이의신청 재조사시에 세금계산서 미교부가산세를 부과한 처분 등 재조사의 범위의 적정여부

사 건 2018구합77722 부가가치세등부과처분취소 원 고 AAA 피 고 BB세무서장 변 론 종 결

2020. 07. 17. 판 결 선 고

2020. 11. 06.

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2016. 7. 1. 원고에 대하여 한 [별지 1] 목록 ‘원고가 납부하여야 할 잔여세액’란 기재 부가가치세 합계 1,548,167,776원 및 종합소득세 합계 1,152,287,282원의 부과처분을 모두 취소한다.

• 가. 원고는 1986. 1. 21.부터 ○○시 ○○○동 306 일대에서 ‘CCC’라는 상호로 싱크대 부속품 및 주방용품 도매 및 소매업을 운영하다가 2016. 11. 30. 폐업하였다.
• 나. ○○지방국세청장은 2016. 3. 29.부터 2016. 6. 10.까지 원고에 대하여 세무조사(이하 ‘1차 조사’라 한다)를 실시한 결과, 원고가 원고의 배우자인 DDD의 예금계좌(국민은행 075---*, 이하 ‘이 사건 계좌’라 한다)에 2011년부터 2015년까지 입금된 총 금액 중 매출과 관련 없는 입금액 등을 제외한 금액을 매출누락하였다는 과세자료를 피고에게 통보하였다.
• 다. 피고는 2016. 7. 1. 원고에게 부가가치세 총 140,337,971원, 종합소득세 총 2,216,583,414원을 경정･고지하였다.
• 라. 원고는 이에 불복하여 2016. 9. 30. 이의신청을 하였는데, ○○지방국세청장은2016. 11. 24. “원고가 제시하는 매입처･매출처별 원장, 매입처 거래명세서 등을 근로 실제로 영위한 업종이 제조업인지 도매업인지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라추계소득금액을 산정하여 과세표준과 세액을 경정하고, 원고가 제시하는 입금자 및 거래처 확인서 등을 근거로 2011년 이전에 발생한 매출에 대한 외상매출금을 입금한 것인지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 매출누락금액을 산정하라”는 취지의 재조사결정(이하 ‘이 사건 재조사 결정’이라 한다)을 하였다.
• 마. ○○지방국세청장은 2016. 12. 19.부터 2017. 2. 23.까지 재조사(이하 ‘2차 조사’라 한다)를 실시하였고, 2차 조사 시 2017. 2. 16. 조세범처벌법 제10조 제3항 을 근거로 조세범칙조사로 전환하였으며, 2차 조사가 완료되기 전 피고는 원고가 이의신청 단계에서 제출한 증빙에 기초하여 매출누락금액을 정정한 결과를 토대로 2017. 1. 12.[별지 1] ‘2017. 1. 12. 재경정‘란 기재와 같이 부가가치세 및 종합소득세를 재경정･고지하였다.
• 바. ○○지방국세청장은 2차 조사를 실시한 결과 원고가 운영한 ‘CCC’가 영위한 업종을 제조업에서 도매업으로 정정한 뒤 추계결정 소득금액을 감액하여 원고의 종합소득세를 경정하고, 1차 조사 시 2012년부터 2015년까지 소매업 매출누락금액으로 보았던 5,333,350,000원이 도매업 매출누락금액에 해당됨에 따라 세금계산서 미발급 가산세를 부과하라는 내용의 과세자료를 피고에게 통보하였다.
• 사. 피고는 2017. 3. 10. 2차 조사 결과에 따라 [별지 1] 기재 ‘2017. 3. 10. 재경정‘란 기재와 같이 원고에 대한 부가가치세 및 종합소득세를 재경정･고지하였다. 이에 따라 최종적으로 피고가 원고에 대하여 한 부가가치세 및 종합소득세 경정･고지 내역은 [별지1] 기재 각 표의 ‘원고가 납부하여야 할 잔여세액’ 란과 같다(이하 위와 같이 최종적으로 남은 원고에 대한 부가가치세 및 종합소득세 부과처분을 ‘이 사건 각 처분’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 6호증, 13 내지 27호증, 을 1 내지 5, 8호증의기재, 변론 전체의 취지

별지 2 기재와 같다.

3. 이 사건 각 처분의 적법 여부

• 가. 중복세무조사 및 재조사 금지 원칙 위반 주장에 관한 판단

1. 원고 주장의 요지 피고는 당초 원고에게 1차 조사 결과를 반영하여 종합소득세 및 부가가치세 부과처분을 하였고, 이의신청 절차에서 ○○지방국세청장은 ‘종합소득세 부분에 관하여 원고가 실제 영위한 업종이 제조업인지 도매업지 여부’로 재조사 범위를 한정하여 재조사 결정을 하였다. 그런데 ○○지방국세청장은 2차 조사 과정에서 1차 조사 당시 세금계산서 발급의무가 없다고 본 소매업의 매출누락금액을 도매업의 매출누락금액으로 전환하고 이에 대하여 세금계산서 미교부가산세를 부과하라는 내용의 과세자료를 피고에게 통보하였고, 이로 인하여 당초 처분에 비해 부가가치세가 증액경정되었는바, 이는 이의신청의 불이익 변경금지 원칙에 위배되어 위법하다. 또한 2차 조사는 이의신청 절차에서 결정된 이 사건 재조사 결정의 범위를 넘어서는 중복세무조사에 해당하여 위법하다.

2. 인정사실 갑 4 내지 6호증, 을 3호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면 다음과 같은 사실이 인정된다.

① 1차 조사는 원고가 운영하는 ‘CCC’가 영위한 업종이 종합소득세 신고서, 부가가치세 신고서, 사업자등록증에 기재된 바와 같이 주로 완성품을 제조하여 최종소비자에게 판매를 하는 소매성 ‘제조업’에 해당한다는 전제 하에 진행되었고, 조사청은 ‘CCC’의 매출누락액 대부분이 소매업 매출로서 세금계산서 발급의무 면제 대상에 해당하는 것으로 판단하였다.

② 원고의 이의신청에 대해 ○○지방국세청장이 2016. 11. 24. 한 결정 주문의 구체적인 내용은 다음과 같다.(생략)

③ 위 이의신청 결정 이유 중 주문 1.에 해당하는 이유의 요지는 다음과 같다.(생략)

3. 불이익변경금지 원칙 위반 여부

• 가) 구 국세기본법(2016. 12. 20. 법률 제14382호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제79조 제1항은 불고불리의 원칙을 규정하면서, “조세심판관회의 또는 조세심판관합동회의는 심판청구를 한 처분 외의 처분에 대해서는 그 처분의 전부 또는 일부를 취소 또는 변경하거나 새로운 처분의 결정을 하지 못한다.”고 규정하고 있다. 또한 같은 조 제2항은 불이익변경금지의 원칙을 규정하면서, “조세심판관회의 또는 조세심판관합동회의는 심판청구를 한 처분보다 청구인에게 불리한 결정을 하지 못한다.”고 규정하고 있다. 이러한 불고불리원칙 및 불이익변경금지원칙은 명문의 규정이 없는 이의신청의 경우에도 적용된다고 보는 것이 일반적이나, 이는 이의신청결정의 주문 내용이 이의신청 대상인 과세처분보다 이의신청인에게 불이익한 경우에 적용되고, 과세관청이 이의신청결정의 이유에서 밝혀진 내용에 근거하여 탈루 또는 오류가 있는 과세표준이나 세액을 경정결정하는 경우에는 적용되지 아니한다(대법원 2007. 11. 16. 선고 2005두10675 판결 등 참조). 한편 이의신청 등에 대한 결정의 한 유형으로 실무상 행해지고 있는 재조사결정은 처분청으로 하여금 하나의 과세단위의 전부 또는 일부에 관하여 당해 결정에서 지적된 사항을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하거나 당초 처분을 유지하는 등의 후속 처분을 하도록 하는 형식을 취하고 있다. 이에 따라 재조사결정을 통지받은 이의신청인 등은 그에 따른 후속 처분의 통지를 받은 후에야 비로소 다음 단계의 쟁송절차에서 불복할 대상과 범위를 구체적으로 특정할 수 있게 된다. 이와 같은 재조사결정의 형식과 취지, 그리고 행정심판제도의 자율적 행정통제기능 및 복잡하고 전문적·기술적 성격을 갖는 조세법률관계의 특수성 등을 감안하면, 재조사결정은 당해 결정에서 지적된 사항에 관해서는 처분청의 재조사결과를 기다려 그에 따른 후속 처분의 내용을 이의신청 등에 대한 결정의 일부분으로 삼겠다는 의사가 내포된 변형결정에 해당한다고 볼 수밖에 없다. 그렇다면 재조사결정은 처분청의 후속 처분에 의하여 그 내용이 보완됨으로써 이의신청 등에 대한 결정으로서의 효력이 발생한다고 할 것이다(대법원 2010. 6. 25. 선고 2007두12514 전원합의체 판결 등 참조).
• 나) 위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 살피건대, 이 사건 재조사 결정은 그 주문 내용이 이의신청 대상인 과세처분보다 이의신청인에게 불이익한 경우에 해당한다고 보이지 아니하고, 과세관청으로 하여금 이의신청결정의 이유에서 밝혀진 내용에 근거하여 탈루 또는 오류가 있는 과세표준이나 세액을 경정하라는 내용의 결정에 해당한다. 이 사건 각 처분은 위와 같이 이 사건 재조사 결정의 이유에서 밝혀진 내용(조사청이 세무조사 시 원고가 실제 영위하는 업종에 대하여 파악 및 조사를 하지 아니하였고 조사청이 적용한 업종이 원고가 영위하는 싱크대 부품 및 싱크대 주변용품 도소매업과 무관함)에 근거하여 오류가 있는 과세표준이나 세액을 경정결정한 것에 불과하고, 이에 더하여 구 국세기본법 제79조 제2항 도 불이익변경금지원칙이 적용되는 대상을 그 판단 주체인 조세심판관회의 또는 조세심판관합동회의로 명시하고 있는 점과 행정심판제도의 자율적 행정통제기능 및 복잡하고 전문적·기술적 성격을 갖는 조세법률관계의 특수성을 감안하면, 이 사건 각 처분이 불이익변경금지원칙을 위반한 것이라고 볼 수는 없다.
• 다) 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

4. 재조사 금지 원칙 위반 여부

• 가) 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제4호 에 따르면 세무공무원은 이의신청에 대한 ‘필요한 처분의 결정’에 따라 조사를 하는 경우에는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 있다.
• 나) 이 사건에 관하여 보건대, 원고에 대한 2차 조사가 실시된 것은 원고의 이의신청에 대한 이 사건 재조사 결정에 따른 것이므로, 위 재조사가 종전에 원고에게 부과된 2011년부터 2015년까지의 부가가치세 및 2011년부터 2014년까지의 종합소득세와 같은 세목 및 같은 과세기간에 대한 조사라고 하더라도 그것이 구 국세기본법 제81조의4 제2항 이 규정한 중복조사금지원칙을 위반한 것으로서 세무조사권을 남용한 것이라고 볼 수 없다.
• 다) 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.
• 나. 부과제척기간 도과 주장에 관한 판단

1. 원고 주장의 요지 2011년부터 2015년까지 이 사건 계좌에 입금된 금원 중에는 CCC에서 2010년 이전에 발생한 매출액에 대한 회수액이 포함되어 있는바, 이는 수입금액의 귀속시기가 2010년 이전으로 확인되어 부과제척기간이 경과한 매출로서 과세표준에서 제외되어야 한다. 그 구체적인 내역은 다음과 같다.

① 원고는 2010. 12. 31. 이전에 발생한 매출거래에 관하여 각 매수거래처를 상대로 법적조치를 취하여 판결, 지급명령결정, 화해권고결정, 이행권고결정을 받아두거나 공정증서를 작성해 두었는데, 2011부터 2015년경에 이르러 원고 측 관련 채무자로부터 위 채무명의가 확보된 미회수 물품대금 중 총 587,082,030원을 원고의 직원들이 현금으로 받아와 이 사건 계좌에 입금시켰다(이하 ‘법정미수채권 직원 입금분’이라한다).

② 2011년부터 2015년까지 이 사건 계좌에 입금된 금원 중에는 CCC에서 2010. 12. 31. 이전에 발생한 매출거래 건에 대한 대금 회수액으로서 거래처로부터 직접 입금받은 113,223,900원이 포함되어 있다(이하 ‘법정미수채권 거래처 직접 입금분’이라 한다).

③ 2011년부터 2015년까지 이 사건 계좌에 입금된 금원 중에는 CCC에서2010. 12. 31. 이전 시기(2008년부터 2010년까지)에 발생한 매출거래 건에 대하여 장기간 대금회수가 지연되다가 2011. 1. 1. 이후 시기(2011년부터 2014년까지)에 비로소 이 사건 계좌로 대금 회수가 이루어진 1,894,957,115원이 포함되어 있다(이하 ‘장기미수채권 회수분’이라 한다).

2. 판단 갑 30 내지 57, 68, 70, 72, 78, 81, 83 내지 87, 91, 95, 98, 100, 101, 109 내지 111호증의 기재, 을 6 내지 17호증의 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되거나 알 수 있는 다음과 같은 사실 또는 사정들에 비추어 보면, 원고가 제출한 증거(갑30 내지 159호증)만으로는 이 사건 계좌에 입금된 금액이 2010년 이전에 발생한 매출액에 대한 회수액이라는 점을 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

• 가) 원고는 조사 과정에서, CCC의 주요 매출처는 씽크대 가구 공장으로서 주로 외상매출로 대금회수가 이루어졌는데 각 공장에 부자재를 납품하면 거래처에서 이를 가지고 씽크대를 만들어 납품한 뒤 대금이 회수되는 경우에 그 대금을 원고에게 지급하였다고 진술하면서, 보통 2개월 정도면 채권이 회수된다고 진술하였다.
• 나) 법정미수채권 직원 입금분 관련, ① 이 사건 계좌의 거래내역서 상 입금자는 EEE, FFF, GGG, HHH, III, JJJ, KKK, LLL, MMM, NNN, OOO, PPP이다. 원고는 이들 모두가 CCC의 직원으로 근무하였던 자라고 주장한다. 그러나 CCC의 2009년부터 2016년까지의 근로소득지급명세서 상 EEE에 대한 급여 지급내역만이 존재하고 나머지 사람들에 대한 급여 지급내역은 전혀 찾아볼 수 없다. ② 금원의 출처에 관하여, 위 금원이 해당 각 법원 결정문 또는 공정증서 상 ‘채무자’로부터 입금되었다는 점을 뒷받침할 증거는 입금자(입금직원)가 작성한 사실확인서인데, 이들은 앞서 살핀 바와 같이 CCC의 직원으로서 근무하였는지 여부가 불분명할 뿐더러 이들이 직원으로 근무하였던 자라 하더라도 CCC의 사업주인 원고와 직접적으로 고용관계 또는 이해관계 내지 유대관계가 존재하거나 또는 존재하였던 자로서 그 신빙성이 높다고 보기 어렵다. ③ 거래처들이 변제 대상 금원을 CCC의 거래계좌로 직접 입금하여 증빙을 남기지 아니하고 CCC의 직원에게 현금으로 건네주는 형태를 취하였다는 점도 쉽사리 납득하기 어렵다. 오히려 이 사건 계좌의 2011년부터 2014년까지의 입금 내역을 보면, 거래처들은 대부분 이 사건 계좌에 직접 물품대금을 입금하여 왔던 것으로 보인다. ④ 입금자 중 FFF, OOO, NNN, III, LLL은 가구･인테리어 소품, 주방용품, ○○○티키친프라자 등 도소매업체에서 근무하면서 급여를 지급받았던 거래처 직원이라는 사실이 확인될 뿐 원고의 직원으로 보이지 않는다. 즉 이들은 CCC의 거래처 직원으로서 2011부터 2015년 시기에 발생한 CCC의 일반 물품매출 거래 건에 관하여 해당 물품대금을 이 사건 계좌에 직접 입금한 것으로 보일 뿐이다.
• 다) 법정미수채권 거래처 직접 입금분 관련, ① 관련 채무명의 확보 서류상 채권자가 ‘원고’로 되어 있는 건에 대해서는 이의신청 단계에서 이미 직권 정정이 이루어져 과세대상 매출액에서 제외되었다. ② 원고가 제출한 ‘사실확인서’에는 ‘채무자’라고 명기된 자의 서명 표시만이 나타날 뿐 해당 채무자의 인감증명서 또는 신분증 등은 전혀 첨부되어 있지 아니한바, 해당 ‘사실확인서’를 채무자 본인이 직접 작성하였다거나 그 내용을 본인이 직접 확인하고 실제로 자필 서명을 한 것인지 여부가 객관적으로 확인되지 않는다. ③ 채무자 UUU은 공정증서 작성 후에도 CCC와 매월 거래를 지속하면서 미지급 물품대금을 수시로 분할변제하였는바, 원고가 언급하는 위 채무자의 입금거래는 2011. 1. 1. 이후 발생한 매출거래에 대한 회수액에 해당할 가능성이 높아 보인다. ④ 채무자 VVV, WWW, XXX의 경우 공정증서 작성일과 변제기한이 모두 2011년 이후에 해당하므로, 공정증서 작성 채무 자체가 2011. 1. 1. 이후 발생한 매출거래 대금에 해당할 가능성이 높다. ⑤ 채무자들 명의의 사실확인서 상 회수 대상 매출거래의 발생시기와 거래 규모가 CCC의 매출처별 세금계산서 합계표와 일치하지도 않는다.
• 라) 장기미수채권 회수분 관련, ① 원고는 법정미수채권 직원 입금분과 법정미수채권 거래처 직접 입금분과 달리, 이 부분에 관련해서는 각 채무자별로 그에 대응되는 입금거래 건을 구체적으로 특정하지 못하였다. ② 원고가 주장하는 장기미수채권 회수분은 최소 1~2년 이상에 달하는 기간 동안 거래처의 물품대금 미지급이 지속되었다는 점을 전제로 하는 것인데, 원고가 이에 대하여 채권 추심, 공정증서 작성 등의 법적조치를 행한 자료를 찾아볼 수도 없다. ③ 원고가 이 부분을 뒷받침하기 위해 제출한 증거는 채무자들의 ‘사실확인서’가 유일하나, 이는 미리 작성된 서류에 확인자 서명만이 기재되어 있을 뿐이고, 게다가 재조사 과정에서 조사청 담당자가 거래처에 공문을 발송하여 회신받은 내용에 의하면 채무자들은 ‘원고가 자신이 작성한 사실확인서에 서명을 해달라고 요청하여 원고가 해달라는 대로 서명해 주었다’거나(QQQ), ‘해당사실확인서 상 기재된 거래내역에 관한 사실관계를 확인할 수 있는 거래자료는 폐기되어 보관하고 있지 않다’(RRR, SSS, TTT)고 회신하였는바, 채무자들이 충분한 사실관계의 확인 없이 원고의 요청에 의해 원고가 미리 작성하여 가져온 서류에 서명 만을 해주었다는 의심이 든다. ④ 원고가 이 부분에 관하여 제출한 사실확인서 상 회수 대상 매출거래의 발생시기와 거래 규모가 CCC의 매출처별 세금계산서 합계표와 일치하지도 않는다.
• 다. 부정과소신고가산세 관련 주장에 관한 판단

1. 원고 주장의 요지 원고가 이 사건 계좌에 입금된 매출액을 누락하였으나, 관련인에 대한 동시조사의 실시가 가능하다고 규정한 국세청 내부 훈령인 ｢조사사무처리규정｣ 제20조에 따라 조사청 및 과세관청에서 원고의 매출누락에 대한 확인이 가능하였고, 매출액이 배우자 계좌에 입금되는 외에 적극적인 은닉행위가 이루어진 바도 없다. 따라서 원고의 행위는 구 국세기본법 제47조의3 제2항 및 제26조의2가 정한 ‘사기 기타 부정한 행위’에 해당하지 아니하므로, 피고가 원고의 매출누락에 대하여 부정과소신고가산세 처분을 한 것은 위법하다.

2. 판단 앞서 인정한 사실, 갑 23 내지 27호증의 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사실 또는 사정들에 비추어 보면, 원고가 장기간 배우자 명의의 이 사건 계좌를 사용하여 거액의 현금매출을 관리하면서도 이를 신고하지 않음으로써 해당 금원에 관한 부가가치세 및 종합소득세 신고를 누락한 것은 구 국세기본법 제47조의3 이 정한 조세회피의 목적으로 이루어진 ‘사기 기타 부정한 행위’에 해당한다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

① 구 국세기본법 제47조의3 제2항 이 정하는 ‘부정행위’란 같은 법 제26조의2 제1항 제1호의 ‘납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위’를 의미하고, 위 법률 규정에서 위임을 받은 구 국세기본법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29534호로 개정되기 전의 것) 제12조의2 제1항은 “대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위란 조세범처벌법 제3조 제6항 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 말한다”고 규정하고 있는데, 조세범처벌법 제3조 제6항 제4호 는 사기나 그 밖의 부정한 행위의 양태로서 ‘재산의 은닉, 소득･수익･행위･거래의 조작 또는 은폐’를 들고 있다.

② 그런데 원고는 2011년부터 2015년까지의 기간 동안 CCC의 본래 사업용 계좌와는 별도로 배우자 명의의 이 사건 계좌에 현금매출금액을 입금하여 관리하였다. 이는 자신 명의 사업체의 현금매출을 은닉함으로써 과세관청이 과세요건사실을 발견하기 어렵게 하려는 목적에서 이루어진 행위로 보인다.

③ 종합소득세와 부가가치세는 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 계산하여 신고함으로써 조세채무가 확정되므로, 원고가 차명계좌로 수취한 돈을 신고하지 않는 이상 과세관청이 이를 발견하기는 어렵고, 이 사건 계좌의 명의자가 원고의 배우자라는 이유만으로 은닉의 효과가 없다고 볼 수도 없다.

④ 이와 같은 원고의 적극적인 매출 은닉 행위로 인해, 조사청이 2016년경 원고에 대하여 실시한 개인 통합조사 중 원고의 처 DDD의 계좌 거래내역을 확인하는 과정에서 비로소 CCC의 2011년부터 2015년까지 기간 동안의 매출누락액이 밝혀지게 되었다. 이와 같이 밝혀진 CCC의 연도별 매출누락액 규모는 원고가 당초 자진하여 신고한 연도별 매출 수입금액의 규모보다도 크다.

⑤ 국세청 훈령인 조사사무처리규정 제20조 제1항은 ‘조사의 효율성, 납세자 편의 등을 감안하여 조사대상 납세자와 출자관계에 있는 자, 거래가 있는 자 또는 납세자와 특수관계에 있는 자 등 관련인이 조사대상자로 선정되었거나 조세 탈루혐의가 있는 경우에는 그 관련인을 동시에 조사할 수 있다’라고 규정하고 있으나, 이는 국세청훈령에 불과하여 대외적인 효력을 가지지 아니할 뿐만 아니라, 조사의 필요성이 존재할 경우 관련인을 동시에 조사할 수 있다는 규정일 뿐 세무조사 시 납세자의 관련인까지 반드시 조사하여 납세자의 은닉행위를 적출하여야 한다는 취지의 규정이라고 보이지 아니하고 그와 같이 본다면 오히려 세무조사의 범위가 부당히 확대될 위험이 있다. 따라서 위와 같은 규정의 존재로 인하여 배우자 명의의 계좌에 매출금액이 입금된 것이 ‘은닉행위’에 해당하지 아니한다고 보이지도 않는다.

원고의 청구는 이유 없으므로 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 재판장 판사 조미연 판사 한현희 판사 박영순