과세기간 경과후 소급하여 작성된 세금계산서는 매입세액 공제할 수 없음

사 건 2017구합79998 부가가치세 등 경정거부처분취소 원 고 AA홀딩스 주식회사 피 고 BB세무서장 변 론 종 결

2019. 2.27. 판 결 선 고

2019. 3.22.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2016. 5. 13. 원고에 대하여 한 2014년도 귀속 부가가치세 및 법인세 경정청구 거부처분을 모두 취소한다.

• 가. 원고는 2011. 11.경 서울 ○○구 ○○로2길 AA상가 20세대를 6,590,000,000원에 일괄매입한 후, 2013.경부터 2014.경까지 위 상가 중 19세대(이하 ‘이 사건 상가’라 한다)를 총 15,161,000,000원에 분양하였다.
• 나. 원고는 2013. 12. 1.자로 이○○[엘AA 대표, 이하 ’엘AA‘라고 하면 이○○을 의미한다]과 이 사건 상가에 관한 분양대행계약서를 작성하였다가, 2014. 1. 10.자로 브BB 주식회사(이하 ‘브BB’라 한다) 및 엘AA와의 사이에 브BB와 엘AA가 공동으로 분양대행(브BB 75%, 엘AA 25%)을 하는 내용의 분양대행계약서를 작성하였다.
• 다. 원고는 별지1 기재와 같이 2014년 제1, 2기 부가가치세 및 2014사업연도 법인세를 신고하였다. 원고는 2014사업연도 법인세와 관련하여서는 ‘국내지급수수료’로 1,077,205,584원을 지출한 것으로 신고하였으나, 2014년 제1, 2기 부가가치세와 관련하여서는 브BB 또는 엘AA가 발급한 분양대행수수료 세금계산서를 첨부하여 매입가액을 신고하지 아니하였다.
• 라. 원고는 2016. 4. 14. 피고에 대하여 ‘2014년 제1, 2기 부가가치세 신고 당시 브BB와 엘AA가 이 사건 상가에 관하여 분양대행용역을 제공한 부분[브BB 발행 종이세금계산서 9매 총 공급가액 2,804,328,000원 상당(이하 ‘브BB 부분’이라 한다), 엘AA 발행 종이세금계산서 9매 총 공급가액 986,153,090원 상당(이하 ‘엘AA 부분’이라 한다)]이 누락되었고, 2014사업연도 법인세 신고 당시 브BB 부분이 누락되었다‘고 주장하며 별지2 기재와 같이 2014년 제1, 2기 부가가치세와 2014사업연도 법인세의 경정청구를 하였다.
• 마. 피고는 2016. 5. 13. ‘① 브BB, 엘AA 부분 각 세금계산서는 공급시기 이후에 발급된 세금계산서에 해당하고, ② 브BB가 분양대행용역을 공급하였다고 주장하는 부분은 객관적이고 신뢰성 있는 증빙이 제시되지 아니하였다’는 이유로 위 각 경정청구를 거부(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.
• 바. 원고는 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2016. 12. 9. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2017. 6. 26. 원고의 청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 2, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 브BB와 엘AA는 실제로 2014년에 원고에게 분양대행용역을 제공하였고 시기에 맞추어 그에 해당하는 세금계산서도 발급하였다. 따라서 원고가 세금계산서를 과세기간 이후에 발급하였고, 브BB가 실제로 용역을 제공하지 아니하였다고 판단하여 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관련 법령 별지3 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 브BB 부분에 관하여 실제로 용역공급이 있었는지 을 제5 내지 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합해 보면, 브BB 부분은 실제로 분양대행용역의 공급이 이루어지지 아니하였음에도 허위로 세금계산서가 발급된 것으로 인정되고, 원고가 제출한 증거들만으로는 이를 뒤집기에 부족하며, 달리 반증이 없으므로, 원고의 브BB 부분에 대한 부가가치세 및 법인세 관련 주장은 더 살필 것 없이 이유 없다.

① 이 부분 용역대금이 2,804,328,000원이라는 거액에 달함에도, 원고나 브BB 어느 쪽도 대차대조표, 손익계산서, 거래처별원장이나 장부 등 브BB 부분 거래관계를 객관적으로 확인할 수 있는 자료를 구비하고 있지 않다. 반면, 원고가 엘AA에 지급한 엘AA 부분 거래액 986,153,090원에 관하여는 거래처별원장이 작성·보관되어 있다.

② 원고는 엘AA의 분양대행업무가 부진하여 브BB와 엘AA가 공동으로 분양대행을 하게 되었다고 주장하나, 이 사건 상가의 매수인들이 체결한 부동산컨설팅 계약서에 기재된 당사자는 모두 이○○이다. 매수인들이 작성한 진술서에 의하더라도 그들은 이○○과 계약을 체결하였다는 것이고 브BB와 관련된 언급은 없다.

③ 원고는 2014년 이○○ 명의의 계좌로 분양대행수수료 986,153,090원을 송금하였으나, 분양대행계약서상 더 높은 비율의 수수료를 받기로 되어있는 브BB 명의의 계좌로는 수수료를 송금한 내역이 없다.

④ 브BB는 2014년 부가가치세 및 법인세 신고기한 내에 이 사건 상가의 분양대행수수료와 관련하여 전자세금계산서를 발급하거나 매출내역을 신고한 바 없다.

⑤ 브BB는 2016. 8. 30. 2014사업연도 법인세와 관련하여 기한 후 신고를 하면서 법인의 분양대행수수료수입으로 2,804,328,000원을 신고하였으나, 동시에 다른 사업의 분양수입으로 3,372,233,000원을 신고하고 있어, 지출비용으로 신고한 지급수수료 38,363,000원이 어떤 사업에 관련된 비용인지 불분명하고 원고로부터 이에 관하여 아무런 증명이 없으므로, 정상적인 사업이라면 당연히 수반될 비용 측면에서 보더라도 위 신고된 분양대행수수료수입의 진정성이 의심스럽다.

2. 엘AA 부분

• 가) 과세기간이 경과한 후에 작성한 세금계산서는 작성일자를 공급시기로 소급하여 작성하였다 하더라도 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 소정의 '필요적 기재사항의 일부가 사실과 다르게 기재된' 세금계산서에 해당하므로 이 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제되어서는 아니 된다(대법원 2004. 11. 18. 선고 2002두5771 전원합의체 판결 취지 참조).
• 나) 앞서 든 증거들에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 엘AA 부분 세금계산서는 공급기간 이후에 소급되어 작성된 것이라 할 것이므로, 엘AA 부분을 매입세액에서 공제할 수 없다. 원고의 엘AA 부분에 대한 부가가치세 관련 주장도 이유 없다.

① 엘AA와 원고는 2014년 부가가치세 신고기한 내에 전자세금계산서를 발급·수취한 바 없다. 만약 원고가 2014년 부가가치세 신고기한 내에 종이세금계산서를 발급받아 소지하고 있었다면 부가가치세를 신고할 때 매입세액 공제를 신청하는 것이 자연스럽고 합리적일 텐데 원고는 종이세금계산서를 첨부하여 부가가치세를 신고한 바도 없다.

② 원고는 2014사업연도 법인세 신고 당시에 엘AA 부분을 포함하여 신고하였음에도 그와 관련된 2014년 제1, 2기 부가가치세는 신고하지 아니하였다. 당시의 세무대리인 최AA 또한 부가가치세 및 법인세 신고 과정에서 그와 같은 종이세금계산서는 확인한 바 없다고 진술하였다.

③ 원고가 이○○에게 송금한 금액은 정확히 엘AA 부분 세금계산서의 총 공급가액인 986,153,090원으로, 부가가치세 상당액은 포함되어 있지 아니하였다.

④ 원고의 주장에 의하더라도 원고는 당시 자금사정이 좋지 아니하여 이○○에게 부가가치세 신고를 하지 말아달라고 요청하였다는 것이므로, 당시 부가가치세의 신고를 예정하고 있지 아니하였던 원고로서는 굳이 종이세금계산서를 수취하여 보관할 필요도 없었을 것이다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.