비과세주택 및 상가로 이루어진 겸용주택 일괄양도시 비과세주택분 양도차익의 안분계산은 기준시가 기준으로 함

사 건 2017구단2083 양도소득세부과처분취소 원 고 김AA 피 고 OO세무서장 변 론 종 결

2017. 4. 19. 판 결 선 고

2017. 5. 17.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2016. 8. 1. 원고에 대하여 한 2015년 귀속 양도소득세 31,719,400원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2015. 8. 26. 서울 동작구 상도1동 368 토지 및 그 지상 상가 및 주택 건물(이하 토지 부분을 ‘이 사건 토지’라 하고, 상가 부분을 ‘이 사건 상가’, 주택 부분을 ‘이 사건 주택’이라 하며, 상가 부분 및 주택 부분을 통틀어 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 양도가액 3,180,000,000원에 일괄 양도하였다.
• 나. 이후 원고는 양도가액을 이 사건 토지의 개별공시지가와 이 사건 건물의 국세청장 고시 건물기준시가(이하 ‘건물기준시가’라고만 한다) 비율로 안분하여 이 사건 토지 및 이 사건 건물의 각 양도차익을 계산한 다음, 각 양도차익에서 이 사건 주택의 연면적이 이 사건 건물의 연면적에서 차지하는 비율만큼을 1세대 1주택으로 비과세 대상인 주택분 양도차익으로 보고, 나머지를 과세 대상인 상가분 양도차익으로 계산하여 2015. 9. 10. 피고에게 양도소득세 357,222,649원을 신고․납부하였다.
• 다. 그런데 피고는 먼저 이 사건 토지 면적에 이 사건 주택의 연면적이 이 사건 건물의 연면적에서 차지하는 비율만큼을 곱하여 이 사건 주택의 부수토지 면적을 계산하고, 다음으로 이 사건 주택분 개별주택가격을 이 사건 주택의 건물기준시가와 그 부수 토지의 개별공시지가 비율로 안분하여 ① 이 사건 주택 가격과 ② 그 부수토지의 가격을 각 계산하고, 이 사건 상가의 건물기준시가와 이 사건 토지의 개별공시기지가로 ③이 사건 상가의 가격과 ④ 그 부수토지의 가격을 각 계산한 후, 양도가액을 ① 내지 ④의 합계액에서 각 가격이 차지하는 비율로 안분하여 각 양도차익을 계산하여 그 중 이 사건 주택과 그 부속토지에 해당하는 부분을 1세대 1주택으로 비과세 대상인 주택분 양도차익으로 보고, 나머지를 과세 대상인 상가분 양도차익으로 계산하여 2016. 8. 1. 원고에게 2015년 귀속 양도소득세 31,719,400원(가산세 포함)을 경정․고지(이하 ‘이사건 처분’이라 한다)하였다.
• 라. 원고는 이에 불복하여 2016. 8. 18. 조세심판원에 이 사건 처분에 대한 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2016. 12. 15. 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다. [인정근거] 다툼이 없음, 갑 제1호증의 2, 갑 제4호증, 을 제3, 4호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 요지 1세대 1주택으로서 비과세 대상인 이 사건 주택 및 그 부수토지의 양도차익은 소득세법 제89조 제1항 제3호 가목, 소득세법 시행령 제154조 제3, 4항에 따라 이 사건 토지와 건물의 각 양도차익에서 이 사건 주택의 연면적이 이 사건 건물의 연면적에서 차지하는 비율로 계산되어야 할 뿐, 양도가액을 이 사건 주택과 그 부수토지, 이 사건 상가와 그 부수토지의 각 기준시가에 따라 각 안분하여 계산하여서는 아니된다. 따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 구 소득세법(2015. 7. 24. 법률 제13426호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제89조 제1항 제3호 가목, 구 소득세법 시행령(2015. 10. 23. 대통령령 제26600호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제154조 제3, 4항은 그 내용상 하나의 건물이 주택과 주택외의 부분으로 복합되어 있는 겸용건물 등에 있어 주택 외의 연면적이 주택의 연면적과 같거나 크기 때문에 전체를 1세대 1주택인 비과세 대상으로 보지 아니하는 경우 비과세 대상과 과세 대상을 구분하기 위하여 전체 토지 중 비과세 대상인 주택의 부수토지 면적을 계산하기 위한 규정일 뿐으로 양도차익을 계산하는 규정이 아님은 명백하고, 오히려 구 소득세법 제99조 제1항, 제100조 제2항, 구 소득세법 시행령 제166조 제6항, 구 부가가치세법 시행령(2015. 10. 23. 대통령령 제26600호로 개정되기 전의 것)제64조 제1호에 따르면, 토지와 건물을 일괄 양도한 경우 양도차익은 각 구분하여 기장하되, 양도가액에서 토지와 건물의 양도가액을 구별할 수 없는 경우에는 각 기준시가 비율로 안분하여야 하고, 건물이 겸용건물인 경우에는 주택 부분의 기준시가는 개별주택가격, 상가 부분의 기준시가는 건물기준시가, 각 부수토지의 기준시가는 개별공시가격(다만 개별주택가격에는 주택의 가격 뿐만 아니라 그 부수토지의 가격도 포함되어 있기 때문에 주택과 그 부수토지를 구분 기장하기 위하여는 역시 그 기준시가에 따라 안분하여야 하는 문제가 생긴다)으로 보아야 한다.

2. 원고는 이 사건 건물의 경우 이 사건 주택의 개별주택가격이 이 사건 상가의 건물기준시가보다 낮으므로 각 부수토지의 가격도 차이가 나게 되어 부당하다는 취지로 주장하나, 이는 소득세법이 예정한 양도차익의 계산방식을 정한 소득세법 제99조 제1항, 제100조 제2항, 소득세법 시행령 제166조 제6항, 부가가치세법 시행령 제64조 제1호 의 적용한 결과에 따른 것으로 각 부수토지의 가격에 차이가 있다고 하여 반드시 부당하다고 볼 수 없고, 오히려 원고의 주장에 따르면 건물기준시가를 기준으로만 양도차익을 산정하게 됨으로써 이 사건 건물이 겸용건물이라는 사정을 반영하지 못하게 되어 부당하다.

• 라. 소결론 따라서 원고의 위 주장은 받아들일 수 없고, 이 사건 처분은 적법하다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 관계 법령 ■ 구 소득세법(2015. 7. 24. 법률 제13426호로 개정되기 전의 것) 제89조(비과세 양도소득)

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세 하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고 가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하 는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 대통령령으로 정하는 1세대 1주택 제99조(기준시가의 산정)

① 제96조 제2항, 제97조 제1항 제1호 가목 단서, 제100조 및 제114조 제7항에 따른 기준시 가는 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다.

1. 제94조 제1항 제1호에 따른 토지 또는 건물

• 가. 토지 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 개별공시지가(이하 "개별공시 지가"라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할 세무서장이 인근 유사 토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 하고, 지 가(지가)가 급등하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역의 경우에는 배율방법에 따라 평가 한 가액으로 한다.
• 나. 건물 건물(다목 및 라목에 해당하는 건물은 제외한다)의 신축가격, 구조, 용도, 위치, 신축 연도 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정·고시하는 가액
• 다. 오피스텔 및 상업용 건물 건물에 딸린 토지를 공유로 하고 건물을 구분소유하는 것으로서 건물의 용도·면적 및 구분소유하는 건물의 수(수) 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 오피스 텔 및 상업용 건물(이에 딸린 토지를 포함한다)에 대해서는 건물의 종류, 규모, 거래상황, 위치 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 토지와 건물에 대하여 일괄하여 산정·고시하는 가액
• 라. 주택 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 개별주택가격 및 공동주택가
• 격. 다만, 공동주택가격의 경우에 같은 법 제17조 제1항 단서에 따라 국세청장이 결정·고시한 공동주택가격이 있을 때에는 그 가격에 따르고, 개별주택가격 및 공동주택가격이 없는 주택의 가격은 납세지 관할 세무서장이 인근 유사주택의 개별주택가격 및 공동주택가격을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 한다. 제100조(양도차익의 산정)

① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다) 에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따 라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토 지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령 으로 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다. ■ 구 소득세법 시행령(2015. 10. 23. 대통령령 제26600호로 개정되기 전의 것) 제154조(1세대 1주택의 범위)

③ 법 제89조 제1항 제3호를 적용할 때 하나의 건물이 주택과 주택외의 부분으로 복합되어 있 는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택외의 건물이 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 본다. 다 만, 주택의 연면적이 주택 외의 부분의 연면적보다 적거나 같을 때에는 주택외의 부분은 주택 으로 보지 아니한다.

④ 제3항 단서의 경우에 주택에 딸린 토지는 전체 토지면적에 주택의 연면적이 건물의 연면적 에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한다. 제166조(양도차익의 산정 등)

⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때 에는 부가가치세법 시행령 제64조 에 따라 안분계산 한다. ■ 구 부가가치세법 시행령(2015. 10. 23. 대통령령 제26600호로 개정되기 전의 것) 제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) 법 제29조 제9항 단서에 따라 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계 산한 금액을 공급가액으로 한다.

1. 토지와 건물 등에 대한 소득세법제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분 계 산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과 세기간의 종료일까지 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률 제2조 제9호 에 따른 감정 평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다. 끝.