양도소득과 관련하여 비상장주식 평가시 별도로 양도하기로 한 부동산 등의 가액이 제외되는 것인지 여부

사 건 2018구합78503 양도소득세 경정거부처분취소 원 고 이○○ 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2019. 8. 20. 판 결 선 고

2019. 10. 24.

1. 피고가 2017. 11. 3. 원고에 대하여 한 2016년 귀속 양도소득세 367,888,360원의 환급경정거부처분 중 328,130,262원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 9/10는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 청구취지 피고가

2017. 11. 3. 원고에 대하여 한 2016년 귀속 양도소득세 367,888,360원의 환급경정거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2003. 11. 28.부터 2016. 5. 26.까지 주권비상장법인인 AAA바이오텍 주식회사(이하 ‘AAA바이오텍’이라 한다)의 대표이사로 재직하였다.
• 나. 원고는 2016. 5. 26. 싱가포르에 소재한 BB테크놀러지 피티이 엘티디(BB TECHNOLOGIES PTE. LTD., 이하 '양수법인'이라 한다)에 AAA바이오텍의 총 발행주식 5,000주 전부[= 원고가 보유하던 4,700주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다) + 다른 주주 3명으로부터 양도권한을 위임받은 300주]를 7,133,395,457원에 양도하였다.
• 다. 원고는 2016. 8. 31. 피고에게 이 사건 주식의 양도가액을 6,705,391,730원[위 7,133,395,457원 중 원고가 보유하던 4,700주(지분비율 94%) 상당의 양도가액이다], 납부할 세액을 1,326,842,660원으로 하여 2016년 귀속 양도소득세 예정신고를 하였다.
• 라. 이후 원고는 위 6,705,391,730원에서 ① AAA바이오텍의 법인세 등 미납액 198,790,489원, ② AAA바이오텍 소유의 사무실과 관련한 부동산 평가액 1,224,000,000원, ③ 예금보유액 540,580,594원 합계 1,963,371,083원을 차감한 4,742,020,647원만을 이 사건 주식의 양도가액으로 하여야 한다는 이유로, 2017. 9. 11. 피고에게 양도소득세 367,888,360원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다. 그러나 피고는 2017. 11. 3. 원고가 당초 신고한 6,705,391,730원이 이 사건 주식의 실지거래가액에 해당한다는 이유로 위 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2018. 2. 5. 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2018. 6. 21. 이를 기각하였다.

• 가. 원고의 주장 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 다음과 같은 이유로 위법하므로, 취소되어야 한다.

1. 원고와 양수법인 사이에 체결된 주식 매각 및 매입 협약에 따르면, AAA바이오텍의 2013년 내지 2015년 귀속 법인세 및 지방세 미납액은 원고의 진술 및 보증의무 위반으로 인한 손해배상금에 해당하고, 실제로 양수법인은 매매대금의 10%인 유보금에서 이를 공제한 나머지 금액만을 원고에게 지급하였으므로, 위 법인세 등 미납액은 양도가액에서 차감하여야 한다.

2. AAA바이오텍 소유의 사무실과 관련한 부동산 평가액 1,224,000,000원, 예금보유액 540,580,594원은 이 사건 주식의 양도대가가 아닌 경영권 프리미엄으로서, 세법상 영업권의 일종으로 볼 수 있다. 그런데 사업용 고정자산이 아닌 주식과 함께 양도된 영업권은 양도소득이 아닌 ‘기타소득’에 해당할 뿐이므로, 양도가액에서 차감하여야 한다.

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 인정사실

1. 원고는 2016. 4. 19. 양수법인과 사이에, 원고가 양수법인에 AAA바이오텍의 총 발행주식 5,000주 전부를 매도하고, 양수법인은 원고에게 ① 위 주식의 평가액(AAA바이오텍의 부동산 가치는 제외하고, 계약이행 완결일 직전 12개월 동안의 순수익의 1.0배에 해당하는 금액으로 한다), ② AAA바이오텍 소유의 부동산 평가액 1,224,000,000원, ③ 경영관리에 대한 프리미엄 평가액(만약 계약이행 완결일에 재무상태표상 현금이 있으면 이를 가산하고 부채가 있으면 이를 공제하여 산출한다)을 합산한 금액을 지급하되, 그중 90%는 계약이행 완결일에, 나머지 10%(이른바 ‘유보금’)는 계약이행 완결일로부터 12개월이 경과한 후 E.(1)항의 의무사항이 모두 이행되는 것을 조건으로 지급하기로 하는 내용의 주식 매각 및 매입 협약(SHARE SALE AND PURCHASE AGREEMENT, 이하 ‘이 사건 협약’이라 한다)을 체결하였다. 구체적으로 이 사건 협약 E.(1)항에는 ‘이 협약에 포함된 매도인의 진술 및 보증은 진실하여야 하고, 그 진술 및 보증사항이 계약이행 완결일까지 이행되어야 한다.’고 기재되어 있고, F.(1)항에는 ‘각 당사자는 이 협약 또는 이 협약과 관련하여 교부한 부록, 증명서, 서류 등에 포함된 진술 및 보증사항을 중대하게 위반함으로 인하여 다른 당사자가 입은 일체의 손해나 비용 등을 배상하여야 한다.’고 기재되어 있으며, Exhibit 4 ‘매도인의 진술 및 보증 조항’ 제14항에는 ‘AAA바이오텍은 정당하고 적시에 모든 납세의무와 세금과 관련된 채무를 이행하였다.’고 기재되어 있다.

2. 원고는 2016. 5. 23. 양수법인과 사이에 이 사건 협약에 따라 이 사건 주식을 포함한 5,000주의 매매대금을 7,133,395,457원(= 주식 평가액 5,368,814,863원 + AAA바이오텍 소유의 사무실 부동산 평가액 1,224,000,000원 + 2016. 5. 23. 현재 AAA바이오텍 명의의 예금보유액 540,580,594원)으로 하기로 약정하였다.

3. 한편, 양수법인은 AAA바이오텍의 2013년 내지 2015년 귀속 법인세 및 지방세 미납액이 남아 있음을 확인하고 2017. 2. 24. CC세무서장에게 미납 법인세 195,940,930원을 납부하였다. 이와 관련하여 원고와 양수법인은 2017. 3. 9. 양수법인이 원고에게 유효하고 적시에 손해배상청구를 하였음을 인정하면서, 유보금(매매대금의 10%)에서 미납 법인세와 비용으로 198,790,489원을 공제하는 데에 서로 합의하였고, 이에 따라 원고는 양수법인으로부터 당초 매매대금에서 위 198,790,489원을 공제한 나머지 금액만을 지급받게 되었다.

• 라. 판단

1. 법인세 등 미납액에 대한 판단

• 가) 관련 법리 양도소득금액의 계산을 위한 양도가액은 양도재산의 객관적인 가액을 가리키는 것이 아니고, 구체적인 경우에 현실의 수입금액을 가리키는 것이다. 따라서 주식을 매매계약에 의하여 양도한 경우 당초 약정된 매매대금을 어떤 사정으로 일부 감액하기로 하였다면, 양도재산인 주식의 양도로 발생하는 양도소득의 총수입금액, 즉 양도가액은 당초의 약정대금이 아니라 감액된 대금으로 보아야 한다. 따라서 양도인이 주식을 양도하면서 약정된 매매대금에 기초하여 양도소득세를 법정신고기한까지 신고하였더라도 사후에 매매대금이 감액되어 주식의 양도가액이 줄어들게 되면, 당초의 신고는 정당한 과세표준 및 세액을 초과한 것이므로, 특별한 사정이 없는 한 양도인은 대금감액을 이유로 경정청구를 하여 당초의 신고를 바로잡을 수 있다(대법원 2018. 6. 15. 선고 2015두36003 판결 등 참조).
• 나) 구체적인 판단 위 인정사실 등에서 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고와 양수법인은 당초 미납 법인세 등 부채가 없음을 전제로 매매대금을 7,133,395,457원으로 정한 점, ② 양수법인은 원고의 진술 및 보증과 달리 AAA바이오텍의 법인세 및 지방세 미납액이 남아 있음을 확인하고 이 사건 협약에 따라 원고에게 손해배상청구를 한 점, ③ AAA바이오텍의 법인세 등 미납액은 부채로서 주식의 매매대금 산정에 직접적인 영향을 미치므로, 만약 양수법인이 이 사건 협약 당시 미납 법인세 등이 남아 있음을 확인하였더라면 당연히 매매대금을 감액하였을 것으로 보이는 점(양수법인은 이러한 사정을 우려하여 매매대금의 10%를 원고에게 지급하지 않고 유보해 두었다), ④ 원고와 양수법인이 2017. 3. 9. 유보금에서 미납 법인세와 비용으로 198,790,489원을 공제하기로 합의함에 따라, 결국 원고는 양수법인으로부터 위 198,790,489원을 공제한 나머지 금액만을 지급받게 된 점 등을 위 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 협약 및 2017. 3. 9.자 합의에 따라 이 사건 주식의 양도로 인한 정당한 양도가액은 원고가 당초 신고한 6,705,391,730원이 아닌 감액된 6,506,601,241원(= 6,705,391,730원 - 198,790,489원)이 되는 것이므로, 원고는 이러한 사정을 들어 경정청구를 하여 당초의 신고를 바로잡을 수 있다 할 것이다. 따라서 이와 다른 전제에서 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하고, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

2. 경영권 프리미엄에 대한 판단

• 가) 관련 법리 일반적으로 주식의 양도가 그 회사에 대한 경영권의 양도를 수반한다고 해도 이는 주식양도에 따르는 부수적 효과에 불과한 것으로 특단의 사정이 없는 한 경영권 그 자체가 독립된 거래의 객체로 되는 일은 없고, 양도차익산정에 있어서의 기준이 되는 실지거래가액이라 함은 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 실지의 거래대금 그 자체를 의미하므로, 주식양도대금이 회사경영권의 양도를 수반하게 된 때문에 실제의 시가보다 높게 평가될 여지가 있었더라도 그 대금이 실지양도가액임에는 변함이 없다(대법원 1989. 7. 11. 선고 88누12011 판결, 대법원 2014. 10. 27. 선고 2013다29424 판결 등 참조).
• 나) 구체적인 판단 위 인정사실 등에 의하면, 원고는 양수법인에 AAA바이오텍의 총 발행주식 5,000주 전부를 매도하는 대가로 주식의 평가액(AAA바이오텍의 부동산 가치는 제외하고, 계약이행 완결일 직전 12개월 동안의 순수익의 1.0배에 해당하는 금액으로 한다), AAA바이오텍의 사무실과 관련한 부동산 평가액, 경영관리에 대한 프리미엄 평가액(만약 계약이행 완결일에 재무상태표상 현금이 있으면 이를 가산하고 부채가 있으면 이를 공제하여 산출한다)을 합산한 금액을 지급받기로 하였는바, 그중 부동산 평가액과 경영관리에 대한 프리미엄 평가액(현금보유액)은 경영권 프리미엄으로서 주식에 대한 매매대금 산정의 한 요소에 불과하고, 원고와 양수법인이 주식과 별도로 부동산이나 현금 그 자체를 독립된 거래의 객체로 삼은 것도 아니므로, 부동산 평가액과 현금보유액 등이 포함된 매매대금 전액이 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것) 제96조 제1항에서 규정한 실지거래가액이라 할 것이다. 따라서 부동산 평가액 등이 이 사건 주식의 양도대가가 아니어서 양도가액에서 차감되어야 한다는 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

3. 정당세액의 계산 결국, 법인세 등 미납액만을 양도가액에서 차감하여 원고에 대한 정당세액을 계산하면 1,287,084,562원이 되므로(피고의 2019. 10. 17.자 참고서면 참조), 이 사건 처분 중 328,130,262원[= 원고가 구하는 환급세액 367,888,360원 - (당초 신고세액 1,326,842,660원 - 정당세액 1,287,084,562원)]을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.