법인세등 부과처분 취소

사 건 2018구합61659 법인세등 부과처분 취소 원고 흥AAAA 피고 BB세무서장 변 론 종 결

2019. 07. 26. 판 결 선 고

2019. 09. 20.

1. 이 사건 소 중 소득금액변동통지처분 취소 청구 부분을 각하한다.

2. 원고의 나머지 청구를 모두 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지

○ 부과처분 부분 피고가 2017. 7. 10.1 원고에 대하여 한 2013 사업연도 0원, 2014 사업연도 0원의 각 법인세(가산세 포함) 및 2013년 1기 0원, 2013년 2기 0원, 2014년 1기 0원, 2014년 2기 0원의 각 부가가치세(가산세 포함) 부과처분을 모두 취소한다.

○ 소득금액변동통지처분 부분 주위적으로, 피고가 2017. 7. 10. 원고에 대하여 소득자를 문OO으로 한 2011년 귀속 0원의 소득금액변동통지처분을 취소하고, 예비적으로 위 소득금액변동 통지처분이 무효임을 확인한다.

• 가. 원고의 지위 원고는 택시여객 자동차 운송업 및 부동산 임대업 등을 목적으로 설립되어 2009. 3. OO. 대표이사인 문OO이 원고 지분의 100%를 취득하여 운영하고 있는 법인이다.
• 나. 이 사건 호텔의 취득 및 매도 과정

1. 원고는 2011. 2. 15. 의정부시에 위치한 지하 3층, 지상 10층 규모의 숙박시설(이하 ‘이 사건 호텔’이라 한다)을 0억 원에 경매로 취득하였다.

2. 원고는 2011. 4. 10. 스OOOOOO건설 주식회사(이하 ‘스OOOOOO건설’이라 한다)와 이 사건 호텔 준공을 위한 마무리 공사도급계약을 OO억 원(부가가치세 별도)에 체결하고, 2011. 7. 15. 및 2011. 8. 19. 2차례에 걸쳐 공급가액 합계 OO억 원의 매입세금계산서(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 수취하여 이를 매입세액 공제받아 2011년 2기 부가가치세를 신고·납부하는 한편, 위 OO억 원을 이 사건 호텔 취득가액에 추가로 계상하였다.

3. 이후 원고는 2014. 8. 18. 이 사건 호텔에 관하여 서OO와 매매대금을 00억 원으로 하여 매매계약을 체결하고, 2014. 9. 30. 소유권이전등기를 마쳐주었으며, 2014 사업연도 소득금액을 계산하면서는 위 OO억 원을 이 사건 호텔의 취득가액으로 하여 유형자산처분이익을 산정하였고, 그에 따라 법인세를 신고·납부하였다.

4. 한편, 원고는 이 사건 호텔을 소유하고 있던 기간 중 아래 표 기재와 같이 제3자들과 임대차계약(이하 각 임대차계약을 특정할 경우 순번에 따라 ‘○번 임대차계약’ 내지는 순번만으로 지칭하며 합하여는 ‘이 사건 임대차계약’이라 한다)을 체결하였다.

• 다. 피고의 처분 등

1. 피고는 2017. 3. 6.부터 2017. 6. 27.까지 원고에 대한 법인세통합조사를 실시한 결과, ① 원고가 수취한 이 사건 세금계산서가 허위의 매입세금계산서에 해당하고, ② 원고가 이 사건 임대차계약에 따른 각 과세기간(사업연도)별 임대수익(월 임대료, 간주임대료, 전기사용료, 이하 ‘이 사건 임대수익’이라 한다)을 신고누락 하였다고 보아 2017. 7. 10. 원고에게 아래 표 기재와 같이 법인세 및 부가가치세를 경정·고지하는 한편, 스OOOOOO건설에 지급된 이 사건 세금계산서상의 금액 AA억 3,000만 원(부가가치세 포함)이 결국 사외유출된 것으로 보고, 이를 대표이사 문OO에 대한 상여로 소득처분을 하면서 위 AA억 3,000만 원(2011년 귀속분)에 대하여 소득금액변동통지(이하 ‘이 사건 소득금액변동통지처분’이라 한다)를 하였다.

2. 원고는 위 1)항 기재 부과처분에 불복하여 2017. 10. 10. 국세청장에게 심사청구를 제기하였는데, 국세청장은 2018. 1. 2. ‘부가가치세 부과처분과 관련하여 2013. 2.경 임대차계약 해지에 따라 반환된 것으로 보이는 ⑤번 임대차계약상의 보증금 0만 원을 간주임대료 산정 시 제외하여 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심사청구는 기각한다’는 내용의 일부인용결정을 하였다.

3. 피고는 2018. 1. 26. 심사청구 결과에 따라 아래 표 기재와 같이 산출한 각 과세기간별 이 사건 임대수익을 반영하여 부가가치세를 경정·고지하였다[이하 아래와 같이 감액경정된 2013년 1기부터 2014년 2기까지의 부가가치세 부과처분 및 위 1)항 기재 각 사업연도 법인세 부과처분을 합하여 ‘이 사건 부과처분’이라 한다]. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 11 내지 16호증, 을 제1, 4, 5, 8 내지 12호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 부과처분의 적법 여부

• 가. 원고 주장의 요지

1. 이 사건 임대수익 관련하여 다음과 같은 이유로 이 사건 부과처분은 위법하다.

• 가) 원고는 이 사건 호텔 신축을 담당하였던 김OO이 소개한 임차인들과 이 사건 임대차계약(⑤번 임대차계약은 제외, 이하 같다)을 체결하였다. 그런데 이 사건 임대차계약에 따라 실제로 임차인들이 이 사건 호텔을 임차하여 사용한 것은 아니며, 이는 단지 이 사건 호텔 매각 과정에서 이 사건 호텔의 가치를 높이기 위해 허위의 외관을 작출한 것에 불과하였다. 실제로 원고는 이 사건 임대차계약에서 정한 보증금 중 3억 원 정도만을 지급받았으며, 월 임대료는 전혀 지급받지도 못하였다. 더욱이 원고는 이 사건 임대차계약의 해지를 임차인들에게 지속적으로 요청하였으며, 실제 그에 따라 이 사건 임대차계약이 전부 해지되었다. 따라서 이와 같은 상황을 고려할 때 원고가 이 사건 임대차계약에 따라 임대용역을 제공하였다고 볼 수 없고, 임차인들로부터 임대료를 징수할 수 있는 권리가 성숙·확정되었다고 볼 수도 없기에 이와 다른 전제에서 이 사건 임대차계약상의 약정된 임대료를 기준으로 하여 이루어진 이 사건 부과처분은 위법하다.
• 나) 피고가 이 사건 임대수익 중 일부로 본 전기사용료는 임차인들이 이 사건호텔을 사용하여 발생한 것이 아니라 원고가 이 사건 호텔을 보유·사용하면서 발생한 것에 불과하다. 따라서 전기사용료가 이 사건 임대수익에 포함된다고 볼 수는 없다.
• 다) 이 사건 임대차계약이 체결됨에 따라 간주임대료를 산정할 필요가 있다고 하더라도, 간주임대료 계산의 근거가 되는 임대차보증금은 원고가 실제로 지급받은 임대차보증금이어야 한다. 그럼에도 불구하고 피고가 이 사건 임대차계약상의 임대차보증금 전액을 기준으로 간주임대료를 산정한 것은 위법하다.

2. 2014 사업연도 법인세 부과처분 관련하여 피고는 2014 사업연도 법인세 부과처분을 하면서 이 사건 세금계산서 수취에 따른 취득가액 과다계상분 OO억 원을 손금불산입하고 이에 대하여 부정과소신고가산세의세율(40%)을 적용하였다. 그러나 원고는 2014 사업연도 법인세를 신고하는 과정에서 2011년도 신고분을 원용하였을 뿐, 사기 그 밖의 부정한 행위를 한 사실이 없다. 따라서 위 손금불산입 부분과 관련하여서는 일반과소신고가산세의 세율(10%)이 적용되어야 하고, 이와 다른 전제에서 이루어진 이 부분 부과처분은 위법하다.

• 나. 판단

1. 이 사건 임대수익 관련 주장에 대한 판단

• 가) 인정사실 아래의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제11 내지 17호증, 을 제8 내지 10호증의 각 기재와 증인 김OO의 증언 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정된다.

(1) 원고와 임차인들은 이 사건 임대차계약을 체결하면서 모두 동일하게 아래와 같은 내용의 임대차계약서(이하 ‘이 사건 임대차계약서’라 한다)를 작성하였다

1. 이 사건 임대수익 관련 주장에 대한 판단

• 가) 인정사실 아래의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제11 내지 17호증, 을 제8 내지 10호증의 각 기재와 증인 김OO의 증언 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정된다.

(1) 원고와 임차인들은 이 사건 임대차계약을 체결하면서 모두 동일하게 아래와 같은 내용의 임대차계약서(이하 ‘이 사건 임대차계약서’라 한다)를 작성하였다.

(2) 원고는 임차인들로부터 이 사건 임대차계약상의 보증금 합계 F억 5,000만원 중 3억 원만 지급받았으며, 이 사건 임대차계약상의 임대료는 지급받지 못하였다.

(3) 이 사건 임대차계약이 체결된 이후 일부 임차인들은 아래와 같은 상호로 사업자등록을 마치고, 부가가치세를 신고하였다.

(4) 원고는 2013. 7.경부터 2014. 7.경까지 사이에 임차인들에게 임대차보증금 내지는 임대료 미납을 원인으로 하여 퇴거를 요청하거나 이 사건 임대차계약의 해지를 통보하는 내용의 내용증명을 발송하였다. 그런데 임차인들은 이 사건 호텔에서 퇴거하지 아니하였고, 원고는 이 사건 호텔을 양도한 후 임차인들로부터 지급받은 임대차보증금 3억 원을 반환하지 않은 채 이를 장부에 잡이익으로 계상하였다.

(5) 한편, 이 사건 호텔의 월 평균 전기사용량은 ① 2012. 1.부터 2012. 11.까지는 5,755kWh, ② 2012. 12.부터 2013. 7.까지는 12,196kWh, ③ 2013. 8.부터 2014. 9.까지는 34,OO0kWh 정도로 확인되며, 원고는 2013. 1.부터 2014. 9.까지 발생한 이 사건 호텔의 전기사용료를 납부하고, 이를 원고의 비용으로 계상하였다.

• 나) 구체적인 판단

(1) 부가가치세의 부과대상인 용역의 공급이란 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화․시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것을 말하는데, 사업자가 부동산임대용역을 공급하고 전세금 또는 임대차보증금을 받는 경우에는 부가가치세법 제29조 제3항 제2호 소정의 금전 이외의 대가를 받는 것으로 보아 정기예금 이자율상당으로 계산한 금액을 과세표준(공급가액)으로 하고(이른바 간주임대료, 부가가치세법 시행령 제65조 제1항), 전세금 또는 임대차보증금과 함께 월 임대료를 받는 경우에는 간주임대료와 월 임대료를 합산한 금액이 부가가치세의 과세표준이 되는 것이다. 이 때 사업자가 임대차보증금과 월 임대료를 받기로 약정하고 부동산임대용역을 공급하였다면 그로 인하여 실질적으로 얻은 이익의 유무에 불구하고 그 용역의 공급에 대하여 당연히 부가가치세를 납부하여야 하는 것이고, 나아가 임대인의 해지통고로 건물 임대차계약이 해지되어 임차인의 점유가 불법점유가 된다고 하더라도 임차인이 건물을 명도하지 아니하고 계속 사용하고 있고 임대인 또한 임대차보증금을 반환하지 아니하고 보유하고 있으면서 향후 월 임대료 상당액을 보증금에서 공제하는 관계에 있다면, 이는 부가가치세의 과세대상인 용역의 공급에 해당한다고 할 것이며(대법원 1995. 7. 14. 선고 95누4018 판결, 대법원 2002. 11. 22. 선고 2002다38828 판결 등 참조), 대가를 받기로 하고 타인에게 용역을 공급한 이상 실제로 그 대가를 받았는지 여부는 부가가치세 납부의무의 성립 여부를 결정하는데 아무런 영향을 미칠 수 없다(대법원 1995. 11. 29. 선고 94누11446 판결, 대법원 2003. 11. 28. 선고 2002두8534 판결 등 참조). 이러한 점에 비추어 보면, 부동산임대용역의 대가에 해당하는 간주임대료 계산의 근거가 되는 임대차보증금은 실제로 그 금액을 지급받았는지의 여부에 상관없이 약정상 받기로 한 금액을 가리킨다고 할 것이다(대법원1995. 7. 14. 선고 95누4018 판결, 대법원 2002. 11. 8. 선고 2002두6095 판결 등 참조). 한편, 권리확정주의란 소득의 원인이 되는 권리의 확정시기와 소득의 실현시기와의 사이에 시간적 간격이 있는 경우에는 과세상 소득이 실현된 때가 아닌 권리가 발생한 때를 기준으로 하여 그 때 소득이 있는 것으로 보고 당해연도의 소득을 산정하는 방식으로, 실질적으로는 불확실한 소득에 대하여 장래 그것이 실현될 것을 전제로 하여 미리 과세하는 것을 허용하는 것으로 납세자의 자의에 의하여 과세연도의 소득이 좌우되는 것을 방지하고자 하는 데 그 의의가 있는 것이며, 이와 같은 과세대상 소득이 발생하였다고 하기 위하여는 소득이 현실적으로 실현되었을 것까지는 필요 없다고 하더라도 소득이 발생할 권리가 그 실현의 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙, 확정되어야 하고, 따라서 그 권리가 이런 정도에 이르지 아니하고 단지 성립한 것에 불과한 단계로서는 소득의 발생이 있다고 할 수 없으며, 여기서 소득이 발생할 권리가 성숙, 확정되었는지 여부는 일률적으로 말할 수 없고 개개의 구체적인 권리의 성질과내용 및 법률상․사실상의 여러 사항을 종합적으로 고려하여 결정하여야 한다(대법원1984. 3. 13. 선고 83누720 판결, 대법원 1987. 11. 24. 선고 87누828 판결, 대법원 1997. 4. 8. 선고 96누2200 판결 등 참조).

(2) 위와 같은 법리에 비추어 앞서 인정한 사실에 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 점들을 종합하면, 이 사건 임대차계약에 따른 임차인들의 이 사건 호텔의 사용·수익 행위는 원고가 이 사건 호텔을 양도할 무렵까지 유지되었다고 보이므로, 원고는 이 사건 부과처분의 전제가 되는 과세기간(사업기간) 동안 임대용역을 제공한 것이며, 그에 따라 임차인들로부터 임대료를 징수할 수 있는 권리 역시 성숙·확정되었다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 임대차계약상의 보증금을 기준으로 간주임대료를 산정하고, 월 임대료 및 전기사용료를 임대수익으로 보아 이 사건 임대수익을 부가가치세의 과세표준에 포함하고, 법인세의 익금으로 산입하여 이루어진 이 사건 부과처분은 모두 적법하다. 이에 어긋나는 원고의 주장은 이유 없다.

① 이 사건 임대차계약이 체결된 이후 원고는 임차인들에게 이 사건 호텔 임대 부분을 인도하였고, 임차인들은 임대 부분에 대한 인테리어 공사 등을 실시하며 영업활동을 준비해 왔던 것으로 보인다. 실제 앞서 살펴본 바와 같이 임차인들 중 일부는 사업자등록을 하고, 임대차기간 중 부가가치세를 신고하기도 하였다. 즉, 이 사건 임대차계약을 통해 원고가 임차인들에게 이 사건 호텔 임대 부분을 실제로 사용·수익할 수있게 한 이상 이는 임대용역 제공 행위로 평가되기에 충분하다. 이 경우 원고가 임차인들로부터 이 사건 임대차계약상의 월 임대료를 지급받을 권리 역시 성숙·확정되었다고 봄이 타당하다.

② 원고는 이 사건 임대차계약이 결국 이 사건 호텔 양도 시점 이전에 모두 해지되었다는 취지로 주장하나, 원고가 임차인들에게 임대차보증금 미납 등을 이유로 이 사건 임대차계약을 해지한다는 내용의 내용증명을 보낸 사실만으로 이 사건 임대차 계약이 해지되었다고 볼 수는 없다. 설령 이 사건 임대차계약이 해지되었다고 하더라도, 임차인들이 해당 임대 부분을 인도하지 아니한 채 계속 사용하고 있었고, 원고 또한 임대차보증금 명목으로 수령한 금원을 반환하지 아니한 채 이를 보유하고 있었으므로, 여전히 임대 부분에 대한 사용·수익 관계는 유지된 상태였다고 보이며, 이 역시 부가가치 세법상 ‘용역의 공급’에 해당하고 그로 인하여 원고에게 부가가치세의 납부의무가 성립한다고 할 것이다.

③ 임대인이 임대차보증금에서 연체된 월 차임 상당액을 매월 공제 충당하기로 한 경우에는 연체된 월 차임이 순차 공제되고 남은 금액만을 간주임대료 계산의기초로 삼을 수는 있으나(대법원 1995. 7. 14. 선고 95누4018 판결 참조), 이 사건 임대차계약서 어디에도 원고가 임대차보증금에서 연체된 월 차임 상당액을 매월 공제 충당하기로 약정하는 내용을 확인할 수 없으며, 단지 임대차보증금반환 시 채무 등을 공제하기로 하는 내용만이 확인된다. 따라서 앞서 본 법리에 비추어 보면, 이 사건 임대차계약상의 보증금 합계 F억 5,000만 원이 간주임대료 계산의 근거가 되는 임대차보증금에 해당한다고 봄이 합리적이다.

④ 위 인정사실에서 본 바와 같이 이 사건 임대차계약이 체결될 무렵부터 이 사건 호텔의 월 전기사용량은 2배 이상 증가하였고, 실제 임차인들이 사업 활동을 영위했던 것으로 보이는 기간인 2013. 8.부터 2014. 9.까지는 약 6배 정도 증가하였는데, 이와 같은 전기사용량의 증가는 임차인들이 이 사건 호텔을 사용하였기 때문이라고 보인다. 그런데 이 사건 임대차계약서 제3조에는 전기요금 등 관리비를 임차인이 부담하도록 하는 내용이 포함되어 있으므로, 비록 원고가 2013. 1.부터 2014. 9.까지 발생한 이 사건 호텔의 전기사용료를 납부하였다고 하더라도 이는 임차인들이 부담할 관리비 등을 대납한 것에 불과하다. 따라서 전기사용료 역시 임대용역의 공급에 대한 대가로서 부가가치세 과세표준에 포함되어야 하며, 원고가 위 금원을 비용으로 계상하였기에 그에 대응하여 이를 원고의 임대수익으로 익금산입할 필요가 있다.

2. 2014 사업연도 법인세 부과처분 관련 주장에 대한 판단

• 가) 구 국세기본법(2014. 12. OO. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제47조의3 제2항 제1호의 가목은 부정행위로 법인세의 과세표준을 과소신고한 경우, 부정행위로 인한 과소신고분 과세표준(부정과소신고과세표준)이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 40에 상당하는 금액(부정과소신고가산세액)을 가산세로 한다고 규정하고 있고, 구 국세기본법 시행령(2019. 2. 12.대통령령 제29534호로 개정되기 전의 것) 제12조의2 제1항은 ‘사기나 그 밖의 부정한행위(부정행위)’란 조세범 처벌법 제3조 제6항 각호의 어느 하나에 해당하는 행위를 말한다고 규정하고 있으며, 조세범 처벌법 제3조 제6항 은 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장(1호), 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취(2호), 그 밖에 위계에 의한 행위 또는 부정한 행위(7호) 등을 각 규정하고 있다.
• 나) 그런데 앞서 처분의 경위에서 본 바와 같이 원고는 2014 사업연도 소득금액을 계산하면서 사실과 다른 이 사건 세금계산서를 바탕으로 하여 이 사건 호텔의 취득가액을 과다계상하고, 그에 따라 유형자산처분이익을 산정하였으며, 그 결과 K원 상당의 법인세포탈까지 이루어졌다(을 제2호증 참조). 이는 원고 주장의 2011년도 법인세 및 부가가치세 신고 과정에서 이 사건 세금계산서 수취와 관련하여 원고가 저지른 구 국세기본법 제47조의3 제2항 제1호 가목의 부정행위와는 별도로 구분되는 부정행위에 해당한다.
• 다) 따라서 이에 대하여 부정과소신고가산세의 세율(40%)을 적용한 이 부분 처분은 적법하고, 원고의 주장은 이유 없다.

4. 이 사건 소득금액변동통지처분 부분에 관한 판단

• 가. 이 사건 소득금액변동통지처분 취소 청구 부분에 관한 판단(주위적 청구)

1. 당사자들 주장의 요지

• 가) 원고 주장의 요지 피고가 사외유출된 것으로 보아 대표이사인 문OO에 대한 상여로 소득처분한 AA억 3,000만 원은 당초부터 문OO의 개인 자금이 원고를 통하여 스OOOOOO건설에 지급되었다가 다시 문OO에게 지급된 것에 불과하다. 따라서 실제로는 원고의 금원이 사외유출된 것이 아니므로, 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 소득금액변동통지처분은 위법하여 취소되어야 한다.
• 나) 피고의 본안 전 항변 원고가 이 사건 소득금액변동통지처분에 대해 전심절차를 거치지 않았으므로, 이 부분 소는 부적법하다.

2. 판단

• 가) 구 국세기본법 제56조 제2항 에 의하면, 세법에 따른 처분에 대한 행정소송은 국세기본법에 의한 심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 거치지 아니하면 제기할 수 없다.
• 나) 그런데 원고가 피고의 이 사건 소득금액변동통지처분에 관하여 국세기본법에 의한 심사청구 또는 심판청구 등을 거쳤음을 인정할 증거가 없으므로, 결국 피고의 본안 전 항변은 이유 있고, 이 사건 소 중 이 사건 소득금액변동통지처분 취소 청구부분은 전심절차를 거치지 아니하여 부적법하다.
• 나. 이 사건 소득금액변동통지처분 무효 확인 청구 부분에 관한 판단(예비적 청구)

1. 원고 주장의 요지 원고가 사실과 다른 이 사건 세금계산서를 수취한 것을 두고, 원고의 대표이사인 문OO이 장차 은닉된 소득이 사외유출되어 상여처분을 받을 것까지 모두 예상하여 그로 인해 부과될 소득세를 포탈하기 위하여 이를 행한 것으로 보기는 어렵고, 달리 이를 인정할 만한 객관적인 증거도 없다. 따라서 원고의 대표이사인 문OO에 대한 2011년 귀속 소득세에 대한 부과제척기간은 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호 에 의하여 5년이 적용되어야 한다. 그런데 문OO의 2011년 귀속 소득세의 부과제척기간은 이 사건 소득금액변동통지처분일인 2017. 7. 10. 이전에 이미 완료되었으므로, 원천납세의무자의 소득세 납세의무가 소멸된 이후에 이루어진 이 사건 소득금액변동통지처분은 위법하며, 이는 중대·명백한 하자에 해당하여 무효이다.

2. 판단

• 가) 법인세법의 규정에 따라 법인의 대표자에 대한 상여로 소득처분되는 금액은당해 법인이 소득금액변동통지서를 받은 날에 그 소득금액을 지급한 것으로 보게 되는데, 이는 그 소득금액을 현실적으로 대표자에게 지급하는 것을 의미하는 것이 아니라법으로써 의제하는 것에 불과하므로, 위와 같은 소득금액변동통지서를 받은 법인의 원천징수의무가 성립하려면 그 성립시기인 위 소득금액변동통지서를 받은 때에 소득금액을 지급받은 것으로 보아야 할 원천납세의무자의 소득세 납세의무가 성립되어 있어야 하며, 원천납세의무자의 소득세 납세의무가 그 소득세에 대한 부과제척기간의 도과 등으로 이미 소멸하였다면 법인의 원천징수의무도 성립할 수 없다(대법원 1989. 3. 14. 선고 85누451 판결, 대법원 1992. 9. 22. 선고 91다40931 판결 참조).
• 나) 그런데 구 국세기본법(2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정되기 전의 것)은제26조의2 제1항 제1호에서 국세의 부과제척기간에 관하여 ‘납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간’이라고만 규정하고 있다가, 국세기본법이 2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정되면서 ‘이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 법인세법 제67조 에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간으로 한다’는 내용이 추가 되었고, 그 부칙 제2조는 ‘제26조의2 제1항 제1호 후단의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 최초로 법인세법 제67조 에 따라 처분하는 금액부터 적용한다’고 규정하고 있다.
• 다) 을 제2호증의 기재에 의하면, 원고의 대표이사인 문OO이 2017. 7. 19. 피고로부터 ‘원고가 사실과 다른 이 사건 세금계산서를 수취하여 이 사건 호텔 취득가액을 과다계상한 후, 이 사건 호텔 양도 시 유형자산처분이익을 과소신고하여 법인세 K원을 포탈하였다’는 범칙사항으로 조세범 처벌법 제3조, 조세범 처벌절차법 제15조 에 따라 벌금 2억 3,000만 원을 부과하는 내용의 통고처분을 받고, 2017. 10. 31. 이를 납부한 사실이 인정된다. 위와 같은 사실에 의하면, 원고가 사실과 다른 이 사건 세금계산서를 수취한 행위는 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 의 사기나 그 밖의 부정한행위에 해당함이 명백하다.
• 라) 따라서 이 사건 소득금액변동통지처분에 따른 원고의 대표이사인 문OO의 2011년 귀속 소득세 납세의무는 개정규정의 시행일인 2012. 1. 1. 당시 개정 전 규정에 의한 부과제척기간 5년이 만료되기 전이었으므로 피고가 원고의 법인세가 부정행위로 포탈된 것으로 보아 이 사건 소득금액변동통지처분을 함에 있어 개정규정에 따라 10년의 부과제척기간을 적용한 것은 이른바 ‘부진정소급입법’의 적용에 해당하여 허용된다고 봄이 원칙이다. 달리 이 사건 소득금액변동통지처분이 신뢰보호의 원칙에 반하여 개정 규정의 적용을 제한하여야 할 특별한 사정이 있는 경우에 해당한다고 볼 자료도 없다.
• 마) 결국 이와 다른 전제에서 하는 원고의 주장은 이유 없다.

이 사건 소 중 이 사건 소득금액변동통지처분 취소 청구 부분은 부적법하므로 각하하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.