국내에 등록되지 않은 특허권의 사용료는 국내원천소득에 해당하지 않으며, 등록되지 않은 특허권 역시 마찬가지임

사 건 2017구합86682 법인세경정거부처분취소 원 고 스AAAAA 피 고 BBB세무서장 변 론 종 결

2019. 5. 3. 판 결 선 고

2018. 6.28.

1. 피고가 2017. 2. 9. 원고에 대하여 한 2013년 귀속 법인세 1,398,029,226원의 경정거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고는 AA전자 주식회사 및 그 자회사들(이하 ‘AA전자’라고 통칭한다)을 상대로 미국, 독일, 영국에서 각 특허침해소송을 제기하였다.
• 나. 위 특허침해소송이 계속되던 중, 원고 및 일본법인 A○○○○ CO.,LTD(이하 ‘A○○○○'라고 한다)는 2013. 4. 12. AA전자와 사이에, 원고 또는 A○○○○가 보유한 미국 등에 등록 또는 출원 중에 있는 특허 432개(이하 ’이 사건 특허‘라 한다) 1) 와 관련하여, 그에 대한 영구적․비배타적․전세계적 사용권을 AA전자에게 부여하고, 그 대가로 원고가 AA전자로부터 미화 8,425,000달러(이하 ’이 사건 사용료‘라 한다)를 지급받기로 하는 내용의 합의를 하였다(이하 ’이 사건 계약‘이라 한다).
• 다. AA전자는 2013. 8. 10. 원고에게 이 사건 계약에 따른 위 사용료 9,363,544,999원(미화 8,425,000달러)을 지급하면서, 구 법인세법(2015. 12. 15. 법률 제13555호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제93조 제8호 및 대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약(이하 ‘한·미 조세협약’이라 한다) 제14조에 따른 제한세율 15%를 적용하여 법인세 1,404,531,749원을 원천징수하여 신고·납부하였다.
• 라. 원고는 “이 사건 사용료 중 국내에 등록되지 않은 특허권 사용에 대한 대가는 원천징수 대상 국내원천소득이 아니므로, 이 사건 사용료를 이 사건 특허 432개에 대한 국내 출원 중인 특허 2개의 비율로 안분한 43,350,157원만이 국내원천소득이고, 여기에 제한세율 15%를 적용한 정당세액은 6,502,523원에 불과하므로, 1,398,029,226원이 환급되어야 한다”는 취지로 경정청구를 하였으나, 피고는 2019. 2. 9. 위 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2017. 4. 28. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2017. 8. 31. 위 심판청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 12호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고 한·미 조세협약에 따르면 이 사건 특허 중 국내에 등록되지 않은 특허권의 사용에 대한 대가로 미국법인인 원고가 지급받은 사용료는 원천징수대상인 국내원천소득에 해당하지 않는다. 그럼에도 이를 국내원천소득에 해당하여 원천징수대상이 된다고 보고 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 피고

1. 한·미 조세협약 제6조 제3항은 제14조 제4항에서 규정하는 특허권 등 사용료의 국내원천소득 여부를 ‘사용지주의’ 원칙으로 결정한다고 규정하면서도, ‘사용’의 의미에 대하여는 구체적으로 규정하고 있지 않다. 따라서 한·미 조세협약 제2조 제2항에 따라 ‘사용’의 의미는 사용료 소득에 대한 조세가 결정되는 국내법에 따라 해석하여야 한다. 그런데 구 법인세법 제93조 제8호 단서 후문은 특허권 등이 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 보아 그 사용료 상당을 외국법인의 국내원천소득으로 본다고 규정하고 있으므로, 이 사건 사용료는 원고의 국내원천소득에 해당한다.

2. 이 사건 사용료 중 일본법인인 A○○○○가 보유한 특허와 관련된 부분에 대해서는 원고가 아닌 A○○○○를 수익적 소유자로 볼 여지가 있고, 그 경우 A○○○○가 보유한 특허와 관련된 부분에 대해서는 한일조세조약이 적용되어 과세의 대상이 될 수 있다. 또한 이 사건 특허 중 아직 등록되지 않은 특허에 대하여는 등록된 특허와 달리 보아 그 사용료를 국내원천소득으로 보아 과세할 수 있다.

3. 예비적으로, 이 사건 사용료는 손해배상금 또는 분쟁의 종결 내지 분쟁 재발방지에 대한 대가인 사례금으로서 구 법인세법 제93조 제10호 가 정한 기타소득에 해당하므로, 원고의 국내원천소득으로 과세대상에 해당한다.

별지 기재와 같다.

• 가. 이 사건 사용료가 구 법인세법 제93조 제8호 에 따른 국내원천소득에 해당하는지 여부에 대한 판단

1. 구 법인세법 제93조 제8호 단서 후문은 외국법인이 특허권 등을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에서 등록하지 아니한 경우라도 특허권 등이 국내에서 제조·판매 등에 사용된 때에는 그 사용의 대가로 지급받는 소득을 국내원천소득으로 보도록 정하였으나, 구 국제조세조정에 관한 법률(2018. 12. 31. 법률 제16099호로 개정되기 전의 것) 제28조는 “비거주자 또는 외국법인의 국내원천소득의 구분에 관하여는 소득세법 제119조 및 법인세법 제93조 에도 불구하고 조세협약이 우선하여 적용된다.”라고 규정하고 있으므로, 국외에서 등록되었을 뿐 국내에는 등록되지 아니한 미국법인의 특허권 등이 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우 미국법인이 사용의 대가로 지급받는 소득을 국내원천소득으로 볼 것인지는 한·미 조세협약에 따라 판단하지 아니할 수 없다. 그런데 한·미 조세협약의 문맥과 문언의 통상적 의미를 고려할 때, 한·미 조세협약 제6조 제3항, 제14조 제4항은 특허권의 속지주의 원칙상 특허권자가 특허물건을 독점적으로 생산, 사용, 양도, 대여, 수입 또는 전시하는 등의 특허실시에 관한 권리는 특허권이 등록된 국가의 영역 내에서만 효력이 미친다고 보아 미국법인이 국내에 특허권을 등록하여 국내에서 특허실시권을 가지는 경우에 그 특허실시권의 사용대가로 지급받는 소득만을 국내원천소득으로 정하였을 뿐이고, 한·미 조세협약의 해석상 특허권이 등록된 국가 외에서는 특허권의 침해가 발생할 수 없어 이를 사용하거나 사용의 대가를 지급한다는 것을 관념할 수도 없다. 따라서 미국법인이 특허권을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에는 등록하지 아니한 경우에는 미국법인이 그와 관련하여 지급받는 소득은 그 사용의 대가가 될 수 없으므로 이를 국내원천소득으로 볼 수 없다(대법원 2018. 12. 27. 선고 2016두42883 판결 참조). 위 법리에 의하면, 미국법인인 원고에 지급된 이 사건 사용료 중 국내에 등록되지 아니한 특허권의 사용대가에 해당하는 부분은 국내원천소득에 해당하지 않는다. 국내 등록 여부에 관계없이 국내 사용 여부만을 따져야 한다는 원고의 이 부분 주장은 옳지 않다.

2. 앞서 인정된 사실 및 거시한 증거에 변론 전체의 취지를 종합하면, AC□□□ LLC(이하 ‘AC□□□'라 한다)는 2009. 7. 31. A○○○○로부터A○○○○ 보유 특허에 대한 전용실시권을 부여받되, 특허권 행사로 인한 수입금 중 일정 비율에 상응하는 금액을 A○○○○에게 지급하기로 약정하였고, 원고는 2009. 12.14.경 AC□□□의 위 계약상 지위를 양수받은 사실, 원고는 2013. 4. 12. AA전자와, 원고 또는 A○○○○가 보유한 이 사건 특허에 관하여 이 사건 계약을 체결하였으며, 이 사건 계약에 따라 원고만이 AA전자로부터 이 사건 사용료를 지급받은 사실이 각 인정되는바, 이에 의하면 이 사건 사용료와 관련하여 원고와 A○○○○ 사이에 수입금 정산관계가 있을 것으로 보이기는 하나, 이 사건 특허에 대한 수익적 소유자는 원고로 볼 것이므로, 피고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 또한, 피고는 외국에 등록되지 않은 특허에 대하여는 등록된 특허와 달리 한·미 조세협약의 적용을 달리 하여야 한다고 주장하나, 등록되지 않은 특허라도 국내에 등록되지 않은 이상 국내에서의 사용의 개념을 상정할 수 없는 것은 마찬가지일 뿐 아니라 예컨대 현재 미국에서 특허출원 되어 있는 경우라면 등록절차가 완료되지 않았어도 등록지주의 원칙을 적용하는 것이 부당하다거나 과세실무상 불분명하다고 보이지도 않는다. 피고의 이 부분 주장도 받아들이지 아니한다.

• 나. 이 사건 사용료가 구 법인세법 제93조 제10호 에 따른 기타소득에 해당하는지 여부에 대한 판단 이 사건 사용료는 AA전자가 원고로부터 특허권의 사용권을 부여받는 대가로 지급한 금액이므로, 그 법적 성격 자체는 구 법인세법 제93조 제8호 소정의 사용료 소득에 해당함이 명백하고, 다만 앞서 본 바와 같이 구 국제조세조정에 관한 법률 제28조 에 의하여 한·미 조세협약이 구 법인세법 제93조 에 우선하여 적용됨에 따라 이를 국내원천소득으로 과세할 수 없을 뿐이다. 또한 구 법인세법 제93조 제10호 의 기타소득에 해당하기 위해서는 ‘국내에 있는 부동산 및 그 밖의 자산이나 국내에서 경영하는 사업과 관련하여 받은 손해배상금’(가목)이거나, ‘국내에서 하는 사업이나 국내에서 제공하는 인적용역 또는 국내에 있는 자산과 관련하여 제공받은 경제적 이익’(차목)에 해당하여야 하는데, 이 사건 사용료가 위 각 목에서 정한 요건을 구비하였다고 인정할 증거도 없다. 따라서 피고의 이 부분 주장도 이유 없다.
• 다. 소결론 이 사건 사용료 중 국내에 등록되지 아니한 특허권의 사용대가에 해당하는 부분은 국내원천소득에 해당하지 않으므로 과세표준에서 제외되어야 한다.
• 라. 취소의 범위 과세처분취소소송에 있어 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결 시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 액을 초과하는 부분만 취소하여야 할것이나, 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없다(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결 참조). 경정거부취소소송에 있어서도 적법하게 부과될 정당한 세액을 산출할만한 자료가 없다면 위 법리에 따라 법원은 원칙적으로 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없고 그에 따른 불이익은 처분청인 피고에게 돌아가지 않을 수 없다. 그런데, ① 이 사건 계약서에는 특허권별로 개별 가액이 기재되어 있지 않은 점, ② 이 사건 계약의 내용, 체결 경위 등에 비추어 이 사건 사용료는 ‘AA전자가 판매하는 제품들의 매출액에 이 사건 특허 전체의 가치비율(Reasonable Royalty Rate)을 적용하여 산정된 것으로, 이 사건 사용료 협상 시 특허별 가치 평가가 이루어지지 않은것으로 보이는 점, ③ 이 사건 특허를 이루는 각각의 특허권 가치를 개별적으로 평가하는 것 역시 기술적, 현실적으로 용이하지 않아 보이는 점 등을 종합하여 보면, ‘이 사건 사용료 중 국내에 등록된 특허의 사용대가에 해당하는 부분의 액수’를 구별하여 특정하기 어려워 보이는바, 원칙적으로 이 사건 처분 전부를 취소할 수밖에 없다. 다만 앞서 본 바와 같이 원고는 이 사건 사용료 중 국내에 출원 중인 특허가 2개임을 전제로 그에 상당한 사용대가 43,350,157원의 15%에 해당하는 6,502,523원에 대하여 스스로 이 사건 처분의 적법성을 자인하고 있다. 그렇다면 원고가 적법성을 자인하는 위 6,502,523원을 초과하는 1,398,029,226원에 대한 경정을 거부한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.