1세대 1주택 고가주택의 기준면적 초과분 부수토지는 비사업용 토지로 보아 중과세율을 적용함

사 건 2018구단74696 양도소득세부과처분취소 원 고 AAA 피 고 aa세무서장 변 론 종 결

2019. 6. 18. 판 결 선 고

2019. 9. 10.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2018. 1. 4. 원고에 대하여 한 양도소득세 XXX원(가산세포함)의 부과처분 중 xxx원을 초과하는 부분은 취소한다.

• 가. 주택의 취득 및 양도 ⑴ 원고는 2014. 3. 18. 서울 XX구 XX동 산XX 임야 1919㎡ 중 1919분의 497지분 및 그 지상 주택 151㎡(이하 ‘이 사건 주택건물’이라 한다)를 취득하였고, BBB은 같은 날 위 임야 중 1919분의 1422 지분을 취득하였다. XX동 산XX 임야는 2015. 4. 2. XX동 산XX 임야 1737㎡(이하 ‘이 사건 전체토지’라 한다)와 XX동 산XX-2 임야 182㎡(이하 ‘XX동 산XX-2 토지’라 한다)로 분할되었고, 이 사건 주택건물은 이 사건 전체토지 지상에 위치하게 되었다. ⑵ 이 사건 전체토지 및 이 사건 주택건물, XX동 산XX-2 토지는 2015. 6. 16. 서울특별시에 협의매수를 원인으로 양도되었는데, 이 사건 전체토지 중 원고 지분(면적으로 환산하면 449.87㎡, 이하 ‘이 사건 쟁점지분’이라 한다)에 대하여는 317,527,230원, 이 사건 주택건물에 대하여는 41,480,000원, XX동 산XX-2 토지 중 원고 지분에 대하여는 32,068,190원의 보상금이 지급되었고, XX동 산XX 토지 중 BBB 지분에 대하여는 908,498,450원의 보상금이 지급되었다.
• 나. 양도소득세의 신고 및 피고의 처분 ⑴ 원고는 2015. 8. 31. 이 사건 쟁점지분 및 이 사건 주택건물의 양도가 1세대 1주택에 해당한다는 전제에서 각 양도차익을 146,398,783원, 34,448,320원으로 계산하면 서도 전액 과세대상이 되지 않는다고 보고, XX동 산XX-2 토지 중 원고 지분의 양도차익 14,137,637원에 대하여만 비사업용 토지의 중과세율을 적용하여 계산한 양도소득세 4,655,050원을 예정신고·납부하였다. ⑵ 피고는 이 사건 쟁점지분 및 이 사건 주택건물의 양도는 양도가액 9억 원을 초과하는 고가주택인 1세대 1주택과 이에 딸린 토지의 양도에 해당하는 것으로 보되, 과세대상 양도차익 및 세액을 계산함에 있어서 구 소득세법(2015. 7. 24. 법률 제13426호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제89조 제1항 제3호 가목, 제95조 제3항, 구 소득세법 시행령(2015. 10. 23. 대통령령 제26600호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제154조 제1항, 제156조 제1항, 제160조 제1항에서 정한 고가주택 양도차익 공제 특례 규정(이하 ‘이 사건 특례 규정’이라 한다)은 이 사건 쟁점지분에 구 소득세법 제89조 제1항 제3호, 구 소득세법 시행령 제154조 제7항 제1호 를 적용하여 계산한 면적 195.56㎡)(위 규정에서 규정하는 ‘주택부수토지’에 해당하는 면적으로서, 이하 ‘기준면적토지’라 한다)와 이 사건 주택건물에 대하여만 적용하고, 기준면적을 초과하는 254.31㎡(이하 ‘기준초과토지’라 한다)에 대하여는 비사업용 토지로 보아 별도로 과세대상 양도차익 및 세액을 산정하였는데, 그 중 과세대상 양도차익의 구체적인 내역은 아래 표 기재와 같다 1) 2) (이 사건 쟁점토지가 이 사건 쟁점지분을 의미하고, 금액 단위는 원임) ⑶ 이를 기초로 피고는 2018. 1. 4. 이 사건 주택건물 및 기준면적토지에 대하여는 고가주택 및 그 주택부수토지로서 547,646원, 기준초과토지 및 XX동 산XX-2 토지에 대하여는 비사업용 토지로서 49,745,354원(가산세 포함), 합계 50,293,000원의 세액을 산출한 후 원고가 기납부한 세액을 공제한 나머지 45,637,950원의 양도소득세를 추가로 부과하는 이 사건 처분을 하였다. ⑷ 원고는 조세심판원의 전심절차를 거쳐 이 사건 소를 제기하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제2호증의 1, 2, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 쟁점 ⑴ 이 사건 주택건물의 양도는 구 소득세법 시행령 제1항 제2호 가목에 의하여 보유기간의 제한을 받지 아니하는 1세대 1주택의 양도에 해당하지만, 주택 및 이에 딸린 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계가 1,267,505,680원(이 사건 주택건물 가액 41,480,000원 + 이 사건 쟁점지분 가액 317,527,230원 + BBB 지분 가액 908,498,450원)으로서 9억 원을 초과하므로 구 소득세법 제89조 제1항 제3호, 구 소득세법 시행령 제156조 제1항 에서 정하는 고가주택의 양도에 해당하여 이 사건 특례 규정에 따라 양도차익을 계산하여야 한다. ⑵ 피고는 이 사건 특례 규정이 기준면적토지에 대하여만 적용된다는 전제에서 이 사건 처분을 하였는바, 원고는 이 사건 쟁점지분 전체에 대하여 이 사건 특례 규정을 적용하여 양도차익을 계산하여야 하고, 이 사건 처분은 이 사건 쟁점지분의 양도를 마치 이 사건 전체토지 중 원고 지분에 상응하는 면적에 해당하는 특정 부분을 양도하는 것처럼 취급하였는바 이는 공유의 성질에 반한다는 취지로 주장한다. 이에 대하여 본다.
• 나. 관계법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단 ⑴ 이 사건 특례 규정의 적용 범위에 관한 판단 ㈎ 구 소득세법 제89조 제1항 제3호 가목은 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(주택부수토지)의 양도로 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니한다고 규정한다. 그리고 고가주택의 양도로 인한 소득에 대하여는 양도차익 계산방식에 관하여 이 사건 특례 규정을 두고 있는데, 구 소득세법 제95조 제3항 은 ‘제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다’라고 규정하고, 구 소득세법 시행령 제160조 제1항 은 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익을 법 제95조 제1항에 따른 양도차익(양도가액에서 필요경비를 공제)에 ‘양도가액에서 9억 원을 공제한 나머지를 양도가액으로 나눈 비율’을 곱하는 방식으로 계산하도록 규정하고 있을 뿐, 그 적용대상이 되는 고가주택에 딸린 토지의 면적을 일정 범위 내로 제한하는 규정을 명시적으로 두고 있지는 아니하다. ㈏ 그러나 이 사건 특례 규정은 고가주택 양도의 경우 양도소득세를 부과하는 대신 그 양도차익을 일정 비율로 축소하여 주는 내용으로서 구 소득세법 제89조 제1항 제3호 에서 규정하는 주택부수토지에 상응하는 면적을 초과하는 주택부지에 대해서까지 이를 적용하는 경우, 주택 및 주택부수토지에 상응하는 면적의 양도차익이 법 제95조 제1항에 따른 양도차익에서 ‘양도가액에서 9억 원을 공제한 나머지를 양도가액으로 나눈 비율’만큼 축소될 뿐 아니라 나아가 그 초과 부지의 양도차익도 같은 비율로 축소되는 결과를 낳는다. 이는 주택 및 주택부수토지는 비과세하되 주택부수토지를 초과하는 부지에 대하여는 법 제95조 제1항에 따라 양도가액에서 필요경비를 공제한 나머지를 양도차익으로 하는 양도가액 9억 원 이하의 주택의 경우에 비하여 오히려 유리한 결과를 낳게 되어 조세형평에 반하고, 고가주택 양도의 경우 양도소득을 과세대상으로 삼고 주택정착면적의 일정 배율을 곱한 면적을 초과하는 토지를 비사업용 토지로 보아 중과세하는 입법자의 의도에도 부합하지 아니한다고 판단된다. 따라서 구 소득세법 제95조 제3항 ‘고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)’에서 ‘이에 딸린 토지’는 구 소득세법 제89조 제1항 제3호, 구 소득세법 시행령 제154조 제7항 에 따라 계산한 면적의 토지로 한정하여 해석함으로써 이 사건 특례 규정의 적용범위를 제한함이 상당하다. 이와 다른 전제의 원고 주장은 받아들이지 아니한다. ㈐ 위 기준에 의할 때, 이 사건 주택건물, 기준면적토지의 양도차익은 이 사건 특례 규정에 의하여 계산하고, 기준초과토지의 양도차익은 원칙으로 돌아가 구 소득세법 제95조 제1항 에 의하여 계산하여야 할 것인바, 피고는 기준면적토지의 양도차익을 이 사건 쟁점지분에 대하여 이 사건 특례 규정을 적용하여 계산한 양도차익에서 기준초과토지의 양도차익을 공제하는 방식으로 계산하고 있다. 피고의 계산방식은 앞서 본 기준에 부합하는 방식은 아니지만 이에 의하면 기준면적 토지의 양도차익이 앞서 본 기준에 의할 때보다 오히려 감소하여 원고에게 유리하므로그로 인하여 이 사건 처분이 위법하다고 볼 수는 없다. ⑵ 공유 지분의 성격에 반한다는 주장에 대한 판단 원고와 BBB가 이 사건 전체토지의 특정 부분을 각각 배타적으로 점유하되 그 소유 형태만 공유로 한 구분소유적 공유관계에 있지 아니하는 한 원고 지분의 효력이 대내외적으로 이 사건 전체토지에 미치는 것은 공유의 성질상 당연하다. 그러나 이 사건 전체토지 중 구 소득세법 제89조 제1항 제3호 의 주택부수토지에 상응하는 면적은 755㎡인데, 위 부분 역시 원고와 BBB이 공유하고 있으므로 위 면적에 원고 지분을 곱한 면적에 한하여 이 사건 특례 규정을 적용하여야 한다. 피고가 그 과정에서 기준면적토지와 기준초과토지를 원고 지분에 따라 면적으로 환산한 것은 그 적용 과정에서 계산상 편의를 위한 것일 뿐으로 보이고(기준면적토지와 기준초과토지를 이 사건 전체토지 중 위 755㎡와 나머지 982㎡에 대한 원고 지분율로 표시하여 계산하더라도 마찬가지 결과가 도출된다), 이 사건 쟁점지분 양도를 이 사건 전체토지 중 공유지분에 상응하는 특정 부분의 양도로 보았기 때문이 아니라고 판단된다. 따라서 원고의 이 부분 주장 역시 받아들이지 아니한다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다. 1) 이 사건 주택건물의 과세대상 양도차익의 계산근거는 아래와 같다. 양도차익 31,480,000원 × {(이 사건 주택건물 및 이 사건 전체토지 양도가액 1,267,505,680원 - 9억 원) ÷ 양도가액 1,267,505,680원 } = 31,480,000원 × 28.9944% 2) 피고는 이 사건 쟁점지분의 양도차익 146,398,783원 중 이 사건 특례 규정에 따라 계산한 양도차익 42,447,450원에서 기준초과토지에 과세되는 양도차익 82,759,232원을 공제하는 방식으로 기준면적토지의 양도차익을 계산하고 있다