원고가 매입처로부터 받은 금원을 매입할인 계정에 기반영하여 매출원가에서 차감하였다고 볼 수 없음

사 건 2017구합86613 종합소득세부과처분취소 원 고 조AA 피 고 II세무서장 변 론 종 결

2018. 08. 17. 판 결 선 고

2018. 10. 05.

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2017. 2. 8. 원고에게 한 2011년 귀속 종합소득세 32,583,320원(가산세 포함), 2012년 귀속 종합소득세 21,633,690원(가산세 포함), 2013년 귀속 종합소득세 48,060,080원(가산세 포함), 2014년 귀속 종합소득세 23,580,130원(가산세 포함)의 부과처분을 모두 취소한다.

• 가. 원고는 2007. 5.부터 ‘BB약국’이라는 상호로 서울 노원구에서 양약 소매업을 운영하고 있다.
• 나. 중부지방국세청장은 2015. 8. 13.부터 원고의 매입처인 주식회사 EE제약 (이하 ‘EE제약’이라 한다), 주식회사 FF약품(이하 ‘FF약품’이라한다) 1) 및 이들 법인의 대표이사 전DD에 대한 세무조사를 실시한 후, 전DD이 관리하는 계좌에서 원고의 계좌로 합계 379,500,000원(2011년 67,500,000원, 2012년 72,000,000원, 2013년 120,000,000원, 2014년 120,000,000원, 이하 ‘이 사건 금원’이라한다)이 이체된 사실을 확인하고 피고에게 과세자료를 통보하였다.
• 다. 피고는 원고에 대한 세무조사 후 이 사건 금원을 원고의 2011년 내지 2014년 사업소득금액에 가산하여 2017. 2. 8. 원고에게 청구취지 기재와 같이 종합소득세 및 가산세를 부과하였다(이하 위 처분을 모두 합하여 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 라. 원고는 2017. 5. 8. 이 사건 처분에 대하여 국세청장에게 심사청구를 하였고, 국세청장은 2017. 9. 12. 원고의 청구를 기각하였다. 【인정 근거】다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1 내지 5호증의 각 기재, 변론 전 체의 취지

별지 기재와 같다.

• 가. 원고의 주장

1. 원고는 2011년부터 2013년까지 FF약품으로부터 받은 이 사건 금원을 모두 ‘매입할인’ 계정을 통하여 사업소득금액에 반영하였다(원고는 FF약품 외 다른 매입처로부터는 매입할인을 받지 않았으므로, 당초 신고 당시 ‘매입할인’ 계정에 계상된 금액은 모두 FF약품으로부터 받은 돈이다). 즉 원고가 이 사건 금원을‘매입할인’ 계정에 계상하여 그만큼의 돈이 결과적으로 매출원가에서 차감되었다. 이처럼 이 사건 금원만큼 매출원가(비용)가 줄어든 이상, 그만큼 원고의 수익(사업소득금액)이 증가하는 것은 당연하므로, 원고는 당초 신고 당시 이 사건 금원에 대한 종합소득세를 신고․납부한 셈이다.

2. 원고는 세무조사 당시 이 사건 금원 중 일부의 귀속년도가 잘못된 것을 확인하고 이를 정정할 목적으로 2011년 내지 2014년 종합소득세 과세표준 및 세액에 대한 경정청구 내지 수정신고를 하였는데, 당시 이 사건 금원의 귀속연도를 조정하는 한편 잘못된 회계처리를 바로잡기 위하여 ‘매입할인’(비용차감 항목) 계정에 계상되어 있던 이 사건 금원을 삭제한 후 ‘보상금’(수익) 계정에 이를 계상하였다.

3. 이 사건 금원을 비용에 반영하였든 수익에 반영하였든 원고가 이 사건 금원에 대한 종합소득세를 이미 납부하였다는 사실에는 변함이 없다. 따라서 이 사건 처분은 원고에게 종합소득세를 이중으로 과세하는 위법한 처분이다.

• 나. 인정사실 아래의 사실은 갑 제3 내지 6호증, 을 제2 내지 20호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정된다.

1. 원고는 전DD으로부터 2011년부터 2014년까지 매월 500만 원에서 1,000만 원 정도의 이 사건 금원을 ‘급여’ 명목으로 이체받았다.

2. 피고는 중부지방국세청장으로부터 과세자료를 통보받은 이후 원고에 대한 세무조사를 실시하였는데, 위 세무조사과정에서 작성된 2015. 11. 10.자 문답서의 주요 내용은 아래 <표 1>의 기재와 같다. <표 1> 2015. 11. 10.자 문답서 주요 답변내용

• 약국을 운영하면서 전DD로부터 급여 등을 지급받은 적은 없음.

• BB 약국은 도로 앞에 있는 CC약국에 비하여 소비자의 접근이 매우 불리하여, 약국운영이 어려웠음. 이에 원고가 약국 운영을 그만두려고 하자, 전DD이 원고의 손실을 보전해주겠다고 약속함. 이 사건 금원은 전DD이 원고의 손실을 보전해준 돈임.

3. 원고는 2016. 5. 16. 2011년 내지 2013년 귀속 종합소득세에 대한 경정청구 및 2014년 귀속 종합소득세에 대한 수정신고를 하였고[이하 ‘제1차 경정청구(수정신고)’라한다], 2016. 7. 7. 재차 2011년 내지 2013년 귀속 종합소득세에 대한 경정청구 및 2014년 귀속 종합소득세에 대한 수정신고를 하였으며[이하 ‘제2차 경정청구(수정신고)’라 한다], 2016. 7. 29. 2014년 귀속 종합소득세 25,094,640원을 추가로 납부하였다.

4. 원고가 당초 신고 당시 제출한 손익계산서(이하 ‘제1계산서’라 한다) 2), 제 1, 2차 경정청구(수정신고) 당시 당초 신고분에 대한 손익계산서라며 제출한 손익계산서(이하‘제2계산서’라 한다) 3), 수정신고분에 대한 손익계산서(이하 ‘제3계산서’라 한다) 4) 중 이 사건과 관련한 주요 내용은 아래 <표 2>의 기재와 같다. <표 2> 손익계산서 주요 내용 (단위: 원) 귀속연도 계정과목 제1계산서 제2계산서 제3계산서 2011 매출액 1,111,709,162 좌동 좌동 매출원가 기초재고액 364,724,227 좌동 좌동 당기매입액 913,727,473 1,064,220,249 좌동 매입할인

• 150,492,776

• 기말재고액 374,650,819 좌동 좌동 매출원가 903,800,881 좌동 1,054,293,657 영업외수익 이자수익 2,265 좌동 좌동 기타(잡이익) 1,789,850 좌동 좌동 보상비

• 좌동 67,500,000 영업외수익 1,792,115 좌동 69,292,115 당기순이익 76,694,811 좌동 -6297,965 2012 매출액 927,822,474 좌동 좌동 매출원가 기초재고액 374,650,819 820,480,779 좌동 당기매입액 670,480,779 150,000,000 좌동 매입할인

• 좌동

• 기말재고액 240,303,302 좌동 좌동 매출원가 804,828,296 좌동 954,828,296 영업외수익 이자수익 2,264 좌동 좌동 기타(잡이익) 2,139,664 좌동 좌동 보상비

• 좌동 72,000,000 영업외수익 2,141,928 좌동 74,141,928 당기순이익 16,016,100 좌동 -61,983,900 2013 매출액 800,953,843 좌동 좌동 매출원가 기초재고액 240,303,302 좌동 좌동 당기매입액 580,600,627 680,600,627 좌동 매입할인

• 100,000,000

• 기말재고액 120,568,945 좌동 좌동 매출원가 700,334,981 좌동 800,334,984 영업외수익 이자수익 2,528 좌동 좌동 기타(잡이익) 1,057,439 좌동 좌동 보상비

• 좌동 120,000,000 영업외수익 1,059,967 좌동 121,059,967 당기순이익 28,705,887 좌동 121,059,967 2014 매출액 764,793,201 좌동 좌동 매출원가 기초재고액 120,568,945 좌동 좌동 당기매입액 646,166,820 좌동 좌동 매입할인

• 좌동 좌동 기말재고액 118,756,824 좌동 좌동 매출원가 647,978,941 좌동 좌동 영업외수익 이자수익 1,546 좌동 좌동 기타(잡이익) 664,700 좌동 보상비

• 좌동 120,000,000 영업외수익 666,246 좌동 120,666,246 당기순이익 41,178,041 좌동 161,178,041

5. 원고가 제1, 2차 경정청구(수정신고) 당시 제출한 ‘판매장려금’ 계정별원장에는 제2계산서의 ‘매입할인’ 계정에 계상된 금액과 같은 금액이 계상되어 있는데, 원고가 제1차 경정청구(수정신고) 당시 제출한 ‘판매장려금’ 계정별원장의 주요 내용은 아래<표 3>과 같고, 5) 제2차 경정청구(수정신고) 당시의 경우는 아래 <표 4>와 같다. 6) <표 3> BB약국(보상금) 계정과목: 판매장려금 날짜 적요 거래처 금액

2011. 12. 31. 매입할인시 외상대금 상계 FF약품 150,492,776원 2011년 계 150,492,776원

2012. 12. 31. 매입할인시 외상대금 상계 FF약품 150,000,000원 2012년 계 150,000,000원

2013. 12. 31. 매입할인시 외상대금 상계 FF약품 100,000,000원 2013년 계 100,000,000원 <표 4> BB약국 계정과목: 판매장려금 날짜 적요 거래처 금액

2011. 6. 25. 판매장려금 HH약품 20,000,000원

2011. 11. 30. 판매장려금 HH약품 13,992,776원

2011. 12. 31. 판매장려금 HH약품 116,500,000원 2011년 계 150,492,776원

2012. 12. 31. 판매장려금 HH약품 150,000,000원 2012년 계 150,000,000원

2013. 12. 31. 판매장려금 HH약품 100,000,000원 2013년 계 100,000,000원

• 다. 판단 1) 소득세법 제19조 제1항 은 ‘사업소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다’고 하면서 제7호에서 ‘도매업 및 소매업에서 발생한 소득’을 들고 있고, 제2항은 ‘사업소득금액은 해당 과세기간의 총수입금액에서 이에 사용된 필요경비를 공제한 금액으로 한다’고 규정하고 있다. 또한 소득세법 제24조 제3항 의 위임에 따라 사업소득에 대한 총수입금액의 계산에 관하여 규정하고 있는 소득세법 시행령 제51조 제3항 은 ‘사업소득에 대한 총수입금액의 계산은 다음 각 호에 따라 계산한다’고 하면서, 제2호에서 ‘거래상대방으로부터 받는 장려금 기타 이와 유사한 성질의 금액은 총수입금액에 이를 산입한다’라고 규정하고 있으며, 제5호에서 ‘제2호 등 외에 사업과 관련된 수입금액으로서 해당 사업자에게 귀속되었거나 귀속될 금액은 총수입금액에 산입한다’고 규정하고 있다. 이에 따르면, 원고는 거래상대방으로부터 받은 사업과 관련된 수입금액인 이 사건 금원을 총수입금액에 산입하여 종합소득세를 신고․납부하여야 한다.

2. 전DD가 이 사건 금원을 ‘급여’ 명목으로 이체한 사실, 원고는 당초 종합소득세신고․납부 당시 ‘급여’나 원고 주장에 따른 ‘손실보전금’ 등 명목으로 이 사건 금원을 손익계산서에 반영하여 이에 대한 종합소득세를 신고․납부하지는 않은 사실은 앞서본 것과 같다. 그렇다면 이 사건 금원의 성격이 무엇이든 원고는 이 사건 금원을 그 명목 그대로 회계장부에 반영하여 이에 대한 종합소득세를 신고․납부하지 않은 셈이며, 원고가 이 사건 금원을 손익계산서의 ‘매입할인’ 계정 등에 반영하여 이에 대한 종합소득세를 이미 신고․납부하였다는 사실을 입증할만한 자료들은 원고가 지배․관리하는 영역에 있어 과세관청인 피고로서는 그 진부를 확인하기 곤란하다. 그렇다면 원고가 이 사건 금원을 손익계산서에 반영하여 이에 대한 종합소득세를 신고․납부하였다는 사실을 입증하지 않는 한 피고의 이 사건 처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수 없다(대법원 2007. 10. 26. 선고 2006두16137 판결 등 참조).

3. 그런데 앞서 본 사실에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래의 사정에 의하면, 원고가 제출한 자료들만으로는 원고가 2011년부터 2014년까지 이 사건 금원을 손익계산서의 ‘매입할인’ 계정 등에 반영하여 이에 대한 종합소득세를 신고․납부하였다고 보기 부족하다.

• 가) 원고는 제1, 2차 경정청구(수정신고) 당시 제1계산서의 ‘당기매입액’ 계정을‘당기매입액’과 ‘매입할인’ 계정으로 나눈 제2계산서를 당초 종합소득세 신고․납부 당시의 손익계산서로서 제출하였는데, 위 제2계산서 중 2011년부터 2014년까지 ‘매입할인’ 계정에 계상된 금액의 합계액은 400,492,776원(= 2011년 150,492,776원 + 2012년 150,000,000원 + 2013년 100,000,000원)이다. 한편 당시 원고는 수정신고분에 대한 손익계산서로서 제3계산서를 제출하였는데, 위 제3계산서 중 2011년부터 2014년까지 ‘보상비’ 계정에 계상된 금액의 합계액은 이 사건 금원과 그 귀속연도, 금액이 일치한다(379,500,000원 = 2011년 67,500,000원 + 2012년 72,000,000원 + 2013년 120,000,000원 + 2014년 120,000,000원). 구 소득세법 시행규칙(2014. 3. 14. 기획재정부령 제407호로 개정되기 전의 것) 및 소득세법 시행규칙 별지 제40호의7 표준손익계산서 서식에는 ‘매출원가’ 계정 내에 ‘매입할인’ 계정이 따로 존재하지 않으므로, 원고가 당초 2011년부터 2014년까지 종합소득세를 신고․납부하면서 ‘매입할인’ 계정을 구분하여 신고하지 못하였을 수는 있다. 그렇지만 원고가 당초 종합소득세 신고․납부 당시부터 제2계산서의 ‘매입할인’ 계정에 이 사건 금원을 제대로 반영하였더라면, 이 사건 금원과 제2계산서 ‘매입할인’ 계정에 계상된 금액 간에 위와 같이 귀속시기별 금액, 합계액에서 차이가 발생할 이유가 없다. 그럼에도 원고는 위와 같은 차이가 발생한 데 대한 납득할만한 이유를 제시하지 못하고 있다.
• 나) 원고가 당초 종합소득세 신고 당시부터 ‘매입할인’ 계정에 이 사건 금원을 반영하였다는 사실을 입증하기 위해서는, 원고가 ‘현금’을 받으며 어떻게 회계장부상 ‘매입할인’을 인식할 수 있었는지 그 회계처리방식에 관한 설명이 필요하나, 원고는 이에 대하여 아무런 설명도 하고 있지 않다[만약 원고가 전DD로부터 현금을 받은 이후, 차변에 현금(자산)을 인식함과 동시에 대변에서 판매장려금(수익)을 인식하며 이에 대한 계정별원장을 작성하였음에도, 연말에 손익계산서를 작성하면서 위 판매장려금(수익) 계정별원장에 있는 금액을 비용차감 계정인 ‘매입할인’ 계정으로 반영하였다면, 원고는 계정별원장 등과 관계없이 편의대로 손익계산서를 작성하였다는 것이나 다름이 없어, 원고의 회계장부는 그 자체로 믿기 어려워진다].
• 다) 원고가 당초 종합소득세 신고․납부 당시부터 이 사건 금원을 ‘매입할인’으로 반영하였다고 주장하며 그 근거로 제출한 회계장부들은 모두 원고에 대한 세무조사가 이루어진 이후부터 제출되기 시작한 것들이다. 나아가 원고가 제1, 2차 경정청구(수정신고) 당시 제출한 ‘판매장려금’ 계정별원장은 그 거래처명이 FF약품에서 HH약품으로 바뀌었고, 적요란에 ‘매입할인시 외상대금상계’라는 기재가 ‘판매장려금’으로 바뀌는 등 제출 때마다 그 세부내용이 조금씩 변경되고 있다. 그럼에도 원고는 계정별원장의 기재 내용이 제출 때마다 변경되는 이유에 대하여 아무런 소명도 하고 있지 않다. 이에 비추어, 원고는 이 사건 금원에 대한 세무조사 이후 필요에 따라 수시로 회계장부를 재작성하거나 수정․변경하여 온 것은 아닌지 의심된다. 또한 원고는 전DD로부터 ‘매월’ 일정 금액 이상의 돈을 꾸준히 받아왔음에도 원고가 제출한 위 계정별원장에는 ‘한 해’에 1회 내지 3회 금원을 받은 것으로 회계처리 되어 있어, 원고가 제출한 회계장부가 실질 그대로 작성된 것인지도 의문이다. 따라서 위와 같은 회계장부에 근거하여 원고가 당초 신고․납부 당시부터 이 사건 금원을 ‘매입할인’ 계정을 통하여 사업소득금액에 반영하였다는 원고의 주장 역시 믿기 어렵다.
• 라) 원고가 제1, 2차 경정청구(수정신고) 당시 제출한 ‘의약품’ 계정별원장 대변의 최종 누계액은 손익계산서상 ‘매출원가’에 대응하는 것이며, 원고가 당초 종합소득세 신고․납부 당시의 ‘매출원가’를 수정할 수 없는 이상, ‘의약품’ 계정별원장 대변의 최종누계액 자체는 변경하거나 조작할 수 없다. 그러나 피고는 원고가 의약품을 구입하면서 ‘의약품’ 계정별원장에 계상한 금액과 국세청에 신고된 매입세금계산서 공급가액이 일치하지 않으며, 이에 매입세액이 포함된 경우도 다수 존재한다고 다투고 있다. 나아가 앞서 나) 다)에서 본 것과 같이 원고의 회계장부가 실질 그대로를 반영하여 제대로 작성된 것인지가 의문이기도 하다. 피고의 주장과 같이 당초 원고의 매출원가에 대응하는 ‘의약품’ 계정별원장에 계상된 금액에 매입세액 등 다른 금액이 포함되어 있었다면, 원고는 추후 이와 같은 금액 등을 조정함으로써 ‘의약품(당기매입)’ 계정의 차감계정인 ‘매입할인’ 계정을 만드는 것이 가능하다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로, 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 1) 이후 주식회사 GG팜으로 상호가 변경되었다. 2) 을 제6호증의1 내지 4, 원고가 제1차 경정청구(수정신고) 당시 제출한 을 제9호증의3, 10호증의3, 11호증의3 역시 이와 같은 내용이다. 을 제6호증의1 내지 3은 구 소득세법 시행규칙(2014. 3. 14. 기획재정부령 제407호로 개정되기 전의 것) 별지 제40호의7 표준손익계산서 서식에 따른 것이고, 을 제6호증의4는 소득세법 시행규칙 별지 제40호의7에 따른 것으로, 매출원가 계정 내에 매입할인 계정을 따로 두고 있지 않다. 3) 제1차 경정청구(수정신고) 당시: 을 제9호증의2, 10호증의2, 11호증의2, 19호증 제2차 경정청구(수정신고) 당시: 을 제13호증의2, 14호증의2, 15호증의2, 16호증의2, 20호증 4) 제1차 경정청구(수정신고) 당시: 을 제9호증의4, 10호증의4, 11호증의4, 19호증 제2차 경정청구(수정신고) 당시: 을 제13호증의3, 14호증의3, 15호증의3, 16호증의3, 20호증 5) 을 제9호증의5, 10호증의5, 11호증의5, 19호증 6) 을 제13호증의4, 14호증의4, 15호증의4, 20호증, 갑 제3호증의1 내지 3