2. 판단
- 가. 당사자의 주장 피고는, 원고와 강BB이 이 사건 교환계약을 체결하면서 이 사건 주식과 이 사건
1. 당초 구 소득세법 제104조 제1항 제1호, 제55조 제1항에 따라 최고 38%의 세율을 적용하였다가, 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 다목에 따라 20%의 세율을 적용하는 것으로 경정한 것이다. 교환부동산의 가액을 구 상속세 및 증여세법에서 정하는 이른바 보충적 평가방법에 따라 산정하고 그 차액을 금전으로 지급하기로 하였는바 이는 이 사건 주식의 실지거래가액 내지 그에 준하는 가액으로 볼 수 있고, 설령 위 가액을 이 사건 주식의 실지거래가액으로 볼 수 없다고 하더라도 ○○○는 구 소득세법 제94조 제1항 제4호 다목, 구 소득세법 시행령 제158조 제1항 제5호 가목에서 정하는 이른바 부동산과다보유법인에 해당하므로 이 사건 주식의 가액은 구 소득세법 제99조 제1항 제4호 전문, 구 상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 다목, 구 상속세 및 증여세법 시행령 제54조 제4항 제4호 에 따라 순자산가치에 의한 가액(이하 순자산가치액이라 한다)으로 평가하여야 한다는 취지로 주장한다. 이에 반하여 원고는, 구 상속세 및 증여세법상 보충적 평가방법으로 산정한 가액을 이 사건 주식의 실지거래가액으로 볼 수 없으므로, 구 소득세법 제100조 에 따라 이 사건 주식의 양도가액과 취득가액을 기준시가로 산정함에 있어 구 소득세법 제99조 제1항 제4호 후문 전단에 따라 구 소득세법 시행령 제165조 제4항 제1호 단서를 적용하여 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 하여 가중평균한 가액(이하 가중평균액이라 한다)으로 이를 평가하여야 한다고 주장한다.
- 나. 인정사실 ⑴ ○○○는 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 나목에서 규정하는 ‘주권상장법인이 아닌 법인’이자, 자산총액 중 부동산 가액의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 80 이상인 법인으로서 구 소득세법 제94조 제1항 제4호 다목, 구 소득세법 시행령 제158조 제1항 제5호 가목에 해당하는 이른바 부동산과다보유법인이다. ⑵ 이 사건 교환 당시 ○○○의 1주당 가액은, 구 소득세법 시행령 제165조 제4항 제1호 에 따라 평가한 순자산가치는 9,000원, 순손익가치는 400원이고, 같은 호 단서에 따라 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 하여 평가한 가액은 5,000원이다. 이에 의하면, 이 사건 주식의 양도당시 순자산가치액은 8,000,000,000원(000주 × 9,000원)이 되고, 가중평균액은 5,000,000,000원(000주 × 5,000원)이 된다. ⑶ 이 사건 교환부동산을 교환 당시를 기준으로 구 상속세 및 증여세법 제61조 제1항 의 기준시가에 따라 평가한 가액은 7,000,000,000원(토지 6,000,000,000원 + 건물 1,000,000,000원)이고, 구 소득세법 제99조 제1항 의 기준시가에 따라 평가한 가액은 7,000,000,000원(토지 6,000,000,000원 + 건물 1,000,000,000원)이며, 이 사건 교환부동산과 관련하여 반환하여야 할 임차보증금반환채무 중 강BB 지분에 상당하는 채무액은 800,000,000원이었다. ⑷ 원고와 강BB은 이 사건 교환계약 당시 상속세 및 증여세법에 따라 이 사건 주식 가액을 순자산가치액에 가까운 8,000,000,000원으로, 이 사건 교환부동산 가액을 7,000,000,000원으로 평가하고, 위 임차보증금반환채무를 원고가 인수하되 강BB이 원고에게 교환차액 1,500,000,000원을 지급하는 것으로 정하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2호증, 을 제4, 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
- 다. 이 사건 주식의 순자산가치액을 실지거래가액으로 볼 수 있는지 여부 ⑴ 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 나목, 제96조 제1항은 비상장주식의 양도가액은 양도 당시의 실지거래가액에 의하도록 규정하고 있고, 구 소득세법 제114조 제7항, 구 소득세법 시행령 제176조의2 제1항 및 제3항은 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부 등 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비되는 등으로 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 그 양도가액을 매매사례가액, 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다고 규정하고 있다. 여기서 양도소득세액을 산출하는 기초가 되는 당해 자산의 실지양도가액이라 함은 거래 당시 양도자가 자산을 양도하고 그 대가로 지급받은 가액으로서 매매계약 기타 증빙자료에 의하여 객관적으로 인식되는 가액을 말하는 것이므로, 거래가 교환인 경우에는 그것이 특히 목적물의 금전가치를 표준으로 하는 가치적 교환으로서 교환대상 목적물에 대한 시가감정을 하여 그 감정가액의 차액에 대한 정산절차를 수반하는 등의 경우에는 실지양도가액을 확인할 수 있다고 하겠지만, 그렇지 아니한 단순한 교환인 경우에는 실지양도가액을 확인할 수 없다고 해야 한다(대법원 1999. 11. 26. 선고 98두19841 판결 등 참조). 이는 교환계약 당사자들이 교환대상 목적물의 가액을 임의로 평가하여 정한 다음 그 차액을 산정한 경우에도 마찬가지이다. ⑵ 원고와 강BB은 이 사건 교환계약을 체결함에 있어 구 상속세 및 증여세법에서 정하고 있는 이른바 보충적 평가방법에 의하여 이 사건 주식이나 교환부동산의 가액을 평가하였는바, 이는 이 사건 주식 및 교환부동산의 특성상 객관적인 시가확인이 곤란한 상황에서 특수관계인간의 거래에 따른 증여의제 등의 부담을 회피하면서 교환차액을 산정하기 위하여 임의로 택한 방법이었던 것으로 보일 뿐이고, 그 과정에서 이 사건 주식이나 교환부동산에 대한 시가감정 등을 거치지 아니한 이상 원고와 강BB이 이 사건 교환계약 당시 위 보충적 평가방법에 따라 평가한 이 사건 주식의 가액 또는 이 사건 교환부동산의 가액 및 교환차액의 합산액을 이 사건 주식의 실지거래가액이라 보기는 어렵다. ⑶ 피고는, 원고가 증권거래세 신고 당시 이 사건 주식을 순자산가치액으로 평가하였고, 이 사건 교환계약 역시 순자산가치액으로 평가하여 교환차액을 산정한 점 등에 비추어 볼 때, 양도소득세 산정에 있어서도 이 사건 주식의 가액을 순자산가치액으로 평가하는 것이 실질과세의 원칙에 부합한다는 취지로도 주장하지만, 이 사건 주식의 순자산가치액을 그 실지거래가액으로 볼 수 없는데도 불구하고 실질과세의 원칙을 이유로 이를 양도소득 산정의 기초로 삼을 수는 없다. 피고의 주장은 받아들이지 아니한다.
- 라. 이 사건 주식의 기준시가 평가방법 ⑴ 이 사건 주식 양도가 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 나목에서 정하는 주권상장법인이 아닌 법인의 주식 양도에 해당한다는 사실에 대하여는 당사자 사이에 다툼이 없고, 구 소득세법 제99조 제1항 제4호 는 위 주식 양도의 경우 기준시가는 ‘ 상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 다목을 준용하여 평가한 가액’에 따르도록 하면서, ‘평가기준시기 및 평가액은 대통령령으로 정하는 바에 따’르도록 규정하고 있다. 이에 따라 구 소득세법 시행령 제165조 제4항 제1호 는 1주당 가액의 평가를 순손익가치와 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액으로 하되, 다만 법인의 자산총액 중 부동산 가액이 차지하는 비율이 100분의 50 이상인 법인은 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 하도록 규정하고, 같은 항 제3호는 양도소득과세표준 확정신고기한 이내에 청산절차가 진행 중인 법인과 사업자의 사망 등으로 인하여 사업의 계속이 곤란하다고 인정되는 법인의 주식 등은 순자산가칙에 따라 가액을 평가하도록 규정하고 있다. 여기서 앞서 본 바에 의하면 ○○○는 그 자산총액 중 부동산 가액이 차지하는 비율이 100분의 50 이상임을 알 수 있고, ○○○가 양도소득과세표준 확정신고기한 이내에 청산절차가 진행 중이라는 등 구 소득세법 시행령 제165조 제4항 제3호 에서 정하는 사유에 해당한다는 아무런 주장·입증이 없으므로, 이 사건 주식의 기준시가는 구 소득세법 시행령 제165조 제4항 제1호 단서에 따라 순손익가치와 순자산가치를 각각 2와 3의 비율로 가중평균한 가액으로 평가하는 것이 타당하다. ⑵ 피고는, 구 소득세법 시행령 제165조 제4항 제1호 단서에서 같은 시행령 제158조 제1항 제1호 가목에 해당하는 법인, 즉 법인의 자산총액 중 부동산 가액이 차지하는 비율이 100분의 50 이상인 법인의 경우만 규정하고 있고 그 비율이 100분의 80 이상인 법인의 경우는 규정하고 있지 아니하므로, 그 비율이 100분의 80 이상인 ○○○ 주식 양도에 있어 그 가액 평가는 구 소득세법 제99조 제1항 제4호 1문, 구 상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 다목, 구 상속세 및 증여세법 시행령 제54조 제4항 제4호, 구 소득세법 시행령 제158조 제1항 제5호 가목에 근거하여 순자산가치액으로 평가해야 한다는 취지로 주장한다. 살피건대, 구 소득세법 시행령 제165조 제4항 제1호, 제3호의 규정체계에 비추어 볼 때, 위 시행령 제165조 제4항 제1호 단서에서 규정하는 법인의 자산총액 중 부동산 가액이 차지하는 비율이 100분의 50 이상인 법인에는 그 비율이 100분의 80 이상인 법인도 포함하고 있다고 해석함이 상당하므로, 이와 다른 해석을 전제로 한 피고의 주장은 받아들이지 아니한다.
- 마. 소결론 이 사건 교환계약에 있어 이 사건 주식의 가액은 가중평균액에 따라 평가하여야 하고 이에 의할 때 원고에게 부과될 정당한 세액이 200,000,000원임은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 부과처분 중 위 금액을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.