주식매매계약서상 가액은 구 법인세법에서 정한 시가라 할 수 없고 주식가치를 반영한 금액도 아니어서 취득 당시 시가로 볼 수 없음

사 건 2017구합70700 법인세 부과처분 및 경정거부처분 취소청구 원 고

1. 주식회사 AAAAAA

2. 주식회사 BBBB 피 고 CCC세무서장 변 론 종 결

2018. 5. 1. 판 결 선 고

2018. 6. 21.

1. 피고가 2014. 11. 3. 원고 주식회사 AAAAAA에 대하여 한 2011사업연도 법인세 7,790,516,840원의 부과처분을 취소한다.

2. 원고 주식회사 BBBB의 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 원고 주식회사 AAAAAA와 피고 사이에 생긴 부분은 피고가 부담하고, 원고 주식회사 BBBB과 피고 사이에 생긴 부분은 원고 주식회사 BBBB이 부담한다. 청 구 취 지 주위적 청구취지: 주문 제1항과 같다. 예비적 청구취지: 주위적으로, 피고가 원고 주식회사 BBBB에 대하여 한 2002사업연도 법인세 7,835,732,990원의 경정거부처분을 취소하고, 예비적으로, 피고가 원고 주식회사 AAAAAA에 대하여 한 2002사업연도 법인세 7,835,732,990원의 경정거부처분을 취소한다.

• 가. 원고 주식회사 AAAAAA는 2009. 4. 1. 원고 주식회사 BBBB의 산업재 사업부문이 분할되어 설립된 회사이다(이하 원고들을 표시함에 있어 주식회사 표시는 생략한다).
• 나. 원고 BBBB은 2001. 8. 31. 독일의 x.xxxxxx xxxxxxx xxxx & Co. KG(이하 ‘독일 지주회사’라 한다)로부터 독일 소재 법인인 x.xxxxxx. xxxx(이하 ‘DD법인’이라 한다)의 지분 49%(이하 ‘DD법인 주식’이라 한다)를 33,700,000달러(43,203,400,000원)에 취득하였다.
• 다. 원고 BBBB은 2002. 11. 6. DD법인의 100% 자회사인 스위스 소재 법인 x.xxxxxx. S.A.(이하 ‘EEE법인’이라 한다)에게 DD법인 주식을 양도하고, 같은 날 DD법인으로부터 EEE법인의 지분 49%(이하 ‘EEE법인 주식’이라 한다)를 취득하였다(이하 DD법인 주식의 양도 및 EEE법인 주식의 취득을 통틀어 ‘이 사건 주식거래’라 한다). 원고 BBBB은 당초 취득한 DD법인 주식의 가치와 이 사건 주식거래로 취득한 EEE법인 주식의 가치가 동일하다고 보아, DD법인 주식의 양도와 관련하여 별도의 익금 또는 손금 산입을 하지 않고, EEE법인 주식의 취득가액을 DD법인 주식의 취득가액과 같은 43,203,400,000원으로 회계장부에 계상하였다.
• 라. EEE법인 주식은 2002년부터 8년에 걸쳐 지분법평가 손익으로 감액 처리되어 2009년말에는 장부가액이 ‘0’이 되었다.
• 마. 원고 AAAAAA는 2009. 4. 1. 원고 BBBB에서 분할·설립되면서 EEE법인 주식을 인수하였고, 2011. 1. 31. 인도 법인 xxxx에 EEE법인 주식을 693,515,633원에 양도하였다. 원고 AAAAAA는 2011사업연도 법인세 신고 당시, EEE법인 주식의 처분이익으로 693,515,633원을 계상하고, 세무상 유보로 관리하던 EEE법인 주식의 평가손실 43,203,400,000원을 손금으로 추인함으로써, EEE법인 주식 처분으로 인한 손실을 42,509,884,367원(= 43,203,400,000원 - 693,515,633원)으로 인식하였다.
• 바. 서울지방국세청장은 2014. 6. 10.부터 2014. 10. 15.까지 원고 AAAAAA에 대한 세무조사 결과, 원고 BBBB이 취득한 EEE법인 주식의 정당한 취득가액을 EEE법인 주식 취득 당시 작성된 주식양도계약서(갑 제3호증의 1, 2)에 매입대금으로 기재된 15,438,073,540원(12,710,000 유로)으로 보고, 원고 AAAAAA가 2011사업연도 법인세 신고를 하면서 EEE법인 주식 처분으로 인한 손금으로 27,765,326,460원(= 43,203,400,000원 - 15,438,073,540원)을 과다계상하였다고 판단하였다. 서울지방국세청장으로부터 위와 같이 과세자료를 통보받은 피고는 2014. 11. 3. 원고AAAAAA에게 2011사업연도 법인세 7,790,516,840원(가산세 포함)을 경정·고지(이하 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라 한다)하였다.
• 사. 원고 AAAAAA는 이 사건 법인세 부과처분에 불복하여 2015. 1. 28. 조세심판원에 심판청구를 하였다.
• 아. 한편, 원고들은 이 사건 법인세 부과처분에 따라 EEE법인 주식의 취득가액을 15,438,073,540원으로 볼 경우 2002사업연도 법인세 신고와 관련하여 DD법인 주식의 양도금액도 15,438,073,540원으로 보아야 하므로, 2002사업연도에 DD법인 주식의 처분손실 27,875,326,460원(= 양도금액 15,438,073,540원 - 취득가액 43,203,400,000원)을 추가로 손금 산입해야 하고, 이에 따라 세액도 7,835,732,990원만큼 줄어들게 되며, 이는 구 국세기본법(2015. 12. 15. 법률 제136552호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조의2 제2항 제4호에서 정한 “결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때”로서 후발적 경정청구 사유에 해당한다는 이유로, 2014. 12. 30. 피고에게 2002사업연도 법인세 7,835,732,990원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.
• 자. 원고들은 위 경정청구일로부터 2개월이 지난 2015. 2. 28.까지 피고로부터 아무런 통지를 받지 못하였고, 경정청구를 한 자가 2개월 이내에 아무런 통지를 받지 못한 경우에는 통지를 받기 전이라도 그 2개월이 되는 날의 다음 날부터 심사청구를 할 수 있다는 구 국세기본법 제45조의2 제3항 단서에 따라 피고가 경정거부처분을 한 것으로 보고(이하 ‘이 사건 경정거부처분’이라 한다), 원고 BBBB은 2015. 8. 4., 원고 AAAAAA는 2015. 5. 29.에 각 이 사건 경정거부처분에 대하여 조세심판원에 심판청구를 하였다.
• 차. 조세심판원은 2017. 4. 20. 이 사건 법인세 부과처분 및 이 사건 경정거부처분에 대한 심판청구를 모두 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 7 내지 12호증, 을 제1 내지 3호증(각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장
• 가. 원고 AAAAAA의 주위적 청구(이 사건 법인세 부과처분 관련) 피고가 주장하는 양도계약서에 기재된 EEE법인 주식의 매입가는 감정평가 등을 거쳐 산정된 대금이 아니라 형식적으로 EEE법인의 장부상 순자산가액을 기재한 것에 불과하고, 달리 EEE법인 주식의 취득가액이 15,438,073,540원이라고 인정할 만한 증거가 없다. 오히려 이 사건 주식거래는 DD법인 주식과 EEE법인 주식의 등가 교환 또는 교환 유사의 무명거래로서, 이 사건 주식거래 후의 EEE법인 주식가치는 이 사건 주식거래 전의 DD법인 주식가치와 동일하므로, EEE법인 주식의 취득가액은 교환 대상인 DD법인 주식의 취득가액 43,203,400,000원으로 봄이 타당하다. 결국 원고 BBBB 또는 그로부터 EEE법인 주식을 승계한 원고 AAAAAA의 EEE법인 주식 취득가액을 15,438,073,540원으로 볼 수 없으므로, 이를 전제로 한 피고의 원고 AAAAAA에 대한 이 사건 법인세 부과처분은 위법하다.
• 나. 원고들의 예비적 청구(이 사건 경정거부처분 관련) 이 사건 법인세 부과처분이 적법하다면, 2011사업연도에 대한 이 사건 법인세 부과처분으로 인하여 2002사업연도의 법인세 과세표준 및 세액이 감소하였고, 이는 국세기본법 제45조의2 제2항 제4호 의 후발적 경정청구 사유에 해당한다. 따라서 이 사건 경정거부처분은 위법하므로, 주위적으로 2002사업연도 당시 DD법인 주식 양도와 이에 따른 법인세 과세표준 및 세액 신고의 주체인 원고 BBBB에 대하여, 예비적으로 2009년 원고 BBBB에서 분할되면서 EEE법인 주식을 승계한 원고 AAAAAA에 대하여 취소되어야 한다.

3. 이 사건 법인세 부과처분의 적법 여부

• 가. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 나. 인정사실

1. 독일의 x.xxxxxx. xxxx & Co. xxxxxx KG(이하 ‘DD 모법인’이라 한다)는 2001년경 자회사인 DD법인을 통해 주로 유럽과 미국에서 염료 및 관련 제품의 개발·제조·판매 사업을 영위하고 있었다. 원고 BBBB은 염료사업에 대한 구조조정을 위하여, 2001. 1. 11. DD 모법인과 사이에, 원고 BBBB이 Dohmen 한국법인에 염료사업을 양도하면서 독일 지주회사가 보유하는 DD법인 주식을 인수하는 방식으로 합작투자기업에 참여한 뒤, 독일 내 주식 상장을 통해 지분 매각을 추진하기로 하는 내용의 양해각서를 체결하였다.

2001. 8. 31. 당시 DD법인의 주식은 DD 모법인이 51%, 독일 지주회사가 49%를 보유하고 있었고, 원고 BBBB은 2001. 8. 31. 독일 지주회사로부터 DD법인 주식을 43,203,400,000원에 취득함으로써, DD 모법인과 49:51의 비율로 DD법인의 주식을 보유하게 되었다. DD법인은 모피, 가죽, 나일론, 모직용 등의 염료를 생산·판매하는 법인으로, 자동차용 염료를 생산하여 전량 수출하는 EEE법인의 지분을 100% 소유하고 있었고, EEE법인은 프랑스, 미국, 이탈리아, 영국, 한국 등 판매법인의 지주회사인 Dohman Holding S.A.의 지분을 100%로 보유하고 있었다. 원고 BBBB이 DD법인 주식을 취득한 뒤 도맨 그룹의 지분 구조는 아래 표와 같다. [2001년 8월 원고 BBBB의 DD법인 주식 취득 후 도맨 그룹의 지분 구조] 생략

2. 원고 BBBB과 DD 모법인은 위 양해각서에 따라 독일 주식거래소에 주식 상장을 위한 방안을 검토하던 중 독일보다 스위스가 비용과 절차 면에서 더 유리하다는 결론을 내리고 EEE법인을 최상위 지주회사로 전환하기로 하였다. 이에 따라 원고 BBBB과 DD 모법인은 2002. 11. 6. EEE법인과 사이에 각자가 보유한 DD법인 주식을 EEE법인에 양도하는 내용의 계약을 체결함과 동시에, DD법인과 사이에 DD법인이 보유한 EEE법인 주식을 49:51로 원고 BBBB과 DD 모법인이 매입하는 내용의 이 사건 주식거래 계약을 체결하였다. 위 각 주식양도계약서(갑 제2, 3호증의 각 기재)에는 2001년 12월말 기준 장부상 순자산가액에 따라, 원고 BBBB이 EEE법인에게 양도하는 DD법인 주식의 양도가액은 18,212,810유로[= DD법인의 회계상 순자산가액(총자산 - 총부채) 37,169,000유로 × 49%, 22,110,351,340원]로, 원고 BBBB이 DD법인으로부터 취득하는 EEE법인 주식의 매입가액은 12,710,110유로(= EEE법인의 회계상 순자산가액 25,939,000유로 × 49%, 15,438,073,540원)로 각 기재되어 있고, 각 그 대금은 DD법인이 EEE법인 주식 양도에 따른 원고 BBBB에 대한 대금채권 12,710,110유로를 EEE법인에게 무상으로 양도하고, EEE법인은 양수받은 원고 BBBB에 대한 주식양도대금채권을 원고 BBBB의 EEE법인에 대한 주식양도대금채권 18,212,810유로와 서로 상계하며, 원고 BBBB은 EEE법인으로부터 받아야 하는 잔여채권 5,502,700유로(= 18,212,810유로 - 12,710,110유로)를 포기하는 방식으로 정산하도록 정하고 있다(DD 모법인의 경우도 마찬가지이다).

3. 이 사건 주식거래 뒤 도맨 그룹의 지분 구조는 아래와 같다. [2002년 11월 이 사건 주식거래 뒤 DD 그룹의 지분 구조] 생략

4. 원고 BBBB은 이 사건 주식거래가 실질가치에는 변함이 없는 형식적인 주식교환거래에 해당한다고 보아, 2002사업연도에 EEE법인 주식의 취득가액을 기존의 DD법인 주식의 취득가액으로 계상하고, 별도의 회계 및 세무처리를 하지 않았다. [인정근거] 갑 제2 내지 6, 10호증, 을 제1 내지 6호증의 각 기재, 변론 전체의

• 다. 판단

1. 이 사건 주식거래의 성질 이 사건 주식거래는 그 형식의 측면에서 원고 BBBB과 EEE법인, 원고 BBBB과 DD법인 사이에 각각 DD법인 주식을 양도하고 EEE법인 주식을 양수하는 2개의 매매계약이 존재하고, 당사자들 사이에 급부의 목적물이 금전으로 평가되어 있기는 하다. 그러나 실질적으로 보면 이 사건 주식거래는 외형상 드러난 위 각 매매계약에 따라 이루어진 것이 아니라, 위 매매계약들이 상호 의존적으로 결부된 채로, 원고, DD법인, EEE법인의 세 당사자간에 교환과 유사한 무명계약에 기초하여 이루어졌다고 봄이 타당하다. 즉, 앞서 본 바와 같이 이 사건 주식거래로 의도한 바는 원고 BBBB과 DD 모법인이 스위스에서 주식을 상장하기 위해 DD법인과 EEE법인의 위치를 바꾸는 것이었다. 그에 따라 주식양도계약의 내용도 원고 BBBB이 DD법인에 EEE법인 주식의 양수대금을 지급하거나, EEE법인으로부터 DD법인 주식의 양도대금을 지급받는 것이 아니라, DD법인이 EEE법인에게 원고 BBBB에 대한 EEE법인 주식의 양도대금 채권을 무상으로 양도하고, EEE법인이 DD법인으로부터 양수받은 원고에 대한 채권과 원고의 EEE법인에 대한 DD법인 주식 양도대금 채권을 같은 금액 범위에서 상계하며, 원고 BBBB은 상계 이후 남은 채권을 전액 포기함으로써 잔액을 전부 소멸시키는 구조를 취하고 있고, 당사자들 사이에 장부상의 순자산가치 외에 실질적인 주식가치 평가나 대가 지급이 이루어진 바가 없다.

2. EEE법인 주식의 취득가액

• 가) 내국법인이 교환과 유사한 무명계약을 통해 취득한 자산의 취득가액은 구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제41조 제1항 제3호, 구 법인세법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17826호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제72조 제1항 제5호에 따라 ‘취득당시의 시가’로 산정한다. 구 법인세법 시행령 제72조 제1항 제5호 는 자산의 취득가액을 시가로 하도록 규정하면서 어떠한 것을 시가로 볼 것인지를 명백히 규정하고 있지 않으나, 구 법인세법이나 구 법인세법 시행령상 ‘시가’의 개념을 동일하게 해석하는 것이 타당하므로, 자산의 취득가액으로 보아야 하는 ‘시가’는 부당행위계산의 부인과 관련하여 ‘시가’의 개념을 정의하고 있는 구 법인세법 제52조 에서 정한 ‘시가’와 동일한 의미로 볼 것이다. 구 법인세법 제52조 제2항 은 시가에 관하여 ‘건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격’이라고 규정하고 있다. 그리고 구 법인세법 시행령에 의하면, ‘당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격’을 시가의 하나로 보고(구 법인세법 시행령 제89조 제1항), 시가가 불분명한 경우에는 ‘감정가액이 있는 경우에는 감정가액에 의하되(다만, 증권거래소에 상장되지 아니한 주식 등을 제외), 감정가액이 없는 경우에는 상속세 및 증여세법 제63조 의 규정을 준용하여 평가한 가액(구 법인세법 시행령 제89조 제2항)인 순손익가치와 순자산가치‘를 시가로 보게 된다. 그리고 구 법인세법 시행령 소정의 시가에 대한 입증책임은 과세관청인 피고에게 있다(대법원 2004. 10. 27. 선고 2003두12493 판결 등 참조).
• 나) 위 법리에 비추어 이 사안을 보건대, 앞서 인정한 사실 및 변론 전체의 취지에 비추어 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 원고 BBBB이 EEE법인 주식을 취득한 2002. 11. 6. 당시 위 주식의 시가가 주식양도계약서에 기재된 금액 상당인 15,438,073,540원이었다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

① 이 사건 주식거래가 이루어진 2002. 11. 6. 당시 원고 BBBB이 취득한 EEE법인 주식은 비상장주식으로 DD법인이 그 주식의 100%를 보유하고 있었으므로, 2002. 11. 6. 당시에는 EEE법인 주식에 관하여 불특정 다수인 사이의 거래가 이루어지지 않았고, 그 결과 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가격이 존재하지 않았다.

② 이 사건 주식거래 당시 작성된 각 주식양도계약서에는 실제로 대금 지급을 예정하여 목적물인 주식의 가치평가를 거쳐 결정된 금액을 기재한 것이 아니라, 매매형식을 통한 보유 주식 교환을 의도함에 있어 매매대금으로 표시할 수 있는 일응의 기준인 장부상 순자산가액을 그대로 기재하였다. 이에 따라 이 사건 주식거래로 인하여 보유 주식이 DD법인 주식에서 EEE법인 주식으로 변동된 것 외에, 실질적으로 어느 누구도 대가를 지급하거나 지급받은 바 없다. 또한 이 사건 주식거래의 당사자는 특수관계자로서 그 거래금액을 구 법인세법에서 정한 시가로 볼 수도 없다.

③ 지주회사의 발행주식 가치는 실제 사업을 하는 종속회사들의 가치에 따라 정해진다고 할 것인바, 이 사건 주식거래 전의 DD법인은 최상위 지주회사로서, DD법인 자체의 자산가치 및 수익가치에, 자회사인 EEE법인의 자산가치 및 수익가치, 손자회사인 프랑스법인, 미국법인, 이탈리아법인, 영국법인, 한국법인, 중국법인 등 각국 법인들의 자산가치 및 수익가치를 모두 합한 가액을 그 주식가치로 볼 수 있다. 이 사건 주식거래 후 DD법인은 EEE법인의 지배를 받는 완전 자회사로 분리되고 EEE법인이 최상위지주회사가 되었는바, 이 사건 주식거래 후 EEE법인의 주식가치는 EEE법인 자체의 자산가치 및 수익가치, 자회사인 DD법인의 자산가치 및 수익가치, 다른 자회사들인 프랑스법인, 미국법인, 이탈리아법인, 영국법인, 한국법인, 중국법인 등 각국 법인들의 자산가치 및 수익가치를 모두 합한 가액이 되었다. 그리고 원고가 이 사건 주식거래로 DD법인 주식을 양도하고 취득한 EEE법인 주식은 DD법인의 자회사가 아니라 DD법인의 모회사로서의 EEE법인 주식이다.

④ 통상 주식매입의 경우 그 취득 전후의 가치가 동일함에 비해, 원고가 이 사건 주식거래로 취득한 EEE법인의 순자산가치는 위와 같이 주식양도계약서에 매입가액으로 기재된 EEE법인의 장부상 순자산가치와 동일하다고 볼 수 없는 특별한 사정이 있다. 즉, 원고가 이 사건 주식거래로 취득한 EEE법인 주식의 가치는 EEE법인이 최상위 지주회사로서 종속회사인 DD법인의 주식가치까지 포함되어 있다고 봄이 타당한데, 주식양도계약서에 매입가액으로 기재된 EEE법인의 장부상 순자산가치는 DD법인이 최상위 지주회사로서 EEE법인은 아직 DD법인 주식을 보유하기 전의 종속법인으로서의 가치만을 반영하고 있다.

⑤ 이러한 사정을 종합하여 보면, EEE법인 주식양도계약서에 기재된 매입금액은, 법인세법에서 정한 시가라고 할 수 없고, 나아가 그 자체로 원고 BBBB이 취득한 EEE법인 주식의 가치를 반영하고 있는 금액도 아니어서 보충적 평가방법으로서의 순자산가치라고 볼 수도 없으며, 달리 위 매입금액이 원고 BBBB이 취득한 EEE법인 주식의 취득당시 시가라고 인정할 만한 증거가 없다.

• 라. 소결론 따라서 EEE법인 주식의 취득당시 시가가 주식양도계약서에 기재된 금액임을 전제로 하는 이 사건 법인세 부과처분은 위법하므로 원고 AAAAAA의 주위적 청구는 이유 있고, 이와 같이 원고 AAAAAA의 주위적 청구를 받아들이는 이상, 위 청구가 받아들여지지 않음을 전제로 하는 원고 BBBB의 예비적 청구, 즉 예비적 원고 BBBB의 청구는 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다(또한 원고 AAAAAA의 주위적 청구를 받아들이므로, 원고 AAAAAA의 예비적 청구는 나아가 살피지 아니한다.).

그렇다면 원고 AAAAAA의 주위적 청구는 이유 있어 이를 인용하고, 원고 BBBB의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.