지역주택조합추진위원회가 사용한 제비용은 아파트 및 상가 분양사업 전반에 관련되어 있으므로 공통매입세액 안분대상에 해당함

사 건 서울행정법원-2017-구합-77404 부가가치세부과처분취소등 원 고 AA지역주택조합추진위원회 외 1명 피 고 ss세무서장 원 심 판 결 판 결 선 고

2018. 3. 29

1. 피고가 2016. 7. 1. 원고 AA지역주택조합추진위원회에 대하여 한 2015년 제1기분 부가가치세 167,309,400원(가산세 27,137,316원 포함) 부과처분 중 10,393,237원(가산세 1,685,767원 포함)을 초과하는 부분, 2015년 제2기분 부가가치세 47,236,801원 환급 거부처분 및 가산세 3,588,948원 부과처분을 각 취소한다.

2. 피고가 2016. 7. 1. 원고 AA2지역주택조합추진위원회에 대하여 한 2015년 제2기분 부가가치세 99,620,034원 환급 거부처분 중 6,076,684원을 초과하는 부분을 취소한다.

3. 원고들의 나머지 청구는 모두 기각한다.

4. 소송비용 중 10%는 원고들이, 나머지는 피고가 각 부담한다. 청구취지 피고가 2016. 7. 1. 원고 AA지역주택조합추진위원회에 대하여 한 2015년 제1기분 부 가가치세 167,309,400원(가산세 포함) 부과처분, 2015년 제2기분 부가가치세 47,236,801원 환급 거부처분 및 가산세 3,588,948원 부과처분을 각 취소한다. 피고가

2016. 7. 1.2) 원고 서울숲벨라듀2지역주택조합 추진위원회에 대하여 한 2015년 제2 기분 부가가치세 99,620,034원 환급 거부처분을 취소한다.

• 가. 원고 AA지역주택조합추진위원회(이하 ‘원고 AA추진위원회’라 한다)는 2015. 2. 12. 서울 성동구 OO동 O가 OOO-OO 일대에 국민주택규모 이하 아파트 및 상가의 분양을 위한 지역주택조합 설립을 목적으로 구성된 단체이고, 원고 AA2지역주택조합추진위원회(이하 ‘원고 AA2추진위원회’라 한다)는 2015. 9. 5. 서울 성동구 OO동 O가 OOO-OO 일대에 국민주택규모 이하 아파트 및 상가의 분양을 위한 지역주택조합 설립을 목적으로 구성된 단체이다. 원고들은 모두 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호, 같은 법 시행령 제51조의2 제3항, 제106조 제4항 제1호에 따라 부가가치세가 면제되는 국민주택규모 이하 아파트 분양사업 및 과세 사업인 상가 분양사업을 함께 영위하고 있다.
• 나. 원고들은 지역주택조합 설립을 위한 조합원을 모집하기 위해 2015년 제1, 2기에 아래 [표 1] 기재 내용과 같이 조합 업무대행 용역계약 등을 체결하고 각 거래금액을 지급하였다.

• [표 1] 생략 -

• 다. 원고들은 위 각 과세기간에 부가가치세를 신고하면서 위 각 거래금액을 면세사업인 국민주택규모 이하 아파트 분양 사업과 과세사업인 상가 분양 사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 해당한다고 보아, 각 완공예정인건물의 아파트 사용예정면적과 상가 사용예정면적 비율에 따라 위 공통매입세액을 안분 계산하고 그중 상가 사용예정면적의 비율로 안분된 비용을 매출세액에서 공제하여, 원고 AA추진위원회는 2015년 제1기 매입세액 156,120,638원, 2015년 제2기 매입세액 47,236,801원을 각 환급 신청하였고, 원고 AA2추진위원회는 2015년 제2기 매입세액 102,532,964원을 환급 신청하였다.
• 라. 피고는 원고들이 지역주택조합 설립 전 단계로 면세사업인 국민주택규모 이하의 아파트를 신축하기 위한 조합원을 모집하고 있으므로 위 각 거래금액은 토지 관련 매입비용이거나 지역주택조합의 조합원 모집·관리라는 면세사업에 직접 대응되는 비용으로서 공통매입세액 안분 대상이 아니라는 이유로, 위 각 거래금액을 매입세액 공제 대상에서 제외하여 2016. 7. 1. 원고들에게 아래 [표 2] 기재 내용과 같이 부가가치세를 경정·고지하였다(이하, 아래 제1 내지 3처분을 통틀어 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

• [표2] 생략 -

• 마. 원고들은 이 사건 각 처분에 불복하여 2016. 9. 28. 서울지방국세청에 이의신청을 하였으나 2016. 11. 15. 기각되었고, 2017. 2. 13. 국세청에 심사청구를 하였으나 2017. 6. 2. 기각되어 원고 AA추진위원회는 2017. 6. 14., 원고 AA2추진위원회는 2017. 6. 12. 각 결정문을 수령하였다.
• 바. 한편, 원고들은 위 전심절차에서 제1, 3처분과 관련하여 bb개발에 토지매입 용역대가로 지급한 합계 12억 9,520만 원(= 7억 9,520만 원 + 5억 원)을 매입세액 불공제 대상으로 본 것에 대하여는 다투지 않았고, 이 사건 소송에서도 사실상 이 부분을다투고 있지는 않다 I이하에서는 총 거래금액 239억 4,500만 원(= 123억 4,120만 원 +40억 7,160만 원 + 75억 3,320만 원)에서 토지매입 거래금액을 제외한 나머지 합계 226억 5,080만 원(= 239억 4,500만 원 - 12억 9,520만 원)을 ‘이 사건 쟁점 비용’이라 한다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6, 13, 14호증, 을 제1 내지 8호증(각 가 지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고들의 주장 이 사건 쟁점 비용은 지역주택조합 설립·인가를 위해 필수적으로 소요되는 창업·개업비용으로 원고들의 목적 사업인 국민주택 규모의 아파트 공급 및 상가분양에 공통되어 그 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 해당한다. 따라서 이 사건 쟁점 비용이 면세사업인 아파트 공급에만 직접적으로 관련된 것임을 전제로 하는 이 사건 각 처분은 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 인정사실

1. 앞서 [표 1]에서 본 원고들이 체결한 계약의 구체적인 내용(토지매입 부분 제외)은 다음과 같다.

① 원고들은 bb개발과 지역주택조합을 설립하여 아파트 및 부대복리시설을 분양하는 사업에 관한 업무대행 용역계약을 각 체결하였다. 위 각 계약에 따르면 bb개발의 업무는 지역주택조합 설립과 운영을 위한 업무 일체(조합원 모집 및 관리, 사업 관련 인·허가 업무, 조합 행정, 모델하우스 건립 및 운영 지원, 공사도급계약 및 토지매입 업무대행 용역, 설계, 감리 등 각종 용역계약 체결 지원, 일반분양·근생시설 관리 분양,업무대행비 집행과 관리 등)이고, 원고들은 그 대가로 아파트 세대당 2,000만 원에서 2,300만 원, 근린생활시설 예상매출액의 3% 내지 4%로 계산한 용역대금을 지급하기로 하였다.

② 원고 AA추진위원회 및 bb개발은 ccc와 조합원 모집 업무 위탁계약을, 원고 AA2 추진위원회 및 bb개발은 cc 및 dd와 조합원 모집 업무 위탁계약을 각 체결하였는데, 위 회사들의 주된 업무는 조합설립을 위하여 조합원을 모집하는 업무이고, 원고들은 그 대가로 모집한 조합원 1세대당 1,000만 원(부가가치세 별도)을 지급하기로 하였다.

③ 원고들 및 bb개발은 cc와 각 광고 및 홍모업무 용역계약을 체결하였는데, cc의 업무는 조합원 모집을 위한 아파트 신축사업 광고 및 홍보업무이고, 그 대가로 원고 AA추진위원회는 도급급액을 20억 원(부가가치세 별도)으로 정하되, 조합원 모집 1세대당 285만 원을 기준으로 정산하기로 하였고, 원고 AA2 추진위원회는 모집 조합원 1세대당 280만 원으로 계산한 대금(부가가치세 별도)을 지급하기로 하였다.

④ 원고 AA추진위원회 및 bb개발은 ee과, 원고 AA2추진위원회는 ff과 각 건설도급계약을 체결하였는데, 위 회사들의 업무는 모두 원고들의 지역주택조합 설립을 위한 사업을 홍보하고 조합원을 모집할 수 있는 홍보관을 건립하거나 홍보관을 개·보수하는 것으로, 그 대가로 원고 AA추진위원회는 17억 8,000만 원(부가가치세 별도)을, 원고 AA2 추진위원회는 4억2,600만 원(부가가치세 별도)을 각 지급하기로 하였다.

2. 원고들은 위 각 용역계약에 따른 용역의 일부(① 내지 ③) 내지 전부(④)를 이행 받고 이 사건 쟁점 비용을 지급하였는데, ① 내지 ③ 용역계약에 따라 제공받은 업무는 조합설립을 위한 아파트 조합원 모집을 위한 것으로 상가 분양 업무 자체는 아직 진행되지 않은 상태이고, ④ 용역계약에 따라 건립 또는 개·보수된 홍보관에는 아파트 견본만 설치되어 있다.

3. 원고들은 ff 건축사무소와 건축설계 용역계약을 체결하고 주상복합 신축계획안을 마련하였는데, 원고 AA추진위원회에 대한 2015. 3. 16.자 신축계획안에 따르면, 지하 2층, 지상 29층 총 6개동 합계 764세대의 아파트 및 상가를 건축하여 신축건물 총 면적은 109,382.97㎡이고, 그중 아파트 및 부대시설 면적이97,405.49㎡, 비주거(판매 또는 근린생활시설) 면적이 11,977.49㎡로 예정되어 있고, 원고 AA2추진위원회에 대한 2015. 3. 31.자 신축계획안에 따르면, 지하 2층, 지상 29층 총 6개동 합계 879세대의 아파트 및 상가를 건축하여 신축건물 총 면적은 127,434.65㎡이고, 그중 아파트 및 부대시설 면적이 113,355.01㎡, 비주거(판매 또는 근린생활시설) 면적이 14,079.64㎡로 예정되어 있다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제7 내지 12호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변 론전체의 취지

• 라. 판단

1. 토지 관련 매입세액인지 여부 부가가치세법 제39조 제1항 제7호 는 공제하지 않는 매입세액의 하나로 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액을 규정하고, 이에 관하여 그 시행령 제80조는 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액(제1호), 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용과 관련된 매입세액(제2호), 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액(제3호)을 규정하고 있다. 그런데 이 사건 쟁점 비용과 관련하여 원고가 제공받은 용역이 조합원 모집을 비롯한 조합 설립 및 운영 업무 위탁과 원활한 조합원 모집을 위한 광고 및 홍보활동, 홍보관 건축에 관한 업무임은 앞서 인정한 사실에서 본 바와 같고, 위 각 업무는 지역주택조합 설립 단계에서 필요한 용역들로서 위 각 용역에 대한 매입세액은 불공제대상인 ‘토지관련 매입세액’에 해당하지 않는다.

2. 면세사업 관련 매입세액인지 여부

• 가) 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속에 따라 계산하여야 하고(대법원 2009. 7. 9.선고 2007두10389 판결 참조), 그 매입세액이 오로지 면세사업에만 관련되는 경우에는이를 매출세액에서 공제할 수 없다. 그리고 사업 관련성의 유무는 지출의 목적과 경위,사업의 내용 등에 비추어 그 지출이 사업의 수행에 필요한 것이었는지를 살펴 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2013. 5. 9. 선고 2010두15902 판결 참조). 한편 지역주택조합은 일정지역에 거주하는 주민이 주택을 마련하기 위하여 결성하는 조합으로(주택법 제2조), 예정 세대수의 50% 이상이 조합원으로 모집되어야 하고(주택법 시행령 제20조), 주택건설대지의 80% 이상에 해당하는 토지의 사용권원을 확보하여 시장·군수·구청장으로부터 설립인가를 받아야 한다(주택법 제11조 제2항).
• 나) 앞서 인정한 사실을 위 법리에 비추어 보면, 원고들은 목적 사업인 아파트 및 상가 분양업을 수행하기 위해 그 전제 조건으로서 지역주택조합 설립인가 요건인 예정 세대수 50% 이상을 조합원으로 모집하고 주택건설대지 80% 이상의 사용권원을 확보하고자 조합원 모집을 비롯한 조합 설립 및 운영 업무를 위탁하고 원활한 조합원 모집을 위해 광고와 홍보활동 등의 용역을 제공받은 것이므로, 이 사건 쟁점 비용은 아파트 분양 사업 자체에 대응하여 이루어진 매입비용이 아니라 아파트 분양 및 상가 분양 사업을 수행하기 위한 지역주택조합 설립과 운영을 위하여 지출된 것이고, 원고들이 아파트와 상가를 구분하거나 조합원 모집 세대수에 비례하여 용역대금을 지급하기로 한 것은 해당 용역 내지 해당 사업과 관련하여 대응하는 대금을 지급한다는 의미가 아니라 당사자들이 이를 대금 산정의 기준으로 삼기로 합의한 것에 불과하다. 따라서 이 사건 쟁점 비용은 원고들의 아파트 및 상가 분양 사업 전반에 관련된 공통매입세액에 해당한다.

3. 소결론 이 사건 쟁점 비용을 구 부가가치세법 시행령(2015. 2. 17. 대통령령 제26983호로개정되기 전의 것) 제81조 제4항 제3호에 따라 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율로 안분 계산하면 정당세액은 [표 3] 해당란 기재와 같다. [표 3] 생략 따라서 ① 제1처분 중 10,393,246원(= 정당환급세액 145,727,392원과 기환급세액 156,120,638원의 차액, 가산세 1,685,767원 포함)을 초과하는 부분, ② 제2처분 전부, ③ 제3처분 중 6,076,684원(= 정당환급세액 96,456,280원과 신고환급세액 102,532,964원의 차액)을 초과하는 부분은 모두 위법하다.

그렇다면 원고들의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.