1. 처분의 경위
- 가. 원고들은 ○○제13구역주택재개발정비사업(이하 ‘이 사건 정비사업’이라 한다)의 사업구역 내에 별지 기재와 같이 부동산(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 소유하고 있었고, 원고 김AA은 ○○ ○○구 ○○3가동 ○○61-1 지상에 ○○사라는 사찰을 건립·운영하고 있었으며 같은 지상에 원고들 공동으로 주차장을 운영하고 있었다.
- 나. 이 사건 정비사업주체가 보상협의를 위해 의뢰한 감정평가에서 이 사건 부동산(별지 제1의 라. 마.항 및 제2의 마.항 기재 부동산 제외)의 가액은 약 26억 1,300만 원으로 평가되었고, 그 밖에 주차장영업에 대한 휴업보상금(약 1,260만 원), ○○사의 시설이전비(약 900만 원), ○○구 ○○3가동 ○○61-1 토지에서 이전되는 수목과 분재·액자·도자기·수석 등 2,326점(이하 ‘이 사건 수목 등’이라 한다)의 이전비(약 1,840만 원.이하 위 휴업보상금, 시설이전비, 이전비를 합하여 ‘이 사건 영업보상금 등’이라 한다)가 합계 약 4,000만 원으로 평가되었다.
- 다. 이 사건 정비사업주체는 원고 김AA과 사이에 이 사건 부동산의 보상협의가 이루어지지 않자, 원고 김AA을 상대로 ○○○○지방법원 201○가단○○○○○호로 ○○ ○○구 ○○3가동 ○○61-1 지상 건물의 인도를 구하는 소송(이하 ‘이 사건 인도소송’이라 한다)을 제기하였다.
- 라. 이 사건 인도소송은 ○○○○지방법원 201○머○○○○호로 조정회부되었고, 원고 김BB, 이AA 및 ○○사가 각 조정참가하여 아래와 같은 내용으로 2013. 10. 29.자 조정을 갈음하는 결정(이하 ‘이 사건 결정’이라 한다)이 확정되었다.
1. 이 사건 정비사업주체는 이 사건 부동산의 매매대금, 영업보상금, 이사비, 종교시설 ○○사의 종교활동 중단 등으로 인한 보상금으로 원고 김AA에게 1,994,923,059원을, 원고 이AA에게 1,144,126,239원을, 원고 김BB에게 846,879,259원을, ○○사에게 500,698,913원을 각 지급하되, 원고 김AA에게 지급할 금원 중 997,461,529원을, 원고 이AA에게 지급할 금원 중 572,063,119원을, 원고 김BB에게 지급할 금원 중 423,439,629원을, ○○사에게 지급할 금원 중 250,349,456원을 각 2013. 11. 30.까지, 나머지 각 금액은 2013. 12. 31.까지 지급한다.
2. 원고들 및 ○○사는 이 사건 조정성립 후 즉시 이 사건 부동산의 이전에 관한 모든 구비 서류를 이 사건 정비사업주체가 지정하는 법무사 사무실에 보관한다.
3. 원고들 및 ○○사는 2013. 11. 30.까지 이 사건 부동산을 인도한다. (4, 5항 생략)
6. 원고들 및 ○○사는 제1항의 금원을 모두 지급받은 후 즉시 이 사건 정비사업주체에게 이 사건 부동산의 소유권이전등기절차를 이행한다.
7. 원고들 및 ○○사는 제1항의 금원 외에 이 사건 정비사업주체에게 보상과 관련한 일체의 비용을 청구하지 않는다. (8, 9항 생략)
- 마. 원고들은 2014. 2. 28. 이 사건 결정에 의하여 지급받은 보상금(이 사건 결정에서 정한 보상금 중 ○○사가 지급받은 보상금을 제외한 보상금을 의미한다. 이하 ‘이사건 보상금’이라 한다) 중 국공유지인 별지 순번 제2의 라, 마항 기재 부동산에 해당 하는 몫인 30,469,500원을 제외한 나머지 3,955,459,057원에서 위 감정평가액을 기준으로 이 사건 영업보상금 등의 비율에 상당하는 금원을 공제한 나머지(원고 김AA 1,929,250,498원, 원고 이AA 1,138,759,493원, 원고 김BB 842,779,939원)를 이 사건 부동산의 양도가액으로 삼아 계산한 양도소득세(원고 김AA 306,706,072원, 원고 이AA 127,734,314원, 원고 김BB 125,489,586원)를 신고·납부하였다.
- 바. 원고들은 2017. 3. 6. 이 사건 보상금에는 이 사건 수목 등이 이전과정에서 파손되는 손실에 대한 보상금(이하 ‘이 사건 감손보상금’이라 한다)도 포함되어 있는데 최초 신고 당시 이를 공제하지 아니하였다면서, 피고를 상대로 원고들이 계산한 이 사건 감손보상금액을 공제하여 산정한 세액과 원고들이 신고·납부한 세액의 차액에 해당하는 합계 95,715,880원(원고 김BB 12,792,880원, 원고 김AA 70,278,290원, 원고 이AA 12,644,710원)의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.
- 사. 피고는 2017. 4. 24. ‘제출된 서류만으로는 수목이전에 따른 손실보상비가 보상금액에 포함되어 있다고 인정할 만한 근거가 부족하다’는 이유로 원고들의 경정청구를 거부하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였고, 원고들은 2017. 7. 18. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2017. 10. 16. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 9, 10호증, 을 제1 내지 4, 6, 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지