차세대시스템 위탁개발 활동은 과학기술활동이 아니며, 차세대시스템은 ERP와 본질적으로 유사하므로 연구개발비 세액공제 대상에서 제외됨 ​

사 건 서울행정법원2018구합79698 법인세경정거부처분취소 원 고 원고 피 고 세무서장 변 론 종 결

2020. 07. 09. 판 결 선 고

2020. 09. 15.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2016. 7. 27. 원고에 대하여 한 2011 사업연도 법인세 2,056,439,324원, 2012사업연도 법인세 3,633,666,059원, 2013 사업연도 법인세 2,472,208,578원의 각 경정거부처분을 모두 취소한다.

• 가. 원고(변경전 상호: ㅇㅇㅇㅇ생명보험 주식회사)는 인보험업, 인보험업에 대한 재보험업 및 관련 부대사업을 영위하는 회사이다.
• 나. 원고는 2011년부터 2013년까지 연구개발 전담부서를 보유한 ㅁㅁㅁ 주식회사, ㄹㄹㄹ 주식회사(이하 ‘주식회사’의 표기는 생략하고, 위 각 회사를 통틀어 ‘이 사건 수탁업체들’이라 한다)에 대한 위탁개발 방식으로 차세대 상품 및 계약관리시스템(NPAS; Next Policy Admin System, 이하 ‘이 사건 시스템’이라 한다)을 개발하는 과정에서 이 사건 수탁업체들에게 합계 25,845,681,000원(2011년 5,188,682,719원, 2012년 10,447,041,760원, 2013년 10,209,956,521원, 이하 ‘이 사건 비용’이라 한다)을 지출하였다. 이 사건 시스템의 기본 구조는 별지1 그림과 같다.
• 다. 원고는 2015. 6. 11. 이 사건 비용에 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제10조 제1항 제3호 (가)목에 따른 연구·인력개발비(이하 ‘연구개발비’라 한다) 세액공제(같은 법 제9조 제2항, 제5항에 의한 연구개발비를 세액공제하는 것으로서 이하 ‘이 사건 세액공제’라 한다)를 적용하여, 피고에게 2011 사업연도 법인세 2,056,439,324원, 2012 사업연도 법인세 3,633,666,059원, 2013 사업연도 법인세 2,472,208,578원의 감액을 구하는 경정청구를 하였다.
• 라. 피고는 2016. 7. 27. ‘전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용’을 연구개발비에서 제외하는 구 조세특례제한법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24368호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) [별표 6] 제1호 (나)목 1)의 괄호규정(이하 ‘이 사건 예외규정’이라 한다)에 따라 이 사건 비용은 이 사건 세액공제의 대상이 아니라는 이유로 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 마. 원고는 이에 불복하여 2016. 10. 25. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 2018. 7. 9. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 12, 13, 17호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 요지 다음과 같은 이유로 이 사건 처분은 위법하다.

1. 이 사건 시스템 개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동에 해당하므로 이 사건 비용은 구 조세특례제한법 제10조 제1항 제3호 (가)목에 따른 연구개발비로서 이 사건 세액공제의 대상이 된다.

2. 이 사건 시스템은 원고의 기존 업무 및 시스템을 획기적으로 개선한 것으로 단순한 전사적 기업자원 관리설비(Enterprise Resource Planning, 이하 ‘ERP 시스템’이라 한다)와는 본질적으로 다르므로 이 사건 예외규정은 적용되지 않는다. 만일 이 사건 예외규정이 과학적 또는 기술적 진전 여부에 관계없이 ERP 시스템에 지출한 비용을 연구개발비에서 제외하는 취지라면 모법으로부터 위임받은 범위를 일탈한 것으로 무효이다.

• 나. 관계 법령 별지2 기재와 같다.
• 다. 판단 1) 이 사건 시스템 개발이‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동’인지 여부
• 가) 구 조세특례제한법 제9조 제5항 은 연구개발에 대해 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동’으로 규정하고, 구 조세특례제한법 시행령 제8조 제2항 은 연구개발에 포함되지 않는 활동으로 ‘① 일반적인 관리 및 지원활동, ② 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험, ③ 반복적인 정보수집 활동, ④ 경영이나 사업의 효율성을 조사·분석하는 활동, ⑤ 특허권의 신청·보호 등 법률 및 행정 업무, ⑥ 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사·탐사하는 활동, ⑦ 위탁받아 수행하는 연구활동’을 들고 있다. 한편 구 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령(2016. 9. 22 대통령령 제27506호로 개정되기 전의 것) 제2조 제5호는 ‘연구개발활동이란 과학기술 분야 또는 지식기반서비스 분야의 지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위하여, 축적된 창의적 지식을 활용하는 체계적이고 창조적인 활동으로서 새로운 제품 및 공정(工程)을 개발하기 위한 시제품(試製品)의 설계·제작 및 시험, 새로운 서비스 및 서비스 전달체계의 개발 등 사업화 전까지의 모든 과정을 말한다.’고 규정하고 있다.
• 나) 과세처분 취소소송에서 비과세요건이나 공제요건 등에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있다고 할 것인바(대법원 2008. 10. 23. 선고 2008두7830 판결, 대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두4049 판결 등 참조), 갑 제7 내지 11, 16, 18호증, 을 제2, 5 내지 11호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 시스템 개발이 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동’에 해당한다고 보기에 부족하다.

(1) 이 사건 시스템의 수행 기능들을 보면, 이 사건 시스템은 이를 구축하기 위한개별적인 솔루션(비즈니스 또는 고객의 문제점을 해결할 수 있는 제품이나 서비스의 조합)이 개발되어 있는 상태에서, 축적된 경험을 이용하여 원고의 구체적인 요구사항과 실정에 맞추어 개별 솔루션들을 조합하고 연계하는 과정[이른바 Customizing(커스터마이징)]을 통해 만들어 진 결과물로 보일 뿐, 과학적 또는 기술적 진전 내지 과학적 또는 기술적 불확실성의 체계적인 해소를 위한 것이라고 보기는 어렵다.

(2) 이미 개발되어 있는 기존 솔루션의 응용이나 개선이 항상 확실히 성공한다고 단언할 수는 없겠으나 위 솔루션들의 성능, 수준, 활용가능성 등에 비추어 그에 기초한 최적화된 시스템의 개발이 과학적 또는 기술적 불확실성의 체계적인 해소를 위한 연구개발이라고 보기 어렵다. 실제로 다수의 금융기관이 비슷한 시기에 ㅁㅁㅁ 등에 개발을 위탁하는 방식으로 이 사건 시스템과 유사한 역할을 수행하는 차세대 시스템을 구축하였는데, 이 사건 시스템은 수행하는 기능이나 역할의 측면에서 다른 금융기관 등이 구축한 차세대 시스템과 본질적으로 다르지 않다. 또한 원고는 이 사건 수탁업체들과 비용 및 일정이 고정된 턴키(Turn-key) 방식으로 이 사건 시스템 개발 관련 계약을 체결하였고, ‘시스템의 인도 및 설치기한’과 그 이행이 지연되는 경우의 지체상금 등이 정해져 있었던 점에 비추어, 원고나 이 사건 수탁업체들의 입장에서 개발의 전면적인 실패 또는 포기 가능성이 크지 않았던 것으로 보이는바, 이 사건 시스템의 개발은 실패의 위험이나 비효율을 감수한 활동을 전제로 하는 연구개발비 세액공제제도의 근본 취지에 맞지 않다.

(3) ㅁㅁㅁ 등 이 사건 수탁업체들과의 계약은 그 수탁사가 기술적·경험적으로 제공 가능한 시스템을 개발하여 이를 약정한 공급기한 내에 원고에게 공급하는 것을 내용으로 하는 것으로서, 연구개발이라는 ‘하는 채무’를 목적으로 하는 계약이 아니라 물품(시스템)공급이라는 ‘주는 채무’를 목적으로 하는 계약이므로, 그 비용 중 연구개발에 투입된 비용을 상정하기가 쉽지 않고, 일부 비용이 그에 해당한다고 하더라도 이를 특정할 수 없다.

2. 이 사건 예외규정의 적용 여부

• 가) 구 조세특례제한법 제9조 제2항 제1호 는 ‘연구․인력개발에 필요한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용’을 연구개발비로 규정하고 있고, 그 위임에 따라 구 조세특례제한법 시행령 제8조 제1항 [별표 6]은 ‘위탁 및 공동연구개발’에 관한 제1호 (나)목에 이 사건 예외규정을 두어 ‘전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용’을 연구개발비에서 제외하고 있다. 이 사건 예외규정의 문언과 체계, 그 취지를 종합하면, 이 사건 예외규정의 ‘전사적 기업자원 관리설비 등 시스템’이란 ERP 시스템은 물론 그와 유사하게 기업의 업무효율화를 도모하기 위한 범용화된 시스템이 포함된다 할 것이다. 그 이유는 아래와 같다.

(1) 이 사건 예외규정이 도입되기 이전에는 금융·보험업을 영위하는 법인의 전사적 기업자원 관리설비에 대한 연구개발비 세액공제를 인정하는 과세관청의 유권해석사례가 있었으나, 2009년경부터 금융·보험업 이외의 다른 사업을 영위하는 법인에 대하여 전사적 기업자원 관리설비가 연구개발비 세액공제의 대상이 되지 않는다는 유권해석이 나오기 시작하였고, 2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정된 구 조세특례제한법 시행령은 이 사건 예외규정을 도입하여 모든 업종의 ‘전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용’을 세액공제 대상에서 제외하였다. 국세청이 발간한 ‘개정세법 해설’에 의하면 위 개정 취지는 ‘ERP 등 시스템개발 위탁비용의 제외 명문화’이고, 기획재정부가 발간한 ’2010년 세제개편 주요내용‘에 의하면 ’ERP 도입비용에 대하여는 명확한 규정이 없어 실무상으로는 위탁 R&D 비용의 일종으로 해석하여 운용해 왔으나, ERP 도입비용은 소프트웨어 구입비용의 일종인 단순 자산취득비용으로서 R&D 비용으로 보기 곤란하고, ERP 위탁비용은 생산성향상투자세액공제(2010. 12.27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 구 조세특례제한법 제24조 제1항 제4호)의 적용대상이므로 R&D 세액공제 대상으로 보는 경우 중복지원 결과를 초래하게 되어 이를 세액공제 대상에서 제외한다‘는 것이다.

(2) 2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정된 구 조세특례제한법 제24조 제1항 은 전사적 기업자원 관리설비(제4호), 전자상거래설비(제5호)를, 2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정된 구 조세특례제한법 제24조 제1항 은 공급망관리 시스템설비(제6호), 고객관계관리 시스템설비(제7호)를 각 세액공제의 대상이 되는 생산성향상시설로 추가하였는데, 위 법률 제6762호의 개정 취지는 ‘ERP(전사적 기업자원 관리설비)와 유사한 정보화시스템인 SCM(공급망관리 시스템설비), CRM(고객관계관리 시스템설비)을 동일하게 세제지원하여 생산성 및 투명성을 제고하기 위함’이었다.

2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 구 조세특례제한법 제24조 는 생산성향상시설로 전사적 기업자원 관리설비(제4호), 전자상거래설비(제5호), 공급망관리시스템설비(제6호), 고객관계관리 시스템설비(제7호), 구매·주문관리·수송·생산·창고운영·재고관리·유통망 등 물류 프로세스를 전략적으로 관리하고 효율화하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형·무형의 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비(제8호), 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인이 보유하고 있는 지식을 체계화하고 공유하기 위한 지식관리시스템 등 대통령령으로 정하는 시스템(제9호) 등에 투자하는 경우에 대한 세액공제를 규정하고 있었는데, 2010.12. 27. 법률 제10406호로 개정되면서 제4호와 제5호가 삭제되었다. 위 개정 취지는 ‘전사적 기업자원 관리설비 및 전자상거래설비는 2001년 지원대상에 포함된 이래 금융·유통·제조업 등에 상용화된 설비이므로 그 세제 지원 목적이 달성되어 지원을 중단’하였다는 것이다.

(3) 협의의 ERP인 구 조세특례제한법 시행령이 정한 ‘전사적 기업자원 관리설비’외에 공급망관리, 고객관계관리, 제품정보관리 등의 기능과 솔루션이 더해진 ‘확장형ERP’도 ERP로 통칭되는 점, 위 각 시스템들은 기업의 업무 효율화를 도모하기 위한 것으로서 상호 간에 본질적으로 유사성이 있고, 하나의 프로그램으로 망라될 수 있으며, 구 조세특례제한법 제24조 제1항 도 각 호의 생산성향상시설로서의 유사함이 있음을 전제로 개정되어 온 점 등에 비추어, ‘확장형 ERP’에 포함될 수 있는 유형의 업무효율화 시스템 또한 이 사건 예외규정의 ‘전사적 기업자원 관리설비와 유사한 시스템’에 포함될 수 있다고 해석함이 타당하다.

• 나) 구 조세특례제한법 제9조 제5항 은 연구개발에 대해 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동’ 등으로 규정하고, 제9조 제2항 제1호는 이러한 연구개발에 필요한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용을 연구개발비로 규정하고 있으므로, 모법인 구 조세특례제한법 자체에서 이미 하위법령에 이 사건 세액공제의 대상이 되는 연구개발비에 대해 구체적으로 정하도록 위임하고 있다. 구 조세특례제한법이 연구개발비를 손금에 산입하는 한편 연구개발비 중 일정 금액을 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 하는 것은 납세자의 조세부담 완화를 유인책으로 하여 연구개발을 장려하는 취지이고, 이러한 세제혜택이 부여되는 연구개발비의 내용과 범위 등을 구체적으로 확정하는 문제는 해당 분야의 연구개발 필요성과 그에 상응하는 세제지원의 필요성 등 사회정책적인 측면과 국가의 재정부담능력 등 여러 가지 요소를 고려할 필요에 의하여 입법자에게 광범위한 입법형성의 자유가 주어진 영역이라는 점에서 이 사건 세액공제의 적용을받기 위한 연구개발의 내용과 범위, 그 수행 방법 등의 결정은 입법자에게 폭넓게 허용되는 입법재량의 범위 내에 속한다. 이러한 전제에서 보면, 앞서 살핀 이 사건 예외규정의 도입 경위, ERP 시스템 및 그와 유사한 업무 효율화 시스템의 특성과 상용화 정도에 따른 세제지원 필요성의 감소, 생산성향상시설 투자설비에 대한 세제혜택 등을 고려할 때 ‘전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용’을 연구개발비에서 제외한 이 사건 예외규정은 모법 규정의 취지에 근거하여 이를 구체화하기 위한 것이므로 모법의 위임 범위를 벗어난 것으로 볼 수 없다.
• 다) 위 인정사실에 의하면, 이 사건 시스템은 본질적으로 기업의 자원(정보)을 통합․연계하여 원고의 업무수행을 효율화하기 위한 것임이 분명해 보이고, 전자상거래, 고객관계관리 및 상품정보의 관리 등 기능이 통합되어 있으며, 이 사건 시스템의 개발이 과학적·기술적 불확실성의 체계적인 해소를 위한 것이었다고 보기 어려운바, 이 사건 시스템은 ‘전사적 기업자원 관리설비 및 그와 유사한 시스템’에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 시스템 개발의 위탁비용은 이 사건 예외규정에 따라 연구개발비에 해당하지 않는다고 할 것이다.
• 라. 소결 따라서 이 사건 시스템 개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동으로서 연구개발에 해당하지 않고, 설령 이에 해당한다고 하더라도 그 위탁개발을 위해 지출한 이 사건 비용은 이 사건 예외규정으로 인해 이 사건 세액공제의 대상에서 제외된다할 것이므로, 원고의 주장은 이유 없다.

그렇다면 원고의 이 사건 각 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문 과 같이 판결한다.