주식 명의신탁에 따른 양도, 증권거래, 증여세 부과처분의 위법성

사 건 서울행정법원 2018구합68919 증여세등부과처분취소 원 고

○○○, ○○○ 피 고

○○, ○○세무서장 변 론 종 결 2021.03.26. 판 결 선 고 2021.04.30.

1. 1. 피고 ㄱㄱ세무서장이 2018. 4. 5. 원고 ㅊㅊㅊ에 대하여 한 2015.12.분 증여세 273,548,090원(가산세 포함)의 부과처분 중 119,391,663원(가산세 포함)을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 피고 ㄱㄱ세무서장이 2018. 4. 5. 원고 ㅇㅇㅇ에 대하여 한 2015년 귀속 양도소득세 297,975,340원(가산세 포함)의 부과처분 중 198,428,730원(가산세 포함)을 초과하는 부분, 2015. 12.분 증권거래세 7,624,950원(가산세 포함)의 부과처분 중 5,154,030원 (가산세 포함)을 초과하는 부분을 각 취소한다.

3. 원고들의 피고들에 대한 나머지 청구를 모두 기각한다.

4. 소송비용 중 3/5는 원고들이, 나머지 2/5는 피고들이 각 부담한다. 청 구 취 지 피고 ㄱㄱ세무서장이 2018. 4. 5. 원고 ㅊㅊㅊ에 대하여 한 2015. 12.분 증여세 273,548,090원(가산세 포함)의 부과처분, 피고 ㄱㄱ세무서장이 2018. 4. 5. 원고 ㅇㅇㅇ에 대하여 한 2015년 귀속 양도소득세 297,975,340원(가산세 포함), 2015. 12.분 증권거래세 7,624,950원(가산세 포함)의 각 부과처분을 모두 취소한다.

• 가. 주식회사 ㅍㅍ(이하 ‘이 사건 회사’라 한다)는 1985. 1. 16. 섬유류 제조․판매업 등을 목적으로 설립된 비상장 주식회사이다.
• 나. 원고 ㅊㅊㅊ는 이 사건 회사의 대표이사이자 대주주이고, 원고 ㅇㅇㅇ는 2002.1.2.부터 2006. 2. 28.까지 이 사건 회사의 전무, 2009. 1. 1.부터 2015. 3. 31.까지 이사건 회사의 대표이사, 2015. 4. 1.부터 2016. 3. 31.까지 이 사건 회사의 사외이사로 재직하였다.
• 다. 원고 ㅇㅇㅇ는 2002. 11. 25. ㅎㅎㅎ로부터 이 사건 회사의 주식 50,000주를 3억 원에 매수하였고, 2007. 12. 15. 유상증자에 따라 주식 18,750주를 93,750,000원에 2008. 4. 2. 역시 유상증자에 따라 주식 34,216주를 171,080,000원에 각 인수하여 합계 102,966주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)의 주주로 등재되었다.
• 라. 서울지방국세청장은 2013. 8.경 원고들에 대한 세무조사(이하 ‘2013년 세무조사’라 한다)를 실시하였고, 원고 ㅊㅊㅊ가 원고 ㅇㅇㅇ에게 이 사건 주식의 취득자금 564,830,000원(= 300,000,000원 + 93,750,000원 + 171,080,000원)을 증여하였다고 보아 위 과세자료를 OO세무서장에게 통보하였다.
• 마. 이에 따라 OO세무서장은 2013. 9.경 원고 ㅇㅇㅇ에게 2002년분 증여세 68,600,000원, 2007년분 증여세 39,636,275원, 2008년분 증여세 80,372,385원을 각 경정․고지하였고, 원고 ㅇㅇㅇ는 2013. 9. 30. 위 각 증여세를 납부하였다.
• 바. 한편, 원고 ㅇㅇㅇ는 2015. 12. 31. 원고 ㅊㅊㅊ에게 이 사건 주식을 4,736,436,000원(= 1주당 46,000원 × 102,966주)에 양도하였고(이하 ‘이 사건 명의이전’라 한다), 2016. 2. 29. 이에 대한 양도소득세 833,821,200원 및 증권거래세 23,682,180원을 각 신고․납부하였다.
• 사. 그런데 피고 ㄱㄱ세무서장은 2018. 2. 21.부터 2018. 3. 12.까지 원고 ○ㅇㅇ에 대한 세무조사(이하 ‘2018년 세무조사’라 한다)를 실시한 뒤, 구 상속세 및 증여세법(2015. 12. 15. 법률 제13557호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상증세법’이라 한다) 제63조 제1항 제1호 (다)목, 구 상속세 및 증여세법 시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26960호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상증세법 시행령’이라 한다) 제54조 제1항, 제56조 제1항에 따라 평가한 이 사건 주식의 양도일 기준 시가는 5,883,477,240원(1주당 57,140원 × 102,966주)인데, 원고 ㅇㅇㅇ가 특수관계인(동서관계)인 원고 ㅊㅊㅊ에게 이 사건 주식을 시가보다 낮은 4,736,436,000원(= 1주당 46,000원 × 102,966주)에 양도하였다고 판단하였다.
• 아. 이에 피고 ㄱㄱ세무서장은 2018. 4. 5. 원고 ㅇㅇㅇ에 대하여, 특수관계인인 원고 ㅊㅊㅊ에게 이 사건 주식을 시가보다 낮은 가격으로 양도하였다는 이유로 구 소득세법(2015. 12. 15. 법률 제13558호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제101조, 구 소득세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27829호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제167조 제3항 제1호, 구 증권거래세법(2016. 3. 22. 법률 제14096호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제7조 제1항 제2호 (가)목, 구 증권거래세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30406호로 개정되기 전의 것) 제4조 제1항 제1호에 근거하여 2015년 귀속 양도소득세 297,975,340원(가산세 포함), 2015. 12.분 증권거래세 7,624,950원(가산세 포함)을 각 경정․고지하였다.
• 자. 또한 피고 ㄱㄱ세무서장은 2018. 4. 5. 원고 ㅊㅊㅊ에 대하여, 특수관계인인 원고 ㅇㅇㅇ로부터 이 사건 주식을 시가보다 낮은 금액으로 양수하였다는 이유로 구 상증세법 제35조 제1항, 구 상증세법 시행령 제26조에 근거하여 2015. 12.분 증여세 273,548,090원(가산세 포함)을 경정․고지하였다(이하 위 각 양도소득세, 증권거래세, 증여세 부과처분을 통틀어 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).
• 차. 원고들은 2018. 6. 19. 조세심판원에 이 사건 각 처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2019. 4. 30. ‘원고 ㅇㅇㅇ가 원고 ㅊㅊㅊ로부터 이 사건 주식을 명의신탁 받았는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다’라는 취지의 재조사결정을 하였다.
• 카. 이에 따라 피고들은 2019. 6. 10.부터 2019. 6. 29.까지 재조사를 실시한 뒤 원고 ㅇㅇㅇ가 원고 ㅊㅊㅊ로부터 이 사건 주식을 명의신탁 받은 것이 아니라고 보아 2019.7. 2. 원고들에게 이 사건 각 처분을 유지한다는 재조사결과를 통지하였다.
• 타. 원고들은 2019. 7. 10. 다시 조세심판원에 이 사건 각 처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2019. 10. 18. 위 심판청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 7, 14호증(가지번호 있는 경우 각 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

• 가. 원고들의 주장

1. 원고 ㅇㅇㅇ는 원고 ㅊㅊㅊ로부터 이 사건 주식을 명의신탁 받았던 것이고, 명의신탁이 해지됨에 따라 원고 ㅊㅊㅊ에게 명의를 이전하였던 것이므로, 이 사건 명의 이전은 자산의 양도에 해당하지 아니한다. 그런데도 이 사건 명의이전이 자산의 양도에 해당한다는 전제에서 양도소득세, 증권거래세, 증여세를 부과한 이 사건 각 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

2. 이 사건 명의이전일인 2015. 12. 31.을 평가기준일로 하여 이 사건 주식의 가액을 평가함에 있어 구 상증세법 시행령 제56조 제1항에 따른 ‘1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액’은 2012 내지 2014 사업연도의 순손익액을 가중평균하여 계산하여야 하고, 위와 같이 계산할 경우 이 사건 주식의 1주당 가액은 43,820원에 불과하다. 그런데도 피고들은 이와 달리 2013 내지 2015 사업연도의 순손익액을 가중평균하여 이 사건 주식의 1주당 순손익가치를 산정하였고, 그로 인하여 이 사건 주식의 1주당 가액을 1주당 57,140원으로 과다하게 평가하였으므로, 이 사건 각 처분은 이 사건 주식의 평가 방법에 위법이 있어 취소되어야 한다.

3. 이 사건 회사는 2012년에 기술 진전 및 개발을 목적으로 연구개발준비금 40억원(이하 ‘이 사건 준비금’이라 한다)을 적립하였고, 구 조세특례제한법(2019.12.31. 법률 제16835호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제9조에 따라 이 사건 준비금 전액을 2012 사업연도의 손금에 산입하였으나, 이 사건 준비금을 해당 목적에 사용하지 아니하여 이 사건 준비금 전액을 2015 사업연도의 익금에 산입하였다. 피고들은 이 사건 주식의 가액을 평가하면서 구 상증세법 시행령 제56조 제4항 후단을 근거로 이 사건 준비금을 1/3로 안분한 금액인 1,333,333,333원을 소득에 가산하여 2015 사업연도의 순손익액을 산정하였으나, 조세특례제한법 제9조 에 따른 준비금 환입액을 각 사업연도의 소득에 가산하여 순손익액을 산정하는 것은 허용되지 않으므로, 이 사건 준비금 환입액을 순손익액 계산에 반영하지 않고 이 사건 주식의 1주당 가액을 평가하여야 하고, 이 사건 처분 중 위 평가액을 기준으로 산정한 세액을 초과하는 부분은 취소되어야 한다.

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 이 사건 주식의 명의신탁 여부

• 가) 주주명부에 주주로 등재되어 있는 자는 일응 그 회사의 주주로 추정되며 이를 번복하기 위해서는 그 주주권을 부인하는 측에 증명책임이 있으므로, 주주명부의 주주 명의가 신탁된 것이고 그 명의차용인으로서 실질상의 주주가 따로 있음을 주장하려면 그러한 명의신탁관계를 주장하는 측에서 명의차용사실을 증명하여야 한다(대법원2007. 9. 6. 선고 2007다27755 판결 참조).
• 나) 앞서 든 증거와 갑 제6, 8, 9, 12호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고 ㅇㅇㅇ가 이 사건 주식을 취득할 당시 원고 ㅊㅊㅊ가 출연한 자금을 주식매수대금 및 신주 인수대금으로 사용한 사실, 과세관청이 2013년 세무조사를 실시하였고, 당시 원고 ㅊㅊㅊ가 이부(異父)동생 ㅈㅈㅈ 및 ㅈㅈㅈ에게 이 사건 회사의 주식을 명의신탁하였다고 보아 ㅈㅈㅈ 및 ㅈㅈㅈ에게 명의신탁재산 증여의제에 따른 1998년, 1999년, 2001년, 2007년, 2008년 각 증여분에 대한 증여세를 부과하였던 사실, 한편 원고 ㅇㅇㅇ가 이 사건 각 처분에 따른 양도소득세, 증권거래세를 납부한 2018.4.26.경 원고 ㅊㅊㅊ의 계좌에서 약 4억 원이 인출된 사실이 각 인정되고, 이에 더하여 원고 ㅊㅊㅊ가 원고 ㅇㅇㅇ에게 이 사건 명의이전 당시 양도대금 4,736,436,000원을 실제로 지급하였다고 볼 만한 증거는 없는 점 등이 인정되기는 한다.
• 다) 그러나 앞서 든 증거들과 을 제5, 6, 7호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 원고가 제출한 증거만으로는 원고 ㅊㅊㅊ가 줄곧 이 사건 주식의 실제 소유자로서 원고 ㅇㅇㅇ에게 단지 명의신탁하였던 것이라고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 따라서 이사건 명의이전은 이 사건 주식의 양도에 해당하고, 이와 다른 전제에서 한 원고들의 주장은 이유 없다.

① 원고 ㅇㅇㅇ는 2013년 세무조사 당시 이 사건 주식의 취득자금에 관하여, ‘2002. 11. 이 사건 주식의 매수자금으로 사용한 3억 원은 원고 ㅊㅊㅊ가 원고 ㅇㅇㅇ에게 스톡옵션 명목으로 주었던 것이고, 2007년 및 2008년 이 사건 주식의 주금 납입액으로 사용한 93,750,000원 및 171,080,000원은 원고 ㅊㅊㅊ가 원고 ㅇㅇㅇ에게 증여하여 준 것인데, 이는 원고 ㅊㅊㅊ가 원고 ㅇㅇㅇ에게 근무를 열심히 하라거나 또는 원고 ㅇㅇㅇ가 10년 동안 이 사건 회사에 근무하면서 여러 어려움을 이겨낸 데에 대한 보답 차원으로 증여하였던 것이다’라고 진술하였다. 과세관청은 원고 ㅇㅇㅇ의 진술과 계좌거래내역 등을 바탕으로 원고 ㅇㅇㅇ가 원고 ㅊㅊㅊ로부터 이 사건 주식의 취득자금을 증여받았다고 보아 원고 ㅇㅇㅇ에게 그에 따른 증여세를 부과하였고, 원고 ㅇㅇㅇ는 이의 없이 이를 납부하였다.

② 원고 ㅇㅇㅇ는 당시 원고 ㅊㅊㅊ와 동서관계에 있었고, 2002.1.2.부터 2006.2.28.까지 이 사건 회사의 전무, 2009. 1. 1.부터 2015. 3. 31.까지 이 사건 회사의 대표이사, 2015. 4. 1.부터 2016. 3. 31.까지 이 사건 회사의 사외이사로 장기간 근무하였다. 위와 같은 사정을 고려하면, 원고 ㅊㅊㅊ가 원고 ㅇㅇㅇ를 이 사건 회사의 이사로서 보다 책임감 있게 근무하게 하려는 취지로 2002년 주식 매수자금을 증여하고, 또한 이사로서 상당 기간 성실하게 근무한 것에 대한 보상 등으로 2007년 및 2008년 주금 납입액을 증여할 만한 이유가 충분하고, 이는 위 원고 ㅇㅇㅇ의 진술과도 부합한다.

③ 원고 ㅇㅇㅇ는 2002년경부터 2015년경까지 장기간 이 사건 주식의 소유자로 주주명부에 등재되어 있었고, 2013년 세무조사 당시는 물론 그 이후에도 자신이 이사건 주식의 실제 소유자이며, 원고 ㅊㅊㅊ는 이 사건 주식의 취득자금을 증여하였을 뿐이라는 입장을 유지하여 오다가, 이 사건 각 처분을 받을 무렵에야 비로소 이 사건 주식이 원고 ㅊㅊㅊ로부터 명의신탁된 것이었다고 주장하기 시작하였다.

④ 원고들은 2018. 4. 3.경 ‘원고 ㅊㅊㅊ가 원고 ㅇㅇㅇ에게 이 사건 주식을 명의신탁한 것이고, 위 명의신탁이 해지됨에 따라 원고 ㅊㅊㅊ가 소유권을 회복한 것이다’라는 취지의 명의신탁 확인서(갑 제6호증)를 작성하였으나, 위 확인서는 2018년 세무조사가 종료된 이후 이 사건 각 처분 직전에 작성된 것이므로, 작성 시기와 경위에 비추어 볼 때 그 내용을 그대로 믿기 어렵다.

⑤ 실제로 ㅈㅈㅈ, ㅈㅈㅈ는 2013년 세무조사 당시 과세관청에 원고 ㅊㅊㅊ와 사이에 2003. 12.경 작성되어 법무법인의 공증을 받은 명의신탁계약서를 제출하였고, 당시 과세관청은 위 명의신탁계약서 등에 근거하여 ㅈㅈㅈ, ㅈㅈㅈ가 이 사건 회사의 주식을 명의신탁 받았다고 판단하였다. 원고 ㅊㅊㅊ는 당시에도 ㅈㅈㅈ, ㅈㅈㅈ 명의 주식에 대하여는 명의신탁 사실을 밝힌 반면, 이 사건 주식에 대하여는 원고 ㅊㅊㅊ가 그 취득자금을 증여하였을 뿐 그 소유자는 원고 ㅇㅇㅇ라고 주장하였던 것으로 보인다.

⑥ 원고 ㅊㅊㅊ의 계좌에서 2018. 4. 26.경 약 4억 원이 인출된 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 원고 ㅊㅊㅊ가 이 사건 각 처분에 따른 원고 ㅇㅇㅇ의 양도소득세, 증권거래세를 대신 납부하여 주었을 가능성은 있다. 그러나 위 납부일 당시에는 이미 원고들이 이 사건 주식이 명의신탁된 것이라고 주장할 무렵이었으므로, 설령 원고 최영주가 원고 ㅇㅇㅇ의 이 부분 양도소득세, 증권거래세를 대납하여 주었다고 하더라도, 위 대납의 시기 및 경위에 비추어 볼 때 그러한 사정만으로는 이 사건 주식이 당초부터 원고 ㅇㅇㅇ에게 명의신탁된 것이었다고 인정하기 어렵다.

2. 순손익액 평가대상 연도 선정의 적법 여부

• 가) 구 상증세법 제63조 제1항 제1호 (다)목은 ‘주권상장법인 외의 주식으로서 거래소에 상장되지 아니한 주식은 해당 자산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다’라고 규정하고 있다. 그 위임에 따른 구 상증세법 시행령 제54조 제1항은 ‘비상장주식은 1주당 순손익가치와 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액으로 하고, 1주당 순손익가치는 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액에서 순손익가치환원율을 나눈 가액으로 한다’라고 규정하고 있다. 한편, 구 상증세법 시행령 제56조 제1항 제1호는 ‘1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액’을 다음과 같은 산식에 의한다고 규정하고 있다.
• 나) 위 규정에 따라 ‘1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액’을 계산하기 위해서는, ‘평가기준일 이전 1년이 되는 사업연도’, ‘평가기준일 이전 2년이 되는 사업연도’, ‘평가기준일 이전 3년이 되는 사업연도’가 언제인지를 정하여야 하는데, 이 사건과 같이 평가기준일, 즉 이 사건 주식의 양도가 이루어진 날이 2015. 12. 31.로 당해 사업연도의 종료일인 경우, 평가기준일이 속한 사업연도를 포함하여 2013 내지 2015 사업연도의 순손익액을 기준으로 순손익가치를 산정할지, 평가기준일이 속한 사업연도를 포함하지 않고 그 직전 연도인 2012 내지 2014 사업연도의 순손익액을 기준으로 순손익가치를 산정할지가 문제된다. 살피건대, 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, ‘평가기준일 이전 1년이 되는 사업연도’를 2015년으로 보아 2013 내지 2015 사업연도의 순손익액을 기준으로 이 사건주식의 순손익가치를 산정하는 것이 타당하고, 이와 다른 전제에서 한 원고들의 주장은 이유 없다.

① 구 상증세법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17459호로 개정되기 전의 것) 제56조 제1항 제1호는 상속개시전 1 내지 3년이 되는 사업연도의 순손익액을 가중평균하여 최근 3년간의 순손익액을 계산하였으나, 2001. 12. 31. 대통령령 제17459호로 개정된 구 상증세법 시행령 제56조 제1항 제1호는 평가기준일 이전 1 내지 3년이 되는 사업연도의 순손익액을 가중평균하여 최근 3년간의 순손익액을 계산하게 되었다. 위와 같이 구 상증세법 시행령은 순손익액 산정기준 연도를 평가기준일 ‘전’ 1 내지 3년에서 ‘이전’ 1 내지 3년으로 변경하였는데, 국립국어원의 표준국어대사전에 의하면 ‘전(前)’은 일부 명사 다음에 쓰여 ‘앞’의 뜻을 나타내는 말이고, ‘이전(以前)’은 ‘기준이 되는 때를 포함하여 그보다 앞’의 뜻을 나타내는 말이므로, ‘평가기준일 이전 1년이 되는 사업연도’는 평가기준일 당일을 포함하여 그보다 앞의 1년이 되는 사업연도를 의미한다고 봄이 상당하다.

② 국세기본법 제4조 가 세법상 기간의 계산과 관련하여 민법을 준용하도록 규정하고 있고, 민법 제157조 는 기간을 일, 주, 월 또는 년으로 정한 때에는 기간의 초일은 산입하지 않는다는 초일불산입의 원칙을 채택하고 있으나, 기간이 오전 영시로부터 시작하는 때에는 초일을 산입한다. 이 사건에서와 같이 사업연도 종료일인 2015.12. 31.이 양도일인 경우 앞서 본 구 상속세법 시행령의 개정 문구에 따라 평가기준일 당일을 포함하여 그보다 앞의 1년을 계산하게 되면, 평가기준일이 초일로서 산입되어 평가기준일 이전 1년이 되는 날은 2015. 1. 1.이 되므로, 2015 사연연도가 ‘평가기준일 이전 1년이 되는 사업연도’가 된다.

③ 국세청에서 발간한 ‘2002 개정세법 해설’은 구 상증세법 시행령 제56조 제1항이 위와 같이 개정된 취지에 대하여 ‘사업연도 중에 상속이 개시되거나 증여하여 비상장주식을 평가하는 경우에 중도결산해야 하는 어려움을 감안하여 상속개시일 또는 증여일이 속하는 사업연도 직전 3년간의 사업연도 순손익액을 기준으로 순손익가치를 산정하고 있으나, 사업연도 종료일이 상속개시일 또는 증여일인 경우 중도결산을 할 필요 없이 순손익가치를 산정할 수 있으므로 당해 사업연도 순손익액을 반영하여 평가하도록 함’(을 제8호증 참조)이라고 설명하고 있고, 이는 앞서 본 바와 같은 해석에 부합한다.

④ 구 상증세법 시행령 제54조 내지 제56조에서 정하고 있는 비상장주식의 평가방법은 어디까지나 그 시가를 산정하기 어려운 경우 보충적으로 평가하기 위한 방법이고, ‘시가’란 ‘평가기준일 당시의 시가’를 의미하며 구 상증세법 시행령 제56조 역시 ‘최근 3년간’의 순손익액의 계산방법을 정하고 있으므로, 평가기준일이 사업연도의 종료일인 경우 당해 사업연도를 포함한 최근 3년간의 순손익액을 기준으로 순손익가치를 산정하는 것이 평가기준일 당시의 시가에 가장 근접한 가액이라 할 수 있다.

⑤ 대부분의 법인은 사업연도 종료일을 기준으로 결산하여 재무상태표 및 손익계산서 등을 작성하고 있으므로, 평가기준일이 사업연도 종료일인 경우를 그 밖의 경우와 구분할 만한 합리적인 이유가 있다. 또한 증여세 납세의무자는 증여받은 날이 속하는 달의 말일부터 3개월(상속의 경우 6개월) 이내에 과세가액 및 과세표준을 신고하면 되므로(구 상증세법 제67조 제1항, 제68조 제1항 참조), 사업연도 종료일에 비상장주식의 증여를 받아 증여세 납부의무가 있는 자는 그로부터 3개월 내에 순손익가치, 순자산가치를 산정하여 주식의 1주당 가액을 평가하여 증여세를 신고할 수 있다. 따라서 사업연도 종료일이 평가기준일인 경우에는 해당 연도를 순손익액 산정기준 연도에 포함시키더라도 납세의무자가 중도결산 없이 주식의 가액을 평가할 수 있으므로, 평가기준일이 속한 연도를 순손익액 산정기준 연도에 포함시킬 경우 중도결산을 강요하여 납세의무자에게 과중한 부담을 지우게 된다는 취지의 원고들의 주장은 받아들이기 어렵다(원고들의 주장에 따르면 이 사건과 같이 평가기준일이 2015. 12. 31.인 경우에는 2015 사업연도를 순손익액 산정기준 연도에 포함시키는 것이 원고들에게 중간결산을 강요하는 것이 되고, 평가기준일이 2016. 1. 1.인 경우에는 2015 사업연도를 순손익액 산정기준 연도에 포함시켜도 무방하다는 것인데, 평가기준일이 사업연도 종료일인지, 사업연도 종료일 직후인지에 따라 납세의무자의 법적 안정성과 예측가능성에 별다른 차이가 있다고 보기 어렵다).

⑥ 원고들이 평가기준일이 속한 사업연도를 순손익액 산정기준에서 제외한 사례라고 주장하며 제시한 판례들(대법원 2012. 5. 24. 선고 2010두12378 판결, 대법원 2018. 12. 17.자 2016마272 결정 등)은 모두 그 평가기준일이 사업연도 종료일이 아닌 경우이고, 그러한 경우에는 평가기준일이 속한 사업연도를 제외한 직전 3년의 사업연도를 기준으로 순손익액을 산정하여야 함이 당연하므로, 이 사건과 같이 평가기준일이 사업연도 종료일인 경우에 적용할 수 있는 판례라고 볼 수 없다.

3. 준비금 환입액을 소득에 가산하여 순손익액을 평가한 것이 적법한지 여부

• 가) 관련 법리 구 상증세법 시행령 제56조 제4항은 그 전문에서 1주당 순손익가치 산정의 기초가 되는 순손익액은 ‘ 법인세법 제14조 규정에 의한 각 사업연도 소득에 제1호의 규정에 의한 금액을 가산한 금액에서 제2호의 규정에 의한 금액을 뺀 금액’에 의하도록 규정하고 있는데, 이는 당해 법인의 순자산을 증가시키는 수익의 성질을 가졌지만 조세정책상의 이유 등으로 각 사업연도 소득금액 계산 시 익금불산입된 금액 등(제1호)을 가산하고, 그와 반대로 당해 법인의 순자산을 감소시키는 손비의 성질을 가졌지만 역시 조세정책상의 이유 등으로 각 사업연도 소득금액 계산 시 손금에 손금불산입된 금액 등(제2호)을 차감하여 ‘순손익액’을 산정함으로써 평가기준일 현재의 주식가치를 보다 정확히 파악하기 위한 것이다. 그런데 구 조세특례제한법 제9조 의 연구 및 인력개발준비금은 장래의 일정한 과세기간까지 사업용 자산의 개체 또는 신규취득이나 연구 및 인력개발 등에 소요될 비용에 충당하기 위하여 설정하는 것으로서, 이를 손금으로 계상한 경우에는 일정한 금액 범위 안에서 실제 지출 여부를 묻지 않고 그 사업연도의 소득금액 계산 시 손금에 산입되었다가 나중에 위 각 규정에서 정한 바에 따라 일정 과세기간에 걸쳐 균등하게 안분하여 환입되거나 일시에 환입되게 된다. 결국, 이러한 준비금은 일정한 정책적 목적을 달성하기 위하여 먼저 설정 사업연도의 소득금액 계산 시 이를 가공의 손금으로 산입하였다가 나중에 환입되는 사업연도에 그 환입액을 가공의 익금으로 산입하는 방법으로 일정 기간 동안 조세부과를 유예해 주기 위한 것에 불과하므로, 그 설정과 환입에 따른 손금이나 익금은 당해 법인의 손익이나 그 주식의 가치에 아무런 영향을 미칠 수 없음이 분명하다. 따라서 이처럼 가공의 익금에 불과한 구 조세특례제한법 제9조 의 준비금 환입액을 각 사업연도 소득에 가산하여 1주당 순손익가치 산정의 기초가 되는 ‘순손익액’을 산정하는 것은 허용되지 않는다고 할 것이다(상증세법 시행령 제56조 제3항 후문은 각 사업연도 소득 계산 시 손금에 산입된 충당금 또는 준비금이 세법의 규정에 따라 일시환입되는 경우에는 당해 금액이 환입될 연도를 기준으로 안분한 금액을 환입될 각 사업연도 소득에 가산하도록 규정하고 있으나, 이는 이 사건에서 문제 되는 구 조세특례제한법 제9조 의 준비금 환입액과는 달리 그 성질이 가공의 익금에 해당하지 아니하는 충당금 또는 준비금이 일시 환입되는 경우의 특례를 정한 것으로 보아야 할 것이다. (대법원 2013. 11. 14. 선고 2011두22280 판결 참조).
• 나) 구체적 판단 이 사건 회사가 2012년에 기술 진전 및 개발을 목적으로 이 사건 준비금 40억 원을 적립하였고, 구 조세특례제한법 제9조 에 따라 이 사건 준비금 전액을 2012 사업연도의 손금에 산입하였으나, 이 사건 준비금을 해당 목적에 사용하지 아니하여 이 사건 준비금 전액을 적립 후 3년이 되는 날이 속한 2015 사업연도의 익금에 산입한 사실, 피고들은 이 사건 주식의 가액을 평가하면서 구 상증세법 시행령 제56조 제4항 후단을 근거로 이 사건 준비금을 1/3로 안분한 금액인 1,333,333,333원을 이 사건 회사의 2015 사업연도 소득에 가산하여 이 사건 주식의 1주당 순손익가치를 산정한 사실은 당사자들 사이에 다툼이 없다. 그런데 이 사건 회사가 위와 같이 이 사건 준비금을 2012 사업연도의 손금에 산입하였다가 그 환입액을 2015 사업연도의 익금에 산입한 것은 일정한 정책적 목적을 달성하기 위하여 가공의 손금 및 익금을 산입한 것으로 서 이 사건 회사의 손익이나 그 주식의 가치에 아무런 영향을 미치지 않는 것이므로, 이 사건 준비금의 환입액을 이 사건 주식의 순손익가치 산정에 반영하여서는 안 된다. 따라서 이 사건 준비금의 환입액을 이 사건 회사의 2015 사업연도 소득에 가산하지 아니하고 평가한 이 사건 주식의 1주당 가액은 53,530원 1) 이므로, 이를 기준으로 산정한 이 사건 주식의 시가는 5,511,769,980원(= 1주당 53,530원 × 102,966주)이다. 원고 ㅇㅇㅇ가 원고 ㅊㅊㅊ에게 이 사건 주식을 위 시가보다 낮은 4,736,436,000원에 양도하였다는 이유로 부과되어야 할 정당 세액은 아래와 같으므로, 이 사건 각 처분 중 이를 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

○ 원고 ㅊㅊㅊ에 대한 증여세: 119,391,663원(가산세 포함) 이 사건 주식의 시가와 양도대가의 차액 775,333,980원(= 5,511,769,980원–4,736,436,000원)에서 3억 원을 뺀 475,333,980원을 증여세 과세가액(구 상증세법 제47조 제1항, 제35조 제1항, 구 상증세법 시행령 제26조 제3항)으로 하고, 위 증여세 과세가액에서 500만 원의 증여재산 공제(구 상증세법 제55조 제1항 제4호)를 한 나머지 470,333,980원을 증여세 과세표준으로 하여 구 상증세법 제56조, 제26조에 따른 세율[1천만 원+(1억 원을 초과하는 금액의 100분의 20)]을 적용하여 산출한 증여세 84,066,796원과 이에 대한 가산세 35,324,867원을 합산한 금액

○ 원고 ㅇㅇㅇ에 대한 양도소득세: 198,428,730원(가산세 포함) 이 사건 주식의 양도소득금액 4,917,522,594원(시가 5,511,769,980원 –취득가액 564,830,000원 –필요경비 29,417,386원)에서 250만 원의 양도소득 기본공제(구 소득세법 제103조 제1항 제2호)를 한 나머지 4,915,022,594원을 양도소득세 과세표준으로 하여 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 (다)목에 따른 세율(100분의 20)을 적용하여 산출한 양도소득세 983,004,518원과 이에 대한 가산세 49,245,412원을 합산한 1,032,249,930원에서 기납부세액 833,821,200원을 공제한 나머지 금액

○ 원고 ㅇㅇㅇ에 대한 증권거래세: 5,154,030원(가산세 포함) 이 사건 주식의 시가 5,511,769,980원을 증권거래세 과세표준으로 하여 구 증권거래세법 제8조 제1항 에 따른 세율(1천분의 5)을 적용하여 산출한 증권거래세 27,558,849원과 이에 대한 가산세 1,277,361원을 합산한 28,836,210원에서 기납부세액 23,682,180원을 공제한 나머지 금액

그렇다면 원고들의 피고들에 대한 청구는 위 각 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 원고들의 피고들에 대한 나머지 청구는 이유 없어 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.