원고는 법인으로보는 단체에 해당하지 않음

사 건 2017구합53804 원 고 기독교대한감리회 AAAA교회 피 고 BB세무서장 변 론 종 결 2017.8.24. 판 결 선 고 2017.9.21.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지

2016. 5. 24. 원고에 대하여 한 2008년 귀속 양도소득세 1,468,238,780원(본세756,902,150원 및 가산세 711,336,630원)을 취소한다.

• 가. 원고는 아래 표 기재 순번 1 내지 3 각 부동산(이하 ‘이 사건 부동산’이라 하고, 개별 부동산은 순번으로 특정한다)을 소유자 변동내역 란 기재와 같이 2004. 4. 16. 증여를 원인으로 취득하였다가 2008. 8. 12. CCC 외 2명에게 3,970,000,000원에 양도 하였으나, 피고에게 양도소득세를 신고하지 않았다. 순번 부동산의 표시 소유자 변동내역 1 서울 HH구 LL동 000-00 대 595㎡ DDD → 2002. 3. 27. EEEEE (한국명 FFF, 2002. 1. 9. 매매) → 2004. 4. 16. 원고 (2004. 4. 13. 증여) → 2008. 8. 12. CCC 외 2명 (2008. 4. 20. 매매) 2 1번 토지 지상 세멘벽돌조 한식오지기와즙 2층 주택 3 서울 HH구 LL동 000-00 대 196㎡ DDD → 2002. 3. 27. GGG (2002. 1. 9. 매매) → 2004. 4. 16. 원고 (2004. 4. 13. 증여) → 2008. 8. 12. CCC 외 2명 (2008. 4. 20. 매매)
• 나. 피고는 원고가 소득세법상 거주자로서 양도소득세 과세대상이 된다고 보고, 양도가액은 3,970,000,000원으로, 취득가액은 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우로 보아개별공시지가(순번 1, 3 토지에 대하여 공시일자 2003. 6. 30. 기준) 및 기준시가(순번2 건물에 대하여 상속세및증여세법에 의한 건물기준시가에 따른 가액) 1,161,204,355원으로 하여 양도차익을 산정한 다음, 2016. 5. 24. 원고에게 2008년 귀속 양도소득세1,699,874,870원(가산세 포함)을 결정·고지하였다가, 원고의 이의신청과정에서 필요경비 331,324,600원을 추가로 인정하여 2016. 6. 2. 양도소득세 231,636,090원을 감액경정·고지하였다(이하 위와 같이 감액된 후의 양도소득세 1,468,238,780원을 ’이 사건 처분‘이라 한다).
• 다. 원고는 이에 불복하여 2016. 8. 30. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2016.11. 10. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 4, 9, 10, 13호증, 을 제1, 2호증(가지번호 포함)의각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

1. 법인세법상 비영리내국법인의 경우 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산을 매각하여 생기는 수입은 비영리내국법인의 수익사업에서 생기는 소득에서 제외되는데, 원고는 국세기본법 제13조 에 따라 ‘법인으로 보는 단체’로서 법인세법상 비영리내국법인에 해당하고 이 사건 부동산을 처분 당시 3년 이상 고유목적사업에 사용하여 법인세가 면제되므로, 원고에게 양도소득세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다.

2. 설령 원고가 소득세법상 거주자에 해당하더라도 양도가액은 실지거래가액으로 하면서 취득가액은 기준시가에 따라 계산된 이 사건 처분은 동일기준의 원칙에 위배되어 위법하다.

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 비과세 대상인지 여부

• 가) 구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라 한다)은 제1조 제2호 다목에서 “ 국세기본법 제13조 제4항 의 규정에 의한 법인으로 보는 법인격이 없는 단체”를 비영리내국법인 중 하나로 정의하고 있고, 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국세기본법’이라 한다) 제13조 제1항 제1호, 제2항, 제4항에 따르면, ‘법인격이 없는 사단·재단 기타 단체 중 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단·재단 기타 단체로서 등기되지 아니한 것’으로 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 구 국세기본법과 세법이 적용된다. 한편, 구 법인세법 제3조 제1항, 제2항 제5호, 구 법인세법 시행령(2008. 6. 5.대통령령 제20799호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’이라 한다) 제2조 제2항에 따르면, 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득으로 보아 법인세를 부과하되, 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적 사업에 직접 사용한 것은 처분 수입에서 제외된다. 이와 같이 구 국세기본법 제13조 에 의한 법인으로 보는 법인격 없는 단체는 법인세법이 적용되고, 위 단체가 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산을 처분하는 경우 이러한 처분 수입은 법인세 부과 대상인 각 사업연도의 소득에서 제외되므로, 원고가 구 국세기본법 제13조 에 의한 법인으로 보는 법인격 없는 단체에 해당하는지 본다.
• 나) 갑 제12호증의 기재에 의하면, 원고가 2004. 3.경 HH구청장에게 부동산등기용등록번호 부여신청을 하여 그 무렵 등록번호를 부여받은 사실을 알 수 있다. 그러나 HH구청장이 부여한 부동산등기용 등록번호는 부동산등기법 제49조, 법인 아닌 사단·재단 및 외국인의 부동산등기용 등록번호 부여절차에 관한 규정 제8조에 의하여 부동산의 등기에 관하여 등기권리자나 등기의무자의 기재를 하기 위한 것일 뿐이고, 부동산등기법 제49조 제1항 제3호 에서 시장·군수·구청장을 법인 아닌 사단·재단의 부동산등기용 등록번호 부여권자로 규정하고 있다고 하여, 위 시장·군수·구청장이 구 국세기본법 제13조 제1항 제1호 에서 정한 원고의 ‘주무관청’이 된다고 볼 수 없다. 그 밖에 달리 원고가 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되었다거나, 이 사건 부동산을 양도한 2008. 8. 12. 이전에 관할 세무서장인 피고로부터 비영리법인으로 보는 단체의 고유번호를 부여받았다고 인정할 만한 증거가 없다. 따라서 원고는 구 국세기본법 제13조 에 의한 ‘법인으로 보는 단체’에 해당하지 아니하므로, 원고가 이에 해당함으로 전제로 하는 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2. 양도차익 산정의 적법성 여부

• 가) 원고는 구 국세기본법 제13조 에 의한 ‘법인으로 보는 단체’에 해당하지 아니 하여 구 법인세법상 비영리법인이 아니라 구 소득세법(2008. 12. 26. 법률 제9270호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법’이라 한다) 제1조 제1항 제1호의 ‘거주자’라 할것이므로, 이 사건 처분이 구 소득세법에 따라 적법하게 양도소득을 산정하였는지 살펴본다. 구 소득세법 제100조 는 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다는 동일기준의 원칙을 규정하고 있고, 제97조는 제1항에서 ‘거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비 중 취득가액은 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 소요된 실지거래가액’이라고 규정하고, 제5항에서 ‘취득에 소요된 실지거래가액의 범위 등 필요경비의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다’고 규정하고 있다. 이에 따라 구 소득세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21301호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법 시행령’이라 한다)은 제163조 제9항에서 ‘상속 또는 증여받은 자산에 대하여 법 제97조 제1항 제1호 가목 본문의 규정을 적용함에 있어서는 상속개시일 또는 증여일 현재 상속세 및 증여세법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액을 취득 당시의 실지거래가액으로 본다’고 규정하고, 구 상속세 및 증여세법(2010. 1. 1. 법률 제9916호로 개정되기 전의 것, 이하‘구 상증세법’이라 한다) 제60조는 제1항에서 상속세 및 증여세(이하 ‘상증세’라 한다)가 부과되는 재산의 가액은 시가에 의한다고 규정하면서 제1항에서 ‘제1항의 규정에 의한 시가는 불특정다수인 사이에 자유로이 거래가 이루어지는 경우에 통상 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용·공매가격 및 감정가격 등 대통령령이 정하는 바에 의하여 시가로 인정되는 것을 포함한다’고 규정하고, 제3항에서는 제1항의 시가를 산정하기 어려운 경우에는 당해 재산의 종류·규모·거래상황 등을 감안하여 제61조 내지 제65조에 규정된 방법에 의하여 평가한 가액에 의하도록 규정하고 있다. 구 상증세법 제60조 제2항 후단의 위임에 따라 시가의 범위를 정하고 있는 구 상증세법 시행령(2010. 2.18. 대통령령 제22042호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상증세법 시행령’이라 한다) 제49조는 제1항 제1호에서 평가기준일 전후 6개월(증여재산의 경우에는 3개월로 한다. 이하 ‘평가기간’이라 한다) 이내의 기간 중 매매가 있는 경우에 그 거래가액으로 한다고 규정하고 있다. 그리고 구 상증세법 제61조 제1항에서는 토지는 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 개별공시지가, 건물의 경우에는 신축가격·구조·용도·위치·신축연도 등을 참작하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정·고시하는 가액으로 평가하도록 정하고 있다.
• 나) 위와 같은 관계 법령의 규정에 비추어 이 사안에 관하여 보건대, 동일기준의 원칙에 따라 이 사건 부동산의 취득가액 역시 실지거래가액에 의하여 산정하여야 하는데, 앞서 처분의 경위에서 본 바와 같이 피고는 원고가 이 사건 부동산을 실지거래 없이 증여로 취득하였고 증여일 전후 3개월 내 매매사례를 인정 또는 확인할 수 없자, 구 상증세법 제61조에 따라 순번 1, 3 각 토지에 대하여는 증여 당시 개별공시지가로, 순번 2 건물에 대하여는 증여 당시 국세청장이 산정·고시하는 기준시가에 의하여 취득가액을 산정하고, 그에 기초하여 이 사건 처분을 하였으므로, 이와 같은 피고의 이 사건 부과처분은 관계 법령의 규정에 따른 것으로 적법하다.
• 다) 원고는, 원고가 2002. 3. 27. DDD로부터 이 사건 부동산을 원고의 고유목적사업인 예배, 선교 등의 목적으로 취득하면서 대표자인 FFF와 장로인 GGG에게 명의신탁한 것으로, 2004. 4. 16. 원고 앞으로 마친 소유권이전등기는 명의신탁 해지에 불과할 뿐 실질적인 소유관계는 변경된 바 없어 이 사건 부동산의 취득가액은 원고가 2002. 1. 9. DDD로부터 매수한 1,820,000,000원이 되어야 하고, 그렇지 않더라도 원고가 이 사건 부동산을 매수한 2002년부터 원고 명의로 소유권이전등기를 마친 2004년까지 공시지가 자체도 계속하여 상승하고 있으므로 2014. 4. 16. 당시 이 사건 부동산의 실질적인 가치는 적어도 1,820,000,000원 이상이었음이 명백하여 ‘시가를 산정하기 어려운 경우’라고 볼 수 없다는 취지로 주장한다. 갑 제2호증, 제3호증의 1, 2, 갑 제5호증의 각 기재에 의하면, FFF가 2002. 1.9. DDD와 사이에 이 사건 부동산을 대금 1,820,000,000원에 매수하는 내용의 매매계약을 체결한 사실, FFF가 2002. 6.경 JJJ과 KKK 앞으로 2002. 3. 9. 994,736,417원과 2002. 4. 10. 200,000,000원을 원고의 건축헌금으로 영수하였다는 내용의 영수증을 작성해 준 사실, 순번 3 부동산을 원고가 예배와 그에 따른 종교시설로 무상사용하도록 기증한다는 내용의 GGG 작성의 2002. 5. 1.자 사용승인서에 2004. 3. 22. 확정일자를 받은 사실을 알 수 있으나, 위 인정사실만으로 원고가 2002. 3. 27. 당시 이 사건 부동산을 취득하면서 FFF와 GGG에게 그 명의를 신탁하였다고 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 또한 2002년부터 2004년까지 이 사건 부동산에 관한 공시지가가 상승하였다는 이유만으로 앞서 본 관계 법령의 규정과 달리 원고가 이 사건 부동산을 취득한 2004. 4. 16. 당시의 취득가액을 그로부터 2년 넘게 거슬러 올라간 2002. 1. 18. 매매가를 기준으로 평가할 수 있다고 볼 근거도 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.