소득세법상 자산의 양도차익을 계산할 때 취득시기 및 양도시기

사 건 2018구단15161 양도소득세부과처분취소 원 고 박○○ 피 고 aa세무서장 변 론 종 결

2019. 6. 18. 판 결 선 고

2019. 8. 27.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2017. 6. 3. 원고에 대하여 한 2016년 귀속 양도소득세 449,727,061원 1) 의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2004. 4. 29. 취득한 서울 동대문구 xx동 000-00 대지 및 지상 건물(이하 위 대지 및 건물을 이 사건 부동산이라 한다)에 관하여 2008. 8. 12. 아래와 같이 김△△에게 이 사건 부동산의 지분 50%를 양도하는 약정(이하 이 사건 제1약정이라 한다)을 하였다.

1. 김△△ 은 원고에게 양수대금으로 27억 5,000만 원을 지불하며 방법은

• 가. 현금 6억 1,675만 원 지급함.
• 나. 원고가 이 사건 부동산을 담보로 금융기관으로부터 받은 대출금 중 19억 원을 김△△ 이 상환키로 함(상환시까지 이자를 김△△ 이 지급함).
• 다. 본 약정일 기준 현재 임대차보증금 4억 6,650만 원 중 50%인 2억 3,325만원은 각 임대차계약 만료시 김△△ 이 임차인에게 반환한다.
• 라. 가항의 지급방 법은 약정체결일 계약금으로 2억 6,000만 원을 지급하고, 중도 금 5,675만 원은 2008. 9. 30.자로, 잔금 3억 원은 2008. 10. 31.자로 지급한다. 단, 양도인이 본 계약을 이행치 아니할 경우 계약금의 배액을, 양수인이 이행치 아니할 경우 계약금에 대한 반환을 청구치 아니하며 이에 대한 민·형사상의 이의를 제기치 아니한다.

2. 원고는 이 사건 부동산의 2분의 1 지분에 대하여 김△△ 을 근저당권자로 하여 채권최고액 12억 원의 근저당권설정등기 및 처분금지가처분을 경료하여 주기로 한다.

3. 이 사건 부동산의 현재 임대수입 월 2,303만 원은 원고와 김△△ 이 각 50%씩 분배한다.

4. 본 약정관련 잔금지급일 이전의 이 사건 부동산 관련 채권·채무는 원고가 청산한다.

5. 본 약정관련 잔금지급일 이후 이 사건 부동산 관련 일체의 권리 및 의무는 원고와 김△△ 이 공동으로 부담한다.

김△△ 은 임대료배분 등 정산은 익월 5일자로 한다. 단, 5일이 공휴일인 경우 익일로 하며, 김△△ 이 부담키로 한 대출금의 이자를 제외한 나머지 금액을 김△△ 에게 지급한다.

7. 천재지변 및 비상시국 등 예상치 못한 상황발생으로 김△△ 이 가져갈 3항의 임대수입액이 1항의 대출금 이자를 충당치 못할 경우 김△△ 은 부족한 금액을 원고에게 즉시 지급한다. 만약 부족금액이 6개월 이상 연체될 경우 본 약정은 자동 해지되며 이 경우 김△△ 은 이 사건 부동산의 50% 지분에 대한 일체의 권리를 조건 없이 포기하며 약정시 원고에게 지급한 현금 6억 1,675만 원은 위약금으로 원고가 몰취하고 김△△ 은 이의 반환을 요구치 아니하며 이에 대한 민·형사상 이의를 제기치 않기로 한다.

8. 이 사건 부동산 관련 제세공과금 등 지출이 발생된 경우 원고와 김△△ 이 공동으로 부담한다. 9. 원고와 김△△ 은 이 사건 부동산을 평당 7,500만 원 이하의 금액으로 매각할 수 없다. 단, 갑과 을이 합의가 있을 경우는 예외로 하며, 위 금액 이상으로 매각할 수 있을 경우 상대방에게 동의를 받지 아니하고 부동산 전부를 매각할 수 있다.

김△△ 이 상환키로 한 19억 원 외로 이 사건 부동산을 담보로 동 금액 범위 내에서 대출을 받을 수 있으며 이 경우 김△△ 은 근저당권설정등기 및 처분금지가처분을 일시 해지한 후 원고의 대출 후 다시 설정 및 처분금지가처분을 하며 이 경우 이에 대한 비용은 원고가 부담키로 한다.

13. 제3자에게 이 사건 부동산을 매각시 예상되는 양도소득세 등 제반비용을 제외한 나머지 금액을 분배하고 추후 정산키로 한다. 단, 양도소득세는 매매가 40억 원 초과부분에 한함.

• 나. 김△△은 이 사건 약정 무렵 이◇◇, 방●●, 박▲▲, 김◆◆(이하 위 4명과 김경원을 함께 지칭할 때에는 김△△ 외 4인이라 한다)과 사이에 아래와 같은 내용의 약정(이하 이 사건 제2약정이라 한다)을 하였다. 부동산 표시: 서울 동대문구 xx동 000-00 상기 부동산에 대하여 2008. 8. 12.자로 별첨 약정서(이 사건 제1약정서이다)와 같이 지분 50%를 양수함에 있어 편의상 약정인들 중 김△△ 을 양수인으로 하여 계약을 체결하였기에 본 약정인들은 다음과 같이 약정을 체결한다. 다 음 제1항 위 부동산의 50% 지분에 대한 양수대금은 총 28억 5,000만 원으로 한다. 단, 동 금원 중 기대출금 19억 및 임대차보증금 4억 6,650만 원, 현금 7억 1,675만 원(부동산컨설팅비용 일억원 포함) 제2항 제1항의 양수대금 중 아래와 같이 각 지분을 가지기로 한다. 아 래

1. 김△△ 60,000,000원 약 8%

2. 이◇◇ 200,000,000원 약 28%

3. 방●●, 박▲▲ 336,750,000원 약 47%

4. 김◆◆ 120,000,000원 약 17% 제3항 본 약정인들은 제2항의 지분에 따라 각 투자금을 지급키로 하며 기대출금을 상환하기 이전까지 각 지분에 따라 이자금을 분배하여 지급키로 한다.

• 다. 김△△ 은 이 사건 제1약정에 따라 2008. 10. 31.까지 원고에게 6억 1,675만 원을 지급하였고, 2008. 12.경부터 이 사건 부동산의 담보대출금 이자를 분담하는 한편 이 사건 부동산의 임료 수입을 분배받았는데, 김△△ 외 4인 사이에는 이 사건 제2약정에서 정한 비율대로 그 부담과 수입을 배분하였다. 김△△ 은 이 사건 부동산 지분에 대한 소유권이전등기는 경료하지 아니하였고, 이 사건 부동산에 채권최고액 12억 원인 근저당권을 설정하였다.
• 라. 이 사건 부동산은 2016. 1. 8. 김bb, 신cc에게 52억 7,000만 원에 양도되어 그에 따른 소유권이전등기가 마쳐졌고, 같은 날 이 사건 부동산에 원고를 채무자로 하여 경료되어 있던 근저당권설정등기가 말소되었다. 원고는 그 무렵 김△△ 외 4인에게 위 양도금액의 1/2에 해당하는 26억 3,500만 원에서 이 사건 제1약정에 따라 김△△ 이 상환하기로 한 대출금 19억 원과 기타 비용을 공제한 나머지 금원을 이 사건 제2약정에 따른 지분비율에 따라 나누어 지급하였다.
• 마. 원고는 이 사건 부동산의 1/2 지분(이하 이 사건 지분이라 한다)은 이 사건 제1약정에 따라 2008. 10. 31. 김△△ 으로부터 6억 1,675만 원을 모두 지급받음으로써 양도되었고, 나머지 1/2 지분을 2016. 1. 18. 김bb, 신cc에게 양도한 것으로 보고 위 나머지 1/2 지분에 대하여 양도가액 26억 3,500만 원, 취득가액 18억 5,000만 원으로 계산한 양도소득세 1억 8,000만 원을 예정신고하였다.
• 바. 피고는 2017. 3. 22.경부터 2017. 4. 29.경까지 원고에 대한 양도소득세 조사(이하 이 사건 조사라 한다)를 거쳐, 김△△ 의 이 사건 제1약정 제1의 나항에서 정한 대출금 상환의무가 2016. 1. 8. 비로소 이행되었으므로 그때 이 사건 지분의 양도가 완료되었다고 보아, 2017. 6. 13. 원고에게 이 사건 부동산 전체에 대하여 양도가액 52억 7,000만 원, 취득가액 37억 6,700만 원, 양수인은 신bb(25%), 김cc(25%), 김△△ (4%), 이◇◇(24%), 방●●·박▲▲(23.5%), 김◆◆(13.5%)로 하여 계산한 양도소득세 447,678,360원을 부과하는 처분(이하 이 사건 처분이라 한다)을 하였다.
• 사. 원고는 이의신청 및 조세심판원의 전심절차를 거쳐 이 사건 소를 제기하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4, 7, 8, 11 내지 13호증, 을 제1, 3, 4, 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 ⑴ 김△△ 이 이 사건 제1약정에서 정한 ‘잔금’ 3억 원의 지급을 완료한 2008. 10. 31. 이 사건 지분은 김△△ 에게 양도되었고, 김△△ 은 그 중 일부를 이◇◇, 방●●, 박▲▲, 김◆◆에게 전매하였다가 이◇◇(24%), 방●●·박▲▲(23.5%), 김◆◆ 외 4인이 2016. 1. 8. 자신들의 지분 전부를 김bb, 신cc에게 다시 전매한 것이다. 2008. 10. 31.을 기준으로 계산하면 이 사건 처분 당시 이 사건 지분에 대한 양도소득세 부과제척기간 7년이 도과하였음이 역수상 명백하다. 그럼에도 피고는 이 사건 지분이 김경원에게 양도된 시점을 2016. 1. 8.로 보고 이 사건 지분을 포함한 이 사건 부동산 전부에 대한 양도소득세를 원고에게 부과한 잘못이 있다. ⑵ 피고는 2008. 8. 12. 김△△ 에게 이 사건 지분을 양도한 행위를 조사대상으로 하여 사전통지를 하였음에도 정당한 사유 없이 2016. 1. 8. 이 사건 부동산 전체를 신bb, 김cc에게 양도한 행위에까지 확대하여 이 사건 조사를 하였는바, 이러한 위법한 조사에 근거하여 원고에게 양도소득세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 판단 ⑴ 이 사건 지분의 양도시기 ㈎ 소득세법 제98조 는 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다고 규정하고, 소득세법 시행령 제162조 제1항 제1호 는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일을 그 취득시기 및 양도시기로 하도록 규정하고 있다(위 소득세법 시행령 규정은 2001. 12. 31. 대통령령 제17456호로 개정되기 전에는 ‘매매계약서에 기재된 잔금지급약정일’을 취득시기 및 양도시기로 하되 잔금지급 약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 하도록 규정하고 있었으나 위 개정 이후에는 현재까지 같은 내용으로 되어 있다). 여기에서 대금을 청산한 날이라 함은 실제로 잔대금을 지급하여 사실상의 소유권을 취득한 시점을 말한다(대법원 1999. 10. 26. 선고 98두2669 판결 참조). 구 국세기본법(2017. 12. 19. 법률 제15220호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항은 국세부과의 제척기간을 규정하면서, 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간(제1호), 납세자가 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간(제2호), 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간(제3호)으로 각 규정하고 있고, 구 국세기본법 시행령(2019. 2. 12. 법률 제29534호로 개정되기 전의 것) 제12조의3 제1항 제1호는 ‘과세표준과 세액을 신고하는 국세의 경우 해당 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한의 다음 날’을 국세를 부과할 수 있는 날로 규정하고 있다. 한편 구 소득세법(2017. 12. 19. 법률 제15225호로 개정되기 전의 것) 제110조 제1항은 ‘해당 과세기간의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득 과세표준을 그 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다’라고 규정하고 있다. ㈏ 이 사건에서 이 사건 지분의 양도시기를 2008. 10. 31.로 보고 원고가 주장하는 7년의 부과제척기간을 적용하는 경우(피고는 제척기간에 대해서 별다른 주장을 하지 않고 있다) 이 사건 처분은 양도소득세를 부과할 수 있는 2009. 6. 1.부터 7년이 도과하여 부과한 결과가 된다. 따라서 이 사건 지분의 양도시기에 대하여 보건대, 앞서 본 사실관계 및 증거에 의하여 인정되는 아래의 사정에 비추어 볼 때, 이 사건 지분의 양도시기는 2016. 1. 8.로 봄이 상당하다.

① 이 사건 제1약정에서 김△△ 이 대출금을 상환하기로 하였으나 이는 원고가 채무를 면하는 성격의 채무인수가 아니라 원고의 채무는 그대로 존속한 채 피고가 원고에 대한 관계에서 상환의무를 부담하는 이행인수의 성격을 띠고 있다. 여기에 피고가 상환하기로 한 대출금의 액수가 이 사건 지분 양도대금의 69%를 상회하는 비중을 차지하고 있는 점에 비추어 볼 때, 김△△ 이 위 대출금을 실제 상환하지 아니한 채 이 사건 제1약정에서 정한 ‘잔금’ 지급을 완료하였다고 하여 사회통념상 김△△ 이 이 사건 지분의 대가적 급부의 이행을 완료하였다고 보기는 어렵다.

② 원고는 2008. 10. 31. 이 사건 지분이 양도된 것으로 보면서도 당시에 양도소득세를 신고·납부하지 않은 이유를 밝히라는 이 법원의 석명에 대하여 김△△ 이 이 사건 지분에 관한 소유권이전등기를 마치지 않았기 때문이라는 취지로 답변하고 있는바, 이러한 원고의 답변은 위 2008. 10. 31. 이 사건 제1약정에 따른 이행이 완료되지 아니하였다는 원고의 인식을 스스로 드러내고 있다고 볼 수 있다. 원고는 이 사건 제1약정이 해제나 취소될 가능성을 염두에 두었다는 취지로도 주장하고 있으나, 그러한 사정만으로 7년 이상 양도소득세를 신고·납부하지 아니하였다고는 믿기 어렵다.

③ 이 사건 제1약정에 이 사건 지분에 관하여 김△△ 앞으로 소유권이전등 기절차를 이행하는 내용이 전혀 포함되어 있지 아니하고 김△△ 앞으로 근저당권설정등기만을 경료한 점 등에 비추어 볼 때, 이 사건 제1약정은 김△△ 이 이 사건 지분을 양수하되 그 소유 명의는 원고가 그대로 보유하고 일정 조건을 충족하는 경우 이 사건 부동산을 제3자에게 전매하여 양도소득세를 포함한 비용을 공제한 나머지 수익을 정산하는 것을 전제로, 그 정산의 방법과 정산이 완료될 때까지 처분의 제한, 수입과 비용의 분담 등을 정하는 내용으로 보인다. 이 점에서 이 사건 제1약정은 이 사건 부동산의 양도에 따른 양도소득세 전부가 원고 앞으로 부과됨을 전제로 하고 있다고 볼 수 있다.

④ 피고는 이 사건 부동산의 양도가액을 김bb, 신cc에게 매도한 가액인 52억 7,000만 원으로 산정하고 있고, 이에 의하면 이 사건 지분의 양도가액을 26억 3,500만 원으로 산정한 것으로 보이는바, 원고가 이 사건 제1약정에 따라 김△△ 에게 이 사건 지분을 양도한 가액은 27억 5,000만 원이므로 피고는 이를 과소하게 산정한 것이다. 그러나 양도가액을 과소산정함으로써 원고에게 부과된 세액은 실제 부과되어야 할 세액보다 적을 것이므로 그로 인하여 이 사건 처분이 위법하여 취소되어야 한다고 보기 어렵다. ⑵ 이 사건 조사의 적법 여부 ㈎ 구 국세기본법(2017. 12. 19. 법률 제15220호로 개정되기 전의 것) 제81조의7 제1항은 세무공무원은 세무조사를 하는 경우에는 조사를 받을 납세자에게 조사를 시작하기 10일 전에 조사대상 세목, 조사기간 및 조사 사유, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항을 통지하여야 한다고 규정하고, 구 국세기본법 제81조의9 제1항 은 세무공무원은 구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 조사진행 중 세무조사의 범위를 확대할 수 없다고 규정하면서 같은 조 제2항은 제1항에 따라 세무조사의 범위를 확대하는 경우에는 그 사유와 범위를 납세자에게 문서로 통지하여야 한다고 규정하고 있다. ㈏ 갑 제5호증, 을 제11, 12호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고는 원고가 이 사건 부동산 중 이 사건 지분을 제외한 나머지 지분에 대하여만 양도소득세 예정신고를 한 데 대하여 2017. 3. 10.경 원고에게 조사대상 세목을 양도소득세, 조사대상 과세기간을 2016. 1. 8., 조사기간을 2017. 3. 22.부터 2017. 4. 10.까지, 조사사유를 ‘신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우에 해당하여 세무조사 실시’라는 내용으로 사전통지를 한 사실, 세무조사 과정에서 이 사건 제1약정의 존재가 드러나는 등 추가 조사가 필요해지자 피고는 조사기간을 2017.

4. 29.까지 연장하면서 원고에게 세무조사기간 연장통지를 하였는데 그 통지서에 ‘2008. 8. 12. 김△△ 외 3인에게 지분을 1/2을 양도한 혐의가 있어 부과제척기간 10년으로 보아 2008년 귀속 양도소득세 과세를 위하여 조사연장이 필요함’이라는 취지로 기재한 사실, 그 후 피고는 김△△ 외 4인에 대한 이 사건 지분의 양도가 2016. 1. 8. 이루어졌다고 보아 이 사건 지분을 포함한 이 사건 부동산 전체에 대한 2016년 귀속 양도소득세를 원고에게 부과하는 이 사건 처분을 한 사실을 인정할 수 있다. 위 인정사실에 의하면, 피고는 원고가 이 사건 부동산 중 이 사건 지분을 제외한 나머지 지분에 대해서만 양도소득세 예정신고를 하자 이 사건 지분에 대한 양도소득세 신고를 누락한 것으로 보고 이를 포함한 이 사건 부동산 전체의 양도에 따른 양도소득세를 조사대상으로 삼아 사전통지를 거쳐 이 사건 조사를 시작한 것으로 보이고, 다만 조사과정에서 이 사건 지분에 대한 양도소득세 귀속연도를 잠정적으로 2008년으로 보았다가 최종적으로 2016년으로 판단한 것에 불과한 것으로 보이는바, 피고가 이 사건 조사대상을 이 사건 지분 양도에 따른 양도소득세로 삼았다가 이 사건 부동산 전체의 양도에 따른 양도소득세로 확대하였다거나 혹은 원고에 대한 2008년 귀속 양도소득세를 조사대상으로 삼았다가 2016년 귀속 양도소득세로 확대하였다고 보기는 어렵다. 따라서 이와 다른 전제에 있는 원고 주장은 받아들이지 아니한다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다. 1) 아래에서 보듯 피고는 2017. 6. 13. 원고에게 양도소득세 447,678,360원을 부과하였는바, 원고의 착오기재로 보인다.