비사업용 토지 여부 판단시 ‘토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간’의 계산 방법

사 건 2018구단63887 양도소득세경정거부처분취소 원 고 김○○ 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2018. 08. 21. 판 결 선 고

2018. 10. 30.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2017. 6. 30. 원고에 대하여 한 2015년 귀속 양도소득세 246,497,280원의 경정청구 거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 1986. 4. 6. 광주 ○구 ○○동 000-1 임야 2,403㎡, 같은 동 000-2 도로 122㎡, 같은 동 산00 임야 1,587㎡, 같은 동 산00-2 임야 817㎡(이하 ‘이 사건 각 토지’라 한다)를 상속으로 취득하였다가 2015. 6. 2. 및 2015. 8. 12. 두 차례에 걸쳐 이 사건 각 토지를 합계 3,188,535,000원에 양도하였다.
• 나. 원고는 이 사건 각 토지의 양도에 관하여 2015년 귀속 양도소득세 869,324,080원을 피고에게 신고․납부하였는데, 당시 위 ○○동 000-1 임야 2,403㎡ 중 건물 부수토지를 제외한 부분과 같은 동 산00 임야 1,587㎡, 같은 동 산00-2 임야 817㎡(이하 ‘쟁점 토지’라 한다)를 모두 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 적용하지 않고 양도소득금액을 산정하였다.
• 다. 이후 원고는 2017. 5. 1. 피고에게 ‘비사업용 토지에 관한 소득세법 제104조의3 규정은 2005. 12. 31. 신설되었으므로, 원고가 쟁점 토지를 취득한 1986. 4. 6.부터 위 규정이 시행되기 전인 2005. 12. 31.까지는 쟁점 토지를 일반토지로 보유한 것으로 보아야 한다. 이 경우 원고가 쟁점 토지를 보유한 전체 기간 중 소득세법 제104조의3 제1항 제2호 에 해당한 기간은 100분의 40을 초과하지 아니하여 쟁점 토지는 비사업용토지에 해당하지 아니하므로 장기보유특별공제 적용대상이다.’라고 주장하면서 2015년 귀속 양도소득세 246,497,280원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였으나, 피고는 2017. 6. 30. 원고의 경정청구를 거부하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.
• 라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 2017. 12. 17. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 조세심판원은 2018. 3. 16. 원고의 심판청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 3, 갑 제2호증, 을 제1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 국세기본법 제18조 제2항 은 ‘국세를 납부할 의무가 성립한 행위에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.’고 규정하고 있고, 같은 법 제21조 제1항 제1호 및 소득세법 제5조 제1항 에 의하면, 소득세의 납세의무는 ‘과세기간(1월 1일부터 12월 31일까지 1년)이 끝나는 때’에 성립한다. 비사업용 토지에 관한 소득세법 제104조의3 규정은 2005. 12. 31. 신설되었는바, 원고가 쟁점 토지를 취득한 1986. 4. 6.부터 위 규정이 시행되기 전인 2005. 12. 31.까지 쟁점 토지를 일반토지로 보유한 행위는 이미 완성(성립)된 사실이므로, 위 소득세법 제104조의3 규정을 2005. 12. 31. 이전의 기간에 대하여까지 소급하여 적용할 수 없다. 그런데 피고는 원고가 쟁점 토지를 보유한 전체 기간(1986. 4. 6.부터 2015. 6. 2. 및 2015. 8. 12.까지)에 대하여 소득세법 제104조의3 규정을 적용함으로써 쟁점 토지가 비사업용 토지에 해당한다고 보고 이 사건 처분을 하였는바, 이는 국세기본법 제18조 제2항, 같은 법 제21조 제1항 제1호 및 소득세법 제5조 제1항 에 반하는 것으로서 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 구 소득세법(2015. 12. 15. 법률 제13558호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제1항, 제2항은, ‘양도차익’에서 ‘장기보유특별공제액’을 공제하여 ‘양도소득금액’을 산정하도록 하면서, 같은 법 제104조의3에 따른 ‘비사업용 토지’는 장기보유특별공제의 대상에서 제외하고 있다. 또한 구 소득세법 제104조의3 제1항 은 ‘“비사업용 토지”란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.’고 규정하면서, 제2호에 ‘임야’를 규정하고, 예외적으로 ‘산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률에 따라 지정된 산림유전자원보호림, 보안림, 채종림, 시험림, 그 밖에 공익을 위하여 필요하거나 산림의 보호·육성을 위하여 필요한 임야로서 대통령령으로 정하는 것’(가.목), ‘대통령령으로 정하는 바에 따라 임야 소재지에 거주하는 자가 소유한 임야’(나.목), ‘토지의 소유자, 소재지, 이용 상황, 보유기간 및 면적 등을 고려하여 거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 임야로서 대통령령으로 정하는 것’(다.목)은 제외한다고 규정하고 있다. 나아가 구 소득세법 시행령(2016. 2. 17. 대통령령 제26982호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제168조의6 제1호에 의하면, 위 법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분의 "대통령령으로 정하는 기간"이란 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우 ‘양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간’, ‘양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간’ 및 ‘토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간(이 경우 기간의 계산은 일수로 한다)’ 모두에 해당하는 기간을 말한다. 한편, 위와 같이 비사업용 토지를 장기보유특별공제 적용대상에서 제외하는 취지의 규정은 2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정된 소득세법 제95조 제2항, 제104조 제1항 제2호의7, 제104조의3, 2005. 12. 31. 대통령령 제19254호로 개정된 소득세법 시행령 제168조의6 (이하 위 각 규정을 통틀어 ‘이 사건 조항’이라 한다)으로 처음 신설되었는데, 위 법률 제7837호 부칙 제1조(시행일)는 ‘이 법은 2006년 1월 1일부터 시행한다. 다만 제95조 제2항(각 호 외의 본문 중 제104조 제1항 제2호의5 내지 제2호의8에 관한 부분에 한한다), 제104조 제1항(제2호의4를 제외한다)의 개정규정은 2007년 1월 1일부터 시행한다.’고 규정하고, 제3조(양도소득세에 관한 일반적 적용례)는 ‘이 법 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 양도하는 분부터 적용한다.’고 규정하였으며, 달리 이 사건 조항이 시행되기 전에 취득한 토지에 관하여 그 취득일부터 이 사건 조항의 시행일 전까지의 기간은 비사업용 토지로 보지 아니한다는 별도의 규정을 둔 바는 없다(다만, 구 소득세법 제104조의3 제2항 및 구 소득세법 시행령 제168조의14 제3항 에서 ‘2006년 12월 31일 이전에 상속받은 농지·임야 및 목장용지로서 2009년 12월 31일까지 양도하는 토지’와 ‘2006년 12월 31일 이전에 20년 이상을 소유한 농지·임야 및 목장용지로서 2009년 12월 31일까지 양도하는 토지’에 관하여 구 소득세법 제104조의3 제1항 에도 불구하고 비사업용 토지로 보지 아니한다고 규정하고 있을 뿐이다). 이 사건에서 원고가 임야인 쟁점 토지를 소유한 전체 기간 동안 구 소득세법 제104조의3 제1항 제2호 단서 각 목에서 정한 예외요건을 구비한 적이 없는 사실은 당사자 사이에 다툼이 없는바, 쟁점 토지는 양도 당시 장기보유특별공제 대상에서 제외되는 비사업용 토지에 해당하였다고 할 것이다.

2. 세법의 기본원칙들 중의 하나인 소급과세금지의 원칙은 조세를 납부할 의무가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대하여 그 성립 후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다는 원칙을 의미하는 것이므로(국세기본법 제18조 제2항), 세법이 제정되거나 개정된 후에 조세를 납부할 의무가 성립한 경우에는 이 원칙이 적용될 여지가 없다(대법원 1989. 9. 29 선고 88누11957 판결 참조). 그리고 양도소득세는 양도행위를 과세요건으로 하고 양도차익을 과세대상으로 하므로 양도자산이 과세요건 및 감면요건에 해당하는지 여부는 양도시기를 기준으로 판단하여야 하고, 개정법 부칙에서 종전의 규정을 소급적으로 적용한다는 명백한 규정을 두지 아니한 이상 관련 경과규정인 부칙의 해석에 있어 그 범위를 함부로 확장해석 할 것은 아니다(대법원 2008. 6. 12. 선고 2007두15124 판결 참조). 그런데 쟁점 토지의 양도로 인한 원고의 양도소득세 납세의무는 이 사건 조항이 신설되기 전에 이미 성립하였던 것이 아니라, 위 조항이 신설되고 구 소득세법 제95조 제2항, 제104조의3 제1항과 같이 개정된 이후인 2015. 6. 2. 및 2015. 8. 12. 원고가 쟁점 토지를 양도함으로써 비로소 성립하였다고 할 것이므로, 설령 피고가 위 각 조항을 적용하여 양도소득세를 부과하는 이 사건 처분을 하였다 하더라도 그것이 소급과세금지의 원칙에 위반된다고 볼 수는 없다. 오히려 원고가 주장하는 바와 같이 이 사건 조항 시행 이전의 보유기간에 대하여 그 적용이 없는 것으로 보는 경우에는 ‘해당 토지를 소유하는 기간’을 기준으로 비사업용 토지를 판단하도록 정한 구 소득세법 제104조의3 제1항, 구 소득세법 시행령 제168조의6 의 문언에 정면으로 반할 뿐만 아니라, 개정규정을 그 시행 후 양도하는 분부터 적용하도록 한 구 소득세법 부칙(제7837호, 2005. 12. 31.) 규정의 취지에도 반하게 되며, 구 소득세법 제104조의3 제2항 및 구 소득세법 시행령 제168조의14 제3항 이 구 소득세법 제104조의3 제1항 에 해당하는 토지라도 ‘2006년 12월 31일 이전에 상속받은 농지·임야 및 목장용지로서 2009년 12월 31일까지 양도하는 토지’와 ‘2006년 12월 31일 이전에 20년 이상을 소유한 농지·임야 및 목장용지로서 2009년 12월 31일까지 양도하는 토지’의 경우 예외적으로 비사업용 토지로 보지 아니한다고 별도로 규정하고 있는 이유도 설명할 수 없게 된다. 원고의 주장은 이유 없다.

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.