토지와 건물(주택)을 일괄양도하여 양도가액을 기준시가로 안분계산할 경우 주택부분의 기준시가는 개별주택가격을 적용함

사 건 2018구단78049 양도소득세부과처분취소 원 고

○○○ 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2019. 5. 15. 판 결 선 고

2019. 6. 19.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2017. 8. 16. 원고에 대하여 한 2014년 귀속 양도소득세 39,428,020원(가산세포함)의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 아래 표 기재와 같이 순차로 각 부동산의 소유권을 취득하였다(이하에서 위 각 부동산은 아래 표 약칭 란에 기재된 대로 지칭하고, 순번 1 내지 3 기재 부동산을 통틀어 지칭할 경우에는 ‘ 이 사건 각 부동산 ’이라고 하며, 순번 1 기재 주택부지 및 주택건물을 통틀어 지칭할 경우에는 ‘ 이 사건 주택 ’이라 한다). 순번 취득일 취득부동산 (약칭) 취득가액 1

2008. 10. 1. 주택부지 158.90㎡(1072-70번지) 595,000,000 주택건물 2

2011. 1. 5. 제1토지 24.00㎡ (1072-106번지) 88,285,000 3

2013. 10. 11. 제2토지 142.00㎡(1072-69번지) 571,702,300

• 나. 원고는 2014. 10. 13. 이 사건 각 부동산을 14억 7,000만 원에 일괄 양도(이하 ‘ 이 사건 양도 ’라 한다)하였는데, 이 사건 양도 당시 이 사건 각 부동산별로 양도가액을 정하지는 아니하였다 1).
• 다. 이후 원고는 아래 [원고 각 자산별 양도가액 산출내역 정리 표1] 기재와 같이 주택부지는 ‘개별공시지가’를, 주택건물은 ‘국세청장 고시 건물기준시가’(이하 ‘ 건물기준시가 ’라고만 한다)를, 제1, 2토지는 ‘개별공시지가’를 각 기준시가로 보아 위 양도가액을 기준시가 비율대로 안분하여 이 사건 각 부동산의 양도차익을 계산한 후, 2014. 11. 13. 피고에게 이 사건 주택의 양도에 관하여는 1세대 1주택 비과세요건에 해당하는 것으로 신고하고, 제1, 2토지의 양도에 관하여는 양도소득세 15,250,073원을 신고·납부하였다.
• 라. 피고는 2017. 5. 8.부터 2017. 5. 27.까지 원고에 대한 양도소득세 세무조사를 실시하였고, 세무조사결과 소득세법령에 따라 이 사건 주택에 대하여는 ‘개별주택가격’을 기준시가로 하여 안분계산 하여야 함에도 원고가 위와 같이 주택부지와 주택건물을 구분하여 ‘개별공시지가’, ‘건물기준시가’를 각 기준시가로 하여 안분계산한 잘못이 있다고 판단하였다.
• 마. 이에 피고는 2017. 8. 16. 원고에 대하여 아래 [피고 각 자산별 양도가액 산출내역 정리 표2] 기재와 같이 이 사건 주택은 ‘개별주택가격’을, 제1, 2토지는 ‘개별공시지가’를 각 기준시가로 보아 양도가액을 기준시가 비율대로 안분하여 이 사건 각 부동산의 양도차익을 계산한 후, 이 사건 양도에 따른 양도소득세 39,428,023원(가산세 포함)을 경정·고지하였다.
• 바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2017. 12. 7. 감사원에 심사청구를 하였으나, 감사원은 2018. 10. 12. 원고의 심사청구를 기각하는 결정을 하였다. 【인정 근거】 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 을 제1 내지 3호증(가지번호 있는것은 각 가지번호를 포함한다, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고 주장의 요지 토지와 건물 등을 일괄 양도한 경우 양도가액에서 토지와 건물 등의 가액구분이 불분명할 때에는 기준시가 등을 고려하여 안분하여야 한다는 소득세법령 규정은 양도된 토지와 건물의 가치를 적정하게 계산하여 반영하여야 한다는 내재적 한계가 존재한다. 그런데 아래와 같은 사정들을 고려하면 이 사건 주택의 ‘개별주택가격’은 그 산정에 중대한 오류가 있다. 따라서 ‘개별주택가격’을 이 사건 주택의 기준시가로 보아 안분계산한 이 사건 처분은 위 내재적 한계를 벗어난 실질과세의 원칙에 위반된 처분이다.

① 특단의 사정이 없는 한 주택 전체의 가격은 주택의 토지만의 가격보다는 고액으로 평가되어야 하는 것이 일반적이나, 이 사건 양도 당시 공시된 이 사건 주택의 개별주택가격(337,000,000원)은 주택부지의 개별공시지가(404,877,200원)보다도 적은 금액으로 산정되어 있다.

② 주택부지와 제1, 2토지는 인접해 있고 그 지목이 동일하여 단위면적당 개별공시지가도 비슷한 수준으로 평가되어 있다. 그런데 주택부지는 제2토지에 비하여 면적이 더 넓음에도 불구하고, 주택부지에 그 지상의 주택건물까지 합산되어 산정되는 개별주택가격(337,000,000원)이 제2토지 개별공시지가(369,200,000원)보다도 적은 금액으로 산정되어 있다.

③ 원고는 이 사건 주택을 제2토지를 취득하기 이전 시점에 제2토지의 취득가격보다 더 높은 가격에 취득하였고, 원고가 이 사건 각 부동산을 담보로 대출받을 당시 은행이 실시한 감정평가액(2013. 10. 18.자)도 이 사건 주택이 제2토지보다 높게 평가되었다. 따라서 피고의 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

• 나. 관계 법령 별지 기재 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 구 소득세법(2015. 12. 15. 법률 제13588호로 개정되기 전의 것) 제100조 제2항,구 소득세법 시행령(2016. 2. 17. 대통령령 제26982호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제166조 제6항, 구 부가가치세법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26071호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제64조 제1호에 의하면, 토지와 건물 등(‘건물 등’이란 건물 및 그 밖의 구축물을 의미한다)을 함께 양도하고, 그 양도가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우, 토지와 건물 등의 가액구분이 불분명한 경우로서 토지와 건물 등에 대한 소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산 한다고 규정하고 있고, 아울러 위 조항들은 공통의 취득가액이나 양도가액을 안분계산하기 위한 일반적이고도 합리적인 방법을 규정한 것으로서 그 내용과 취지에 비추어 과세대상 자산들 상호 간에 적용됨은 물론이고, 과세대상 자산과 비과세대상 자산 상호 간에도 유추 적용된다 할 것이다(대법원 2012. 1. 26. 선고 2010두21402 판결 참조).

2. 구 소득세법(2014. 12. 23. 법률 제12852호로 개정되기 전의 것) 제99조 제1항, 구 소득세법(2015. 12. 15. 법률 제13588호로 개정되기 전의 것) 제100조 제2항, 구 소득세법 시행령 제166조 제6항, 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1호 에 따르면, 토지와 건물을 일괄 양도한 경우 양도차익은 각 구분하여 기장하되, 양도가액에서 토지와 건물의 양도가액을 구별할 수 없는 경우에는 각 기준시가 비율로 안분하여야 하고, 건물이 주택인 경우에는 주택 부분의 기준시가는 개별주택가격, 각 토지의 기준시가는 개별공시가격으로 보아야 한다.

3. 구 소득세법(2014. 12. 23. 법률 제12852호로 개정되기 전의 것) 제99조 제1항 제1호가 2005. 7. 13. 법률 제7579호로 개정되기 전에는 공동주택이 아닌 나머지 개별주택은 그 토지 부분과 건물 부분을 따로 구분하여 기준시가를 산정하다가, 위 법률제7579호로 개정되면서 “토지(가.목)”, “건물(나.목), ”오피스텔상업용 건물(다.목)“ 및 ”주택(라.목)“으로 구분함과 아울러 공동주택과 개별주택이 모두 포함된 ”주택“의 기준시가는 토지 가격을 제외하고 기준시가를 산정하는 ”건물“과는 달리 토지 가격이 포함된 구 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률(2016. 1. 19. 법률 제13796호로 전부개정 되기 전의 것, 이하 ‘구 부동산 가격공시법’이라 한다)에 따라 지방자치단체가 결정․공시하는 개별주택가격을 기준시가로 정하고 있다. 위와 같이 소득세법이 주택의 양도소득세 과세표준 계산에 필요한 기준시가 산정방법을 개정한 이유는 부동산 보유세제를 개편하기 위하여 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률이 구 부동산 가격공시법으로 개정(2005. 1. 14. 법률 제7335호)되면서 토지와 건물을 통합하여 평가하는 제도가 도입되고, 이에 따라 2005. 4. 30. 주택의 가격이 공시됨에 따라 그 공시되는 주택 가격을 기준시가로 사용하도록 함으로써 주택에 대한 평가 기준을 일원화시키기 위한 것으로 이해된다. 따라서 이 사건에서는 주택부지와 주택건물은 이를 구분하지 않고 합하여 1개의 환산 취득가액을 산정하는 것이 관련 규정들의 개정 경위, 그 문언 내용․체계 등에 더 부합하는 것으로 판단된다.4) ① 피고는 이 사건 주택의 기준시가로 주택건물 가격에 주택부지 가격이 합쳐진 구 소득세법(2014. 12. 23. 법률 제12852호로 개정되기 전의 것) 제99조 제1항 제1호 라목에 따른 개별주택가격을 적용하였고, ② 이를 기초로 위 안분 계산 조항들인 구 소득세법(2015. 12. 15. 법률 제13588호로 개정되기 전의 것) 제100조 제2항, 구 소득세법 시행령 제166조 제6항, 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1호 가 과세대상 자산인 제1, 2토지 그리고 비과세대상인 이 사건 주택 상호 간에도 적용된다고 보아 이 사건 처분을 한 것으로, 이는 위 법리 및 규정에 따른 것이다.

5. 원고는 이 사건 개별주택가격에 중대한 오류가 있다고 주장하나, 개별공시지가의 평가와 개별주택가격의 산정 사이에는 평가의 대상, 방법 등이 상이하고, 각 자산의 개별적 특성이 반영되어 평가되는 것이므로 원고가 주장하는 사정들과 제출한 증거들만으로는 이 사건 주택의 개별주택가격이 현저히 불합리하게 산정되었다는 점을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다.

6. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없고, 피고의 이 사건 처분은 적법하다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 1) 이 사건 양도 후인 2015. 2. 17. 주택부지와 제1토지는 제2토지에 합병되었고, 2015. 3. 18. 주택건물은 멸실되었다.