2. 이 사건 처분의 적법 여부
- 가. 이 사건의 쟁점 신주발행형 주식매수선택권의 행사차익 상당액이 인건비로서 그 부여법인의 2011, 2012사업연도 손금에 해당하는지 여부
- 나. 관련 법령 별지 기재와 같다.
- 다. 판단 1) 구 법인세법(2017. 12. 19. 법률 제15222호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제19조 제1, 2항은 손금을 ‘자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액’으로, 손비를 ‘이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것’으로 규정하면서, 제4항에서 그 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 하고 있으며, 구 법인세법 시행령(2013. 6. 11. 대통령령 제24575호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제19조 제3호는 ‘인건비’를 손비의 하나로 규정하고 있다. 한편, 상법 제340조의2 는 ‘회사는 정관으로 정하는 바에 따라 제434조의 주주총회의 결의로 회사의 설립․경영 및 기술혁신 등에 기여하거나 기여할 수 있는 회사의 임직원에게 미리 정한 가액(이하 ’주식매수선택권의 행사가액‘이라 한다)으로 신주를 인수할 권리(① ’신주발행형 주식매수선택권‘이라 한다) 또는 자기의 주식을 매수 할 수 있는 권리(② ’자기주식교부형 주식매수선택권‘이라 한다)를 부여할 수 있다. 다만 주식매수선택권의 행사가액이 주식의 실질가액보다 낮은 경우에 회사는 그 차액을 금전으로 지급하거나 그 차액에 상당하는 자기의 주식을 양도할 수 있다(③ ’차액보상형 주식매수선택권‘이라 한다).’고 규정하고 있다. 2) 위 각 규정의 내용과 취지에 비추어 보면, 다음과 같은 이유로 신주발행형 주식매수선택권의 행사차익 상당액은 그 부여법인의 2011, 2012사업연도 손금에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 처분은 적법하다. 가) 신주발행형 주식매수선택권 행사 시 부여법인에 있어서는 주식매수선택권의 행사가액만큼 자본이 증가할 뿐 순자산의 감소가 없다. 반면에 자기주식교부형 주식매수선택권과 차액보상형 주식매수선택권의 경우에는 자기주식과 보상차액만큼 순자산의 감소가 있다(대법원 2015. 11. 17. 선고 2012두3491 판결 사안에서는 모회사가 자회사의 임직원에게 한 차액보상을 자회사가 현금으로 보전해준 것이어서 그 보전비용만큼의 순자산의 감소가 있다. 또한 대법원 2009. 5. 29. 선고 2007도4949 전원합의체 판결은 제3자 배정 신주발행의 경우 회사법상 공정한 발행가액과 실제 발행가액의 차액만큼 회사가 업무상배임죄에서 말하는 손해를 본 것으로 볼 수 있다는 것일 뿐, 이러한 소극적 손해를 순자산 감소로 보아 손금산입 할 수 있다는 취지가 아니고, 애초에 임직원들에게 약정한 행사가액 이상으로 신주를 발행할 수 없는 신주발행형 주식매수선택권의 경우에 원용할만한 사안도 아니다). 이에 대해서 원고는 신주발행형 주식매수선택권의 경우 신주를 제3자에게 시가로 발행한 경우와 비교하여 그 차액만큼 순자산의 감소가 있다거나, 신주를 임직원에게 시가로 발행한 후 임직원에게 차액을 지급한 것과 동일하게 볼 수 있어 차액보상형 주식매수선택권의 경우와 마찬가지로 그 차액만큼 손금으로 인정해야 한다는 취지로 주장한다. 그러나 신주발행형 주식매수선택권 부여는 차액보상형 주식매수선택권 부여와는 거래형태, 법률적․경제적 효과가 다르며, 원고가 이러한 차이를 인식하고 일정한 경제적 목적을 달성하기 위하여 신주발행형 주식매수선택권을 부여한 이상 그대로의 유․불리를 감수하여야 할 것인바, 납세의무자인 원고에게 유리하다는 이유로 가정적․의제적으로 거래행위의 내용을 사후 재구성하거나 신주발행형 주식매수선택권의 부여와는 전혀 다른 법률관계인 제3자 배정 신주발행의 경우를 비교, 적용하는 등으로 그 결과를 번복하는 것은 실질과세의 범위를 넘어서는 것으로서 원칙적으로 허용되지 않으므로, 위 주장은 받아들이기 어렵다. 나) 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것) 제20조 제3항, 구 소득세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24356호로 개정되기 전의 것) 제38조 제1항 제17호가 신주발행형 주식매수선택권의 경우 그 행사차익을 임직원의 근로소득으로 보아 과세하고, 원고도 임직원들의 행사차익만큼 근로소득세를 원천징수하여 납부하였더라도, 이는 과세대상 열거주의를 택하고 있는 소득세법령에 따른 것일뿐이고, 결과적으로 근로소득만 인정하고 그에 대응하는 법인의 비용을 부인하는 셈이 된다고 하여 원고에게 신주발행형 주식매수선택권 부여와 관련한 순자산의 감소가 없음에도 당연히 임직원들의 근로소득으로 인정된 금액만큼 이를 손금으로 보아야 한다고 할 수 없다. 다)
2018. 2. 13. 대통령령 제28640호로 개정된 법인세법 시행령 제19조 제19호 의2 가목 2)는 손금산입 되는 손비에 ‘신주발행형 주식매수선택권에서 그 신주의 실제 매수가액과 시가의 차액’을 추가하는 규정을 신설하였으나, 그 부칙 제2조에 의하면 위 신설규정은 2018. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도분부터 적용한다고 규정하고 있는 바, 위 신설규정을 이 사건에 소급적용할 수 없고, 위 신설규정은 벤처기업 등의 우수 인력 유치를 지원하고, 다른 형태의 주식매수선택권(같은 목 1)에서 함께 규정)과의 균형을 위하여 조세정책적 목적에서 특별히 규정된 것으로 보이므로, 신주발행형 주식매수선택권의 행사차익 상당액이 손금임을 확인한 규정에 불과한 것으로 볼 수 없다.