퇴직연금보험료가 연구·인력개발비 세액공제 대상 인건비에 해당하는지 여부

사 건 2018구합75467 법인세경정거부처분취소 원 고 주식회사 ○○○○○ 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2019. 5. 2. 판 결 선 고

2019. 9. 10.

1. 피고가 2018. 2. 7. 원고에 대하여 한 별지 1 표 기재 법인세 경정청구에 대한 거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고는 1996. 11. 27. 소프트웨어 개발 및 공급을 목적으로 설립된 법인으로, 2001. 5. 28. 한국산업기술진흥협회장으로부터 기업부설연구소(이하 ‘이 사건 연구소’라 한다)의 설립을 인정받아 이를 운영하여 왔다.
• 나. 원고는 2012 사업연도부터 2016 사업연도까지 매월 이 사건 연구소에서 근무하는 직원들에 대하여 근로자퇴직급여보장법에 따른 확정기여형 퇴직연금보험료로 2012 사업연도 ,,원, 2013 사업연도 ,,원, 2014 사업연도 ,,원, 2015 사업연도 ,,원, 2016 사업연도 ,,***원을 지출하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 각 퇴직연금보험료’라 한다).
• 다. 원고는 2017. 12. 8. 피고에게, 이 사건 각 퇴직연금보험료는 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 2014. 1. 1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것의 것, 2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것, 2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것, 2016. 12. 20. 법률 제14390호로 개정되기 전의 것, 이하 각 ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제10조 제1항의 연구·인력개발비 세액공제 대상인 인건비에 해당함에도, 2012 내지 2016 사업연도의 법인세 과세표준 및 세액신고시 이 사건 각 퇴직연금보험료를 연구·인력개발비 세액공제 대상에서 제외함으로써 법인세를 과다하게 납부하였으므로, 별지 1 표 기재와 같이 2012 내지 2016 사업연도의 법인세액을 감액하여 달라는 내용의 경정청구를 하였다.
• 라. 피고는 2018. 2. 7. 원고에게 이 사건 각 퇴직연금보험료는 연구․인력개발비 세액공제의 대상이 아닌 것으로 판단된다는 이유로 원고의 위 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2018. 3. 14. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2018. 6. 4. 기각되었다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 9호증, 을 제2호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함), 변론 전체의 취지

• 가. 당사자 주장의 요지

1. 원고 이 사건 각 퇴직연금보험료는 각 사업연도에 실제로 지출되고 전액 손금으로 인정되는 비용으로서 구 조세특례제한법 제10조 제1항 이 정한 연구․인력개발비 세액공제의 대상인 인건비에 해당하므로, 이 사건 각 퇴직연금보험료를 세액공제의 대상으로 인정하지 아니한 이 사건 처분은 위법하다.

2. 피고 이 사건 각 퇴직연금보험료는 장래 근로자의 퇴직금을 지급하기 위하여 비용으로 계상한 금액으로, 구 조세특례제한법 시행령(2012. 4. 10. 대통령령 제23718호로 개정되기 전의 것, 2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것, 2019. 2. 12. 대통령령 제29527호로 개정되기 전의 것, 이하 각 ‘구 조세특례제한법 시행령’이라고 한다) 제8조 제1항 [별표 6] 제1호 가목 1)에 따라 연구·인력개발비에서 제외되는 퇴직소득 또는 퇴직급여충당금에 해당하므로, 세액공제의 대상이 될 수 없다.

• 나. 관계 법령 별지 2 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정된 구 조세특례제한법 시행령 제8조 제1항 [별표 6] 제1호 가목 1)은 자체연구개발비 중 인건비에서 퇴직소득 및 퇴직급여충당금을 제외하는 것으로 연구개발비의 범위를 조정하였고, 위 규정은 2019. 2. 12. 대통령령 제29527호로 개정되기 전의 구 조세특례제한법 시행령에 이르기까지 유지되고 있다.

2. 그러나 앞서 인정한 사실 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 각 퇴직연금보험료는 구 조세특례제한법 시행령 제8조 제1항 [별표 6] 제1호 가목 1)의 퇴직소득 및 퇴직급여충당금과는 성격을 달리하는 것이어서 구 조세특례제한법 제10조 제1항 이 정한 연구·인력개발비 세액공제의 대상이 되는 인건비에 해당하는 것으로 볼 수 있으므로(대법원 2017. 5. 30. 선고 2016두63200 판결 참조), 이 사건 각 퇴직연금보험료가 세액공제 대상에 해당하지 아니함을 이유로 한 이 사건 처분은 위법하다.

① 이 사건 연구소의 직원은 구 조세특례제한법상 세액공제에 관한 전담부서에서 근무하는 직원으로 인정된다. 원고가 확정기여형 퇴직연금제도에 기초하여 과세연도 및 대상근로자별로 연구소 근속 여부에 따라 실제로 지출한 이 사건 각 퇴직연금보험료는 그 지출 사업연도의 비용으로 인정받을 수 있고, 위 보험료 상당의 금원은 각 연구원들에게 확정적으로 귀속하는 것으로 볼 수 있다.

② 이 사건 각 퇴직연금보험료는 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하여 연구원별로 실제 지출된 비용으로, 적정한 기간손익의 계산을 위하여 합리적으로 그 비용액을 추산한 것에 불과한 퇴직급여충당금과는 그 성격을 달리한다.

③ 이 사건 각 퇴직연금보험료는 현실적인 퇴직이나 퇴직을 원인으로 근로자에게 지급된 금원이 아니라 지출 시점에 이미 각 연구원들에게 확정적으로 귀속되는 것으로 해당 사업연도에 재직 중인 근로자의 퇴직 전 이미 지급된 금원에 해당하는 점, 이 사건 각 퇴직연금보험료는 일시금으로 지급되지 않았고, 해당 연구원이 실제 퇴직 후에야 비로소 그 의사에 따라 연금 또는 일시금으로 지급받을 것을 선택하게 되는 점 등을 종합하면, 이 사건 각 퇴직연금보험료는 구 소득세법 제22조 (2013. 1. 1. 법률 제11611호로 개정되기 전의 것) 및 소득세법 제22조 의 퇴직소득에 해당한다고 볼 수 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.