불복청구 절차에서 감액한 양도소득세를 특별한 사유없이 경정결정하여 과세한 처분은 무효임

사 건 2017구단60096 양도소득세부과처분무효확인 원 고 오AA 피 고 BB세무서장 변 론 종 결

2017. 8. 30. 판 결 선 고

2017. 9. 13.

1. 피고가 0000. 00. 00. 원고에 대하여 한 0000년 귀속 양도소득세 000,000,000원(가산세 포함)의 부과처분은 무효임을 확인한다.

. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 가. 원고는 0000. 00. 00. 00시 00구 00동 000 대 000㎡ 및 그 지상 건물(이하‘이 사건 부동산’이라 한다)을 매수하고, 이 사건 부동산에 관하여, 0000. 00. 00. 소유권이전등기를 마친 다음, 0000. 00. 00. aaa에게 가등기담보 등에 관한 법률(이하 ‘가등기담보법’이라 한다)이 적용되는 담보가등기를 마쳐주었다.
• 나. 그런데 aaa이 0000. 00. 00. 이 사건 부동산에 관하여 담보가등기에 기한 소유권이전등기를 마치자, 원고는 aaa이 가등기담보법이 정한 정산절차를 거치지 아니하였다며 aaa과 aaa의 채권자로서 이 사건 부동산의 근저당권자인 ㈜bb은행 등을 상대로 소유권이전등기말소청구 등의 소를 제기하였다.
• 다. 원고가 제기한 소는 원고와 aaa 등이 항소심(OO고등법원 0000나0000)에 이르러 재판부의 ‘조정에 갈음하는 결정’에 이의하지 않음으로써 종결되었는데, 그 주요 내용은, 원고가 0000. 00. 00.까지 aaa과 ㈜bb은행에게 0,000,000,000원을 지급하고, aaa 등은 동시에 이 사건 부동산에 관한 담보가등기, 소유권이전등기, 근저당권설정등기를 말소하며, 만일 원고가 지급기일까지 aaa 등에게 돈을 지급하지 아니하는 경우, aaa은 원고에게 000,000,000원을 지급하고, 원고는 이 사건 부동산에 관한 aaa 명의의 소유권이전등기 등의 유효 여부를 더 이상 다투지 않는다는 것이었다.
• 라. 그런데 원고는 0000. 00. 00.까지 aaa 등에게 돈을 지급하지 아니하였고, 이후 aaa은 원고에게 000,000,000원을 모두 지급함으로써 이 사건 부동산에 관한 aaa 명의의 소유권이전등기의 유효 여부에 관한 다툼은 확정적으로 종결되었다.
• 마. 원고의 주소지 관할 과세관청인 CC세무서장은 원고가 이 사건 부동산의 양도에 따른 양도소득세를 신고하지 아니하자, 원고에 대하여 양도소득세 조사를 실시한 결과, 이 사건 부동산의 양도시기는 이 사건 부동산에 관하여 aaa 명의의 소유권이전등기가 마쳐졌던 0000. 00. 00. 양도가액은 원고가 aaa 등에게 지급하였어야 할0,000,000,000원과 aaa이 원고에게 지급한 000,000,000원의 합계 0,000,000,000원, 취득가액은 0,000,000,000원으로 결정하여, 원고의 새로운 주소지 관할 과세관청인 BB세무서장에게 결정사항을 통보하였고, BB세무서장은 0000. 00. 00. 원고에 대하여 0000년 귀속 양도소득세 000,000,000원을 부과하였다.
• 바. 원고는 0000. 00. 00. BB세무서장에게 이 사건 부동산의 양도시기는 원고와 aaa사이에 이 사건 부동산에 관한 대금청산이 이루어진 0000. 00. 00. 양도가액은0,000,000,000원, 취득가액은 0,000,000,000원으로 보아야 한다는 취지로 이의신청을 하였고, BB세무서장은 이의신청 심사 도중 이 사건 부동산의 양도시기와 취득가액을 원고 주장과 같이 직권으로 정정하기로 하였으나, 양도가액에 관하여는 원고의 주장을 받아들이지 아니하기로 하여 0000. 00. 00. 원고의 이의신청을 기각하는 결정을 하였다.
• 사. 원고는 당초 원고에 대한 양도소득세 조사를 담당하였던 CC세무서장에게 진정서를 제출하였고, CC세무서장은 원고의 진정서 내용을 검토한 결과 BB세무서장에게 양도가액을 0,000,000,000원으로 보아야 한다는 의견을 통보하였으며, BB세무서장은 CC세무서장의 의견을 받아들여 0000. 00. 00. 당초 부과하였던 0000년 귀속 양도소득세 000,000,000원 중 000,000,000원을 감액․경정하였다(앞서 본 바와 같이 BB세무서장은 이의심사 도중 이 사건 부동산의 양도시기를 0000. 00. 00.로 보기로 하였음에 도, 0000년 귀속 양도소득세 부과처분을 취소하고 0000년 귀속 양도소득세를 부과하는 대신, 0000년 귀속 양도소득세 부과처분 일부를 취소하는데 그쳤다. 이에 대하여 피고는 이 법정에서 답변서의 진술을 통해 당시 BB세무서장의 착오에 기한 것으로 보인다는 의견을 밝혔다).
• 아. 그런데 aaa은 이 사건 부동산을 양도하면서 취득가액을 0,000,000,000원으로 신고하였으나, aaa 주소지 관할 과세관청인 구로세무서장이 CC세무서장의 의견과 같이 취득가액을 0,000,000,000원으로 보고 aaa에게 양도소득세를 부과하자, aaa은 조세심판원에 구로세무서장의 양도소득세 부과처분에 대하여 심판청구를 하였고, 조세심판원은 0000. 00. 00. 이 사건 부동산의 취득가액을 0,000,000,000원(이 사건 부동산의 취득일은 0000. 00. 00.)으로 보고 양도소득세를 감액․경정하라는 취지의 결정을 하였다.
• 자. 이에 피고는 조세심판원의 결정 내용에 따라 0000. 00. 00. 원고에 대하여 다시0000년 귀속 양도소득세 000,000,000원(가산세 포함)을 부과하는 처분(이하 ‘이 사건처분’이라 한다)을 하였다. [인정근거] 다툼이 없음, 갑 제1 내지 3, 5호증, 을 제1 내지 8호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 요지 다음과 같은 이유로 이 사건 처분은 무효이다.

1. 이 사건 부동산의 양도시기는 이 사건 부동산에 관하여 aaa 명의의 소유권 이전등기가 마쳐진 0000. 00. 00.로 보아야 한다.

2. BB세무서장은 0000. 00. 00. 0000년 귀속 양도소득세 대부분을 직권 취소하였음에도 피고는 특별한 사유 없이 이를 번복하여 다시금 이 사건 처분을 하였다.

• 나. 판단

1. 위 1) 주장에 관한 판단

• 가) 앞서 본 바와 같이 이 사건 부동산에 관하여 0000. 00. 00. aaa 명의의 소유권이전등기가 마쳐지기는 하였다. 그런데 이 사건 부동산에 관한 aaa 명의의 소유권이전등기가 가등기담보법 제3조, 제4조를 위반한 등기라는 사실은 당사자 사이에 다툼이 없는바, 가등기담보법 제3조, 제4조를 위반하여 이루어진 담보가등기에 기한 소유권이전등기는 무효이고(대법원 2016. 6. 23. 선고 2015다13171 판결 등 참조), 소유권이전등기가 무효인 이상, 원칙적으로 양도소득세의 과세대상인 자산의 양도는 없었다고 봄이 상당하므로(매매계약이 합의해제된 경우 자산이 양도가 없었다고 한 대법원 1992. 12. 22. 선고 91다35540,35557판결 등 참조, 토지거래허가구역 내에서 확정적 무효인 소유권이전등기가 이루어진 경우 매도인이 수수한 매매대금을 그대로 보유하고 있는 때에는 예외적으로 자산의 양도가 있다고 볼 수 있다고 한 대법원 2011. 7. 21. 선고 2010두23644 전원합의체 판결 등 참조), 이 사건 부동산의 양도시기는 0000. 00. 00.로 볼 수 없고, 오히려 소득세법 제98조 에 따라 이 사건 부동산에 관한 대금청산이 이루어진 0000. 00. 00.로 보아야 할 것이다(소득세법 시행령 제162조 제1항 제2호 가 정한 양도 또는 취득의 시기로서 소유권이전등기의 등기접수일은 유효한 소유권이전등기만을 전제 하므로, 이 사건 부동산의 양도시기는 소득세법 시행령 제162조 제1항 제2호 가 아닌 소득세법 제98조 에 따라 판단하여야 하고, 나아가 원고가 aaa과 조정하였던 내용 중 ‘aaa 명의의 소유권이전등기가 확정적으로 유효임을 확인한다’는 내용이 있더라도, 이를 근거로 이미 가등기담보법 제3조, 제4조에 위배하여 무효이었던 등기를 원래부터 유효한 등기로 보아야 한다고 볼 수 없다).
• 나) 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

2. 위 2)주장에 관한 판단

• 가) 과세처분에 관한 불복절차과정에서 그 불복사유가 옳다고 인정하고 이에 따라 필요한 처분을 하였을 경우에는 불복제도와 이에 따른 시정방법을 인정하고 있는 법 취지에 비추어 동일 사항에 관하여 특별한 사유 없이 이를 번복하고 다시 종전의 처분을 되풀이할 수는 없다. 따라서 과세관청이 과세처분에 대한 이의신청절차에서 납세자의 이의신청 사유가 옳다고 인정하여 과세처분을 직권으로 취소하였음에도, 특별한 사유 없이 이를 번복하고 종전 처분을 되풀이하여서 한 과세처분은 위법하다(대법원 2014. 7. 24. 선고 2011두14227 판결). 앞서 본 바와 같이 BB세무서장은 원고가 한 이의신청 중 이 사건 부동산의 양도시기에 관하여는 원고의 주장을 받아들여 0000. 00. 00.로 직권 정정하기로 하였으나, 나머지 양도가액에 관하여는 원고의 주장을 받아들이지 않기로 하여 0000. 00. 00. 결국 원고의 이의신청을 기각하기는 하였다. 그런데 이후 BB세무서장은 원고의 진정에 따라 이루어진 성남세무서장의 의견, 즉 양도가액을 0,000,000,000원으로 보아야 한다는 의견을 받아들여 0000. 00. 00. 당초 부과되었던 이 사건 부동산의 양도에 따른 양도소득세 대부분을 직권으로 취소하였다. 비록 형식적으로 원고의 BB세무서장에 대한 이의신청이 받아들여져 당초의 부과처분이 취소된 것은 아니지만, BB세무서장이 자신이 하였던 이의신청기각 결정에도 불구하고 원고의 진정에 따른 다른 과세관청의 의견을 받아들여 당초의 부과처분 대부분을 취소하였다는 것은 실질적으로는 이의신청 기각결정을 직권으로 취소하고 원고의 당초 이의신청을 받아들인 것과 다르지 아니하다. 한편 갑 제0호증(을 제0호증)의 기재에 의하면, BB세무서장이 당초 부과처분을 취소하였던 0000. 00. 00.에는 이미 국세청전산망에 aaa이 이 사건 부동산에 관한 취득가액을 0,000,000,000원으로 신고하였던 것을 확인할 수 있었던 사실을 인정할 수 있다. 결국 피고는 BB세무서장이 당초 부과처분을 취소할 당시에도 이미 알려져 있었던 사정을 기초로 하여 이 사건 부동산의 양도가액에 관한 입장을 변경함으로써 이 사건 처분을 한 셈이 된다. 이러한 사정을 앞서 본 법리에 비추어 보면, 이 사건 처분은 실질적으로 원고가 불복을 통하여 취소를 받았던 처분을 특별한 사유 없이 종전의 처분을 되풀이 한 것으로서 위법하고, 그 하자는 중대할 뿐만 아니라, 앞서 본 바와 같은 종전 부과처분의 취소경위 및 이 사건 처분의 경위 등을 종합하여 보면, 그 하자는 명백하다고 볼 수 있으므로, 이 사건 처분은 무효라고 봄이 상당하다.
• 나) 피고는 이 사건 부동산의 양도시기가 0000. 00. 00.임에도 BB세무서장은 0000년 귀속 양도소득세 일부만을 취소하여 당초 과세기간이 잘못되었었고 양도가액에도 오류가 있었음이 명백하여 소득세법 제114조 제3항 에 따라 종전 처분을 바로잡았을 뿐이므로 이 사건 처분은 적법하다고 주장한다. 앞서 본 바와 같이 불복절차에서 종전 처분이 취소되었음에도 특별한 이유 없이 종전 처분을 되풀이 한 경우에는, 비록 그 되풀이 된 처분이 소득세법 제114조 제3항 에 따른 과세표준과 세액의 경정 처분이라고 하더라도, 과세처분의 불복제도를 둔 취지에 따라 위법하다고 볼 수밖에 없고, 특히 과세기간의 정정이라는 주장에 한하여 보면, 앞서 본 바와 같이 이 사건 부동산의 양도시기는 0000. 00. 00.이고, BB세무서장도 당시 이 사건 부동산의 양도시기를 0000. 00. 00.로 파악하고 있었던 것으로 보이기는 하나, 결국 BB세무서장이 착오에 의해 0000년 귀속 양도소득세를 새로이 부과하는 대신 0000년 귀속 양도소득세 부과처분 일부만을 취소한 것으로 보이는바, 이처럼 과세관청의 착오에 의해 과세기간을 잘못 판단한 경우 과세기간을 정정한다는 이유로 실질적으로는 종전의 처분을 되풀이하는 처분을 하는 것은 허용될 수 없다고 볼 것이다.
• 다) 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.
• 다. 소결론 이 사건 처분은 무효이다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.