매출누락으로 법인세 등 수정신고 후 매출누락액 사내유보 및 대응경비 확인되지 않아 법인세 등 경정거부처분은 적법함

사 건 종합소득세 및 법인세 부과처분취소 원 고 금0암000 피 고 00세무서장 변 론 종 결

2019. 07. 11 판 결 선 고

2018. 08. 20

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 201x. x. 1. 원고에 대하여 한 원고에 대하여 한 법인세, 근로소득세 경정청구 거부처분을 모두 취소한다.

• 가. 원고는 진열대·행거 등의 제조·판매업 등을 영위하는 법인으로, 대표이사는 이00 이다.
• 나. 원고는 201x. x. 20. 이00의 자(子) 이xx 명의의 개인사업용 계좌에 입금된xxx,xxx,xxx원을 매출누락금액(이하 ‘이 사건 누락액’이라 한다)으로 계상하면서 이 사건 누락액을 대표이사인 이00에 대한 상여로 보아 법인세 합계 xx,xxx,xxx원, 부가가치세 합계 xxx,xxx,xxx원, 원천징수분 근로소득세 합계 xxx,xxx,xxx원을 수정신고 하였다. 이후 원고가 위 세액을 납부하지 않아 피고는 201x. x. 7. 위 세액 상당액을 경정·고지하였다.
• 다. 원고는 201x. x. 5. 피고에 대하여 이 사건 누락액에 대하여 대응원가가 누락되었고, 부당과소신고가산세를 적용한 것은 위법하다는 이유 등으로 경정청구를 하였다가, 201x년 제1기 부가가치세에 대한 경정청구는 청구기간의 도과를 이유로 취하하였고, 피고는 201x. x. 21. 원고의 나머지 경정청구를 모두 거부하였다(이하 ‘이 사건 종전 처분’이라 한다).
• 라. 원고는 이 사건 종전 처분에 불복하여 201x. x. 23. 국세청장에 심사청구를 하였고, 국세청장은 201x. x. 23. 이 사건 종전 처분 중 부당과소신고가산세를 적용한 부분은 인용하고, 나머지 부분은 기각하였다. 이에 따라 원고의 201x년 내지 201x년 귀속 법인세 가산세 합계 xx,xxx,xxx원 및 201x년 제x기 내지 201x년 제2기 부가가치세 가산세 합계 xx,xxx,xxx원이 감액·경정되었다.
• 마. 과세기간별 이 사건 누락액, 경정청구 금액 및 감액경정 내역 등은 아래 [표 1] 내지 [표 3] 기재와 같다. [표 1] 매출누락액 및 법인세 수정신고·경정청구·감액경정 내역 [표 2] 부가가치세 수정신고·경정청구 및 감액경정 내역 [표 3] 상여처분으로 인한 원천징수분 근로소득세 수정신고 및 경정청구 내역 [인정근거] 다툼 없는 사실, 을 제1 내지 5호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 아래와 같은 이유로 이 사건 종전 처분에서 감액·경정되고 남은 부분 중 법인세 및 원천징수분 근로소득세 부분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)은 위법하다.

1. 이 사건 누락액의 사외유출 관련 이 사건 누락액 전액은 원고의 보통예금 또는 당좌예금 계좌에 입금되어 원자재 구입,회사운영 경비 등으로 사용되었으므로, 사외로 유출된 사실이 없다. 201x 내지 201x 사업연도에 가수금이 이00에 대하여 지출되기는 하였으나 이는 현금의 과부족을 회계상 해결하기 위하여 이루어진 것에 불과하다.

2. 이 사건 누락액과 대응되는 부외원가 관련 이 사건 누락액은 거래처 지급액 내지 원고의 운영자금으로 사용된 것으로 손금산입하는 것이 타당하고, 구체적으로 사용명세가 확실하지 못한 금액이 있으나 단순경비율을 적용하여 매출누락액에 대응되는 비용을 손금으로 산입하는 것이 타당하다.

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 인정사실

1. 원고는 200x. x. 26. ‘서울 O구 OOO가 2**-2’에서 진열대 및 행거 제조 및 판매업을 사업목적으로 설립된 법인으로 이00은 2008. 2. 18.경 원고의 대표이사로 취임하였다.

2. 이00의 자인 이xx은 2008. 11. 6. 위와 같은 주소에 원고와 동일한 상호로 진열대 소매업에 관한 사업자등록을 신고하였고, 원고가 2015. 1. 27.경 ‘서울 O구 OOO **8, 1층 101호’로 사업장을 이전하자 이후 위 주소지로 개인사업장을 이전하였다.

3. 한편, 피고는 원고의 대표이사인 이00이 이xx 명의의 제일은행 계좌를 차명계좌로 이용한 혐의가 있음을 확인하고 원고에게 ‘차명계좌에 대한 소명 안내’를 하자 원고는 201x년 내지 201x년 기간 중 이00의 계좌에 입금된 약 x,xxx,xxx,xxx원 중 xxx,xxx,xxx원이 매출누락액임을 인정하고 201x. x. 20. 매출누락액 상당액만큼 과세표준을 증액하여 법인세 및 부가가치세를 각 수정신고하였고, 매출누락액 합계액이 전액 사외유출 되었음을 전제로 대표자 이00에 대한 상여로 하여 원천징수분 근로소득세를 수정신고하였다.

4. 원고가 매출누락액으로 인정한 xxx,xxx,xxx원은 원고의 보통예금계좌 및 당좌예금계좌로 입금되었다.

5. 원고의 가지급금계정 및 가수금계정의 기초잔액, 기말잔액 등은 아래 표 기재와 같다.

6. 가수금이 각 사업연도 말에 일시반제된 내역은 아래와 같다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 을 제1 내지 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 라. 판단

1. 이 사건 누락액의 사외유출 관련

• 가) 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제66조 제2항은 ‘납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다’고 규정하면서 제1호에서 ‘신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우’를 들고 있고, 제67조는 ‘제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여ㆍ배당ㆍ기타사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다’고 규정하고 있으며, 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조 제1항은 ‘법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리 내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다’라고 규정하면서 제1호에서 ‘익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다’고 규정하고 있다. 한편, 법인이 매출사실이 있음에도 불구하고 그 매출액을 장부에 기재하지 아니한 경우에는 특별한 사정이 없는 한 원료매입비 등 원가상당액을 포함한 매출누락액 전액이 사외로 유출된 것으로 보아야 하고, 이 경우 그 매출누락액이 사외로 유출된 것이 아니라고 볼 특별사정은 이를 주장하는 법인이 입증하여야 한다(대법원 2002. 12. 6. 선고 2001두2560 판결 등 참조).
• 나) 위와 같은 법리에다가 위 인정사실, 갑 제3호증, 을 제7호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 아래의 사정에 비추어 보면, 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 누락액이 사외유출되지 않았다고 보기 어려우므로 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

① 이 사건 누락액에 관하여 원고는 매출사실이 있음에도 불구하고 같은 주소지에서 동종 사업을 영위하는 대표이사 이00의 아들인 이xx 명의의 차명계좌를 이용하는 방법으로 이 사건 누락액을 장부에 기장하지 아니하였다.

② 원고의 보통예금원장(갑 제3호증) 및 당좌예금원장(갑 제4호증)에 따르면, 원고의 보통예금계좌나 당좌예금계좌에 입금된 금원이 원고의 대표이사인 이00의 계좌에 입금되거나 현금으로 출금되기도 하였고, 원고의 가수금계정별원장(을 제7호증)에 따르면, 상당한 가수금의 입금과 반제가 지속적으로 이루어졌는바, 이 사건 누락액이 원고의 대표이사에게 귀속되었을 가능성을 배제하기도 어렵다.

2. 이 사건 누락액과 대응되는 부외원가 관련

• 가) 구 법인세법 제66조 제2항 은 ‘납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다’고 규정하면서 제1호에서 ‘신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우’를 들고 있고, 제3항은 ‘납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계할 수 있다’고 규정하며, 구 법인세법 시행령 제104조 제1항 은 ‘법 제66조 제3항 단서에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다’고 규정하면서 제1호에서 ‘소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우’, 제2호에서 ‘기장의 내용이 시설규모, 종업원수, 원자재·상품·제품 또는 각종 요금의 시가 등에 비추어 허위임이 명백한 경우’, 제3호에서 ‘기장의 내용이 원자재사용량·전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우’를 각 규정하고 있다. 한편, 매출납세의무자가 법인세의 과세표준 등 신고에 있어 신고누락한 매출액 등의 수입이 발견되면 과세청으로서는 그 누락된 수입을 익금에 산입할 수 있고 만약 납세의무자가 과세표준 등 신고에 있어 익금에 산입될 수입의 신고만을 누락한 것이 아니라 손금에 산입될 비용에 관하여도 신고를 누락한 사실이 있는 경우에는 그와 같이 비용을 신고누락하였다는 사실에 관하여는 그 비용의 손금산입을 주장하는 자의 입증에의해 비용의 존재와 비용액을 가려야 할 것이며, 그와 같은 입증이 없는 이상 사실상그와 같은 별도비용은 없다고 할 수 있을 것이고, 이 경우 총손금의 결정방법과는 달리 그 수입누락 부분에 대응하는 손금만을 실지조사가 아닌 추계조사방법에 의하여 산출·공제할 수는 없다(대법원 1999. 11. 12. 선고 99두4556 판결 등 참조).
• 나) 위와 같은 법리에다가 위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 아래의 사정에 비추어 보면, 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 누락액에 대응하는 부외원가를 인정할 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

① 원고는 이 사건 누락액에 대응하는 사용명세가 확실하지 못한 비용도 지출되었으므로, 단순경비율을 적용하여 누락된 원가를 인정하여야 한다는 취지로 주장한다. 그러나 원고의 위 주장은 단일한 과세목적물에 대하여 실지조사와 추계조사를 혼합하여 과세표준액을 정해달라는 것으로 법인세법 등 관계법령에 의하여 허용될 수 없다.

② 원고가 이 사건 누락액의 부외원가에 대응하는 거래처, 지급금액, 지급방법, 지급시기 등도 구체적으로 특정하고 있지 못한 점 등에 비추어 보면, 이 사건 누락액에 대응하는 부외원가의 존재가 증명되었다고 보기도 어렵다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.