비영리법인 부가금의 수익사업 손금 해당 여부

사 건 2018구합54194 법인세 경정거부처분 취소 원 고 사단법인 ○○공제회 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2020. 08. 21. 판 결 선 고

2020. 12. 18.

를 기각한다.

비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2017. 5. 30. 원고에 대하여 한 2011 사업연도 법인세 1,202,289,111원의 경정 거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 경찰공제회법에 따라 설립되어 경찰공무원에 대한 효율적인 공제제도를 확립·운영함으로써 이들의 생활안정과 복지 증진을 도모하고 경찰의 발전에 이바지함을 목적으로 하는 비영리내국법인(이하 ‘비영리법인’이라 한다)이다.
• 나. 원고는 회원들로부터 매월 일정 금액(이하 ‘부담금’이라 한다)을 납입 받아 이를 재원으로 주식, 채권, 부동산 등에 투자하거나 경찰병원 장례식장 운영 등 각종 수익사업을 하고, 회원에게 퇴직, 면직 등의 사유가 발생한 경우 회원들이 납부한 부담금 원금에 원고의 정관에서 정한 지급 기준에 따른 비율의 금액(이하 ‘부가금’이라 한다)을 합한 금액을 퇴직·해약급여(이하 ‘이 사건 퇴직급여’라 한다)로 지급하고 있다.
• 다. 원고는 2011 사업연도 법인세 신고를 하면서, 원고가 회원들에게 지급하였거나 지급할 의무가 있는 부가금 및 그 밖의 비용 등을 기업회계기준에 따라 산정한 지급준비금인 69,206,144,638원 중 52,573,522,221원을 고유목적사업준비금으로 계상하여 손금산입하고, 손금산입한도를 초과하는 16,632,622,417원은 손금불산입하였으며, 그에따라 위 사업연도 소득금액을 5,574,041,418원으로 산정하고 산출세액을1,202,289,111원으로 계산하여 법인세를 신고․납부하였다.
• 라. 원고는 피고에게 위와 같이 2011 사업연도에 적립한 지급준비금 69,206,144,638원 전부가 수익사업의 수익에 대응하는 비용으로 수익사업 소득 산정 시 직접 손금에 산입되어야 함을 이유로 다음과 같이 고유목적사업준비금조정명세서 및 소득금액조정합계표를 수정하였다.
• 마. 원고는 2017. 3. 31. 아래 표 기재와 같이 69,206,144,638원 전부를 손금에 산입하였을 경우의 세액보다 과다 납부한 2011 사업연도 법인세 1,202,289,111원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였으나, 피고는 2017. 5. 30. 원고의 위 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

별지 기재와 같다.

• 가. 원고 주장의 요지

1. 주위적으로, 원고가 회원들로부터 납입 받은 부담금을 재원으로 운영한 수익사업에서 얻은 소득에 대하여 법인세를 과세하는 이상 회원들에게 지급되는 부가금은 부담금 납입에 대한 대가로서 지급되는 이자비용에 해당하여 손금으로 산입되어야 하고, 부가금이 원고의 고유목적사업으로 정한 퇴직급여로서 지급되는 것이라고 하더라도 원고가 지급하여야 하는 부가금은 부담금의 운용수익에 대응하는 비용으로서 부담금 운용수익과 수익․비용 대응의 관계에 있다고 할 것이므로, 수익사업의 손금에 해당한다.

2. 예비적으로, 구 법인세법 시행령(2012. 1. 25. 대통령령 제23527호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)이 정한 수익사업에서 제외되는 급여사업은 미리 약정한 사고의 발생에 대하여 공제금을 지급하는 사업으로서 보험적 성격의 사업인 공제업의 일종이라고 보아야 하는데, 원고가 부가금의 지급과 관련하여 영위한 사업은 납부한 금원에 정해진 이자를 가산하여 돌려주는 금융상품에 불과하므로 구 법인세법령상의 급여사업에 해당하지 아니하고, 따라서 그 부가금은 원고의 고유목적사업으로 정한 이 사건 퇴직급여 사업의 지출이 아닌 수익사업의 지출에 해당하여 수익사업의 손금으로 산입되어야 한다. 그렇지 않더라도 피고의 주장처럼 부가금이 비수익사업인 급여사업의 비용에 해당하여 수익사업의 손금에서 제외되어야 한다면 부담금의 운용수익 또한 수익사업이 아니라 원고의 고유목적사업인 기금조성사업의 수익에 해당한다고 보아야 하므로, 법인세 과세대상에서 제외되어야 한다.

• 나. 인정사실 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지를 종합하면 다음과 같은 사실이 인정된다.

1. 원고의 사업에 관한 정관의 내용은 아래와 같다.

2. 원고의 정관 제27조 제1호에서 목적사업으로 규정하고 있는 이 사건 퇴직급여의 경우, 국가경찰공무원 등과 같이 원고의 회원으로 가입할 수 있는 자가 원고의 정관 및 경찰공제급여규정(이하 ‘급여규정’이라 한다)에서 정한 가입절차에 따라 가입신청을 하고 부담금을 납입함으로써 회원이 되고, 회원은 60구좌 이내에서 원하는 구좌수를 선택하여 1구좌당 매월 5,000원의 부담금을 납입하여야 하며, 회원이 퇴직을 하면 그 동안 납부한 부담금에 부가금을 가산한 급여금을 지급받고, 회원이 퇴직, 사망 이외의 해약(탈퇴) 등의 사유로 자격을 상실하는 경우에는 그 동안 납부한 부담금에 정관 등에서 정한 중도탈퇴자 지급율을 적용한 부가금을 가산한 급여금을 지급받게 된다[위 각 급여금은 회원들이 납입한 부담금과 그 부담금을 납입한 시점에 따라 연14.5% ~ 연 7%의 이율(복리)을 적용하여 산출한 금액(부가금)을 합산한 금액으로, 위 이율 산정의 기준이 되는 원고 정관 별표 2의 가-1.부터 가-5.는 부담금 납입 시점에 따라 달라지는 퇴직급여금 지급율을 경과년수에 따른 배율로 산정한 것이고, 급여규정 별표 1의 가.는 1구좌(5,000원)를 기준으로 경과년수 및 경과월수에 따른 배율을 산정한 것이다].

• 다. 판단

1. 부가금이 이자비용에 해당하여 수익사업에 관한 손금으로 산입되어야 하는지 여부

• 가) 구 법인세법(2011. 12. 31. 법률 제11128호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조는 제1항에서 비영리법인에 대하여는 ‘각 사업연도의 소득’ 및 ‘토지 등 양도소득’에 대하여만 법인세를 부과한다고 규정하고 있고, 제3항에서 비영리법인의 각 사업연도 소득은 그 각 호의 사업 또는 수입(이하 ‘수익사업’이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다고 규정하고 있다. 또한 구 법인세법 제113조 제1항 은 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산․부채 및 손익을 해당 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하도록 규정하고 있다. 한편 구 법인세법 제29조 제1항 은 비영리법인이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 등에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에 일정 한도액의 범위 안에서 해당 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하도록 규정하고 있고, 제4항 제4호는 고유목적사업준비금을 손금에 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 때에는 그 잔액을 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입하도록 규정하고 있다. 이와 같은 규정들은 비영리법인이 고유목적사업준비금으로 계상한 부분에 대하여 고유목적사업 등에 지출하기 전이라도 미리 손금에 산입할 수 있도록 허용하는 대신 고유목적사업준비금을 손금에 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지는 고유목적사업 등에 지출이 이루어져야 한다는 점을 전제로 하여 위 기간 동안 과세를 이연함으로써 비영리법인이 공익사업을 원활하게 수행할 수 있도록 하기 위한 것이다. 위와 같은 관련 규정의 문언과 체계, 특히 구 법인세법이 비영리법인에 대하여 수익사업과 고유목적사업 등을 구분하고 수익사업에서 생기는 소득에 대하여만 과세하면서도 고유목적사업 등에 지출하기 위한 고유목적사업준비금을 일정 한도액의 범위 안에서 수익사업의 손금에 산입할 수 있도록 한 취지 등을 종합하면, 비영리법인의 경우 수익사업에서 얻은 소득을 고유목적사업 등에 지출한다고 하더라도, 특별한 사정이 없는 한 이는 수익사업의 소득을 얻기 위하여 지출한 비용으로 볼 수 없으므로, 이를 고유목적사업준비금의 손금산입한도액 범위 안에서 손금에 산입할 수 있을 뿐, 이와 별도로 비영리법인의 선택에 따라 그 지출금을 수익사업의 수익에 대응하는 비용으로 보아 손금에 산입하는 것은 허용될 수 없다고 봄이 타당하다(대법원 2017. 3. 9. 선고 2016두59249 판결, 대법원 2020. 5. 28. 선고 2018두32330 판결 등 참조).
• 나) 위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 아래와 같은 사정들을 위 법리에 비추어 보면, 부가금은 원고가 고유목적사업인 급여사업에 지출한 것으로서 수익사업의 소득을 얻기 위해 지출한 비용으로 볼 수 없으므로, 이를 원고의 수익사업에 관한 손금에 산입할 수는 없다.

① 구 경찰공제회법(2014. 12. 30. 법률 제12913호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘경찰공제회법’이라 한다)의 규정과 원고의 정관 등에 의하면, 퇴직급여사업은 회원들의 생활안정과 복지증진을 도모할 목적으로 하는 ‘회원에 대한 급여의 지급’을 위한 사업으로서 원고의 고유목적사업에 해당한다. 부가금은 이와 같은 원고의 고유목적사업인 급여사업에 지출된 것이므로, 이를 원고가 수익사업과 관련하여 수익을 얻기 위하여 지출한 비용이라고 볼 수 없다.

② 구 법인세법 제29조 제1항 및 경찰공제회법의 규정 등에 의하면, 원고는 퇴직급여에 포함되는 부가금의 지급을 위하여 고유목적사업준비금을 계상․적립하여야 하고, 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에만 그 한도액의 범위 안에서 수익사업에 관한 손금에 산입할 수 있을 뿐이다. 만약 부가금을 수익사업의 손금에 모두 산입할 수 있다고 본다면, 이와 같은 고유목적사업준비금에 대한 손금산입 한도액 규정을 둘 이유가 없다.

③ 앞서 본 바와 같이 부가금은 원고의 고유목적사업인 급여사업에 지출되는 것이므로, 구 법인세법 제113조 제1항 등에서 정한 비영리법인의 구분경리 원칙에 따라 고유목적사업, 즉 비수익사업의 회계에 구분하여 기장되어야 한다. 원고 또한 당초 지급준비금 69,206,144,638원 전액을 원고의 2011 사업연도 ‘공제사업회계 손익계산서’에 지급준비금 전입액으로 계상하고, 그 중 고유목적사업준비금 손금산입 한도 내에52,573,522,221원만을 고유목적사업준비금으로 계산하여 손금산입하였을 뿐, 이를 수익사업 부문에서 발생하는 별도의 ‘이자비용’ 항목으로 회계처리하지 아니하였다.

④ 설령 원고의 회원들이 지급받는 부가금이 이자소득세의 과세대상에 해당한다고 하더라도, 부가금이 이를 지급받는 회원들의 이자소득세의 과세대상에 해당하는지 여부와 이를 지급하는 원고의 수익사업의 손금으로 인정되는지 여부는 별개의 문제이므로, 이를 지급하는 원고의 수익사업의 손금으로 반드시 인정되어야 한다고 볼 수 없다.

2. 부가금이 수익사업의 지출에 해당하여 수익사업의 손금으로 산입되어야 하는지 여부

• 가) 구 법인세법 제3조 제3항 은 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 수익사업에서 생기는 소득으로 한다고 규정하고 있으므로, 비영리내국법인에 대하여는 소득이 있더라도 그 소득이 수익사업으로 인한 것이 아닌 이상 법인세를 부과할 수 없는 것이고, 어느 사업이 수익사업에 해당하는지의 여부를 가림에 있어 그 사업에서 얻는 수익이 당해 법인의 고유목적을 달성하기 위한 것인지의 여부 등 목적사업과의 관련성을 고려할 것은 아니나 그 사업이 수익사업에 해당하려면 적어도 그 사업자체가 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 영위한 것이어야 할 것이다(대법원 1996. 6. 14. 선고 95누14435 판결 등 참조).
• 나) 원고는 퇴직급여가 그 명칭에도 불구하고 보험적 성격의 급여사업이 아니라는 이유로 수익사업에서 제외되는 급여사업이 아니라고 주장하나, 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 경찰공제회법 제1조 및 제16조 제1항 제1호, 원고의 정관 제40조 및 급여규정 제9조 등은 퇴직급여 의 지급을 원고의 급여사업에 포함하고 있는 점, ② 구 법인세법 및 같은 법 시행령이나 원고의 정관은 급여사업을 수익사업에서 제외하면서 보험적 성격이 없는 급여사업과 보험적 성격이 있는 급여사업을 구분하여 정하고 있지 아니한 점, ③ 원고는 회원들에게 정관에서 정한 한도보다 높은 급여율을 책정하여 부가금을 지급하기도 하고 투자수익률보다 퇴직급여율을 더 높게 책정하기도 하였으므로, 이 사건 퇴직급여 사업이 수익성을 갖거나 수익을 목적으로 영위하는 것이라고 보기 어려운 점 등을 위 법리에 비추어 보면, 이 사건 퇴직급여가 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 영위한 것이라거나, 보험적 성격이 없어 급여사업에서 제외되어야 한다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3. 부담금의 운용수익이 기금조성사업의 수익에 해당하여 법인세 과세대상에서 제외되는지 여부 비영리법인이 수행하는 어느 사업이 법인세의 비과세대상에서 제외되어 과세되는 구 법인세법 제3조 제3항 소정의 수익사업인지의 여부는 당해 사업이 수익성을 가진 것인지 여부에 의하여 판단할 것이므로 그 사업에서 얻는 수익이 종국적으로 고유 목적사업의 재원조달에 충당된다고 하여 그 사업 자체의 수익성을 부정할 수는 없다(대법원 1991. 5. 10. 선고 90누4327 판결 참조). 구 법인세법 시행령 제2조 제1항 제5호 는 ‘기금조성사업 및 급여사업’을 비수익사업으로 정하여 비영리법인의 목적 달성을 위한 사업의 경우 이를 과세대상에서 제외하고 있다. 또한 경찰공제회법 제16조 제2항 은 ‘공제회는 그 목적을 달성하기 위하여 필요한 범위에서 수익사업을 할 수 있다’고 정하여 수익사업과 비수익사업을 구분하고 있고, 원고의 정관 제28조는 원고가 할 수 있는 수익사업에 대하여 규정하고 있으며, 제34조는 내부관리 목적상 회계는 목적사업회계와 수익사업 회계로 구분하고, 모든 회계거래를 발생한 사실에 의하여 기업회계의 원칙에 따라 처리하도록 하고 있으며, 원고의 법인 등기부등본에도 부담금을 재원으로 하여 운용되는 각종 사업을 수익사업으로 명시하고 있는데, 이는 고유목적사업으로서 과세대상에서 제외되는 사업 범위를 명확히 하려는 취지로 보인다. 이처럼 관련 법령 및 원고의 정관이 수익사업의 범위를 명확히 규정하고, 비영리법인에 대하여 수익사업과 고유목적사업을 구분하여 수익사업에서 생기는 소득을 그 용도와 무관하게 과세대상으로 정하고 있는 점에 비추어 보면, 비영리법인이 관련 법령 등에서 정한 수익사업을 영위한 경우 그 소득을 주된 목적사업을 위하여 사용하였는지 여부와 관계없이 당연히 과세대상이라고 보는 것이 타당하다. 이와 달리 비영리법인이 고유목적사업의 재원조달을 위하여 수익사업을 한 경우 이를 기금조성사업에 해당하는 것으로 보아 과세를 하지 않는다면 비영리법인이 수익사업의 소득을 고유목적사업에 사용하기만 하면 이에 대하여 과세를 하지 않는 결과를 낳게 되는바, 이는 구 법인세법이 비영리법인에 대하여 수익사업과 고유목적사업 등을 구분하고 수익사업에서 생기는 소득에 대하여만 과세하면서 고유목적사업준비금을 일정 범위 안에서만 수익사업의 손금에 산입할 수 있도록 정한 취지에 반하고, 과세형평에도 맞지 않아 불합리하다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

원고의 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.