자본적 지출액은 부동산의 가액결정에 영향을 줄 수 있는 정도로 자산의 객관적 가치를 현실적으로 증가시키는 비용만을 의미함

사 건 2017구합62259 양도소득세부과처분취소 원 고 김□□ 피 고 ■■■세무서장 변 론 종 결

2018. 12. 21. 판 결 선 고

2019. 2. 1.

1. 피고가 2016. 11. 7. 원고에게 한 2012년 귀속 양도소득세 468,051,920원(가산세 포함)의 부과처분 중 407,208,568원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 9/10는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2016. 11. 7. 원고에게 한 2012년 귀속 양도소득세 468,051,920원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다. 1)

• 가. 원고(개명 전: 김▢▢)는 2003. 4. 25. 김▲▲으로부터 서울 ○○구 ○○동 ○○-○○ 대 248㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 취득하고, 2003. 12. 9. 이 사건 토지 지상에 철근콘크리트구조 철근콘크리트지붕 지하 1층, 지상 5층, 옥탑 근린생활시설(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 신축하여 취득하였다.
• 나. 원고는 이 사건 토지 및 건물(이하 통칭하여 ‘이 사건 부동산’이라 한다)에서 ‘○○물산’이란 상호로 부동산임대업을 영위하다가 2012. 9. 5. 이 사건 부동산을 현물출자 하여 ‘○○물산 주식회사’(이하 ’이 사건 회사‘라 한다)를 설립하면서 그로 인하여 발생한 양도소득세에 대하여 구 조세특례제한법(2017. 12. 19. 법률 제15227호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제32조에 따라 이월과세를 신청하여 승인받았다. 그 후 이 사건 회사는 2015. 4. 10. 사업용고정자산인 이 사건 부동산을 처분하고 승계 받은 사업을 폐지하였다.
• 다. 피고는 2016. 9. 1.부터 2016. 9. 20.까지 원고에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 이 사건 회사가 그 설립일로부터 5년 이내에 법인전환 이월과세를 적용받은 원고로부터 승계한 사업을 폐지하였다는 이유로 구 조세특례제한법 제32조 제5항 제1호 에 따라 이월과세액을 양도소득세로 추징하기로 하고, 양도가액은 현물출자 당시 이 사건 부동산의 평가액인 3,040,658,400원, 취득가액은 1,483,521,978원[이 사건 토지분 8억 원 + 이 사건 건물분 954,562,887원(건물 장부가액 993,529,969원 - 감가상각누계액 38,967,082원) - 이 사건 건물의 취득일 이후 자본적 지출로 확인할 수 있는 객관적인 증빙이 부족하다고 본 271,040,909원]으로 보는 전제에서 과세표준을 1,113,321,281원으로 산정하여 2016. 9. 30. 원고에게 예상 고지세액을 468,051,929원(가산세 포함), 예정 고지일을 2016. 11. 7., 예정 납부기한을 2016. 11. 30.으로 하는 세무조사 결과 통지를 하였다. 원고와 함께 ‘서울 ○○구 ○○○로○길 1○-○○(○○동, ○○○)’(이하 ‘이 사건 주소지’라 한다)에서 거주하는 원고의 아들 김▣▣이 2016. 10. 7. 위 세무조사 결과 통지서를 수령하였다.
• 라. 피고는 2016. 11. 7. 원고에 대한 양도소득세 468,051,920(가산세 포함)을 결정한 후(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다), 그 납세고지서를 등기우편의 방법으로 이 사건 주소지로 2016. 11. 10. 1차 발송하였으나 폐문부재로 송달되지 않았고, 2016. 12. 2. 2차 발송하였으나 폐문부재로 송달되지 않았다. 피고의 담당 직원은 2016. 12. 13.과 2016. 12. 21. 이 사건 주소지에 방문하였으나 폐문부재로 원고에게 납세고지서를 교부하지 못했다. 피고는 2016. 12. 21. 국세청 전산망에 원고의 휴대전화로 등록되어 있는 ‘010-○○○○-○○○○’로 ‘원고에게 납세고지서를 송달하고자 이 사건 주소지에 두 차례 방문하였으나 송달이 불가하여 공시송달 예정이며, 이에 따른 불이익을 당하지 않도록 2016. 12. 28.까지 피고의 사무실에 직접 방문하여 납세고지서를 수령하라’는 취지의 문자메시지를 전송하였다. 피고는 2017. 1. 5. 위 납세고지서를 공시송달 하였다(간주 송달일: 2017. 1. 20.). 원고는 2017. 2. 21. 피고의 사무실에 방문하여 납세고지서를 직접 수령하였다.
• 마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2017. 4. 19. 이 사건 소를 제기한 후, 2017. 5. 20. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2017. 8. 31. 각하되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제7~13호증, 을 제1~7, 15, 16호증(이상 가지번호 포함)의 각 기재 또는 영상, 변론 전체의 취지

[별지 1] 기재와 같다.

• 가. 피고의 본안전항변 원고는 이 사건 처분의 공시송달 간주송달일로부터 제소기간인 90일 내에 전심 절차를 거치지 않고 이 사건 소를 제기하였으므로, 이 사건 소는 전심절차 미경유, 제소기간 도과로 부적법하다.
• 나. 판단 1) 국세기본법 제11조 제1항 은 공시송달 사유로 제2호에서 ‘주소 또는 영업소가 분명하지 아니한 경우’, 제3호에서 ‘제10조 제4항에서 규정한 자가 송달할 장소에 없는 경우로서 등기우편으로 송달하였으나 수취인 부재로 반송되는 경우 등 대통령령이 정하는 경우’를 규정하고, 그 위임에 따라 수취인 부재를 이유로 공시송달을 할 수 있는 구체적인 경우를 정하고 있는 국세기본법 시행령 제7조의2 는 제1호에서 ‘서류를 등기우편으로 송달하였으나 수취인이 부재중인 것으로 확인되어 반송됨으로써 납부기한 내에 송달이 곤란하다고 인정되는 경우’를, 제2호에서 ‘세무공무원이 2회 이상 납세자를 방문하여 서류를 교부하려고 하였으나 수취인이 부재중인 것으로 확인되어 납부기한 내에 송달이 곤란하다고 인정되는 경우’를 들고 있다. 국세기본법 제11조 제1항 제2호 의 사유는 과세관청이 선량한 관리자의 주의를 다하여 송달을 받아야 할 자의 주소 또는 영업소를 조사하였으나 그 주소 또는 영업소를 알 수 없는 경우를 말하고(대법원 2002. 11. 26. 선고 2002다44847 판결), 국세기본법 제11조 제1항 제3호, 국세기본법 시행령 제7조의2 제1호, 제2호에서의 ‘수취인의 부재’는 납세의무자가 기존의 송달할 장소로부터 장기간 이탈한 경우로서 과세권 행사에 장애가 있는 경우로 한정하여 해석함이 타당하다(대법원 2014. 11. 27. 선고 2014두9745 판결 등 참조).

2. 앞서 인정한 사실, 갑 제9~13호증, 을 제3, 5~7, 15, 16호증(이상 가지번호 포함)의 각 기재 또는 영상 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 이 사건 주소지 건물은 지하 1층, 지상 3층, 옥탑으로 구성된 14세대가 거주하는 다가구주택으로서 납세고지서 발송 또는 직접 방문 당시 피고가 보유한 이 사건 주소지 표시에 원고가 실제 거주하는 호수가 특정되어 있지 않았고, 피고의 담당 직원이 이 사건 주소지 방문 당시 촬영한 폐문 사진은 공동출입문을 찍은 것에 불과하므로, 납세고지서의 발송이나 직접 방문 당시 원고의 부재 상태가 제대로 확인되었다고 단정하기 어려운 점, ② 원고는 2016. 10. 7. 위 주소지에서 아들 김▣▣을 통해 세무조사 결과 통지서를 수령하였고, 2017. 11. 5.까지 주소변동이 없었으며, 2017. 11. 6. 하룻동안 다른 주소지로 전출하였다가 2017. 11. 7. 이 사건 주소지로 재전입(이날 ‘101호’를 부기하였다)한 후 주소변동이 없었으므로, 납세고지서의 송달이나 직접 방문이 이루어진 2016. 11. 10. ~ 2016. 12. 21. 무렵 원고가 이 사건 주소지에서 장기간 이탈한 상태였다고 단정하기 어려운 점, ③ 피고가 2016. 12. 21. 국세청 전산망에 등록되어 있는 원고의 휴대전화 연락처로 앞서 본 내용의 문자메시지를 전송하기는 하였으나, 피고가 원고와 직접 전화통화를 하지는 않았고, 위 휴대전화 고객명이 ◆◆시스템중개㈜여서 실제 사용인이 원고에게 위 문자메시지를 전달하는 과정에서 시일이 지체되었거나 전달을 누락하였을 수도 있으므로 원고가 문자메시지에서 정할 기일까지 피고의 사무실을 방문하여 납세고지서를 수령하지 않은 것이 기존의 송달장소로부터 장기간 이탈한 근거가 된다고 단정하기 어려운 점, ④ 원고는 세무조사결과 통지를 받은 후 납세고지서가 송달되지 않는 것이 이상하여 2017. 2. 21. 피고의 사무실을 찾아가 납세고지서를 직접 수령하였다고 주장하는바, 세무조사과정에서 원고가 주장한 자본적 지출이 증빙부족을 이유로 상당액 받아들여지지 않은 상태에서 원고가 추가로 소명자료를 제출하여 과세를 감면받을 수 있는 기회를 제소기간을 도과하여 상실하도록 방치하지는 않았을 것이므로 위 주장을 수긍할만한 점, ⑤ 피고가 내부전산망에 원고 본인 아닌 제3자 명의의 휴대전화번호를 원고의 연락처로 등재한 것이 세무행정 절차상 정당하게 이루어진 것이라 하더라도, 과세고지서가 송달불능 되자 위 번호로 전화하여 원고와의 통화를 시도하지 않은 채 납세고지서 수령을 독촉하는 내용의 문자메시지만 발송한 것은 비록 전에 동일 주소지로 세무조사결과 통지서가 송달된 사실이 있다 하더라도 피고가 선량한 관리자의 주의를 다하여 송달 가능한 주소를 조사하였다고 보기 어려운 점을 종합할 때, 이 사건 처분이 공시송달 요건을 갖추었다고 보기 어렵다.

3. 따라서 이 사건 처분의 공시송달은 부적법하여 효력이 없으므로 그 간주송달일로부터 제소기간이 진행된다고 볼 수 없는바, 원고가 2017. 2. 21. 피고의 사무실에 방문하여 납세고지서를 직접 교부받음으로써 비로소 이 사건 처분의 효력이 발생하였다 할 것이므로(국세기본법 제12조 제1항, 제8조 제1항, 제10조 제1항), 원고가 그로부터 90일 내인 2017. 5. 20. 조세심판원에 심판청구를 하여 이 사건 변론종결 전까지 그 결정을 받은 이상 전심절차와 제소기간을 모두 준수하였다고 봄이 타당하다. 피고의 본안전항변은 받아들이지 않는다.

• 가. 원고 주장의 요지

1. 이 사건 토지의 취득가액은 실제 13억 원이나, 신고 당시 다운계약서에 따라 8억 원으로 한 것이므로, 실제 13억 원으로 인정되어야 한다.

2. 이 사건 건물의 취득가액 954,562,887원 중 피고가 자본적 지출임을 부인한 [별지 2] 기재 271,040,909원 상당의 공사금액은 이 사건 건물의 보수 공사를 위하여 실제 지출한 비용으로 자본적 지출액에 해당하므로 전액 필요경비로 양도가액에서 공제되어야 한다.

• 나. 이 사건 토지의 취득가액 산정의 위법 여부에 대한 판단

1. 앞서 인정한 사실, 갑 제8호증, 을 제23, 24호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정 즉, 원고가 이 사건 토지를 취득한 후 2003. 6. 10. ○○세무서장에게 그 취득가액을 8억 원으로 하여 취득세를 신고․납부하였고, 매도인인 김▲▲도 같은 날 ○○세무서장에게 그 양도가액을 8억 원으로 하여 양도소득세를 신고․납부한 점, 원고가 2012. 11. 30. 피고에게 법인전환 이월과세 신청을 하면서도 이 사건 토지의 취득가액을 8억 원으로 신고한 점에 의하면, 피고가 이 사건 토지의 취득가액을 8억 원으로 본 것은 정당하다.

2. 갑 제1호증은 원고 스스로 정리하여 작성한 자료에 불과하고, 갑 제16호증은 중개업자의 날인도 없는 등 사후에 임의로 작성되었을 가능성이 있어 믿기 어렵고, 갑 제3, 4, 17호증의 각 기재만으로는 원고가 김▲▲에게 이 사건 토지의 매매대금으로 13억 원을 지급하였다고 인정하기에 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

3. 설령 원고가 김▲▲에게 이 사건 토지의 매매대금으로 13억 원을 지급하였다 하더라도, 이미 부과제척기간이 경과하여 원고와 김▲▲에게 취득세와 양도소득세를 증액경정 할 수 없는 상황에서 이 사건 양도소득세 계산 시 이 사건 토지의 취득가액을 신고된 것과 달리 증액하여야 한다는 원고의 주장은 선행행위와 모순되어 과세관청의 신뢰를 해하는 것으로서 신의칙상 허용될 수 없다.

• 다. 이 사건 건물의 취득가액 산정의 위법 여부에 대한 판단

1. 구 소득세법(2014. 1. 1. 법률 제12169호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제97조 제1항 제2호, 구 소득세법 시행령(2013. 11. 5. 대통령령 제24823호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제163조 제3항 제1호, 제3호, 제67조 제2항에 의하면, 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 수 있는 필요경비 중 자본적 지출액은 거주자가 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 ‘수선비’ 혹은 ‘양도자산의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용’을 말하고, 그 중 ‘수선비’의 예로는 ① 본래의 용도를 변경하기 위한 개조, ② 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치, ③ 빌딩 등의 피난시설 등의 설치, ④ 재해 등으로 인하여 건물·기계·설비 등이 멸실 또는 훼손되어 당해 자산의 본래 용도로 의 이용가치가 없는 것의 복구, ⑤ 기타 ①~④와 유사한 개량·확장·증설 등에 대한 지출을 들 수 있으며, 여기서 말하는 자본적 지출액은 양도소득의 발생과 관련성이 있어야 하므로 부동산의 가액결정에 영향을 줄 수 있는 정도로 자산의 객관적 가치를 현실적으로 증가시키는 비용만을 의미한다. 한편 소득세 과세처분 취소소송에서 과세근거로 되는 과세표준에 대한 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합한다(대법원 2007. 10. 26. 선고 2006두16137 판결 등 참조).

2. 위와 같은 법리에 비추어 살펴보면, 다음과 같은 이유로 [별지 2] 순번 1, 5, 10, 11, 12-1, 12-3 기재 공사금액 합계 134,940,909원은 자본적 지출액에 해당하므로 필요경비로 인정되어야 하나, 나머지 [별지 2] 순번 2~4, 6~9, 12-2, 13, 14 기재 공사금액 합계 136,100,000원은 자본적 지출액에 해당하지 않으므로 필요경비로 인정될 수 없다.

• 가) [별지 2] 순번 1, 5, 10, 11, 12-1, 12-3 공사에 대하여 갑 제23호증(1, 2, 7, 8면)의 영상, 제25~29호증(이상 가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고가 2005. 4. 7.경 이 사건 건물의 1층 주차장의 주차면수를 증설하고, 1층에 설치되어 있던 조경시설을 옥상으로 확장․이전하는 공사를 실시한 후 ◇◇산업개발에 공사금액 750만 원(옥상조경시설 설치공사 625만 원 + 조경수 식재공사 75만 원 + 1층 주차장 확장공사 50만 원)을 지급한 사실, 2008. 10. 29.경 이 사건 건물 4층 베란다에 창호를 설치하는 공사를 실시하고 ◈◈◈씨엔씨에 공사금액 7,550,000원을 지급한 사실, 2010. 7. 5.경 이 사건 건물 지하층의 환기 및 환풍을 위하여 이 사건 건물 외벽에 닥트시설을 설치하는 공사를 실시하고 ◈◈◈에 공사금액 18,500,000원을 지급한 사실, 2010. 10. 8.경 이 사건 건물 지하층, 1층 102호, 3층, 4층 냉난방시설 설치공사를 실시하고 ◈◈◈에 87,000,000원을 지급한 사실, 2010. 12. 15.경 이 사건 건물 지하 집수정의 오물 범람을 예방하기 위하여 자동으로 교대하여 작동하는 특수 수중 모터 2대의 설치 및 주차장 확장 공사를 실시하고 ◈◈◈에 14,390,909원(지하층 집수정 내 수중펌프자동화설비공사 12,600,000원 + 주차장 확장공사 1,790,909원)을 지급한 사실이 인정되는바, 위 각 공사 내용에 비추어 위 각 공사비용은 이 사건 건물의 객관적 가치를 현실적으로 증가시키는 비용 또는 이 사건 건물이나 부속시설의 개량·확장·증설 또는 이용편의를 위하여 지출된 비용으로서 자본적 지출액에 해당한다.
• 나) [별지 2] 순번 2 공사에 대하여 갑 제22호증의 1은 원본을 확인할 수 없는 사본으로서 그 기재 및 형상, 제출시점 등을 고려할 때 믿기 어렵고, 갑 제24호증의 영상만으로는 원고가 2006. 9. 9.경 ◈◈◈을 통해 이 사건 건물의 지하층 균열부분 접합제 침투공사 및 지하층 미장/방수/마감공사를 실시하고 ◈◈◈에 공사금액 3,000만 원을 지급한 사실을 인정하기에 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없다(위 공사는 주로 이 사건 건물의 원상회복을 위한 것이어서 이를 통해 이 사건 건물의 객관적 가치가 증가하였다고 보기도 어렵다).
• 다) [별지 2] 순번 3 공사에 대하여 갑 제22호증의 2는 원본을 확인할 수 없는 사본으로서 그 기재 및 형상, 제출시점 등을 고려할 때 믿기 어렵고, 갑 제23호증의 영상만으로는 원고가 2007. 9. 25.경 이 사건 건물의 지하층 인테리어공사 일환으로 칸막이벽체철거공사, 배관설비공사, 천정 및 벽체구조공사, 전기공사, 마감공사를 실시하고 ◈◈◈에 공사금액 2,500만 원을 지급한 사실을 인정하기에 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없다[원고는 위 공사 과정에서 갑 제23호증(3면)의 영상과 같이 이 사건 건물 지하층 후문 설치공사가 함께 이루어졌다는 취지로 주장하나, 갑 제22호증의 2에 그에 관한 기재가 없는 등 그를 뒷받침하는 증거가 없어 믿기 어렵고, 설령 지하층 후문 설치공사가 함께 이루어졌더라도 그 부분에 해당하는 공사금액을 특정할만한 증거가 없는 이상, 그 공사금액만을 자본적 지출액으로 인정하기도 어렵다].
• 라) [별지 2] 순번 4, 8, 9, 13 공사에 대하여 원고의 주장대로 원고가 2008. 6. 30.경 이 사건 건물 우측면과 후면 외벽에 우천으로 인한 물먹음 현상으로 변색이 있어 외벽청소 후 특수방수액으로 방수공사를, 2009. 12. 7.경 소방경보시스템의 오작동을 해결하기 위해서 이 사건 건물 각 층 사무실에 설치된 누전차단기 등의 교체공사를, 2010. 6. 28.경 임차인인 학원에서 버려지는 물감 등으로 인하여 배수관이 막히는 문제를 해결하기 위해서 이 사건 건물 2, 3, 4층 각 화장실과 탕비실의 배관을 교체하면서 타일공사와 방수마감공사를, 2011. 6. 4.경 이 사건 건물 옥상 환풍 시설이 고장나서 이를 교체하는 공사를 각 하였더라도, 이는 모두 이 사건 건물의 본래 기능을 유지하기 위한 통상적인 유지․보수비용에 불과하므로 자본적 지출액에 해당하지 않는다.
• 마) [별지 2] 순번 6, 7, 12-2, 14 공사에 대하여 원고의 주장대로 원고가 2009. 6. 25.경 이 사건 건물 2층 201호, 2009. 9. 25.경 이 사건 건물 2층 201호(추가 공사), 2011. 6. 30. ~ 7. 1.경 이 사건 건물 4층 401호에서 각 새로 입주할 임차인을 위해 원상복구 및 인테리어공사 일환으로 칸막이 벽체 철거, 천정 및 벽체 구조 변경, 배관설비, 전기, 마감 등의 공사를 하였고, 2010. 12. 15.경 임차인들이 간판을 통일되게 설치할 수 있도록 이 사건 건물의 외벽에 프레임을 설치하고, 프레임에 각 간판을 설치하는 공사를 하였더라도, 이는 모두 원고의 임대사업을 영위하기 위한 수익적 지출에 불과하다.
• 라. 정당한 세액 및 취소의 범위 앞서 본 바와 같이 필요경비로 인정되는 자본적 지출액이 134,940,909원임을 전제로 한 정당한 세액은 407,208,568원이고, 그 구체적인 산정근거는 [별지 3] 기재와 같으므로(위 자본적 지출액의 공제는 취득가액 경정에 반영되어 있다), 이 사건 처분 중 407,208,568원을 초과하는 부분을 취소한다.

그렇다면 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 1) 갑 제12호증, 을 제1호증의 각 기재에 따라 원고의 2018. 4. 3.자 청구취지 및 청구원인 변경서상 ‘468,051,929원’을 ‘468,051,920원’으로, ‘2016. 11. 9.’을 ‘2016. 11. 7.’로 정정한다.