비상장 중소기업 대주주의 주식 양도시 양도세율 적용

사 건 서울행정법원-2018-구단-1100 양도소득세경정청구거부처분취소 원 고

○○○ 피 고 ◎◎세무서장 외1 변 론 종 결

2018. 11. 7. 판 결 선 고

2019. 1. 16.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2017. 7. 4. 원고에 대하여 한 20,403,560원의 감액경정 거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 비상장법인인 A 주식회사[ 중소기업기본법 제2조 제1항 이 정한 중소기업(이하 ‘중소기업’이라고만 한다)에 해당한다. 이하 ‘소외 회사’라 한다]의 총 발행주식 1,192,140주 중 4,320주를 취득하였다가 2016. 3. 2. B 주식회사에 위 주식을 308,880,000원에 양도하였다(이하 '이 사건 양도'라 한다).
• 나. 원고는, 피고에게, 이 사건 양도와 관련하여, 2016. 4. 12. 구 소득세법(2016. 12.20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조 제1항 제11호 다목이 정한 20%의 양도소득세율을 적용하여 2016년 귀속 양도소득세 40,807,120원을 예정신고‧납부하였다가 2017. 5. 2. 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목이 정한 10%의 양도소득세율이 적용되어야 한다는 이유로 기납부한 양도소득세 중 20,403,560원의 감액경정을 청구하였다.
• 다. 그러나 피고는 2017. 6. 30. 원고에 대하여 이 사건 양도에 관하여 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목이 정한 10%가 아니라 같은 호 다목이 정한 20%의 양도소득세율이 적용된다는 이유로 감액경정 거부처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 라. 원고는 이에 불복하여 2017. 7. 7. 국세청장에게 심사청구를 하였으나, 2017. 10.16. 심사청구가 기각되었다.

• 가. 원고의 주장

1. 구 소득세법 제3장에 규정된 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 는, 중소기업의 주식 양도에 적용되는 양도소득세율에 관하여, 양도 주체가 해당 중소기업의 ‘대주주가 아닌 자’인 경우에는 10%(나목), 그 밖의 경우에는 20%로 정하고 있다(다목).

2. 그런데 구 소득세법 제3장에 규정된 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목은 “㉠자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인(이하 ‘주권상장법인’이라 한다)의 주식등으로서 ㉡ 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는㉢ 대주주(이하 이 장에서 ‘대주주’라 한다)가 양도하는 것…”이라고 규정하는바, 위 규정 중 “㉠ 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는” 부분뿐만 아니라 “㉡ 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인(이하 ‘주권상장법인’이라 한다)의 주식등으로서” 부분도 “㉢ 대주주(이하 이 장에서 ‘대주주’라 한다)”를 수식한다고 보아야 하므로, 구 소득세법 제3장에서 말하는 ‘대주주’는 주권상장법인에만존재하는 개념으로 볼 것이다.

3. 따라서 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목 중 ‘대주주 아닌 자’에서 말하는 대주주도 주권상장법인인 중소기업의 대주주만을 의미하므로, 주권상장법인이 아닌 중소기업의 주주는 그 지분율 등과 관계없이 위 규정에서 말하는 ‘대주주 아닌 자’에 해당할 수밖에 없다.

4. 그러므로 주권상장법인이 아닌 소외 회사의 주주인 원고는 지분율 등과 관계없이 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목에서 말하는 ‘대주주 아닌 자‘에 해당하므로,이 사건 양도에 관하여는 위 규정이 정한 10%의 양도소득세율이 적용되어야 한다.

• 나. 관계법령 ■ 구 소득세법 제94조(양도소득의 범위)

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. ㉠-1 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다)의 주식등으로서 ㉡-1 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 ㉡-2 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 ㉠-2 양도하는 것 (이하 생략) 별지 관계법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목이 정한 ‘대주주’의 의미 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목(이하 ‘이 사건 법률 규정’이라 한다)에서 말하는 대주주가 주권상장법인에만 존재하는 개념인지를 본다.

• 가) 문언해석 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 2012. 7. 5. 선고 2012두 3972 판결 등 참조). 그리고 법규의 규범적인 의미내용은 그 문언을 문법 구조대로 해석하는 것이 원칙이고(대법원 1999. 8. 19. 선고 98두1857 전원합의체 판결 중 다수의견에 대한 보충의견 부분 참조), 이러한 원칙은 조세법규의 해석에 있어 더욱 강조되어야 할 것이다. 이 사건 법률 규정은 다음과 같다(㉠-1, ㉡-1 등의 표시와 밑줄은 강조를 위해 부기한 것이다). 앞서 든 법리에 비추어 보건대, 이 사건 법률 규정 중 “㉠-1 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인(이하 ‘주권상장법인’이라 한다)의 주식등으로서” 부분은 “㉠-2 양도하는 것”이라는 명사절을, “㉡-1 주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는” 부분은 “㉡-2 대주주(이하 이 장에서 ‘대주주’라 한다)”를 각각수식한다고 해석하는 것이 국어 문법에 맞는 해석이다. 즉, 이 사건 법률 규정은 “㉡-1, ㉡-2 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)” 부분에서 양도의 주체를, “㉠-1 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다)의 주식등” 부분에서 양도의 대상을 각각 정하였다고 볼 것이고, 이와 같이 보는 것이 문맥상으로도 자연스럽다. 원고의 주장은, 법률이『‘자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인 (이하 "주권상장법인"이라 한다)의 주주 중 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주주’(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)』와 같이 규정된 경우에나 설득력을 가질 수 있을 것이다.
• 나) 논리적․체계적 해석

① 원고 주장대로 이 사건 법률 규정 중 “㉡-1 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려 하여 대통령령으로 정하는” 부분뿐만 아니라 “㉠-1 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 에 따른 주권상장법인(이하 ‘주권상장법인’이라 한다)의 주식등으로서” 부분도 “㉡-2 대주주(이하 이 장에서 ‘대주주’라 한다)”를 수식한다고 보면, 권리의무의 주체가 아닌 ‘주권상장법인의 주식등’을 어떠한 법인의 ‘대주주’로 보는 것이 될 수 있다.

② 이 사건 법률 규정에서 ‘주권상장법인의 주식 등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 것’이라고 규정한 것은 상장주식을 이용한 변칙증여를 방지하고 부동산 등 다른 자산을 양도하는 경우와의 과세형평을 기하기 위하여 상장주식을 거래하는 경우에 대하여도 양도소득세를 과세하도록 하되, 일시에 모든 상장주식을 대상으로 하기보다는 자본시장의 충격을 완화하고 소액투자자의 이익을 어느 정도 보호해 주기 위하여 일정 규모 이상의 주식을 소유한 자의 거래 등을 과세대상으로 하다가 자본시장이 건전하게 발전되면 그 범위를 점진적으로 확대하고자 하는 입법자의 의도를 반영한 것일 뿐[헌법재판소 2006. 2. 23. 선고 2004 헌바32, 2005헌바63·102·104·105(병합) 결정 등 참조], 주권상장법인에 관하여만 대주주의 개념을 인정하기 위하여 규정한 것으로 해석하기는 어렵다.

③ 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 나목에서는 양도소득의 범위에 대하여 ‘주권상장법인이 아닌 법인의 주식등’으로 규정하고 있어, 비상장주식의 경우에는 대주주와 대주주가 아닌 주주를 구분하지 아니하고 있다고 보인다.

④ 이 사건 법률 규정의 위임에 따라 구 소득세법 시행령 제157조 제4항 에서는 ‘법인의 주식 등을 소유하고 있는 주주 및 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 그와 다음 각 목의 구분에 따른 자(직계존비속, 친족관계 등, 이하 ’기타주주‘라 한다)가 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 소유한 주식 등의 합계액이 해당 법인의 주식 등의 합계액에서 차지하는 비율이 100분의 1 이상인 경우 해당 주주 1인 및 기타주주’(제1호) 내지 ‘주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 및 기타주주가 소유하고 있는 해당법인의 주식 등의 시가총액이 25억 원 이상인 경우의 해당 주주 및 기타주주’(제2호)를 ‘대주주’로 규정하고 있어, 주권상장법인과 주권비상장법인을 구분하지 아니하고 ‘대주주’의 범위를 정하고 있다.

⑤ 구 소득세법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17032호로 개정되기 전의 것) 제157조 제4항, 제5항에서는 ‘유가증권 시장에 상장된 주권을 발행한 법인(주권상장법인)의 주식’과 ‘한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식’의 양도를 구분하여 규정하면서, 주권상장법인의 대주주에 대하여만 그 범위를 규정하고 있었는데, 위 구 소득세법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17032호로 개정되기 전의 것)에 의하더라도 주권상장법인의 대주주의 개념을 주권비상장법인의 대주주를 정의함에도 동일하게 적용하여야 하는 것으로 해석하였을 뿐만 아니라(대법원 2007. 11. 29. 선고 2006두18041 판결 참조), 개정된 구 소득세법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17032호로 개정된 것) 제157조 제4항에서는 ‘주권상장법인’과 ‘주권비상장법인’을 구분하지 아니하고 ‘대주주’의 개념을 동일하게 적용하는 것으로 개정된 것으로 보인다.

⑥ 구 소득세법 시행령(2005. 8. 5. 대통령령 제18988호로 개정된 것)에서 구 소득세법 시행령에 이르기까지 ‘대주주’에 해당하기 위한 요건을 ‘코스닥상장법인의 주식’,‘코넥스상장법인의 주식’, ‘벤처기업의 주식’ 및 ‘기타 법인의 주식’을 구분하여 ‘대주주’의 요건을 달리 규정하고 있는바, 위와 같은 규정 또한 주권비상장법인의 주식의 경우에도 ‘대주주’가 존재함을 전제로 한 규정이라고 보아야 한다.

⑦ 구 소득세법 시행령 제157조 제4항 제2호 에서 보유하고 있는 주식 등의 시가총액에 따라 ‘대주주’의 개념을 규정하고 있는데, 구 소득세법 시행령 제157조 제6항 제1호 에서는 ‘주권상장법인의 주식 등’의 시가총액 산정기준을, 제2호에서는 ‘그 외의 모든 주식 등’의 시가총액 산정기준을 각 규정하고 있는 것으로 보이는바, 이는 비상장법인의 경우에도 시가총액에 의한 ‘대주주’ 여부를 판단하기 위한 규정이라고 보인다.

• 다) 소결 문언해석과 논리적․체계적 해석의 어느 관점에서 보더라도, 이 사건 법률 규정에서 말하는 ‘대주주’에 해당하기 위해서는 이 사건 법률 규정의 위임에 따라 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령이 정한 요건을 갖추기만 하면 되고, 반드시 주권상장법인의 주주일 것을 요하지는 아니한다고 봄이 타당하다.

2. 원고가 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목에서 말하는 ‘대주주 아닌 자‘에 해당하는지 앞서 든 증거에 의하면, 이 사건 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일을 기준으로 소외 회사의 총 발행주식 1,192,140주 중 원고가 4,320주(지분율:0.36%, 이 사건 양도 주식이다)를, 원고의 모친이 3,600주(지분율: 3.02%)를 각 보유하고 있었던 사실이 인정되는바, 위 인정사실에 의하면, 원고와 원고 모친의 소외 회사에 대한 지분율이 합계 3.38%(= 0.36% + 3.02%)에 달하므로, 원고는 이 사건 법률 규정의 위임에 따라 구 소득세법 시행령(2016. 11. 29. 대통령령 제27617호로 개정되기 전의 것) 제157조 제4항 제1호 나의 1)목이 정한 대주주의 요건을 갖추고 있다. 따라서 원고는 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목에서 말하는 ‘대주주 아닌 자‘에 해당하지 아니한다고 할 것이다.

3. 소결론 그렇다면, 이 사건 양도는 중소기업의 ‘대주주 아닌 자’가 주식을 양도한 경우에 해당하지 아니하므로, 이에 관하여는 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목이 정한10%의 양도소득세율이 아니라 같은 호 다목이 정한 20%의 양도소득세율이 적용되어야 한다. 이 사건 처분은 적법하다.

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.