2011년도에 발생한 석박사 인건비에 대한 연구인력개발비 세액공제액은 최저한세가 적용되지 않음

사 건 서울행정법원 2017구합70670 경정청구거부처분취소 원 고

○○ 주식회사 피 고

○○○세무서장 변 론 종 결

2018. 5. 24. 판 결 선 고

2018. 6. 7.

1. 피고가 2017. 2. 13. 원고에 대하여 한 2015 사업연도 법인세 000원의 경정청구 거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다.

• 가. 원고는 ○○ 관련 제품을 생산하여 판매하는 사업을 영위하고 있다.
• 나. 원고는 00시에 연구소(R&D센터)를 건립하고, 석·박사 출신의 연구원들을 채용하여 위 연구소의 연구전담 직원으로 근무하도록 하고 있는데, 2011 사업연도 법인세 신고 당시 위 석·박사 출신 연구원들에게 지급한 급여를 포함한 연구·인력개발비 지출액에 대하여 구 조세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제10조에 따라 000원(그 중 석·박사 인건비 지출액 000원에 상응하는 000원을 ‘이 사건 쟁점세액’이라 한다)의 세액공제를 신청하였으나, 2011 사업연도에 결손이 발생함에 따라 2014 사업연도까지 2011 사업연도에 발생한 위 연구·인력개발비 세액공제액을 공제받지 못하였다.
• 다. 한편, 구 조세특례제한법 제132조 제1항 제3호 는 석·박사의 인건비 지출액에 상응하는 연구·인력개발비 세액공제액을 최저한세 적용 대상 세액공제에서 제외하고 있었으나, 2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정된 조세특례제한법(이하 ‘개정 조세특례제한법’이라 한다) 제132조 제1항 제3호는 중소기업이 아닌 법인의 석·박사 인건비에 상당하는 연구·인력개발비 세액공제액을 최저한세 적용 대상으로 규정하였다.
• 라. 원고는 2015 사업연도 법인세 신고를 함에 있어 이 사건 쟁점세액을 포함하여2011 사업연도에 공제받지 못하였던 2011 사업연도 발생 연구·인력개발비 세액공제액을 개정 조세특례제한법 제144조 제1항 에 따라 이월공제하여 법인세를 신고하였는데, 당시 원고는 개정 조세특례제한법 제132조 제1항 제3호 에 따라 이 사건 쟁점세액을 최저한세 적용 대상 연구·인력개발비 세액공제액에 포함시켜 법인세를 신고하였다.
• 마. 이후 원고는 2016. 12. 13. 피고에게 이 사건 쟁점세액이 최저한세 적용 대상에 서 제외되어야 함을 이유로 2015 사업연도 법인세 000원을 감액경정하여 줄 것을 청구하였으나, 피고는 위 경정청구일로부터 2개월 내에 원고에게 경정청구 결과를 통지하지 않았다.
• 바. 원고는 국세기본법 제45조의2 제3항 단서에 따라 위 경정청구가 있었던 때로부터 2개월이 지난 2017. 2. 13. 피고의 거부처분이 있는 것으로 보아(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다) 2017. 4. 18. 조세심판원에 그 취소를 구하는 심판청구를 하였으나, 2017. 10. 24. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 개정 조세특례제한법의 문언과 그 개정 취지, 납세자의 신뢰보호와 예측가능성 등을 고려할 때, 구 조세특례제한법 제132조 가 적용되던 2011 사업연도에 이미 확정적으로 발생하여 신고까지 마친 이 사건 쟁점세액에 대하여는 개정 조세특례제한법 제132조 가 아니라 구 조세특례제한법 제132조 가 적용되어 최저한세의 제한을 받지 않는 것으로 해석하여야 하므로, 이와 다른 전제에서 원고의 경정청구를 거부한 피고의 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 관련 법리

• 가) 구 조세특례제한법은 연구개발을 장려하기 위해 제10조에서 내국법인이 지출한 연구·인력개발비를 세액공제대상으로 규정하는 한편, 제132조 제1항 제3호에서 중소기업이 아닌 법인의 경우에도 해당 사업연도 연구·인력개발비 세액공제 대상금액에서 석․박사의 인건비로 발생한 금액이 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액을 뺀 금액을 최저한세 적용대상으로 정하고 있었다. 그런데 개정 조세특례제한법 제132조 제1항 제3호 에서는 중소기업이 아닌 법인의 연구·인력개발비 세액공제액 전부를 최저한세 적용 대상으로 규정하였다. 또한, 개정 조세특례제한법 부칙(제11133호, 2011. 12. 31.) 제1조는 개정 조세특례제한법의 원칙적인 시행일을 2012. 1. 1.로 규정하고 있고, 제2조 제1항에서는 ‘이 법 중 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다‘고 규정하고 있다.
• 나) 한편, 국세기본법 제18조 제1항 은 ‘세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다’고 규정하고 있고, 조세법률주의의 원칙상 조세에 관한 법률규정은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장 또는 유추하여 해석하는 것은 허용되지 않지만, 법률규정 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지와 목적 등을 고려하여 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다고 할 것이다(대법원 2008. 2. 15. 선고 2007두4438 판결, 대법원 2014. 1. 23. 선고 2011두2781 판결 등 참조).

2. 원고의 주장에 대한 판단 살피건대, 위 각 조세특례제한법 규정의 내용, 입법 취지, 개정 경위와 갑 제3, 5호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 아래와 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 쟁점세액에 대하여는 개정 조세특례제한법 제132조 가 아닌 구 조세특례제한법 제132조 가 적용되어 최저한세가 적용되지 않는다고 봄이 상당하므로, 이와 다른 전제에서 원고의 이 사건 쟁점세액에 대한 경정청구를 거부한 피고의 이 사건 처분은 위법하고, 원고의 위 주장은 이유 있다.

① 이 사건에서는 개정 조세특례제한법 시행 전인 2011 사업연도에 원고가 지출한 석·박사 인건비와 관련한 것으로서 그 당시에는 최저한세의 적용대상이 아니었던 이 사건 쟁점세액이 개정 조세특례제한법 제132조 제1항 제3호 에 따라 최저한세의 적용대상이 되는지가 문제되는데, 개정 조세특례제한법 부칙은 위 개정 법률의 원칙적인 시행일 및 위 개정 법률 중 법인세에 관한 개정 규정의 일반적인 적용시점에 대하여만 규정할 뿐 개정 조세특례제한법 시행 이후의 이월세액이 최저한세의 제한을 받는지 여부에 대하여는 명확한 규정을 두고 있지 않으므로, 조세특례제한법의 문언, 입법 취지와 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 통해 이 사건 쟁점세액에 개정 조세특례제한법 제132조 제1항 제3호 에 따라 최저한세가 적용될지 여부를 결정하여야 할 것이다.

② 그런데, 아래와 같은 사정들을 고려하면, 개정 조세특례제한법 제132조 제1항 제3호 는 위 개정 법률의 시행일인 2012. 1. 1. 이후 발생하는 석·박사 인건비 세액공제분부터 적용되는 것으로 해석하여야 하고, 그 부칙에서 위 조항과 관련한 경과규정을 별도로 두고 있지 않다고 하여 이와 달리 볼 수는 없다고 할 것이다. ㉠ 원고가 이 사건 쟁점세액과 관련한 석·박사 인건비 85,443,341,138원을 지출한 2011 사업연도 당시 시행 중이던 구 조세특례제한법 제10조 는 연구개발을 장려하기 위해 내국법인이 지출한 연구·인력개발비를 세액공제대상으로 규정하는 한편, 제132조 제1항 제3호에서는 원고와 같이 중소기업이 아닌 법인의 경우에도 석·박사의 인건비 관련 세액공제액에 대해서는 최저한세가 적용되지 않는 것으로 규정하고 있었는데, 원고는 위와 같은 세액공제 제도를 신뢰 또는 고려하여 위와 같은 거액의 석·박사 인건비를 지출하였을 것으로 보인다. ㉡ 또한 원고는 2011 사업연도 법인세 신고시 이 사건 쟁점세액에 대한 공제신청까지 마쳤으나, 2011 사업연도에 결손이 발생함에 따라 2014 사업연도까지 이 사건 쟁점세액을 공제받지 못한 것에 불과하고, 원고로서는 2011 사업연도 법인세 신고 당시 이미 지출이 완료되어 공제 신청까지 마친 이 사건 쟁점세액에 대하여 이월공제가 허용되는 기간 동안 최저한세의 적용 없이 확정적으로 세액공제를 받을 수 있다는 기대를 갖게 되었을 것으로 보인다. ㉢ 국민에게 새로운 납세의무나 종전보다 가중된 납세의무를 규정하는 세법의 조항은 그 시행 이후에 과세요건이 발생하거나 충족되는 경우에 한하여 적용될 수 있으며, 국가의 과세권은 납세의무자인 국민이 과세요건을 실현하는 행위 당시의 세법규정에 의해 예상할 수 있었던 법적 효과보다 불리한 처분을 할 수 없음이 원칙이라 할 것이고, 이는 종전에는 최저한세 적용 대상이 아니던 조세감면 규정이 법령의 개정으로 최저한세 적용 대상이 되어 개정 전에 비하여 세부담이 증가되는 결과가 초래되는 경우에도 마찬가지라고 할 것이다. ㉣ 그런데, 이 사건 쟁점세액과 관련한 석․박사 인건비 지출 당시 시행 중이던 구 조세특례제한법에 의할 경우 최저한세 적용 대상이 아니던 위 쟁점세액에 대하여 개정 조세특례제한법에 따라 최저한세가 적용된다고 보는 것은 위와 같은 원고의 신뢰 및 예측을 벗어나 과거에 이미 지출이 완료된 비용과 관련한 세부담을 증가시키는 결과를 초래하게 된다.

③ 또한, 개정 조세특례제한법 제132조 제1항 제3호 가 구 조세특례제한법 시행 이전의 법률과 마찬가지로 대기업의 석·박사 인건비에 상당하는 연구·인력개발비 세액공제액을 최저한세 적용 대상에 포함시킨 것은, 연구·인력개발에 대해서는 충분히 세제지원을 하고 있는 점 및 다른 세액공제와의 과세형평성 등을 고려하여 개정 조세특례제한법 시행 이후에 발생한 대기업의 연구·인력개발비 관련 세액공제 금액에 대하여는 최저한세를 적용하기 위함으로 보이는바, 이미 그 이전에 지출이 완료되어 연구개발 활성화에 기여한 부분에 대해서까지 개정 조세특례제한법에 따라 최저한세가 적용된다고 보는 것은 위와 같은 개정 조세특례제한법의 취지에도 부합하지 않는 해석으로 보인다.

④ 나아가, 조세특례제한법(구 조세특례제한법 및 개정 조세특례제한법 모두 마찬가지이다) 제144조 제1항은 ‘제10조에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나, 제132조에 따른 법인세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 법인세에서 공제한다’고 규정하고 있고, 제144조 제2항은 ‘제10조에 따라 공제할 세액과 제1항에 따라 이월된 미공제 금액이 중복되는 경우에는 제1항에 따라 이월된 미공제 금액을 먼저 공제하고, 이월된 미공제 금액 간에 중복되는 경우에는 먼저 발생한 것부터 차례대로 공제한다’고 규정하고 있다. 또한 법인세 신고시에도 위 규정 등에 따라 여러 종류의 조세감면을 최저한세 적용 여부에 따라 구분하고, 당해 사업연도에 실제로 공제될 조세감면액을 이월된 조세감면액과 해당 사업연도에 새로 발생한 조세감면액으로 구분하며, 차기로 이월된 미공제 조세감면액을 발생시점에 따라 구분하여 신고하여야 한다. 이와 같이 조세특례제한법에서 이월된 세액공제금액과 당해 사업연도에 새로 발생한 세액공제금액이 구분되는 것으로 규정하고 있고, 실제로 법인세를 신고함에 있어서도 이를 구분하여 신고하도록 하고 있는 점에 비추어 보더라도, 이월된 이 사건 쟁점세액의 경우에는 2015 사업연도에 새로 발생한 세액공제금액과는 달리 개정 조세특례제한법이 아닌 구 조세특례제한법에 따라 최저한세가 적용되지 않는다고 할 것이다.

⑤ 피고는 대법원 2009. 6. 11. 선고 2007두7727 판결에서 ‘구 조세특례제한법 시행 후 개시하는 과세연도로 이월되어 온 이월세액공제액이 그 과세연도에 최저한세의 적용대상이 되는지 여부는 그 과세연도의 법인세에 관한 것으로서 구 조세특례제한법 부칙 제2조 제1항의 규정에 따라 그 과세연도분 법인세부터 적용되는 구 조세특례제한법 제132조 제1항 의 규정에 의하여 결정되어야 한다’고 판단한 것을 들어 이 사건 쟁점세액의 경우에도 개정 조세특례제한법 제132조 제1항 제3호 가 적용되어 최저한세의 제한을 받는다고 주장한다. 그러나, 이 사건에서는 원래 구 조세특례제한법에 따라 최저한세의 적용대상이 아니었던 이 사건 쟁점세액이 개정 조세특례제한법에 따라 최저한세의 적용대상이 되는지가 문제되는 것인 반면, 위 대법원 판결에서는 구 조세특례제한법 이전에 시행되던 구 조세특례제한법(2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 것)에 따라 최저한세의 적용대상이었던 이월세액이 구 조세특례제한법에 따라 최저한세의 적용대상에서 제외되는지가 문제되었던 것으로, 위 대법원 판결은 구 조세특례제한법 및 부칙 규정의 내용과 입법취지 등을 종합적으로 고려하여 구 조세특례제한법 시행 이전에 발생한 이월세액도 구 조세특례제한법에 따라 최저한세의 적용을 받지 않는다고 본 것인바, 그와 반대로 이 사건 쟁점세액과 관련하여 납세자에게 불리한 개정 조세특례제한법을 적용할지 여부가 문제되는 이 사건에 있어서 위 대법원 판결의 내용을 그대로 적용할 수는 없다고 할 것이다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.