조세특례제한법상 연구개발비 세액공제 산식의 연구개발비 연평균 발생액 산정 방법

사 건 2018구합78985 법인세경정거부처분취소 원 고 주식회사 AAA 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2019. 10. 17. 판 결 선 고

2019. 11. 5.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 △△. △. △. 원고에 대하여 한 ○○○사업연도 법인세 ○,○○○원의 환급 을 구하는 경정청구 거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 ‘주식회사 □□□’라는 상호로 19○○. ○. ○. 설립되어 식품, 화학, 사료, 무역, 임대, 의약사업 등을 영위하다가, 20○○. ○. ○. 상호를 현재의 ‘주식회사 AAA’로 변경하고, 같은 날 식품, 화학 및 사료사업 부문 및 관련 연구소를 인적분할하 여 주식회사 BBB(이하 ‘BBB’라 한다)를, 의약사업 부문 및 관련 연구소를 물적분 할하여 주식회사 CCC(이하 ‘CCC’이라 한다)을 각 설립하였다.
• 나. 원고는 20○○ 사업연도 법인세 신고를 하면서 CCC을 연결자법인으로 하는 연결납세방식을 적용하여, 구 조세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정 되기 전의 것, 이하 같다) 제10조 제1항 제3호 나목 3)에 따라 해당 과세연도에 발생 한 의약사업에 관한 일반연구․인력개발비(이하 ‘연구개발비’라 한다)인 원고

○○,○○○원, CCCC

○,○○○ 원에 각 공제율을 곱하여 산정한 합계 ○○○원(= 원고 △,△△△원 + CCC ○,○○○원)을 세액공제하는 것으로 신고하였다.

• 다. 원고는 20○○. ○. ○. ○○○사업연도 연구개발비의 세액공제에 대하여 구 조세특례제한법 제10조 제1항 제3호 나목이 아니라 가목을 적용하여, 해당 과세연도에 발생한 의약사업에 관한 연구개발비인 원고 ○,○○○원, CCC ○,○○○원에서 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구개발비의 연평균 발생액인 원고 ○,○○○원, CCC ○,○○○원(= ○○○원×월수/12)을 초과하는 금액의 00%에 해당하는 합계 ○,○○○원(= 원고 ○,○○○원 + CCC ○,○○○원)을 세액공제하는 것으로 하여, 기납부한 0000사업연도 법인세 중 합계 ○,○○○원(= 원고 ○,○○○원 + CCC ○,○○○원)을 환급하여 달라는 취지로 경정청구를 하였다.
• 라. 피고는 ○○. ○. ○. ① 원고에 관하여는 분할일을 기준으로 월할 계산하지 않았고, ② CCC에 관하여는 청구내용대로 경정 시 분할하지 않았을 경우에 분할법인과 분할신설법인이 공제받을 수 있는 총 세액보다 많은 세액을 공제받는 결과를초래한다는 이유로 위 경정청구를 거부하였다(이하 위 거부처분 중 원고에 관한 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 ○○. ○. ○. 조세심판원에 심판청구를 하였으 나, 조세심판원은 ○○. ○. ○. CCC에 관한 위 거부처분 부분에 대한 청구는 일부 인용하였으나, 이 사건 처분에 대한 청구 부분은 기각하였다.
• 바. 한편 원고, BBB, CCC의 0000 사업연도 직전 4년간 연구개발비 발생액은 다음과 같다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 당사자의 주장 구 조세특례제한법 제10조 제1항 은 내국법인이 과세연도에 연구개발비가 있는 경우 이를 해당 과세연도의 법인세에서 공제하도록 하고 있는데, 제3호 가목은 그 계산 방 법으로 해당 과세연도에 발생한 연구개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4 년간 발생한 연구개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분 의 40에 상당하는 금액을 공제하도록 규정하고 있다. 한편 구 조세특례제한법 제10조 제2항은 위 4년간의 연구개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사 항은 대통령령으로 정하도록 하고 있고, 그에 따라 구 조세특례제한법 시행령(2012. 2.

2. 대통령령 제23590호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제9조 제4항은 다음과 같이 4 년간의 연구개발비의 연평균 발생액을 정하도록 규정하고 있다. 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구개발비의 합계액/4 × 해당 과세연도의 개월 수/12 원고의 해당 과세연도인 0000년에 발생한 연구개발비가 ○,○○○원인 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다. 다만 원고와 피고는 0000 사업연도 계속 중 원고가 분할되어 BBB, CCC이 신설됨에 따라(이하 원고를 분할 전후로 구분할 때에는 ‘분할 전 원고’ 및 ‘분할 후 원고’라 한다), 위 연구개발비에서 공제하여야 하는 해당 과세연도 ‘직전 4년간 발생한 연구개발비의 연평균 발생액’의 계산방식을 다음과 같이 달리 하고 있다.

1. 원고의 주장

○ 원고의 직전 4년간 연구개발비 합계액: 분할 전 원고의 직전 4년간 연구개발비 합계액 △△△원 - BBB사의 직전 4년간 연구개발비 합계액 ○○○원 - CCC의 직전 4년간 연구개발비 합계액 ○○○ = △△△원

○ 원고의 직전 4년간 연평균 연구개발비: ○○○원/4 × 12/12 =○○○원

○ 공제세액: (당기 발생액 ○○○원 - 직전 4년간 연평균 발생액 ○○○원) × 00% = △△△원

2. 피고의 주장

○ 원고의 직전 4년간 연평균 연구개발비: (분할 전 원고의 직전 4년간 연구개발 비 합계액 △△△원/4 × 월수/12) ＋ [(분할 전 원고의 직전 4년간 연구 개발비 합계액 △△△원 - BBB사의 직전 4년간 연구개발비 합계액 △△△원 - CCC사의 직전 4년간 연구개발비 합계액 △△△)/4 × 월수/12] = △△△원

○ 공제세액: (당기 발생액 △△△원 - 직전 4년간 연평균 발생액 △△△원) × 00% = △△△원

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단 구 조세특례제한법에서 마련하고 있는 연구개발비 세액공제 제도의 취지, 법령의 문언, 체계 등에 비추어 인정할 수 있는 다음과 같은 이유를 종합하여 보면, 원고의 △△△년 과세연도 직전 4년간 연구개발비의 연평균을 산정함에 있어 피고가 주장하는 계산 방식에 의하는 것이 타당하므로, 이 사건 처분은 적법하다.

1. 조세특례제한법상 연구개발비 세액공제 제도는 기업의 연구개발전담부서에서 소 요되는 일정 범위의 인건비 등이 있는 경우 기업의 기술인력개발을 장려하려는 목적에 서 일정 범위의 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 하는데 그 취지가 있으므로, 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용 만을 세액공제 대상으로 삼아야 한다.

2. 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제4항 은 증가분을 산정하기 위한 기준인 연평 균 발생액의 원칙적인 계산 방법을 규정하면서 과세연도가 12개월에 미달하는 경우 연 평균 발생액을 다시 월할 산정하도록 하고 있는데, 이와 같은 규정의 취지는 연평균 발생액을 당기 발생액의 개월 수로 환산하여 개월 수 차이에서 오는 왜곡을 없애고 당 해연도에 발생한 연구개발비의 액수와 직전 4년간 발생한 연구개발비의 연평균 액수를 동일한 선상에서 비교하기 위한 것으로 보인다.

3. 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제5항 은 제4항의 계산식 중 직전 4년간 발생한 연구개발비의 합계액을 계산할 때 분할신설법인의 경우 분할을 하기 전 분할법인으로 부터 발생한 연구개발비를 분할신설법인에서 발생한 것으로 보되, 다만 분할법인이 운 영하던 사업의 일부만을 승계한 경우에는 분할법인에서 분할을 하기 전에 발생한 연구 개발비에 각 사업연도의 승계사업의 매출액이 총 매출액에서 차지하는 비율과 각 사업 연도말 승계사업의 자산가액이 총자산가액에서 차지하는 비율 중 큰 것을 곱한 금액을 분할법인에서 발생한 연구개발비로 본다고 규정하고 있다. 이는 분할신설법인의 경우 분할 전까지는 실체가 존재하지 아니하기 때문에 소급하여 4년간 발생한 연구개발비가 존재할 수 없으므로, 분할 전 분할법인으로부터 발생한 연구개발비를 분할신설법인으 로부터 발생한 것으로 의제하되, 분할신설법인이 승계한 사업의 매출액 또는 자산가액 의 규모에 비례하는 분할법인의 연구개발비만 공제하도록 하여 승계한 사업 규모에 대 응하는 연구개발비를 공제하도록 하는 것이다. 이처럼 위 조항에서 분할신설법인의 직 전 4년간 연구개발비의 계산 방법만을 정하고 있고, 분할법인의 직전 4년간 연구개발 비의 계산 방식을 명시적으로 규정하고 있지는 아니하지만, 분할법인인 원고의 직전 4 년간 연구개발비 산정 역시 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용만을 세액공제의 대상으로 삼고자 하는 조세특례제한법상 연구개발비 세액공제 제 도의 취지에 부합하는 방식으로 이루어져야 한다.

4. 원고는 △△△사업연도 계속 중인 ○○. ○. ○. 분할되었는바, 그에 따라 원고의 △△△ 사업연도에 발생한 당해연도 연구개발비는 ○○. ○. ○.부터 ○○. ○. ○.까지의 분할 전 원고의 연구개발비와 ○○. ○. ○.부터 ○○. ○. ○.까지 분할 후 원고의 연구개발비의 합산액이 된다. 그런데 ○○. ○. ○.부터 ○○. ○. ○.까지의 분할 전 원고의 연구개발비에는 원고가 분할 이후로는 분할신설법인인 BBB, CCC에서 사업을 승계함으로써 더 이상 영위하지 않게 된 사업 부문에 대한 연구개발비가 포함 되어 있다. 따라서 원고의 직전 4년간 연구개발비의 연평균 액수를 산정함에 있어서도 위 사업 부문에 대응하는 연구개발비 부분이 포함될 수 있도록 하여야 한다.

5. 그런데 원고의 주장과 같이 분할 전 원고의 직전 4년간 연평균 연구개발비에서 분할신설법인의 직전 4년간 연평균 연구개발비를 공제하는 방식으로 원고의 직전 4년 간 연평균 연구개발비를 계산할 경우, 실제로는 분할 후 원고의 직전 4년간 연평균 연 구개발비만이 산정되는 결과가 되어 타당하지 않다. 즉, 원고의 주장에 따라 계산하면, 원고의 당해연도 연구개발비 산정에는 ○○. ○. ○.부터 ○○. ○. ○.까지 분할 전 원 고와 분할신설법인에서 발생한 연구개발비가 포함되나, 원고의 직전 4년간 연평균 연 구개발비 산정에는 분할신설법인에서 발생한 연구개발비가 포함되지 않아, 결과적으로 원고가 ○○. ○. ○.부터 ○○. ○. ○.까지 분할신설법인에서 발생한 연구개발비 전액 을 세액공제받게 된다. 이와 같은 계산방식은 해당 과세연도의 연구개발비에 직접적으 로 대응하는 비용을 산정하는 적절한 방식이라고 볼 수 없다.

6. 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제4항 은 직전 4년간의 연구개발비 산정에 있어 과세연도가 12개월에 미달하는 경우 연평균 발생액을 월할 산정하도록 하는 산식을 정 하고 있다. 당해연도 연구개발비 발생액과 직전 4년간 발생한 연구개발비의 연평균 발 생액을 동일한 선상에서 비교하고자 하는 위 규정의 취지에 비추어 보면, 원고의 직전 4년간 △△△사업연도 연구개발비는 당해연도 연구개발비와 대응되도록 분할일을 기준 으로 월할 계산하여 산정함이 타당하다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한