야 하고, ‘분할신설법인의 4년평균액’은 ‘사업연도별 안분액의 합계 × 1/4 × 해당 과세연도의 개월 수/12’이 되어야 한다.

• 가) 구 조특법상 연구개발비 세액공제 제도는 기업의 연구개발전담부서에서 소요되는 일정 범위의 인건비 등이 있는 경우 기업의 기술인력개발을 장려하려는 목적에서 그 비용을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 하는 데 그 취지가 있으므로, 해당 과세연도의 기술인력개발에 직접적으로 대응하는 비용만을 세액공제 대상으로 삼아야 한다.
• 나) 구 조특법 시행령 제9조 제4항은 4년평균액의 원칙적인 계산 방법을 규정하면서 과세연도가 12개월에 미달하는 경우 월할 산정하도록 하고 있는데, 이와 같은 규정은 개월 수 차이에서 오는 왜곡을 없애 당해 연도 연구개발비 발생액과 4년평균액을 동일한 선상에서 비교하기 위한 것으로 보인다.
• 다) 구 조특법 시행령 제9조 제5항 본문은 분할신설법인의 경우 실질적으로는 해당 사업이 승계되나, 분할 전까지 실체가 존재하지 아니하기 때문에 분할 전 분할법인으로부터 발생한 연구개발비를 분할신설법인으로부터 발생한 것으로 의제하는 규정이 다. 위 규정의 문언 자체가 분할신설법인에 대하여 구 조특법 시행령 제9조 제4항의 계산식을 적용할 것을 예정하고 있는 점, 위 규정이 분할존속법인에 대하여는 명시으로 규정하고 있지 않으나 사업 일부승계의 경우에는 본문의 간주규정이 적용되지 않게 되고 분할신설법인에 귀속되는 연구개발비를 제외한 나머지는 분할존속법인에 그대로 귀속될 것을 예정하는 것으로 보이는 점, 앞서 본 연구개발비 세액공제 제도의 취지와 그에 따른 왜곡 방지의 필요성 등에 비추어 보면, 구 조특법 시행령 제9조 제5항에 따라 계산한 분할신설법인의 4년합계액(사업연도별 안분액의 합계액)은 다시 같은조 제4항에 의한 월할 산정을 통하여 4년평균액으로 산출되고, 분할존속법인의 4년평균액은 분할법인의 전체 4년평균액에서 분할신설법인의 4년평균액을 공제한 금액이 된다고 봄이 타당하다.
• 라) 분할법인이 분할된 과세연도에서 분할 전까지 지출한 연구개발비에는 승계사업의 연구개발비가 포함되어 있을 수 있다. 따라서 이를 감안하여 분할존속법인의 4년평균액을 계산하는 것, 즉 전체 4년평균액에서 월할계산된 분할신설법인의 4년평균액을 공제한 금액을 분할존속법인의 4년평균액으로 삼는 것을 부당하다고 보기 어렵다. 만약 4년평균액에서 월할계산하지 아니한 분할신설법인의 4년평균액을 공제할 경우 여기에는 승계사업의 연구개발비가 포함되지 않게 되어 원고가 분할된 과세연도의 연구개발비 중 승계사업의 연구개발비를 전부 공제받는 결과가 발생한다. 실제로 월할계산 방식에 의하면 별지2 제2항 기재와 같이 법인 분할시와 비분할시의 세액공제액이 거의 같지만, 원고가 주장하는 방식과 같이 계산하면 법인 분할시와 비분할시의 세액공제액이 지나치게 차이가 나, 연구개발비 세액공제 제도의 취지와는 부합하지 않는 결과가 된다.

4. 위와 같은 관련 법령 및 법리에 비추어 위 처분의 경위를 살펴보면, 분할존속법인인 원고에 대한 이 사건 연구개발비 세액공제는 별지2 제1항 기재와 같이 이루어짐이 타당하다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.