검인계약서가 실제와 달리 작성되었다는 점은 주장자가 입증하여야 함

사 건 2018구단77930 양도소득세경정거부처분취소 원 고

○○○ 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2019. 08. 27. 판 결 선 고

2019. 10. 01.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 20. 00. 00. 원고에 대하여 한 20년 귀속 양도소득세 99,780,225원(가산세 포함)의 경정거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 1997. 9. 4. 서울 OO OOO로 OO-OO 건물 및 그 부지(이하 위 건물과 그 부지를 통칭하여 이 사건 부동산이라 한다)를 KKK, YYY와 1/3지분씩 공동으로 취득하였다가, 2012. 10. 15. SSS에게 2,200,000,000원에 매도하였다.
• 나. 원고는 2013. 4. 9. 이 사건 부동산 양도대금 22억 원 중 1/3에 해당하는733,333,333원을 양도가액으로, 취득가액은 실지거래가액이 불분명하다고 보아 환산가액 중 1/3에 해당하는 614,460,000원으로 하여 양도차익을 계산하여, 양도소득세 13,987,290원을 기한 후 신고하였다가, 2013. 11. 20. 이 사건 부동산의 실지거래가액이 900,000,000원임을 전제로 감가상각비를 차감하여 계산한 원고 지분비율에 해당하는 284,190,000원을 취득가액으로 하여 계산한 양도소득세 99,780,220원으로 수정신고·납부하였다.
• 다. 원고는 2017. 10. 11. 이 사건 부동산의 실지거래가액이 불분명하다는 이유로 이를 환산가액으로 계산하여야 한다고 주장하면서 위 수정신고·납부한 양도소득세의 환급을 구하는 양도소득세 경정청구를 하였으나, 피고는 2017. 10. 18. 이 사건 부동산의 실지거래가액은 900,000,000원이라는 이유로 이를 거부하였고, 원고는 이에 이의신청하였다.
• 라. 피고는 서울국세청장이 원고의 이의신청에 대하여 이 사건 부동산의 실지거래가액은 900,000,000원이 맞지만 여기에 2003년 지출한 자본적 지출액 101,200,000원을 가산하고 2003년부터 2009년까지 필요경비로 계상한 감가상각비 47,417,531원을 차감한 후 원고 지분비율에 해당하는 317,927,486원을 원고의 취득가액으로 하여 과세표준과 세액을 경정하는 결정을 함에 따라, 2018. 1. 2. 및 같은 해 1. 10.에 걸쳐 합계 10,455,709원을 환급하는 결정을 하였다(이하 피고의 경정거부처분 중 위와 같이 일부 취소 및 환급하고 남은 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 마. 원고는 조세심판원의 전심절차를 거쳐 이 사건 소를 제기하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 피고의 주장 국세기본법상 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자만이 국세의 과세표준 및 세액의 결정에 대하여 경정청구를 할 수 있는데, 원고는 소득세법상 예정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 않았으므로 피고의 과세처분에 대하여 경정청구권이 없다. 경정청구권이 없는 원고의 경정청구에 대하여 피고가 이를 거부하는 회신을 하였더라도 이는 항고소송의 대상이 되는 거부처분에 해당하지 아니하므로, 이 사건 소는 소의 이익이 없거나 항고소송의 대상적격을 흠결하여 부적법하다.
• 나. 판단 ⑴ 구 국세기본법(2013. 1. 1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것) 제45조 제1항은 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미치지 못할 때 등에는 관할 세무서장이 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전으로서 국세 부과의 제척기간이 끝나기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다라고, 제45조의2 제1항은 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때 등에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정 신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다라고 각 규정하고 있다. 한편, 구 소득세법(2014. 12. 23. 법률 제12852호로 개정되기 전의 것) 제105조 제1 항은 부동산을 양도한 거주자는 제92조 제2항에 따라 계산한 양도소득과세표준을 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 내에 관할 세무서장에게 신고(양도소득 과세표 준의 예정신고)하여야 한다라고 규정하고, 제110조 제1항은 해당 과세기간의 양도소득 금액이 있는 거주자는 그 양도소득 과세표준을 그 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 관할 세무서장에게 신고(양도소득 과세표준의 확정신고)하여야 한다라고 규정하면서 예정신고를 한 자는 확정신고를 하지 아니할 수 있다라고 규정하고 있다. ⑵ 살피건대, 위 각 규정은 납세의무자에게 예정신고의무와 확정신고의무를 각각 부과하면서 예정신고를 한 자에게 확정신고를 할 의무를 면제하고 있을 뿐인바 예정신고를 법정신고기한까지 하지 아니하였다고 하여 곧바로 확정신고를 법정신고기한까지 하지 아니한 것으로 볼 수는 없는 점, 예정신고기한 내에 예정신고를 하지 아니하였다는 이유만으로 이후 확정신고 여부와 무관하게 경정청구를 할 수 없다고 본다면 예정신고도 확정신고도 하지 아니하여 세무관청이 조사를 거쳐 세금의 부과처분을 한 경우에는 불복할 법적 수단이 있는 반면 예정신고는 하지 아니하였으나 확정신고·납부는하였고 과세관청이 신고·납부한 내용을 그대로 수용하는 경우에는 그 신고·납부한 내용에 오류가 발견되더라도 그 시정을 구할 법적 수단이 없는 불합리가 발생하는 점, 구 국세기본법 제26조의2 제5항, 구 국세기본법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29534호로 개정되기 전의 것) 제12조의3 제1항 제1호는 과세표준과 세액을 신고하는 국세의 경우 해당 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고시한 또는 신고서 제출기한의 다음날을 부과제척기간의 기산일인 국세를 부과할 수 있는 날로 규정하면서 예정신고기한과 수정신고기한은 과세표준신고기한에 포함되지 아니한다라고 규정하고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 양도소득세 예정신고를 하지 아니하였으나 확정신고기한 내에 확정신고를 한 경우에는 확정신고기한이 지난 후 5년 이내에 경정청구를 할 수 있다고 봄이 상당하다. ⑵ 그런데 이 사건에서 원고는 예정신고기한 내에 양도소득 과세표준신고서를 제출하지 아니하였으나 확정신고기한인 2013. 5. 31. 이전인 2013. 4. 9. 이를 제출하였고, 2013. 6. 1.부터 5년 이내에 경정청구를 하였으므로 피고가 이에 대하여 거부한 이 사건 처분은 항고소송의 대상이 된다. 따라서 이 사건 소는 적법하고 피고의 본안 전항변은 이유 없다.

• 가. 쟁점 ⑴ 구 소득세법(2014. 1. 1. 법률 제12169호로 개정되기 전의 것) 제97조 제1항은 거주자의 부동산 양도차익을 계산할 때 공제할 필요경비로서 취득가액은 원칙적으로 자산 취득에 든 실지거래가액으로 하되, 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액으로 하도록 규정하고 있다. 또한 같은 법 제114조 제7항은 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 과세표준과 세액을 결정 또는 경정할 수 있도록 규정하고 있고, 그 위임을 받은 구 소득세법 시행령(2013. 1. 16. 대통령령 제24315호로 개정되기 전의 것) 제176조의2는 위 ‘대통령령으로 정하는 사유’로서 취득 당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우, 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 평가한 감정가액 등에 비추어 허위임이 명백한 경우를 규정하고 있다. ⑵ 이 사건에서 원고는 이 사건 부동산을 취득할 당시 실지거래가액을 확인할 수 없어 환산가액에 따라 취득가액을 산정하여야 한다는 취지로 주장하므로, 이에 대하여 본다.
• 나. 판단 갑 제2, 4호증, 을 제6 내지 15호증(가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사실관계 및 제반사정에 비추어 보면, 피고가 원고 등이 이 사건 부동산을 취득할 당시 실지거래가액을 900,000,000원으로 인정하여 양도소득세를 부과한 이 사건 처분은 적법하고 이와 다른 전제에 있는 원고의 주장은 이유 없다. ⑴ 이 사건 부동산의 매매와 관련한 어떠한 매매계약서도 현출되어 있지는 아니하다. 그러나 관할 서울특별시 중구청의 전산자료(을 제5호증 2005년 이전 검인건 상세조회)에 원고, KKK, YYY(이하 원고 등이라 한다)가 이 사건 부동산을 JJJ으로부터 900,000,000원에 매수하는 내용의 검인계약서를 1997. 9. 1. 서울특별시 중구청에 신고한 내역이 남아있는 점 등에 비추어 볼 때, 원고 등과 JJJ 사이에 매매가액을 900,000,000원으로 기재한 검인계약서를 작성하였던 것으로 추정된다(원고도 매매가액 900,000,000원인 검인계약서를 작성한 사실은 인정하고 있다). ⑵ JJJ은 이 법정에서 이 사건 부동산을 임대 목적으로 940,000,000원에 취득하였는데 매매계약 후 소유권이전등기 전에 매도인이 사망하여 상속인과 사이에 소송을 거쳐 취득하는 과정에서 취득이 지연되고 자금 압박을 받았기 때문에 임차인이었던 원고 등에게 취득가액보다 낮은 900,000,000원에 양도하였으며, 당시 실제 양도한 가액으로 세금신고 등 업무를 처리하였다는 취지로 증언하고 있다. JJJ이 이 사건 부동산의 취득과정에서 소송을 거치면서 취득이 지연된 사정이 실제로 확인되고 그 취득가액 역시 940,000,000원이었음이 관련 판결문을 통하여 확인되는 점, 원고 등이 이 사건 부동산을 취득할 당시 이 사건 부동산에는 채권최고액 640,000,000원인 근저당권이 설정되어 있었던 점, JJJ은 2013. 8. 9.경부터 2013. 8. 28.경까지 실시된 KKK에 대한 양도소득세 조사과정에서도 같은 취지로 진술하였는데 당시는 JJJ에 대한 양도소득세 부과제척기간이 도과하여 양도소득세의 경정을 우려할 상황이 아니었던 점, JJJ이 위 조사 당시 제출한 2013. 8. 22.자 확인서(을제9호증)에 ‘IMF 당시라 건물가격을 제대로 받지 못하였다’는 취지로 기재되어 있기는 하나, 위 조사종결보고서(을 제6호증)에 담긴 JJJ의 진술내용에 의하면 이는 ‘IMF 직전이라 부동산 경기가 좋지 아니하여 건물가격을 제대로 받지 못하였다’는 취지로 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 위 증언의 신빙성을 쉽사리 배척하기 어렵다. ⑶ 원고는 이 사건 부동산 취득 당시 JJJ에게 지급한 매매대금이 얼마인지 또는 적어도 그 금액이 900,000,000원을 상회하는지 확인할 수 있는 금융자료나 영수증 등 객관적인 자료를 제출하지 못하고 있다(조세심판 과정에서 원고는, 원고 등이 JJJ에게 지급한 임차보증금이 300,000,000원이었고, 이 사건 부동산의 담보대출금 500,000,000원을 원고 등이 인수하였으며, 그 밖에 원고 등이 적어도 288,000,000원을 JJJ에게 매매대금으로 지급하였다는 취지로 주장하면서, YYY가 1997. 7.경부터 1997. 9.경까지 사이에 96,000,000원을 현금으로 인출한 내역과 KKK의 배우자인 SSS이 1997. 7.경 현금 96,212,797원을 인출한 내역을 제출한 것으로 보이기는 하나, 원고가 제출한 금융자료만으로 원고 등이 JJJ에게 지급한 임차보증금이 300,000,000원이라거나 원고 등이 JJJ에게 288,000,000원을 매매대금으로 지급하였다고 인정하기에 부족한 것으로 보인다). 원고가 양도소득세 신고 당시 제출한 감정평가서(갑 제5호증)는 단순히 이 사건 부동산의 개별공시지가에 1.5를 곱한가액으로 평가한 것이어서 이 사건 부동산의 취득 당시 시가를 적절히 반영하고 있지 못하다. ⑷ 원고는 이 사건 부동산에서 동업으로 운영한 안마시술소의 종합소득세 신고를 위한 1997년도 재무제표(대차대조표)에 이 사건 부동산의 가액을 900,000,000원으로 계상하였다. 또한 원고와 이 사건 부동산을 공유하였던 KKK는 원고가 이 사건 소송에서 주장하는 바와 같이 환산가액으로 취득가액을 산정하여 양도소득세를 신고하였다가 관 할 세무서의 조사를 거쳐 2013. 11. 1. 이 사건 부동산을 취득할 당시 실지거래가액이 900,000,000원임을 전제로 부과된 99,330,220원의 양도소득세 부과처분에 대하여 이의를 제기하지 않은 것으로 보인다. ⑸ 원고 등이 이 사건 부동산을 취득할 당시 그 부지의 기준시가만도 920,400,000원(1997년 ㎡당 개별공시지가 6,000,000원 × 153.4㎡)으로서 900,000,000원보다 높고, JJJ이 이 사건 부동산을 취득한 때보다 이를 원고 등에게 양도한 때의 기준시가가 상승(JJJ은 1993년 계약을 체결하여 1995년 소유권을 취득하였는데 1993년 개별공시지가는 ㎡당 5,120,000원, 1995년은 ㎡당 5,200,000원, 1997년은 ㎡당 6,000,000원이었음)하기는 하였으나, JJJ이 이 사건 부동산을 취득한 경위와 그 가액, JJJ이 이 사건 부동산을 보유한 기간과 그 사이 기준시가의 상승 정도 등에 비추어 볼 때, 그와 같은 사정만으로 이 사건 부동산의 취득가액을 900,000,000원으로 인정하는 데에 방해가 되지 아니한다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.